<온라인몰 오픈기념> CLC Main Workbench 프로모션 당첨자 발표!
- Posted at 2015/10/20 15:00
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- 2015/11/27 제29회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵 by 人Co
- 2015/10/20 <온라인몰 오픈기념> CLC Main Workbench 프로모션 당첨자 발표! by 人Co
- 2015/10/19 (주)인실리코젠 11주년 창립기념일 행사 후기 by 人Co
- 2015/09/17 모두를 위한 웹 만들기 - 웹접근성 평가도구 활용 by 人Co
- 2015/09/14 제28회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵 by 人Co
- 2015/08/31 ISMB / ECCB 2015 학회 참석기 by 人Co
- 2015/08/25 [채용공고] 생물정보(Bio-Informatics) 개발전문인력 및 컨설팅 담당인력을 모십니다. by 人Co
- 2015/08/04 제27회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵 by 人Co
- 2015/07/20 ㈜인실리코젠 온라인몰 오픈기념 프로모션! by 人Co
- 2015/07/10 [이벤트 종료] CLC Main Workbench로 메르스 서열 살펴보고, 아이스크림 먹자! by 人Co
(주)인실리코젠 11주년 창립기념일 행사 후기
- Posted at 2015/10/19 10:40
- Filed under 회사소식
10주년 창립기념일을 맞이한지 어느덧 일년이 흘러, 2015년 10월 1일, (주)인실리코젠의 11번째 생일을 맞았습니다.
11주년의 11과 창립기념일인 10월 1일의 1001은 대칭수 또는 회문수라고 합니다.
대칭수는(Palindrome) 숫자를 거꾸로 읽어도 앞으로 읽는 것과 같은 수를 의미합니다. 이번 창립기념일 슬로건은 초심의 한결 같은 마음가짐으로 미래 In-silico Generation을 위해 함께 나아가는 동행(同行)입니다.
긴 추석연휴로 인해 9주년, 10주년만큼 성대하게 진행되진 않았지만 멀리 파견근무를 나가신 분들뿐만 아니라 대전지사에 계시는 분들까지 각자 위치에서 열심히 일하고 계시는 모든 직원 분들이 바쁘신 와중에도 참석해 자리를 빛내주셨습니다.
오후 3시부터 기념식이 시작되었으며, 우천으로 인해 풍선 날리기(人Co 창립기념일 행사의 문화로 자리잡은 대표행사)를 못해 아쉬웠지만, 그래도 역시 人Co인들의 열기와 즐거움 만큼은 9, 10주년만큼이라고 자부하는데요~
자! 가을비로 서늘해진 용인 흥덕IT밸리를 열띄게 만든 Insilicogen으로 푹~ 빠져보시죠~~
♥ 
11주년을 빛내주실 대망의 사회자는 신윤희 책임님이셨습니다. 책임님의 인자한 미소와 재치있는 어조는 업무로 지친 우리 人Co인들을 단숨에 단합되고 웃음꽃이 활짝 핀 가족으로 만들 수 있게 도와주셨습니다. 이번 창립기념일 행사 중에 가장 큰 이벤트는 11주년 축하 영상이었습니다. 바쁘신 와중에도 모두 각자의 모습을 담으시면서 (주)인실리코젠의 더 큰 발전을 응원하고 생일을 축하하는 영상은 그 어느 무엇보다도 더 소중하고 인상 깊었던 것 같습니다. 인터뷰 영상 도중 중간중간 특별출연 해주신 씬스틸러 분들과 신승호 선배님의 화려한 편집능력으로 탄생한 마지막 NG컷 덕분에 시간가는 줄 모를 정도로 매우 즐겁게 시청할 수 있었습니다.
11주년 축하 동영상을 기획하신 브랜드위원회 여러분, 인터뷰 영상을 촬영하고 편집하느라 수고하신 정우진 선배님, 이상민 선배님, 권대건 선배님, 신승호 선배님들께 감사의 인사를 드립니다. 처음엔 저희도 카메라에 익숙하지 않아 어색하기도 하고 “어떻게 찍어야 하지?”라는 고민도 많이 하였지만 촬영 후 완성된 영상을 보니 웃음과 추억으로 남게 되는 것 같습니다.
이렇게 첫 오프닝과 함께 11주년 축하영상을 시청하고, Main stage인 최남우 사장님의 CEO message 시간을 가졌습니다. 11주년 기념 슬로건인 동행을 주제로 한 최남우 사장님의 기념사는 홍군의 대장정을 예시로 시작하였습니다. 국민당 군의 끈질긴 추적에도 불구하고 마오쩌둥의 홍군은 자신들의 신념을 위해 1년이 넘는 시간 동안 8만의 군사가 8000이 되면서까지 1만 2,500km의 힘든 대장정을 이룩했으며, 이 대장정 동안 홍군은 ‘3대 규율, 8항 주의’ 정신을 지키며 오랫동안 국민들에게 고통을 준 장제스 정부와 대조적으로 국민들의 열렬한 지지를 받아 결국 중화인민공화국의 성립을 선언할 수 있었습니다.
힘든 고난과 역경인 대장정 속에서 많은 희생이 있었지만 기본인 규칙(Rule)을 지키며 농민들과 함께 믿고 의지하여 마오쩌둥이 중화인민공화국을 수립한 것처럼 우리 (주)인실리코젠도 서로 믿고 의지하며 함께 앞으로 나아가는 동행을 강조하셨습니다.
다음 순서로 지금의 (주)인실리코젠이 있기까지 함께 애쓰며 동행하여 온 장기근속자 분들에 대한 표창 시간입니다.
특히나 이번 장기근속자 표창은 11주년 기념 슬로건에 매우 잘 어울리는 특별한 시간이었습니다. 또한 항상 (주)인실리코젠의 발전과 저희들을 위해 수고해주시는 사장님을 위한 감사의 선물 증정과 이렇게 창립기념일 뿐만 아니라 대내외적 행사를 기획 진행 하느라 고생하신 브랜드위원회의 시상식이 있었습니다. 시상식을 하면서 받은 뱃지, 열쇠들이 매우 빛이 나는데요. 이렇게 빛나는 상을 받고 人Co인들의 단체포토타임도 가졌습니다. 이러한 멋진 人Co인들을 본받아, 갓 입사한 저희도 몇 년 후에는 받을 수 있기를 기대하며 빠르게 성장해야겠다는 다짐을 하였습니다. 물론 열심히 노력하여야겠지요?
