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[Part 1. 프롤로그]

人Co ACADEMY 소개
人Co ACADEMY(http://edu.insilicogen.com/labkm)는 (주)인실리코젠에서 운영하는 동종업계최초 온라인교육센터로서 생물정보 소프트웨어를 활용한 다양한 교육 컨텐츠를 제공하여 생물학자들도 쉽고 간편하게 생물정보 분석을 수행할 수 있도록 지원하며, 온라인의 장점을 극대화하여 언제 어디서든 누구나 활용할 수 있는 맞춤형 교육공간입니다.



[Part 2. 제작과정]


기획 의도

생물정보 분석 컨설팅을 전문으로 하고 있는 우리는 교육이라는 단어와 굉장히 친근합니다.
특히 (주)인실리코젠의 다섯가지 사업분야 중 생물정보 소프트웨어 공급 서비스를 하는 사업분야에서 저희 만이 내세울 수 있는 큰 장점이라고 할 수 있습니다.^^

  • 잠깐! (주)인실리코젠 사업분야가 궁금하시다면 여기를 보세요~
    (!) (주)인실리코젠 홈페이지 : http://www.insilicogen.com

고객들이 생물정보 솔루션을 사용함에 있어서 어려움 없이 전문적인 분석을 수행할 수 있도록 컨설팅하는 것이 저희 마케팅팀 컨설턴트들의 사명이지만, 오프라인으로 진행하다보니 실시간으로 필요한 정보들을 제공할 수 있는 시간적 한계에 부딪히게 되었습니다. 이러한 이유로 온라인의 장점을 적극 활용한 교육센터를 만들어 정기적으로 온라인 세미나도 진행하고, 생물정보 소프트웨어 이용방법과 실시간 기술지원이 가능하도록 하면 우리 고객들에게 더 많은 지원과 소통을 할 수 있을 것이라 판단했고, 많은 고민과 기획 회의, 여러 팀과의 협업을 거쳐 드디어 人Co ACADEMY가 탄생 되었습니다!

메인 컨텐츠 선정
메인 화면 구성은 개편된 (주)인실리코젠 홈페이지 컨셉과 맞추어 교육과 관련한 다양한 컨텐츠를 보여줄 수 있게 기획하였습니다. 메인 이미지에는 특히 생물학자들도 많은 관심을 가지고 있는 생물정보 소프트웨어를 이용한 생물정보 분석 활용에 대하여 기초/응용 파트를 나누어 카테고리화 하였고, 해당 정보를 곧바로 확인할 수 있도록 관련 페이지와 연결을 진행하였습니다. 또한 예정된 온라인 교육일정을 볼 수 있도록 구글 캘린더를 이용한 스케줄 공유가 가능하도록 하였고, 원하는 온라인 교육 신청과 온라인 세미나에 쉽게 참여할 수 있도록 하였습니다. 그리고 공지사항과 문의게시판을 메인 화면에 위치하도록 함으로써 교육 관련 이슈와 궁금증들을 해소할 수 있고, 홈페이지의 블로그와 Facebook을 연동하여 (주)인실리코젠의 소식도 모두 확인할 수 있게 작업하였습니다.

메뉴 구성 및 컨텐츠 수집
人Co ACADEMY의 메뉴는 Introduction, Webinar, Document, Video, Support, (Buy) 항목으로 구성되어 있고, 전체 메뉴를 한 번에 볼 수 있도록 전체보기 메뉴효과를 선택하였습니다. 그럼 이러한 메뉴 속에는 어떠한 컨텐츠들이 있는지 알아봅시다!

