2016년 3월, 전세계의 이목이 우리나라에서 벌어지는 두 바둑기사의 특별한 대국에 쏠려 있습니다. 3월 9일부터 하루이틀 간격으로 5차례 진행되는 이번 대국이 특별한 이유는 이것이 세계 최고의 바둑기사인 이세돌 9단과, 바둑 좀 둘 줄 안다고 알려진 서양의 인공지능 바둑기사간의 대결이기 때문입니다. 바둑 좀 둔다는 이 인공지능 기사는 각종 미래기술 연구에 엄청난 투자를 하고 있는 구글의 대표적인 인공지능 시스템 '알파고'로, 얼마전 유럽의 바둑 챔피언을 꺾고 한껏 기세가 등등한 상태입니다. 1997년 체스판에서 세계 챔피언에 승리를 거둔 ‘딥블루’로부터 시작된 인공지능의 도전은, 2011년 퀴즈쇼 ‘제퍼디’에서 승리를 차지한 ‘왓슨’을 거쳐 이제는 바둑이라는 성역에까지 진출한 알파고로 이어지고 있습니다. 그동안 바둑이 인공지능 분야에서 성역으로 불리었던 이유는 바둑에서 가능한 경우의 수가 엄청나게 많기 때문에 현대의 컴퓨터 기술로는 바둑에서 승리하기 위해 두어야 할 수를 도저히 찾아낼 수 없으리라 여겼기 때문입니다.

그런데 3월 9일에 벌어진 역사적인 첫 대결에서 많은 이들의 예상(혹은 기대)을 깨고 알파고가 불계승으로 승리하는 이변이 일어났습니다. 그리고 다음날 이어진 두번째 대국의 결과는 첫 대결의 충격이 채 가라앉지도 않았던 많은 사람들을 경악하게 만들기에 충분했습니다. 결과는 알파고의 연승. 첫 대결은 경기가 주는 압박감으로 인한 이세돌 9단의 심리적인 긴장과 이로 인한 몇 번의 실수에 의한 패배라고 볼 수 있는 여지가 있었지만 그 다음의 대결이 사람들을 경악케했던 것은 특별한 실수를 하지도 않았고 전체적으로 자신의 경기흐름대로 잘 이끌어가는 것처럼 보였던 이세돌 9단이 중후반부 열세에 몰리며 명백한 패배를 하고 말았기 때문입니다. 많은 사람들은 대등함을 넘어 판을 압도하는 수준의 경기력을 보여준 알파고를 보며 놀라움과 두려움이라는 매우 묘한 감정에 휩싸였습니다.

인공지능이 발전할수록 세상은 분명 더 편리해질텐데 우리는 왜 두려움이라는 감정을 함께 느끼게 되는 걸까요?

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웹으로 계통수(Phylogenetic Tree) 그리기
쉽게 따라 하는 계통수 웹 구현

이번 블로그에서는 생물정보에서 자주 쓰이는 계통수를 웹으로 그리는 법에 대해 포스팅 하겠습니다.

계통수(系 統樹, phylogenetic tree)란 생물 진화의 결과, 여러 종이나 아종 등 분류군 사이에서 나타나는 표현 혹은 유전적 특징의 차이를 기반으로 친연 관계를 그림으로 나타낸 것으로, 이를 통해 생물의 진화 과정을 나무의 줄기(root)와 가지(node)의 관계로 도식화하여 표나 그림으로 표현하여 보는 사람에게 직관적으로 그 의미를 알 수 있게 합니다. 계통수의 알고리즘과 분석방법등 더 자세한 내용은 생물정보 분야 관련 wiki인 人CoDom에서의 찾아볼 수 있습니다.( http://www.incodom.kr/계통수 )

계통수를 그릴 때 보통은 파이썬(Python)이나 펄(Perl)을 이용하여 정적인 이미지로 표현합니다. 하지만 본격적인 어플리케이션을 만들려면 웹 환경에 더 최적화된 방법이 필요한데 생각보다 간단한 문제는 아닙니다. 그래서 이번에 "최대한 쉽게, 웹 표준에 맞추어, 웹 기술만으로" 구현 하는 것에 초점을 맞춰 일반적인 웹으로 계통수 구현이 어디까지 가능한지 알아보도록 하겠습니다.