그 후에는 매년 진행하여 왔던 타임캡슐의 봉인식과 개봉되어 벽에 붙어있는 45개의 포스트잇을 읽어보는 시간을 가졌습니다. 내년 창립기념일까지의 소망하는 점, 반성할 점, 얼마나 성장했는지 적어보고 생각해보았습니다. 작년에 작성된 재미있는 story의 포스트잇들을 몇 개 소개해 주시면서 소소한 즐거움을 느끼고, 또 내년을 위한 바램과 소망을 담아 타임캡슐에 봉인하였습니다. 벌써부터 ㈜인실리코젠이 또 얼마나 성장할지 궁금해지면서 12주년의 창립기념일이 기다려지네요.
1부의 마지막 순서로 특별주문한 축하케익 커팅식이 있었습니다.
최남우 사장님과 함께 하는 케익커팅의 영광스러운 자리는 갓 입사하여 파릇파릇한 수습 인턴(강전모, 장수현)에게 돌아왔습니다. 비록 저희가 (주)인실리코젠의 배에 합류한 시간은 얼마 안되지만 앞으로 함께 나아갈 것을 기대하며 커팅식을 진행하였습니다. 이 후 1부 행사를 마치고 본사 1층에서 단체기념사진 촬영!!!
광교호수공원에 자리잡은 편안한 분위기의 빠담빠담으로 이동하여 2부를 시작하였습니다.
하늘도 (주)인실리코젠의 11살 생일을 축하해 주는 듯, 이동하는 동안 비가 오지 않아 행사의 진행과 이동에 무리가 없었습니다. 파견근무지, 외근, 대전지사 등 먼 곳에서 오시느라 수고하신 분들은 비록 식은 같이 참여하지 못하였지만, 이번 특별이벤트인 창립기념일 영상편지를 떠올리며 웃음꽃, 이야기꽃을 피웠습니다.
처음으로 함께하는 창립기념 행사였지만 이렇게 한 해 한 해 성장해가는 (주)인실리코젠의 모습이 자랑스러웠습니다. 3개월이 빠르게 지나 적응하여 완전한 人Co인으로서 자부심을 느낄 수 있었습니다. 좋은 선배님들과 함께 일한다는 자신감으로 (주)인실리코젠과 동행하며, 성장하여 미래를 함께 하는 人Co인이 되고 싶은 신입사원 장수현, 강전모였습니다.
작성자 : 강전모 인턴, 장수현 인턴
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모두를 위한 웹 만들기 - 웹접근성 평가도구 활용
- Posted at 2015/09/17 16:21
- Filed under 지식관리
Introduction
'웹의 힘은 그것의 보편성에 있다. 장애에 구애없이 모든 사람이 접근할 수 있는 것이 필수적인 요소이다.'
K-WAH 4.0
K-WAH 4.0은 한국형 웹 콘텐츠 접근성 지침 2.0에 따라 웹사이트(웹페이지)가 접근성 지침의 6개 세부지침을 준수하는지를 자동 점검하도록 지원해 주는 소프트웨어입니다.
'웹의 힘은 그것의 보편성에 있다. 장애에 구애없이 모든 사람이 접근할 수 있는 것이 필수적인 요소이다.'
(The power of the Web is in its universality, Access by everyone regardless of disability is an essential aspect.)
팀 버너스 리 경 - 웹의 창시자 (Tim Berners - Lee , W3C Director and inventor of the World Wide Web)
웹 접근성은 2008년 '장애인차별금지 및 권리구제 등에 관한 법률(이하 장애인차별금지법)'이 제정된 이후로 국내에서도 그 법률적 근거가 마련되었고, 2013년에 이르러 민간 기업까지 그 적용 범위가 확대되었습니다. 한국정보화진흥원 웹 접근성 연구소에서 제시하는 웹 접근성 정의는 다음과 같습니다.
- “어떠한 사용자(장애인, 노인 등), 어떠한 기술환경에서도 사용자가 전문적인 능력 없이 웹 사이트에서 제공하는 모든 정보에 접근할 수 있도록 보장하는 것”
위 정의에 따르면 웹 접근성은 특정 대상에 한정되지 않고 모든 사용자를 대상으로 하며 모두를 유익하게 하는데 그 목적이 있습니다.
웹 접근성에 대한 관심과 필요성에 대한 인식이 커지고 있지만 그 정의와 범위가 모호하고 방대해 실무자에게는 아직까지 와 닿지 않거나 어렵게 느껴지는 것이 현실입니다. 이 에 웹 콘텐츠 접근성 지침을 위한 국가 표준으로 KWCAG(Korea Web Content Accessibility Guidelines, 한국형 웹 콘텐츠 접근성 지침) 2.1이 마련되었고 장애인이 비장애인과 동등하게 웹 콘텐츠에 접근할 수 있도록 웹 콘텐츠를 제작하는 지침 및 방법에 관하여 기술하고 있습니다. KWCAG 2.1은 원칙(Principle), 지침(Guideline), 검사항목(Requirement)의 3 단계로 구성되어있고 각 각의 내용은 웹 접근성 제고를 위한 4가지 원칙과 각 원칙을 준수하기 위한 13개 지침 및 해당 지침의 준수 여부를 확인하기 위해 22개의 검사항목으로 구성되어 있습니다.
웹 접근성에 대한 실무적 접근을 돕고자 웹 콘텐츠의 접근성 준수여부를 평가해 볼 수 있는 도구들을 소개하려 합니다.
K-WAH 4.0
K-WAH 4.0은 한국형 웹 콘텐츠 접근성 지침 2.0에 따라 웹사이트(웹페이지)가 접근성 지침의 6개 세부지침을 준수하는지를 자동 점검하도록 지원해 주는 소프트웨어입니다.