  1. Introduction : 人Co ACADEMY 소개와 메뉴 설명
  2. Webinar : (주)인실리코젠에서 진행되는 온라인 세미나의 일정을 공유하고 해당 세미나에 대한 정보를 확인, 참여를 원하는 세미나를 직접 신청하여 온라인을 통한 교육 지원
  3. Document : 생물정보 소프트웨어를 활용하여 다양한 생물정보 분석에 도움이 되는 문서 자료를 제공. 기본적인 매뉴얼을 비롯하여 조금 더 쉽게 소프트웨어를 사용할 수 있도록 각 종 튜토리얼 자료와 application note, 해당 소프트웨어를 활용하여 발표된 논문 정보 등을 확인
  4. Video : 분석 파트별 툴 사용법을 이해하기 쉽도록 만든 동영상과 (주)인실리코젠에서 정기적으로 진행하고 있는 워크샵(人Co WORKSHOP)의 영상 자료, 온라인 세미나 동영상 등 원하는 교육 동영상을 플레이
  5. Support : 온라인 교육센터의 공지사항 및 새로운 소식들을 확인하고, 문의에 대한 답변 게시판을 운영함으로서 생물정보 분석 학습과 기술지원을 통하여 원활한 생물정보 소프트웨어 활용 지원

그리고 지금은 숨겨져 있는 Buy 메뉴는 추후 온라인샵의 기능을 연결하여 확장할 계획입니다~

기능개발 및 디자인 적용
먼저 이번 온라인교육센터 기획 및 작업을 진행하면서 또 하나 뜻깊은 의의는 人Co ACADEMY 사이트를 자사가 개발한 솔루션인 LabKM을 이용하여 제작했다는 사실입니다. LabKM은 RESTful 위키엔진 GLTER와 연구용 지식관리 플랫폼 기반으로 소중한 정보와 경험이 언제, 어디서나 작성되고 검색되는 지식 프레임워크를 공급하여 단순 자료의 축적이 아닌 지식이 되도록하는 솔루션이랍니다.


온라인교육센터 작업을 진행하면서 필요한 추가 기능들이나 에러 수정 등의 일들이 참 많았는데, 오픈 일정에 맞추어 개발해 주시느라 개발팀 고생 많으셨고, 우리만의 기술로 만들어진 LabKM으로 프로젝트를 진행해서 그런지 더욱 애착이 갑니다.

또한 올해 개편된 인실리코젠의 홈페이지 및 블로그의 아이덴티티로 일관성 있는 디자인과 심플하고 미니멀한 박스형 레이아웃으로 기업의 세가지 컬러인 그린 & 블루, 그레이톤을 유지하여 사용자들의 컨텐츠 접근성을 높였습니다.
우리 회사의 자랑인 디싸인팀(Descign:Design+Science+Management)이 없었더라면 이러한 프로젝트 진행이 어려웠을 것입니다. 컨텐츠 기획 초안과 비교해보면 디자인의 필요성과 중요성을 아시겠지요?!



[Part 3. 에필로그]


사실 내부 프로젝트이다보니 예전부터 전체그림만 구상하다 다른 바쁜일들의 연속성 안에서 시작을 많이 망설이기도 했고, 진행에 있어서도 많은 시행착오를 겪으면서 만들어졌습니다. 마케팅팀 주관하에 만들어진 첫 프로젝트라 아직 미흡함이 많지만 여러가지 시행착오를 바탕으로 하여 좋은 경험을 쌓았고, 앞으로의 프로젝트를 더 원활하게 수행할 수 있는 능력이 생겼습니다.