<그림1: 계통수[phylogenetic tree,系統樹] (출처:계통수)>

우선 보통은 계통수를 어떻게 그리는지 찾아보았습니다. 아래 목록 <그림2>과 같이 다양한 소프트웨어들이 사용되고 있었습니다. 이중에서 웹(Web) 용이고 Open Source 이면서 특정 기술에 의존적이지 않은, 웹 표준에 근접한 컴포넌트로 범위를 좁히고 <그림3>, 그중 적절한 한개를 실습을 위해 선정했습니다. <그림4>

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순천향대학교 상민규

생물정보라는 것을 처음 접하게 된 계기는 학부생 때 전공수업인 생물정보학 수업을 통해서였습니다. 익히 알고 있던 실험을 통한 연구가 아닌 Bio와 Informatics라는 융합 학문이라는 것에서 흥미를 느끼고 관련 실험실인 생물정보학 실험실에 들어가 공부하게 되었습니다. 그렇게 공부를 하면서도, 생물정보학이 다른 분야에선 어떻게 이용되는지 모르고 정보를 분석하고 생산해내는 기술들에 대해선 자세히 몰랐습니다. 이러한 것들과 생물정보 기업에 대해 알아보고 경험해보고 싶어 알아보던 와중에 지도교수님께서 ㈜인실리코젠이라는 기업을 추천해주셨고, 이를 계기로 人Co INTERNSHIP 프로그램을 지원하게 되었습니다.
인턴십을 진행하는 동안 Planning팀, Consulting팀, 경영지원실 등의 많은 조직의 업무를 경험해 볼 수 있는 기회가 주어졌습니다. 여러 실무 경험을 쌓을 수 있는 좋은 기회가 되었고, 또한 생각지도 못한 여러 생물정보 분석 프로그램과 Linux, Python 등의 교육을 통해 자신의 능력을 향상시킬 수 있는 계기가 되었습니다. 처음 인턴십을 시작하면서부터 가장 크게 세운 목표가 linux에 대해 배우고 인턴이 끝날 때는 보다 능숙하게 다룰 수 있게 되는 것이었는데, 이번 프로그램을 통해 생물정보 분석 과정과 그 원리 등을 배울 수 있어 알찬 시간이었습니다. 이런 여러 실무 경험과 기본적인 교육, 그리고 분석을 할 수 있는 여러 프로그램 교육들이 앞으로 제가 나아갈 방향을 설정하고, 또 살아가는데 있어 많은 도움이 될 수 있다고 생각합니다.
무엇인가를 완전하게 배우고 몸에 익히기에는 짧은 시간이었지만, 여러 사람들을 만나고 사회 경험을 쌓으며, 저의 능력을 약간이나마 증진시킬 수 있는 소중한 시간이었습니다. 인턴십 기간 동안에 많은 도움을 주신 ㈜인실리코젠의 많은 선배님들과 이런 좋은 기회를 알려주신 지도교수님이신 이용석 교수님, 그리고 인턴십 기회를 주신 최남우 대표이사님께 깊은 감사를 드립니다.

순천향대학교 박종성

인턴십을 하기 전 홈페이지를 처음 접했을 때, 회사 소개에서 '人Co의 핵심가치는 사람을 중심(Core)으로, 사람과 컴퓨터(Computer)에 의해, 배려(Consideration)와 소통(Communication)을 통한 새로운 문화를 창조하는 것이다'라는 문구를 보고, 제가 평소에 추구하고 이상(理想)으로 생각하던, 인간중심의 회사라는 사실에 깊은 감동을 받았었습니다. 이러한 설레는 마음과 배움의 열망을 가지고 ㈜인실리코젠의 人Co INTERNSHIP 프로그램을 시작하게 되었습니다.

먼저 Wiki에 대해 처음 접해보았는데 이것은 제게 하루를 반성하고, 내일을 준비하는, 시간관리와 자기관리를 할 수 있는 기틀을 만들어 주었습니다. 처음에 인상 깊었던 것은 생물정보학 회사임에도 디자인 팀이 있는 것이었습니다. 그 이유가 회사 내부의 문화와 회사가 나아갈 방향을 알아야 그것이 디자인으로 표현되고, 회사의 상황에 따라서 즉각적인 반응을 할 수 있기 때문이라고 하셨습니다. 이것은 제 고정관념을 깨는 큰 가르침이 되었습니다. 또 '독서 경영'과 '집단 지성'을 중심으로 하는 人CoDOM 또한 굉장히 인상 깊고, 좋은 제도라는 생각이 들었습니다. Planning팀에서는, '이러한 기획이라는 일이 있어야, 지금까지 우리나라가 선진국들을 따라하고, 추격하면서 성장을 이루었던 것에서 벗어나서 진정으로 우리가 리드해 나가는 세상을 만들 수 있겠다'라는 생각을 할 수 있었고, Consulting팀에서는 Pathway Studio의 기본 사용자 메뉴얼을 제작하면서 기본적인 지식을 익히고, 이론 뿐만 아니라 샘플들을 분석해 실습도 같이 해볼 수 있어서 생물정보 분석에 관련하여 공부할 수 있는 좋은 기회였습니다. 또 인턴십 기간 중에 약 2주 동안에 걸쳐 DS 그룹에서 리눅스/파이썬 교육을 받고 실습을 해보면서, 분석에 기본이 되는 컴퓨터 언어들에 관하여 익히고, 활용 능력을 키울 수 있었습니다. 생물정보학을 접해볼 기회가 남들보다 많지 않았었기 때문에, 바로 이해하고 응용하는 것은 어려웠지만, 제가 스스로 공부하고 조금씩 응용하는 것을 익히며 큰 성취감을 느낄 수 있었습니다.
㈜인실리코젠이라는 기업을 겪어보면서, 사람중심의 기업운영, 人CoDOM, Descign 팀 등 정말 까도 까도 계속 벗겨지는 양파 같은 회사라는 생각이 들었습니다. 어쩌면 단순히 경력을 쌓기 위해서, 혹은 경험해보기 위해서 지원했던 이 인턴십은 새로운 분야를 경험하고 제 자신의 장점과 단점 및 새로운 가능성에 대해 확인할 수 있는 좋은 기회였습니다. 아직은 많이 부족하고 당장 남들보다 뛰어나기는 어렵겠지만, 남들보다 한 발 먼저 앞서 시작했다는 것은 분명한 것 같습니다. 항상 존중과 배려를 바탕으로 따뜻한 마음으로 대해주시고, 제게 방향을 제시해 주신 최남우 대표이사님을 비롯한 ㈜인실리코젠의 모든 人Co분들께 다시 한번 감사의 말씀을 드립니다.