다운로드 및 설치
1. 웹접근성 연구소 접속
2. K-WAH 4.0 프로그램 내려받기 
3. 파일을 다운받고 원하는 위치에 압축을 푼 후 파일 실행
4. 사용권계약에 동의하고 경로를 설정한 후 설치
5. 설치를 완료하면 바탕화면에 'K-WAH 4.0 바로가기' 아이콘 생성
진단가능한 검사항목
- 01. 대체텍스트 제공
- 13. 제목제공
- 15. 기본언어 명시
- 16. 사용자 요구에 따른 새창 열기
- 19. 레이블 제공
- 21. 마크업 오류 방지
OpenWAX
Firefox 부가기능으로 제공되고 있는 소프트웨어로 개별 페이지별로 웹 접근성 준수여부를 확인할 수 있습니다.
* 위 이미지는 2015년 당사에서 개발 및 웹접근성 인증마크를 획득한 바 있는 의과학지식센터 웹사이트를 테스트하여 캡쳐한 이미지입니다.
다운로드 및 설치
1. 파이어폭스 부가기능 으로 이동
2. '+Firefox에 추가' 버튼 클릭
3. 소프트웨어 설치 창에 [설치] 버튼 클릭
4. Firefox 다시 시작
5. Firefox 주소창 우측에 사다리모양 아이콘 생성
사용방법
1. OpenWAX 아이콘(사다리모양) 클릭
2. 사이드바에 OpenWAX가 실행되면 [현재 페이지 검사] 버튼 클릭
3. 검사항목별 검사결과 확인
진단가능한 검사항목
- 01. 대체텍스트 제공
- 03. 색에 무관한 콘텐츠 인식
- 05. 텍스트 콘텐츠의 명도 대비
- 12. 건너뛰기 링크
- 13. 제목제공
- 14. 적절한 링크 텍스트
- 15. 기본언어 명시
- 16. 사용자 요구에 따른 새창 열기
- 18. 표의 구성 - 19. 레이블 제공 - 21. 마크업 오류 방지
Colour Contrast Analyser
전경색과 배경색의 명도 대비를 확인할 수 있습니다.
다운로드 및 설치
1. 다운로드
2. 다운로드 받은 압축 파일을 압축 해제하여 압축 해제된 폴더를 적당한 위치로 이동
3. 폴더 내의 Colour_Contrast_Analyser.exe 파일을 실행
작성자 : 데이터사이언스센터 프론트앤드개발자
김근래 주임
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제28회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵
- Posted at 2015/09/14 17:32
- Filed under 교육소식
일정
• 일시 : 2015년 10월 12일(월)~ 10월 14일(수)
• 장소 : KT인재개발원 1연수관 207호
미생물 유전체 분석에 대한 전반적인 이해와 분석 전략 및 실습
(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)
신청방법
• 신청기간 : 2015년 9월 16일(수) ~ 2015년 9월 25일(금)
• 선발인원 : 30명
• 교육대상 :
1) 미생물 유전체 분석에 대한 이해와 분석 방법의 교육이 필요한 연구원 및
대학원생 등
2) 모든 교육 일정에 참석이 가능한 교육생 (3일 일정 필수 참석)
• 선발안내 : 2015년 10월 1일(목) ~ 2015년 10월 2일(금)
• 교육비 : 무료 (중식 무료제공)
• 준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북
• 신청방법
- 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net
• 문의
- ㈜인실리코젠 (
031-278-0061, edu@insilicogen.com)
- 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA
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ISMB / ECCB 2015 학회 참석기
- Posted at 2015/08/31 11:10
- Filed under 생물정보
Introduction
다시 찾은 23회 ISMB, ECCB와 함께하다.
ISCB(International Society for Computational Biology)에서 주최하는 ISMB(The 23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology)가 2015년 7월 11일부터 14일까지 4박 5일 동안 아일랜드 더블린의 Dublin Convention Centre에서 개최됐다. 이번 ISMB는 ECCB(The 14th Annual European Conference on Computational Biology)와 함께 열려 더욱 풍성한 내용을 담은 교류의 장이었다. ISMB와 ECCB는 bioinformatics와 computational biology, genomics, computational structural biology는 물론 system biology를 포함한 공통의 관심사를 갖는 국제학회이기 때문에 2004년부터 매 2년 마다 학회를 함께하고 있다. 2017년에 열릴 ISMB/ECCB는 체코의 수도인 프라하에서 열린다고 하니 국내외 연구자들과 세계적으로 아름다운 도시에서 지식을 나눈다는 것이 기대된다. 이번 ISMB/ECCB2015가 열린 아일랜드의 더블린 또한 역사와 전통이 깊은 도시로 많은 기대를 품고 참석했다.
-
ISMB
-
ISMB convenes an interdisciplinary group of scientists dedicated to the advancement of biological discovery through computation
-
ISMB educates scholars at all stages of their career
-
ISMB showcases state-of-the-art advances in the dynamic fields of computational biology and bioinformatics
-
ISMB is the forum for introducing new directions and for announcing technological breakthroughs
-
-
ISCB
- Leading professional society for computational biology and bioinformatics
- Connecting, Training, Empowering, Worldwide
Motivation
세기의 과학자 진 마이너의 예언 적중
작년(2014년) 미국 보스턴에서 열린 ISMB에서 진 마이너(Eugene Myers, Director and Tschira Chair of Systems biology, Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics)는 "앞으로는 너희가(Bioinformatican) 직접 de novo assembly 할 필요 없는 시대가 올 것이다. 곧 시퀀싱 머신이 이 부분을 수행 할 것" 이라고 선언한 바 있다. 그런데 이와 맞물려 올해(2015년) 초 PacBio의 P6-C4 Chemical 기술발전과 더불어 전 세계적인 인기 상승이 시작됐다. 진 마이너가 PacBio의 개발상황을 알고 있었는지 모르겠지만, 이 선언은 실제로 현재 체감되고 있고 이 부분에 대한 자신의 견해를 Key note에서 공유한 것이다. (물론, de novo assembly 기술이 필요 없다는 것도 아니고 bioinformatican으로써 공부할 필요가 없다는 것도 아니다. 다만, 시퀀싱머신에서 이를 수행할 것이라는 예견일 뿐이다.) 진 마이너의 정확한 안목을 확인하며 개인적으로 엄청난 도전의식을 받았고 국제학회의 중요성을 인식했다. 따라서 이번 ISMB2015에서도 이러한 동향을 확인하는 것에 초점을 맞추고, 최신 분석 pipelines과 tools을 공부해 직접 적용이 가능한 최신의 그 무언가를 얻고자 하는 마음가짐으로 이번 학회에 참석했다.