부산대학교 박기림

㈜인실리코젠을 처음 알게 된 것은 2014년이었습니다. 당시에 학부 졸업을 앞두고 있던 저는 졸업논문을 작성하는데 있어 ‘CLC Main Workbench’ 라는 tool 을 접하게 되면서 생물정보학이라는 분야를 처음으로 알게 되었고 관심을 가지게 되었습니다. 2015년 대학원에 진학한 이 후 유전체 정보를 기반으로 한 원예작물 육종을 위한 분자마커 개발을 하게 되었습니다. 현재 연구하고 있는 주제는 다양한 수박 품종들의 전장유전체 재분석을 통하여 품종간 염기서열변이를 탐색하고 유전자 변이와 형질간 연관분석을 수행함으로 실제 분자마커 이용선발 육종에 필요한 정보를 얻는 것입니다. 연구를 진행함에 있어서 생물정보학의 기초부터 유전체 정보의 분석에 대하여 좀 더 자세히 공부하고 싶다는 생각이 들었습니다. 그 때 지도교수님의 추천으로 人Co INTERNSHIP 프로그램을 접하게 되었고 지원하여 좋은 기회로 약 4주간의 인턴 생활을 할 수 있게 되었습니다. 집이 부산이었기 때문에 한 달 간 회사 근처에서 방을 얻어 생활하게 되었습니다. 첫 출근날 많이 긴장했었는데 대표님께서 좋은 말씀을 많이 해주시고 선배들도 인사를 할 때 웃으면서 받아주시고 챙겨주셔서 감사했습니다. 1 주차에는 회사 생활에 대한 전반적인 교육을 들었습니다. 회사 소개와 사회 생활 등 다양하면서도 기본적인 교육을 듣게 되었습니다. 또한 생물정보 기초교육을 통하여 Linux와 python을 접할 수 있게 되었습니다. 2주차에는 전 주에 배웠던 기본 내용들을 바탕으로 하여 실제 생물정보학 문제를 풀어보는 시간을 가졌습니다. 기본 개념이 부족하다보니 다른 분들처럼 능숙하게 풀지는 못했지만 문제를 제 힘으로 풀었을 때 뿌듯함은 매우 컸습니다. 또한 CLC Genomics Workbench의 튜토리얼을 작성하며 Denovo assembly와 Re-sequencing 등 실제 데이터 분석을 배워볼 수 있었습니다. 첫 주에 미리 말씀을 해주셨던 자기소개발표 시간이 있었는데 많은 사람들 앞에서 제 소개를 하는 것이 익숙치 않아서 긴장을 많이 했었습니다. 발표 내용 중에 저의 장점과 단점을 정리하여 발표하였는데 간단한 슬라이드였지만 그 내용을 채우기 위해서 많이 생각을 할 시간을 가졌던 것 같습니다. 3주차에는 CLC 솔루션 교육을 참관할 수 있는 좋은 기회를 주셔서 튜토리얼 작성때 잘 풀리지 않았던 부분들을 직접 해보고 배울 수 있었습니다. 마지막 주에는 마무리를 할 수 있는 시간을 가졌습니다. 4주간의 人Co INTERNSHIP 과정을 통하여 한 모든 경험들이 제가 앞으로 나아갈 방향에 있어서 큰 도움이 될 것이라고 생각합니다. ㈜인실리코젠, 그리고 대표님을 비롯한 모든 직원 분들과의 좋은 인연에 감사드립니다.