Attendance
ISMB를 즐기는 방법
5일 동안 진행되는 이번 ISMB/ECCB2015의 일정은 크게 pre-conference(July 10-11, 2015)와 main-conference(July 12-14, 2015) 두 가지로 나뉜다. Pre-conference 기간 동안에는 SIGs(Special Interest Groups) 미팅이 진행되며 이 미팅은 총 9개의 세부 모임으로 구성된다(Table 1). 각각의 모임은 등록기간 내에 신청하고 일정량의 금액을 미리 지불해야한다. 이번 학회의 SIGs 모임은 BioVis와 HiTSeq을 신청해 참가했는데 BioVis에서는 주로 pathway, GO, comparative genomics에 대한 visualization을 다뤘고, HiTSeq 에서는 NGS를 통한 다양한 응용연구분야에 대한 톡이 주를 이뤘다.
Table 1. Contents of Special Interest Groups meeting
대망의 main-conference 기간 동안에는 세션발표와 포스터발표 등 다양한 이벤트가 진행된다. 모든 세션은 KN, TP, OP, WK, SS 4개의 타입과 H, L, P3개의 속성으로 설명된다 (Table 2). KN을 제외한 나머지 세션은 학회 main-conference 기간 중 동시다발적으로 진행된다 (Figure 1).
Table 2. Types and attributions of all sessions
Figure 1. Example of conference schedule
Main-conference 기간 중에는 booth exhibitors를 통해 정보를 얻을 수 있었다. (주)인실리코젠의 국내외 협력업체 중 하나인 QIAGEN Bioinformatics도 이번 ISMB/ECCB2015에 참석해 자리를 빛냈다. QIAGEN은 미국 메사추세스주 비벌리에 위치해 있으며 NGS를 이용한 bioinformatics software tools을 서비스하고 있다. 최근 CLC bio, Ingenuity, BIOBASE 사를 합병해 더욱 다양한 분야의 분석과 우수한 DB를 바탕으로 통합분석의 발판을 마련하고 있는 중이다.
Figure 2. Exhibitors of ISMB/ECCB2015
Figure 3. With Qiagen
또한, 각 세션마다 테마를 설정해 학회 참석자들에게 선택의 편의성을 제공한 점은 작년(2014년)과 다른점이다. 테마는 GENES, DISEASE, PROTEIN, SYSTEMS, DATA, OTHERS로 구성되어 있다.
- DATA : Includes data and text-mining, ontologies, databases and machine learning approaches that do not fit in other categories.
- DISEASE : Includes analysis of mutations, phenotypes, drugs, epidemiology and other clinically relevant areas.
- GENES : Includes work in genes (including non-coding RNA), transcriptomes, genomes and variation.
- PROTEINS : Includes analysis of proteins and their structures and proteomics.
- SYSTEMS : This theme includes higher level systems such as cells, tissues, whole organisms and ecosystems. Includes systems biology, molecular interactions and genetic regulation.
- OTHERS : Research areas that do not fall within the five (5) main thematic areas. The organizers may, at their discretion, move submissions to other thematic areas.
July 12-13 저녁시간에는 저자와 학회 참석자가 함께 자유로운 토론을 할 수 있는 포스터리셉션이 진행됐다. (주)인실리코젠도 non-model species analysis를 주제로 두 편의 포스터와 함께 참가했다. ISMB/ECCB 학회의 특성상 system biology 분야가 주를 이루기 때문에 non-model species analysis에 대한 큰 관심을 기대하지 못했다. 하지만 많은 국외연구자들이 non-model species에 대한 관심을 갖고 있었고 non-well model species의 re-annotation에도 큰 관심을 갖고 있었다. 질의 중 새로운 관점을 느꼈는데 transcriptome analysis에서 de novo assembly와 expression abundance를 계산할 때 샘플링 단계에서 total mRNA를 취할 것이냐, single cell을 취할 것이냐에 대한 것이었다. 최근 분석 트렌드는 single cell에서의 development 등을 확인하는 것인데 그것을 염두한 의견같다. Single cell이 pooling cell을 커버할 수 있을 것인가와 pooling cell에서 missing point가 생기지 않을까에 대해 나눴고, 보고자 하는 연구 목적에 따라 다르다는 결론을 내렸다.
참가 포스터 1-
제목 : An integrated pipeline and monitoring system for de novo genome analysis [F09]
-
저자 : Junhyung Park, SeungJae Noh, Kyuyeol Lee, Yeonkyung Kang, Myunghee Jung
참가 포스터 2
-
제목 : De novo transcriptome assembly and in silico expression PROFILES of Sebastes schlegeli [E41]
- 저자 : Seung Jae Noh, Sathiyamoorthy Subramaniyam, Seungil Yoo, Jehee Lee, Jae-Koo Noh, Bohye Nam
Main-conference 기간 중에는 booth exhibitors를 통해 정보를 얻을 수 있었다. (주)인실리코젠의 국내외 협력업체 중 하나인 QIAGEN Bioinformatics도 이번 ISMB/ECCB2015에 참석해 자리를 빛냈다. QIAGEN은 미국 메사추세스주 비벌리에 위치해 있으며 NGS를 이용한 bioinformatics software tools을 서비스하고 있다. 최근 CLC bio, Ingenuity, BIOBASE 사를 합병해 더욱 다양한 분야의 분석과 우수한 DB를 바탕으로 통합분석의 발판을 마련하고 있는 중이다.
Figure 2. Exhibitors of ISMB/ECCB2015Figure 3. With Qiagen
Trend and methods
ISMB에서는 현재...
최신분석기법 및 도구
현재까지 공개된 scaffolding 도구들과 비교를 했을 때도 mis-assemblies가 적고 contiguity나 NG50길이가 긴 것을 확인 할 수 있다.
위 사진은 E.coil의 700 strains에 대해서 neighborhood around a hypothetical protein을 확인하는 장면이다. Display는 at 21.9 by 6.6 feet and 6144 by 2304 pixcels이다.
각각의 genome은 한 행에 하나씩 배열되며 배열된 모든 genome의 alignment를 통해 comparative genome analysis를 수행한다. 각각 유전체의 특징적 단위가 화살표로 표시되며 breaks, deletions, insertions, gaps 등을 확인 할 수 있다.
Clustal Omega는 최초 guide-trees를 생성하기 위해 mBed (Blackshields, 2010) calculates distance matrix를 채택했다. 이로써 기존에 large (N > 10,000) alignments distance matrix가 갖는 bottleneck을 해결했다. Fabian Sievers(University College Dublin)의 말에 따르면, Clustal 시리즈의 고질적 문제였던 ‘any size'의 alignment가 가능해졌고, 퍼포먼스 또한 크게 좋아졌다.
데이터베이스
데이터의 내용을 보호하면서 사이즈만을 어떻게 줄일 것이냐? 라는 질문에 가장 중요한 단계는 sequence comparison이라 답했다. CD-Hit-2D를 사용해 두 세트의 서열을 비교했으며 90%이상의 sequence identity threshold와 90%이상의 proteome similarity threshold로 서열상 redundancy를 제거했다.
주요 관심사 및 최신동향
Impression
이젠 국내에서도 bioinformatics의 인식이 달라져야 한다.
ISMB에서는 현재...
최신분석기법 및 도구
- LINKS
현재까지 공개된 scaffolding 도구들과 비교를 했을 때도 mis-assemblies가 적고 contiguity나 NG50길이가 긴 것을 확인 할 수 있다.
LINKS는 메모리 효율성이 매우 뛰어나다. 그 이유는 scaffolding algorithm에 있다. long reads를 짧은 k-mer pairs로 추출하고 scaffolding의 대상이 되는 contigs도 k-mer pairs를 추출한다. 각각에서 추출된 k-mer pairs의 서열상동성이 같은 위치정보와 paired-end information을 통해 scaffolding을 수행한다. 또한 iteration 수를 높게 조절함으로써 정확도를 향상할 수 있다는 장점도 존재한다.
- BactoGeNIE
위 사진은 E.coil의 700 strains에 대해서 neighborhood around a hypothetical protein을 확인하는 장면이다. Display는 at 21.9 by 6.6 feet and 6144 by 2304 pixcels이다.
각각의 genome은 한 행에 하나씩 배열되며 배열된 모든 genome의 alignment를 통해 comparative genome analysis를 수행한다. 각각 유전체의 특징적 단위가 화살표로 표시되며 breaks, deletions, insertions, gaps 등을 확인 할 수 있다.
- Clustal Omega
Clustal Omega는 최초 guide-trees를 생성하기 위해 mBed (Blackshields, 2010) calculates distance matrix를 채택했다. 이로써 기존에 large (N > 10,000) alignments distance matrix가 갖는 bottleneck을 해결했다. Fabian Sievers(University College Dublin)의 말에 따르면, Clustal 시리즈의 고질적 문제였던 ‘any size'의 alignment가 가능해졌고, 퍼포먼스 또한 크게 좋아졌다.
데이터베이스
-
UniProt
데이터의 내용을 보호하면서 사이즈만을 어떻게 줄일 것이냐? 라는 질문에 가장 중요한 단계는 sequence comparison이라 답했다. CD-Hit-2D를 사용해 두 세트의 서열을 비교했으며 90%이상의 sequence identity threshold와 90%이상의 proteome similarity threshold로 서열상 redundancy를 제거했다.
매우 많은 entry가 줄어서 데이터베이스의 크기 자체는 줄었지만 훨씬 specific하고 meaningful한 데이터베이스가 탄생했다. 줄어든 데이터베이스는 ordering을 통해 여러 개의 component로 merge되어있다. 현재 UniProt site에 released database는 proteome redundancy removal 버전이다.
- EVA
주요 관심사 및 최신동향
- Single cell RNAseq studies
국내 연구동향 및 시퀀싱 회사의 single cell analysis는 아직 걸음마 단계에 불과하다. Single cell에서 DNA와 RNA를 분리해 시퀀싱하고 그 안에서 일어나는 생물학적 이벤트는 epigenomics 연구는 물론, cell cycle에 따른 cell-to-cell correlations, T cell 연구 등 다양한 분석에 적용이 가능하다.
- GBS
Genotyping By Sequencing (GBS)는 차세대 시퀀싱 기술을 바탕으로 새롭게 개발, 발전하고 있는 NGS 분석법 중에 하나이다. 유전체 전체를 시퀀싱하는 WGS에 비해 저렴한 비용으로 빠르고 쉽게 genome-wide 분석을 가능하게 한 테크닉이다. 제한효소를 처리하여 유전체 서열에서 그 제한효소에 의해 잘리는 영역 주변의 서열만을 시퀀싱하게 된다. 제한효소를 처리한다는 점에서는 RAD-seq과 근본적으로 원리가 같지만 효소절단 후 사이즈 선별을 하지 않는다는 점에서 시퀀싱 라이브러리 제작이 보다 간단한 편이며 GBS 시퀀싱 데이터가 RAD-seq에 비해 low coverage로 얻어진다.
GBS는 아래와 같은 applications이 있다.
- Marker discovery
- Phylogeny/Kinship
- Linkage mapping of QTL in a biparental cross
- Fine mapping QTL (Quantitative trait loci)
- Genomic selection
- GWAS (Genome wide association study)
- NAM-GWAS (Nested association mapping GWAS)
- Improving reference genome assembly
Impression
이젠 국내에서도 bioinformatics의 인식이 달라져야 한다.