상명대학교 남대근

인실리코젠과의 同行

저에게 인실리코젠이 처음 다가왔을 때는 15년도 말에 졸업하신 선배님들의 특강에서였습니다. 졸업을 하시고 사회로 나가는 첫 걸음인 첫 직장에 대한 두려움과 설렘을 사람이 중심인 기업, ‘Personalized Bioinformatics'라는 기치를 중시하는 기업인 인실리코젠을 통해 만족할 수 있었다는 말은 저에게 인실리코젠에 대한 궁금증과 알고자 하는 열망을 심어 주었습니다. 이렇게 인실리코젠은 저에게 다가왔고 저는 인실리코젠과 함께 하고 싶어 人Co INTERNSHIP 2016 동계 프로그램에 지원해 약 한 달 동안 인실리코젠과 동행할 수 있는 기회를 얻었습니다.
첫 주에는 회사소개와 인턴십 프로그램의 설명을 통해 좀 더 인실리코젠을 이해할 수 있었으며, 회사생활에 필요한 다양하고도 기초적인 교육을 받을 수 있는 시간을 가졌습니다. 뿐만 아니라 생물정보를 담고 있는 다양한 데이터를 다루기 위한 Linux와 Python을 교육받을 수 있었는데 이를 통해 저는 앞으로 나아갈 제 삶에 밝은 등불을 얻을 수 있었습니다.
둘째 주에 접어들었을 때는 지난 일주일간 받은 다양한 교육들을 활용할 수 있는 시간을 가졌습니다. Wiki를 활용하여 생물정보 분야의 집단 지성 창출을 목적으로 운영되는 지식 커뮤니티인 人CoDOM에 글을 올렸으며, Linux와 Python을 기초로 좀 더 심화된 생물정보관련 Rosalind 문제들을 풀고, CLC Genomics Workbench를 활용하여 De novo assembly와 BLAST 학습하며 데이터를 다루기 위한 능력을 높일 수 있었습니다.
삼주차 때는 지금까지 갈고 닦았던 프로그래밍 스킬을 통해 NGS 데이터들을 파싱하고 분석하는 시간을 가졌습니다. 다양한 NGS 데이터들의 format들을 다루어 정보를 밝히는 시간은 알지 못했던 방법을 익힐 수 있는 유익한 시간이었습니다.
마지막 주차는 마무리하는 시간을 가졌는데 그동안 학습하였던 것들을 정리하고 다잡을 수 있는 시간이었습니다.
인턴십 프로그램을 처음 접해보았지만 이렇게 알차게 시간을 보낼 수 있다는 것에 정말 감사하다고 생각합니다. 다양한 방법으로 Linux와 Python을 활용하여 데이터들을 다루고 이를 통해 정보를 밝히고자 하는 작업이 저에게는 처음해보는 일이었지만 앞으로 무엇이 필요하고 현재 무엇이 부족한지를 알 수 있었으며 사회 선배들과의 만남을 통해 그분들의 경험과 노하우를 알 수 있었습니다. 마지막으로 인실리코젠과의 동행을 함께 해준 모든 분들께 감사드립니다.

상명대학교 임수정

생물정보학이라는 컴퓨터와 생물학이 합쳐진 학문을 처음 접하고 나서 공부를 하다보니 더 배워보고 싶고 흥미도 생겨서 워크숍도 참석해보고 학교에서 공부도 열심히 하던 중 (주)인실리코젠이란 회사에 대해 처음 접했습니다. 정말 좋은 회사인것 같고, 가고 싶은 마음에 지원서도 써서 내보고 면접도 봐서 3:1의 경쟁률에서 뽑혔습니다. 출근하라는 메일을 받고 얼마나 기뻤는지 아직도 기억이 생생합니다. 첫 출근때 사회생활도 처음이고 학교에서만 지내다가 회사로 나오니까 뭘해야할지 몰라서 어리둥절했던 기억이 납니다.

집이 인천이었음에도 4주동안 한번도 지각을 한 적 없고 저 나름대로 부지런하게 지낸것같아 기분도 좋습니다. 회사를 4주간 다니면서 많은 업무를 하고 교육도 받았습니다. 공통교육을 통해 사회생활 예절과 기본적이지만 많은 도움이 되는 것을 배웠고 정말 만족스럽고 좋았던 교육이었습니다. 데이터분석에 쓰이는 CLC Genomics Workbench 실습 및 번역, 人CoDOM 작성 및 Linux, Python 등 전반적인 생물정보학 교육을 들었습니다. 또 회사선배님들과도 많은 이야기도 나눠보고 고민상담도 몇번 했었는데 정말 좋으신 말씀 많이 해주셨고 人Co의 가장 중요한 '사람관계'도 많이 배웠습니다.
길면 길고 짧으면 짧은 4주간의 인턴십을 통해 정말 많은 것을 배웠습니다. 생물정보학에 대한 기초와 심화된 내용, 회사에선 어떤 일을 하는지, 생물정보가 어떻게 이용되는지 등 많은 실무경험을 듣고 경험해보았고, 특히 사회생활에 대해 많이 배웠습니다. 4주 동안 제 자신의 부족한 점도 많이 찾게되었고 몰랐던 제 모습도 볼 수 있었고, 인턴분들과 같이 공부도 하고 일도 하고 재미있게 이야기도 많이 나누면서 더 친해진것 같아 사람관계의 중요성도 다시 한번 느끼게 되었습니다. 제 인생에 있어서 인턴십은 절대 잊지못할 추억이자 정말 좋은 경험으로 남을것 같습니다. 이러한 계기로 사회로 나가는 첫 걸음이 헛되지 않게 앞으로도 열심히 공부도 하며 노력할 것입니다.
마지막으로, 바쁘시지만 항상 웃으면서 대해주신 (주)인실리코젠의 최남우 대표님을 비롯한 모든분들께 감사의 말씀 전합니다. 人Co INTERNSHIP이란 프로그램을 통해 정말 많은 것을 배우고 경험하게 해주셔서 감사합니다.

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일정

• 일시 : 2016년 2월 22일(월)~ 2월 24일(수)

• 장소 : KT인재개발원 1연수관 207호

내용

미생물 유전체 분석에 대한 전반적인 이해와 분석 전략 및 실습

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)

신청방법

• 신청기간 : 2016년 2월 3일(수) ~ 2016년 2월 5일(금)

• 선발인원 : 30명

• 교육대상 :

  1) 미생물 유전체 분석에 대한 이해와 분석 방법의 교육이 필요한 연구원 및

     대학원생 등

  2) 모든 교육 일정에 참석이 가능한 교육생 (3일 일정 필수 참석)

• 선발안내 : 2016년 2월 11일(목) ~ 2016년 2월 12일(금)

• 교육비 : 무료 (중식 무료제공)

• 준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

• 신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net

• 문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA

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㈜인실리코젠은 지난 10년간 생물정보 전문기업으로 한 걸음 한 걸음 성장해 왔으며, 새로운 바이오 빅데이터 시대를 향해 한걸음 더 나아가고 있습니다. 또한 국내·외 다양한 기관들과 협력하여 생물정보 분야의 선두주자로써 위치를 굳건히 하고 있습니다.
당사의 사업 확장에 따른 전문 인력 보강을 위해 관련 업무를 담당하실 인재를 모집하오니, 관심있는 분들의 많은 지원 바랍니다.

[상세모집요강]
※ 병역특례 대상자 지원 가능(당사 전문연구요원 병역특례 지정업체임)
※ 운전가능자(컨설턴트, 마케팅 부문) 필수
※ 공통우대사항 : 영어회화 및 작문/독해 능통자 우대

[전형절차]

※ 위 일정은 구인 진행상황에 따라 변경될 수 있습니다.

[채용형태]
- 경력 : 정규직 0명
- 신입 : 인턴직 0명(인턴 3개월 후 정규직 전환(검증통과자))

[근무환경]
- 4대보험
- 주 5일 근무
- 퇴직연금 및 성과급
- 야근 시 석식 제공
- 경조사휴가 및 지원
- 자기개발 지원
- 주차비 지원
- 체력단련 지원
- 장기근속자에 대한 충전휴가 및 유연근무제

[접수기간 및 방법]
- 마감일 : 2016년 2월 5일(금)
- 이력서양식 : 자사 입사지원서
- 접수방법 : e-메일접수(recruit@insilicogen.com)

[제출서류]
1. 자사 입사지원서 : 파일명 `입사지원서_성명_지원분야.docx`으로 저장
2. 서류전형 합격자는 포트폴리오(PPT) 제출 및 발표(자기소개 및 경력위주, 5분 이내)

[기타사항]
1. 기본예의 등 소양이 되어 있는 자(필수)
2. 해외 출장이나 개인 신용에 결격사유가 없는 자
3. 채용절차 진행 중 당사에 부합하는 지원자가 조기 채용 시 본 채용공고는 위 일정과 상관없이 종료될 수 있습니다.
4. 최종합격 후 입사지원서 및 제출서류 내용에 허위사실이 발견될 경우 채용이 취소될 수 있습니다.
5. 최종합격 후 원천징수영수증, 고용보험이력확인서, 경력증명서 제출(경력직)
6. 제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
7. 절차별 합격자는 E-mail을 통해 개별 안내해 드립니다.
8. 연봉 : 회사내규 및 경력에 따른 협의

[문의처]
- ㈜인실리코젠 채용담당자
- E-mail을 통해 문의하여 주시기 바랍니다.(mst@insilicogen.com)

 

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Jupyter는 웹환경에서 실행코드와 문서를 함께 작성하면서 실행 결과 및 가시화 결과 (차트 등)을 확인할 수 있는 웹 어플리케이션 프로그래밍 도구입니다. 동작하는 코드와 그 결과를 문서와 함께 직접 만들고, 또 변경하며 관리할 수 있다는 장점때문에 데이터 분석 실무에 폭넓게 사용되고 있습니다. 당사 R&D Center와 컨설팅팀에서도 일부 생물정보 분석을 Jupyter Notebook으로 수행하고, 그 결과를 고객에게 제공하고, 직접 시연하면서 좋은 반응을 얻고 있습니다.