작년 ISMB2014에서는 de novo assembly 나 expression analysis, GO, KEGG, COG, pathway 연구와 같은 전반적이고 일반적인 연구가 상당수를 차지했다. 하지만 올해의 ISMB학회는 ECCB와 함께했기 때문인지 그런 비율이 많이 줄었고 좀 더 세분되고 집중적인 연구가 주를 이뤘다. 특히 암과 같은 특정 질병의 원인 판별과 치료법 개발에 초점이 맞춰져 있었다. 세션들의 주제가 GENES, PROTEINS, SYSTEMS, DATA 이외에 DESEASE도 있다는 것은 이를 반증하고 있으며, DESEASE 세션의 개수도 상당하고 그 연구수준도 점진적으로 발전되고 있어 보인다. 특히 연구방법들이 한가지 방향으로 모이지 않고 다양한 시도를 통한 기초연구에 힘쓰는 것에 놀랐다. 이는 한국의 연구풍토와 유럽, 미국의 연구풍토가 많이 다르기 때문으로 생각한다. 언제쯤인지 퇴근길에 읽은 어느 연구자님의 문구에 따르면, 정확한 메커니즘의 이해보다는 응용성을 강조하는 우리나라의 스타일과는 다르게 유럽이나 미국은 정확한 원리를 이해하고 그것을 수학적인 도구를 통해 분석해야 하며 실험의 결과들이 높은 재현성을 나타냄과 더불어 각각의 결과들이 강한 유기성을 가질 때 비로소 올바른 결과로써 인정한다고 한다. "블루오션은 찾아내는 것이 아닌 만드는 것이다.", "소비자는 자신이 무엇을 원하는지 모른다."는 명언들이 말하는 창조적 사고의 연구풍토가 선진국이 될 한국에도 자리 잡을 때가 아닌가 생각한다.
NGS의 도입과 함께 전체를 아우르는 분석이 가능해졌고 새로운 그 무언가를 찾을 기회가 많아졌다. 작년까지는 이런 NGS의 장점과 특성을 살린 연구추세였다면 점차 NGS의 응용범위가 좁은 범위까지 확대되어가는 중이다. Iontorront에 이어 nanopore와 같은 소형 시퀀싱머신의 개발과 보급이 일반화되기 시작했다. 앞으로는 국내의 실험실에도 많은 변화가 있을 것이며, 그 중심은 또 한 번 NGS가 될 것이다. 이젠 국내에서도 bioinformatics의 인식이 달라져야 한다.
작성자 : (주)인실리코젠 Codes사업본부 Research실
유승일 컨설턴트
유승일 컨설턴트
Impression
- Introduction
- Clustal omega
- Uniprot
- EVA
- GBS
- Single cell analysis
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[채용공고] 생물정보(Bio-Informatics) 개발전문인력 및 컨설팅 담당인력을 모십니다.
- Posted at 2015/08/25 14:32
- Filed under 채용공고
㈜인실리코젠은 지난 10년간 생물정보 컨설팅 전문기업으로 한 걸음 한 걸음 발전하고, 새로운 바이오 빅데이터 시대를 열어 나아가고 있으며, 국내 외 연구기관 및 공공기관 등과 협력하여 생물정보 분야의 선두주자로 발돋움 하고 있습니다.
당사의 국립농업과학원 농생명바이오 정보화 사업 수행을 위한 전문 인력 보강을 위해 관련 업무를 담당하실 인재를 모집합니다. 관심있는 분들의 많은 지원 바랍니다.
모집부문 및 자격요건
(우대사항)
1) 운전 가능자 우대
2) 다양한 개발 언어에 대한 경험자 우대(파이썬, 펄 등)
3) 영어 독해에 부담이 없는 자
1. 자바 개발인력(경력) 0명 : 계약직 또는 프리랜서
2. 생물정보 컨설턴트(신입 또는 경력 0명)
- 인턴직(신입) : 인턴 3개월 후 정규직 전환(검증통과자)
- 정규직(경력) : 상호 검증기간 3개월 포함
[전형절차]
1. 1차 서류전형 : 2015.08.25.(화) ~ 09.10.(목)
2. 2차 면접전형 : 1차 서류전형 합격자에 한하여 개별통보
1) 1차 실무자면접 : 2015.09.11. ~ 09.16.
(면접시 포트폴리오 발표(PPT, 5분 이내 / 경력위주 작성 발표)
2) 2차 임원면접 : 2015.09.17. ~ 09.18.(실무자 면접 합격자에 한하여 개별 통보)
3. 건강검진표 제출 : 2차 임원면접 합격자에 한하여 개별 통보
4. 예정입사 시기 : 2015.10.01
[근무환경]
- 4대보험
- 주 5일 근무
- 퇴직연금 및 성과급
- 경조사휴가 및 지원
- 자기계발 지원
- 주차비 지원
- 체력단련 지원
[접수기간 및 방법]
- 마감일 : 2015년 09월 10일(목)
- 이력서양식 : 자사 입사지원서
- 접수방법 : e-메일접수(recruit@insilicogen.com)
[제출서류]
1. 자사 입사지원서 : 파일명 `입사지원서_성명.docx`으로 저장
- 주요 연구 및 수행 결과(입사지원서에 포함하여 작성)
2. 서류전형 합격자는 포트폴리오(PPT) 제출 및 발표(경력위주, 5분 이내)
[기타사항]
1. 기본예의 등 소양이 되어 있는 자(필수)
2. 해외 출장이나 개인 신용에 결격사유가 없는 자
3. 면접전형 : 본사 대회의실(용인 기흥 흥덕IT밸리)
4. 채용절차 진행 중 당사에 부합하는 지원자가 조기 채용 시 본 채용공고는 위 일정과 상관없이 종료될 수 있습니다.
5. 최종합격 후 입사지원서 및 제출서류 내용에 허위사실이 발견될 경우 채용이 취소될 수 있습니다.
6. 최종합격 후 원천징수영수증, 고용보험이력확인서, 경력증명서 제출(경력직)
7. 제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
8. 절차별 합격자는 E-mail을 통해 개별 안내해 드립니다.
9. 연봉 : 회사내규 및 경력에 따른 협의
[문의처]
- ㈜인실리코젠 채용담당자
- E-mail을 통해 문의하여 주시기 바랍니다.(mst@insilicogen.com)
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제27회 KOBIC 차세대 생명정보학 교육 워크샵
- Posted at 2015/08/04 13:01
- Filed under 교육소식
일정
• 일시 : 2015년 8월 17일(월)~ 8월 20일(목)
• 장소 : KT인재개발원 1연수관 207호
목표
Linux와 Python의 기본 이론을 확립하고 실습을 통하여 생물정보 기초 분석
능력 습득
내용
Linux 및 Python 기초와 BioPython
(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)
신청방법
• 신청기간 : 2015년 8월 4일(화) ~ 2015년 8월 7일(금)
• 선발인원 : 30명
• 우선 선발 사항 :
1) 리눅스 사용 경험자 (중급 이상)
• 선발안내 : 2015년 8월 12일(수) ~ 2015년 8월 13일(목)
• 교육비 : 무료 (중식 무료제공)
• 준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북
• 신청방법
- 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net
• 문의
- ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)
- 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA
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㈜인실리코젠 온라인몰 오픈기념 프로모션!
- Posted at 2015/07/20 14:41
- Filed under 회사소식
관련 문의 : marketing@insilicogen.com Tel.031-278-0061
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[이벤트 종료] CLC Main Workbench로 메르스 서열 살펴보고, 아이스크림 먹자!
- Posted at 2015/07/10 09:53
- Filed under 회사소식
응모자가 100명(이메일 응모 포함)이 되어 이벤트가 종료되었음을 알려드립니다.
많은 관심과 참여 감사드리며, 무더운 여름 힘차게 보내시기 바랍니다.
감사합니다.^^
-----------------------------------------------------------------------
이벤트 상세 정보는 아래의 링크를 클릭!
http://edu.insilicogen.com/labboard/post/711/
선착순 100명 한정이오니, 서둘러 참여하세요!
많은 관심과 참여 감사드리며, 무더운 여름 힘차게 보내시기 바랍니다.
감사합니다.^^
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이벤트 상세 정보는 아래의 링크를 클릭!
http://edu.insilicogen.com/labboard/post/711/
선착순 100명 한정이오니, 서둘러 참여하세요!
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후대를 위한 생물정보 유산
- Posted at 2015/06/25 20:02
- Filed under 생물정보
제가 살고 있는 곳 가까이에 두 곳의 유네스코 등재 문화유산이 있습니다. 이 두 곳은 모두 한 사람과 관련이 있는데, 드라마로도
많이 알려진 정조대왕이 그 주인공입니다. 한 곳은 '융릉과 건릉'이고 다른 한 곳은 '화성'입니다. 오늘은 그 중에서 '화성'에
대해서 이야기하고자 합니다.
1975년에 정부에서 화성을 복원을 시작하여 3년만에 원형에 가깝게 복원할 수 있었고, 현대 기술로 복원한 건축물을 유네스코의 세계유산으로 등재할 수 있게된 원천은 의궤라는 치밀한 기록 유산이 있었기 때문이였습니다.
<그림 : 수원화성 화서문 (출처 : 위키피디아)>
다른 조선 시대 성곽과는 달리 화성은 벽돌로 축조를 하고 거중기, 녹로 등 새로운 기계를 이용하여 축성되었습니다. 방어 기능과 상업적 기능을 함께 할 수 있는 구조로 동양 성곽의 백미로 알려져 있습니다(출처: 수원문화재단).
유네스코 문화유산 등재의 숨은 공신
『화성성역의궤(華城城役儀軌)』
매주 주말이면 다양한 문화행사가 있는 화성 행궁을 아이들과 처음 둘러보고 즐거운 시간을 보냈습니다. 집으로 돌아오는 길에 '일제강점기, 한국전쟁 등 격동의 19세기와 20세기를 거치면서 어떻게 화성이 온전히 보존되어 세계적으로 인정 받는 인류 유적으로 남아 있을 수 있었을까?' 라는 생각이 들었습니다.
유네스코 공식 홈페이지에서 그 사정을 조금 알 수 있었습니다.수원 화성 축성과 함께 부속 시설물로 화성행궁, 중포사, 내포사, 사직단 등 많은 시설을 건립하였으나 전란으로 소멸되고 현재 화성행궁의 일부인 낙남헌만 남아 있다. 수원 화성은 축조 이후 일제강점기를 지나 한국전쟁을 겪으면서 성곽의 일부가 파손되어 없어졌으나 1975년~1979년까지 축성 직후 발간된 『화성성역의궤』에 의거해 대부분 축성 당시 모습대로 보수, 복원되어 현재에 이르고 있다.
… 중략 …
축성 후 1801년에 발간된 『화성성역의궤』에는 축성 계획, 제도, 법식뿐 아니라 동원된 인력의 인적사항, 재료의 출처 및 용도, 예산 및 임금 계산, 시공 기계, 재료 가공법, 공사일지 등이 상세히 기록되어 있다. 이 책은 화성이 성곽 축성 등 건축사에 큰 발자취를 남기고 있음을 증명하고 있으며 동시에 기록으로서 역사적 가치가 크다.
출처 : 유네스코와 유산 <http://heritage.unesco.or.kr/whs/hwaseong-fortress/>
… 중략 …
축성 후 1801년에 발간된 『화성성역의궤』에는 축성 계획, 제도, 법식뿐 아니라 동원된 인력의 인적사항, 재료의 출처 및 용도, 예산 및 임금 계산, 시공 기계, 재료 가공법, 공사일지 등이 상세히 기록되어 있다. 이 책은 화성이 성곽 축성 등 건축사에 큰 발자취를 남기고 있음을 증명하고 있으며 동시에 기록으로서 역사적 가치가 크다.
출처 : 유네스코와 유산 <http://heritage.unesco.or.kr/whs/hwaseong-fortress/>
조선 시대에는 큰 행사를 치르고 나면, 의궤청이라는 임시기관을 세우고 그 곳에서 행사에 대한 소상한 전말을 보고서로 작성하도록 하였습니다. 『화성성역의궤』는 그 의궤중의 하나로, 정조가 화성의 성곽을 축조한 뒤에 그 공사에 관한 일체의 내용을 기록한 것입니다. 이 의궤들도 2007년에 세계기록유산으로 유네스코에 등재되었습니다(유네스코와 유산).
특히,『화성성역의궤』는 다른 의궤 보다 분량이 많다고 합니다. 화성을 축조하기 전부터 제대로된 의궤를 작성하기 위해서 사전조사 자료 및 모든 송수신 공문 들도 모두 정리되어있고, 상세한 도면까지 정리되어 있다고 합니다.『화성성역의궤』를 보면 그 내용이 매우 상세하고 치밀하다. 그 안에는 화성을 축조하는 과정이 그대로 묘사되어 있어 화성이 어떻게 축조되었는지의 과정을 모두 알 수 있다. 또한 화성이 소실된다고 할 지라도 복원할 수 있을 정도로 정밀하게 묘사하고 있다.