pandas는 효과적인 데이터분석을 지원하는 python 모듈입니다. R에서 자주 사용되는 DataFrame, 즉 엑셀 쉬트 같은 2차원 테이블 데이터를 파이썬에서도 좀더 파이썬스럽게 사용할 수 있습니다. 이전에는 데이터 분석한다 하면, R로만 해야하는 경우가 많았었는데, pandas가 등장한 뒤로, 파이썬에서도 손쉽게 DataFrame 데이터를 다루고, 프로그래밍할 수 있게 되었습니다. 데이터 분석분야에 R이 더 좋으냐, Python이 더 좋으냐 논란이 있기도 했습니다. (R vs Python for Data Science: The Winner is …) 각각 장단점이 있습니다만, 객체지향적이고, 성능 더 좋고, 응용프로그램을 만들기 좋다는 점 때문에 점점 Python을 활용한 데이터 분석이 점점 더 부각되고 있습니다. 특히, Jupyter 환경에서 pandas로 데이터 분석하고, 동작코드를 잘 문서화해두면, 기존의 어떤 데이터 분석 환경보다 더 나은 생산성을 기대할 수 있습니다.

본 블로그 포스팅을 통해, Jupyter와 pandas의 데이터 분석 사례를 쉬운 예제와 함께 소개해보고자 합니다. (Python, Jupyter, pandas는 모두 잘 설치되어 있다고 가정합니다. 설치 방법은 별도의 문서를 확인하세요)

이번에 소개할 데이터 분석 예제는 다음과 같은 성적표입니다.

위 데이터를 갖고, 1반과 2반은 통계적으로 유의한 성적차이가 있는지, 유의한 차이를 나타내는 과목은 어떤 과목인지, 성적 패턴이 비슷한 학생은 누구인지 등등, 저 데이터를 이용해서 알 수 있는 정보들이 많습니다. 이를 Jupyter로 분석해 보겠습니다.

다음 링크를 클릭하면, Jupyter 문서를 볼 수 있습니다. --> 성적 데이터 분석 사례

Jupyter의 장점이 분석용 프로그램 코드가 함께 문서화된다는 것입니다. 링크의 설명을 참고하세요, (링크의 메뉴에 보면 json 파일 다운로드가 있습니다. json 파일과 아래 성적표.xlsx 파일을 하나의 디렉토리에 두고 Jupyter를 실행하시면, 본 문서 겸 프로그램을 직접 구동할 수 있습니다.)

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잘 보셨나요? 이 예제는 간단한 성적표이지만, 실제 실무의 많은 데이터들이 이것과 비슷합니다. 생물정보 분석한다면 가로는 유전자 혹은 유전좌위, 세로는 샘플인 데이터를 많이 다루겠지요. 핵심 개념과 활용 방법은 비슷합니다. 모쪼록 이 자료가 데이터 분석 실무를 수행하는데 도움이 되길 바랍니다. 다음 기회에 또 다른 유용한 통계 분석기능을 소개하겠습니다.

작성자 : R&D센터 김형용 책임 개발자

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人Co의 2015년도를 한마디로 표현해 보자면 다사다난 이라는 말이 적절할 것 같습니다. 생물정보 전문기업이라는 비전을 제시하고 있는 人Co가 기존에 수행하고 있는 생물정보 분석/컨설팅, SW판매/컨설팅 및 용역사업, 연구과제들을 수행하는 반면 시대흐름에 맞춰 새로운 비지니스 모델을 발굴하기 위해 힘겨운 병행을 하였습니다. 그런 가운데 人Co인들이 협력하여 새로운 비지니스 모델도 어느 정도 윤곽이 드러나고 있고, 수행했던 모든 사업들도 성공적으로 마무리하여 오늘... 12월 18일, 얼마전에 개소식을 마친 人CoFLEX에서 2015년도 송년회를 개최하였습니다.



올해 송년회의 사회는 2015년 7월에 人Co에 합류하신 이지현 주임님께서 맡아주셨습니다. 좌중을 압도하는 특출한 말솜씨를 앞세워 송년회 분위기를 한껏 띄워주셨습니다.



송년회의 첫번째 순서는 프로젝트 리뷰였습니다. 올해 각 팀별로 수행한 사업의 성과를 팀장이나 팀원이 발표하고 그 가치를 공유하고, 서로의 노고에 박수를 쳐주기 위한 자리였습니다. 슬라이드 하나하나를 보면서 들을때마다 완벽하지 않은 환경속에서도 사업의 성공적인 마무리를 위해 애쓰신 흔적이 역력하였습니다.