출처 : 이영학 <18세기『화성성역의궤(華城城役儀軌)』에 나타난 조선의 사회상>
출처 : 이영학 <18세기『화성성역의궤(華城城役儀軌)』에 나타난 조선의 사회상>
1975년에 정부에서 화성을 복원을 시작하여 3년만에 원형에 가깝게 복원할 수 있었고, 현대 기술로 복원한 건축물을 유네스코의 세계유산으로 등재할 수 있게된 원천은 의궤라는 치밀한 기록 유산이 있었기 때문이였습니다.
<그림 : 『화성성역의궤(華城城役儀軌)』의 수원 화성 (출처 : 第8期 實錄學校 : 正祖實錄)>
<그림 : 현대의 수원 화성 (출처 : 화성안내도)>
우리시대의 생명자원의 기록과 전승
이 시대를 살고 있는 우리 생명과학도들에게도 많은 시사점이 있습니다. 기후 변화와 인류의 무분별한 개발이 매일 270종의 생물을 지구상에서 사라지게 하고 있다고 합니다. 이 추세로 온난화가 지속되면 100년 뒤에는 한반도는 난림대로 바뀌게 되고, 소나무나 금강초롱 등은 더 이상 자연상태에서 볼 수 없게 된다고 합니다. 그리고, 현대 의학의 난제들과 왜 인류가 질병에 걸리는 가라는 근본적인 질문도 진화의학(위키피디아)이라는 방법으로 해결하는 노력이 나타나고 있습니다. 이런 이야기들은 공통적으로 지금 이 시대의 생명자원에 대한 충실한 정보를 후세대에 전승해야, 우리세대는 풀 수 없는 문제라 할지라도 후세대에게 해결할 수 있는 기회가 됩니다.
배경에서 생명과학계에서 중요한 일이 무엇일까? 당면 문제를 해결하기 위한 맞춤의료, 분자육종, 첨단진단기기 등 각 연구 주제와 더불어 동시에 현 시대의 생물정보의 수집, 보전, 공유를 통한 자산화 기반을 마련하는 것 또한 중요합니다(이런 연구 주제는 좋은 논문을 내기 어려워 기피하는 분야이다). 수 백년전의 시간을 거슬러 복원할 수 있었던 의궤의 기록 만큼 충실한 생물정보 원천자료의 기록이라는 비전이 있습니다.
제가 근무하고 있는 (주)인실리코젠에서 이런 일들을 시작할 수 있었고, 나름 지속적인 사업이 되고 있습니다. 아래는 저희 회사에서 개발하여 납품하고 유지관리를 지원하고 있는 주요한 생물정보자원 시스템입니다.<그림 : 다부처유전체사업과 생물정보자원>
각 시스템 마다 다양한 현안과 정부 전산시스템 개발의 형식에 얽혀 생각대로 만든다는 것이 아주 어렵지만, "의궤"만큼 충실한 정보를 만들어 보겠다는 다짐으로 개발하고 있습니다. 국립농업과학원의 농생명바이오정보시스템(http://nabic.rda.go.kr/)은 농업과 축산 분야의 산학연 연구자들로부터 NGS와 유전체 데이터를 등록 받고 분양하는 절차를 갖추었습니다. 거기에 80코어 2테라 메모리의 고속컴퓨팅 환경과 연계된 분석 기능을 제공하여, 여러 유관 기관에서 견학하고 참조하고 있는 시스템입니다. 이 시스템을 구상하고 개발하는 과정을 함께했던 연구사가 대한민국공무원상(농촌진흥청 블로그)을 받았을 때는 개발진 모두가 자신들의 일처럼 뿌듯했던 기억도 있습니다. 의과학지식센터의 임상/오믹스데이터아카이브(http://coda.nih.go.kr/)는 NGS나 오믹스 데이터를 임상 정보와 충실하게 엮어서 기록하고 공유하는 것을 목표로 개발되고 있습니다. 다양한 임상 연구와 오믹스 기술 기반의 질병 연구에서 사용된 시료, 실험, 해석 정보를 연계하는 것과 일반 연구자들의 편의성을 동시에 만족시키는 것이 매우 어려워 다양한 도전을 하고 있는 프로젝트입니다(시범운영중).
여러 시스템을 개발하면서 항상 느끼는 것은 우리가 만든 시스템이 후세대에 활용될 정보를 보존한다는 그 무게감입니다. 100년 뒤에도 활용할 수 있는 생물정보로 보존하기 위해서 무엇이 필요할까? 생명과학의 실험 현장에서는 항상 새로운 기술을 적용하고자 하기 때문에, 그 데이터를 형식화/규격화 시키는 시스템 개발도 매번 새로운 것과 예전 것을 통합해야하는 어려움을 겪습니다. 다양한 유형의 생명자원을 정보화하면서 느꼈던 현장 경험을 요약하면 다음과 같습니다.
- 원천자료 : 인위적으로 첨삭된 정보가 아닌, 분석기기에서 생성된 원천자료가 중요하다 (예, 염기서열: ab1, fastq 등).
- 실물자원과의 연결정보 : 생명자원을 기탁해 두었거나 은행에 보존되어 있는 경우, 그 정보를 꼭 연계해야 한다.
- 메타정보의 충실도 : 원천자료를 생성하는 과정을 설명하는 메타정보가 충실해야 한다. 실험 모델, 플랫폼, 참조정보 등을 명확히 정리해야 후세에도 재활용 할 수 있다.
- 온톨로지 : 표준화가 되면 좋겠지만, 빠르게 변화하는 기술에 맞추다 보면 표준화는 쉬운 주제가 아니다. 따라서, 적어도 메타정보를 설명하고 데이터간의 상호 관계를 규정하는 용어집은 필수이다.
실제 정보를 제공하는 어플리케이션 기능을 고려하면 더 많은 고민이 필요하겠지만, 정보라는 무형의 자산을 지속적으로 활용하는데 필요한 최소의 요소라고 생각합니다.
에필로그
작성자 : 데이터사이언스센터장 강병철
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