DX팀, Consulting팀, Convergence팀, Descign팀, 리서치실, 솔루션그룹, 대전지사, 시맨틱스그룹, MD협의회 모두모두 수고 많으셨습니다.



다음으로 사장님의 송년사가 이어졌습니다. 매 행사때마다 좋은 말씀 많이 해주시는데, 오늘 송년사의 키워드는 협력이었습니다. 강조하신 문구를 적어보면...

여러 사람들이 다르지만, 모두 연결되어 있고, 다르기 때문에 매력을 느낄수 있다. 역사적으로 보았을 때 동일하게 반복되어져 온 사실이고, 이 다름과 연결속에서 성장이 있었고 발전이 있었다. 그 과정을 겪으면서 사람과 집단이 성장할 수 있으니, 그렇기 때문에 협력을 하는 것이 중요하다.

다음 순서는 선물교환 순서였습니다. 직원들이 각자 1만원 상당의 선물을 준비하여 자신이 뽑은 사람에게 선물을 주고 덕담한마디씩 해주는 시간을 가졌습니다.
제가 기억에 남는 선물은 조관희 팀장님의 지푸드 식권이었습니다. 선물도 주고받고 덕담도 주고받고... 모두들 즐거웠던 선물교환 행사였던 것 같습니다.

다음 순서는 영화관람이었습니다. 특별히 이번 영화관람은 극장에 가지않고 人CoFLEX에서 자유롭게 식사하면서 영화관람을 했습니다. 편하게 식사하면서 영화도 볼 수 있는 人CoFLEX... 이제 극장 갈 필요 없을 것 같네요... ^^

마지막 순서는 전체 회식이었습니다. 영화 보면서 든든히 배도 채웠겠다... 회사 근처 세계맥주전문점에서 2015년도 마지막 회포를 풀었습니다.



이후에도 2차 회식자리를 마련하여 올해의 마지막을 활활 불태웠습니다. 저에게는 올해 송년회가 벌써 10번째 행사였습니다. 10년 세월을 돌아보니 처음 입사했을때 5명이었던 인원이 지금은 40명이 넘는 튼실한 강소기업으로 자리 잡은 느낌입니다. 저의 작은 바램이 있다면, 오늘 송년회 자리에 참석하여 희노애락을 함께 나누었던 人Co들이 10년, 20년, 앞으로도 쭈~~~욱 오늘과 같은 날을 계속 맞이했으면 좋겠습니다.

작성자 : 경영지원실 박병준 선임

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㈜인실리코젠은 지난 10년간 생물정보 전문기업으로 한 걸음 한 걸음 성장해 왔으며, 새로운 바이오 빅데이터 시대를 향해 한 걸음 더 나아가고 있습니다.

또한 ㈜인실리코젠은 국내 외 다양한 협력기관들과 협력하여 생물정보 분야의 선두주자로서 위치를 굳건히 하고 있습니다.

당사의 사업 확장을 위한 전문 인력 보강을 위해 관련 업무를 담당하실 인재를 모집합니다. 관심있는 분들의 많은 지원 바랍니다.

[상세모집요강]

※ 병역특례 대상자 지원 가능(당사 전문연구요원 병역특례 지정업체임)

[전형절차]
※ 위 일정은 구인 진행상황에 따라 변경될 수 있습니다.

[채용형태]
경력 : 정규직 0명(상호 검증기간 1개월)
신입 : 인턴직 0명(인턴 3개월 후 정규직 전환(검증통과자))
※ 병역특례 입사 가능

[근무환경]
- 4대보험
- 주 5일 근무
- 퇴직연금 및 성과급
- 야근 시 석식 제공
- 경조사휴가 및 지원
- 자기개발 지원
- 주차비 지원
- 체력단련 지원
- 장기근속자에 대한 충전휴가 및 유연근무제

[접수기간 및 방법]
- 마감일 : 2015년 12월 11일(금)
- 이력서양식 : 자사 입사지원서
- 접수방법 : e-메일접수(recruit@insilicogen.com) 

[제출서류]
1. 자사 입사지원서 : 파일명 `입사지원서_성명_지원분야.docx`으로 저장
2. 서류전형 합격자는 포트폴리오(PPT) 제출 및 발표(경력위주, 5분 이내)

[기타사항]
1. 기본예의 등 소양이 되어 있는 자(필수)
2. 해외 출장이나 개인 신용에 결격사유가 없는 자
3. 채용절차 진행 중 당사에 부합하는 지원자가 조기 채용 시 본 채용공고는 위 일정과 상관없이 종료될 수 있습니다.
4. 최종합격 후 입사지원서 및 제출서류 내용에 허위사실이 발견될 경우 채용이 취소될 수 있습니다.
5. 최종합격 후 원천징수영수증, 고용보험이력확인서, 경력증명서 제출(경력직)
6. 제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
7. 절차별 합격자는 E-mail을 통해 개별 안내해 드립니다.
8. 연봉 : 회사내규 및 경력에 따른 협의

[문의처]
- ㈜인실리코젠 채용담당자
- E-mail을 통해 문의하여 주시기 바랍니다.(mst@insilicogen.com)

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1989년, 알래스카 해상에서 5,300 갤런의 원유를 싣고 가던 유조선이 좌초되었습니다. 유출된 원유의 양은 1,100만 갤런으로 당시까지 발생한 해양 원유 유출 사고 중 사상 최악으로 기록되고 있습니다(참고: 엑슨발데스 원유 유출 사고, 현재 최악의 사고는 딥워터 허라이즌 기름 유출 사고). 이 사고로 일대에 서식하던 바다새, 해달, 수달 등 해양생물이 집단 폐사하였고, 현재에도 그 영향으로 그 지역의 각종 해양 동물 개체 수가 계속해서 감소 하고 있다는 보고가 있습니다.

당시 하루 1만명이 넘는 사람들이 방제에 동원되었고 1년동안 20억 달러의 천문학적인 비용을 들여 사고수습에 힘썼습니다. 하지만 유출된 기름은 젤리상태로 물과 엉겨 붙어 분리가 어려웠고 심각한 환경오염을 일으켰습니다. 결국 이 문제는 17년이나 지속되었습니다.



이를 고민하던 국제기름 유출 연구소(OSRI)는 '이노센티브(InnoCentive)' 라는 한 기업에 이 문제를 의뢰하게 됩니다. 이노센티브는 전 세계의 수많은 사람들에게 문제를 공유하고 해결책을 찾아주는 '문제의 집단 해결' 서비스를 제공하는 전문기업입니다. 문제를 올리자 전세계의 수많은 사람들의 아이디어가 올라왔고, 마침내 단 3개월 만에 한 시멘트회사 엔지니어의 아이디어로 17년간 해결하지 못했던 문제를 해결하게 됩니다.

대중은 전문가보다 똑똑하다.

'군중의 지혜(wisdom of crowd)'의 저자 제임스 서로위키(James Surowiecki)는 집단은 지능적일 수 있고, 심지어 그 집단 안의 가장 똑똑한 사람보다도 더 똑똑할 수 있다고 말합니다. 실제로 그는 유리병 안의 구슬 수를 예측전문가와 다수의 비전문자에게 예측하도록 했는데 비전문자 여러명의 결과가 실제 구슬의 수에 가까웠다고 합니다.

우리는 이미 페이스북과 트위터 등을 통해 개개인이 모여서 만들어내는 대중의 강력한 힘을 느끼고 있습니다. 문제가 생겼을 때 많은 사람들이 도서관이나 전문가를 찾는 대신 인터넷 커뮤니티에 질문을 올리고 그 답을 찾습니다. 개인의 힘은 미미하지만 개인이 모이면 전문가보다 더 큰 힘을 발휘하는 것, 이것이 바로 집단지성 입니다.

우리 주변에서 집단지성을 이용한 사례들을 쉽게 찾아 볼 수 있습니다. 4천만명이상의 사용자를 보유하고는 네이버의 지식교류서비스 '지식iN' 또한 그 중 하나로, 무엇이든 궁금한것을 올리면 이내 여러 사람들의 답변이 달리는 것을 볼 수 있습니다. 소프트웨어/하드웨어의 소스코드를 공개하고 누구나 수정할 수 있도록 한 '오픈소스' 또한 집단지성을 이용한 예 입니다.

위키(Wiki), 그리고 人Co 인들이 느끼는 집단지성의 힘

집단지성의 힘을 잘 활용한 예 중 하나는 위키(Wiki)시스템이라고 할 수 있습니다. 위키는 웹브라우저를 이용해서 사용자 누구나 내용을 쉽게 추가하고 수정할 수 있는 웹사이트를 말 합니다. 위키는 한사람의 의해 만들어지는 문서가 아니기 때문에 많은 사용자의 지속적인 협력이 있어야 더욱더 휼륭해지고 풍성한 웹 사이트가 됩니다. 전 세계의 많은 사람들이 이용하고 있는 위키피디아(http://wikipedia.org)가 대표적인 예라고 할 수 있습니다.

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일정

• 일시 : 2015년 12월 14일(월)~ 12월 16일(수)

• 장소 : KT인재개발원 1연수관 207호

내용

식물 유전체 데이터 분석 및 활용

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)

신청방법

• 신청기간 : 2015년 11월 30일(월) ~ 2015년 12월 2일(수)

• 선발인원 : 30명

• 교육대상 :

  1) 식물 유전체 분석에 대한 이해와 분석 방법의 교육이 필요한 연구원 및

     대학원생 등

  2) 모든 교육 일정에 참석이 가능한 교육생 (3일 일정 필수 참석)

• 선발안내 : 2015년 12월 3일(목) ~ 2015년 12월 4일(금)

• 교육비 : 무료 (중식 무료제공)

• 준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

• 신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net

• 문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA

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