작업 완료 리뷰

  • 김경윤 주임컨설턴트 : 기획부터 마무리까지 이번 프로젝트 관여해주신 모든 분들 감사드리고, 언제나 여러분들이 필요한 정보를 많이 얻어가실 수 있는 그런 공간으로 열심히 운영하겠습니다! 틈틈히 찾아주시고, 부족한 부분 의견도 많이 주세요~ 그리고 작업하느라 고생한 우리 마케팅 팀원 두분에게도 감사의 인사를 드립니다.
  • 송하나 컨설턴트 : 우리들의 피와 땀이 스며든 온라인 교육센터가 드디어 오픈되었습니다. 이제 처음 발을 내딛는 단계로 부족한 부분들이 많이 있겠지만, 사용자들에게 많은 정보를 제공하고 저희들의 노력이 헛되지 않도록 최선을 다해 운영해 나가겠습니다. 많은 관심 가져주세요. ^^
  • 김경아 컨설턴트 : 축! 人Co ACADEMY 오픈~ 많은 人Co분들께서 소중한 시간과 노력을 쏟아 주신 덕분에 무사히 人Co ACADEMY가 탄생하였습니다. 오픈하기까지 힘들었던 부분도 많았지만 여러분들께서 관심을 가져주실때 마다 뿌듯함을 느끼고 있습니다. 한번 둘러보시면서 부족한점, 바라는점이 있으시면 마구마구 글 올려주세요(스팸글은 말구요.. :) )~ 여러분들의 반응 하나하나가 큰 힘이 되고 있습니다. 앞으로 더욱더 발전하는 人Co ACADEMY가 될 수 있도록 노력하겠습니다.



파워 유저, 당신의 목소리를 들려주세요!

온라인교육센터는 오픈 기념 사용 후기 이벤트를 진행하고 있습니다. 우리 인실리코젠에서 공급하는 세계적인 생물정보 분석 솔루션의 사용 후기와 경험들을 공유해주세요~ 베스트 후기를 선정하여 선물을 드립니다! 꼭 소프트웨어를 구매하신 분이 아니어도 응모가 가능하니 많은 관심 부탁드립니다.


앞으로의 계획

오픈된 초창기 버전에서 그치지 않고, 꾸준히 발전하는 온라인교육센터로 거듭나겠습니다.
많이 관심갖고 지켜봐주세요! 그리고 人Co ACADEMY 관련한 문의사항은 언제든지
edu@insilicogen.com 으로 연락주시기 바랍니다. 감사합니다. ^_^


작성자 : 김경윤 주임컨설턴트

Posted by 人Co

2013/05/21 16:21 2013/05/21 16:21
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저희 회사는 오픈소스 위키 프로그램인 모인모인(MoinMoin)을 확장해서 홈페이지로 쓰고 있습니다. 사내 인트라넷으로 위키를 저희처럼 활발하게 사용하면서 또 홈페이지로도 사용하는 곳은 많지 않을거에요. 외부에 공개되어야 할 정보들은 위키로 공개하고 또 내부 공유용 정보는 내부에서 관리하면서 벌써 전체 페이지수가 8405 페이지에 이르는 거대한 위키사이트가 되었답니다. 2007년부터 회사 이미지에 맞게 모인모인용 테마를 직접 만들어서 사용하였고 비쥬얼 영역만 변화를 주었었는데요, 드디어 올해초 당사 브랜드위원회의 안건에 따라 새봄맞이 대대적인 홈페이지 개편을 진행했습니다.

이번 개편을 위해 팀을 초월한 전사적인 노력이 있었습니다. 마케팅팀, 디싸인(Descign:
Design+Science+Management)팀, 개발팀이 함께 머리를 맞대고 고심했더랍니다. 일반 홈페이지와는 다르게 디자인이 입혀진 모인모인 테마를 개발하는 일이라 개발팀도 필요했고, 올해부터 본격적인 온라인 마케팅을 위해 마케팅팀이 진두에 섰습니다.

이번 개편에는 회사 홈페이지 모인모인 테마외에도 세가지 일이 더 있었는데요,

1. 공유 컨텐츠 강화: 홈페이지의 새로운 메뉴와 함께 컨텐츠를 보강해서 제공합니다.

2. 블로그 디자인 개선: 블로그 프로그램으로 텍스트큐브를 쓰고 있는데요, 홈페이지 개편 느낌에 맞춰 블로그 디자인도 개선했습니다.

3. 온라인 교육센터 홈페이지 오픈: 회사 제품에 대한 온라인 교육부분을 별도의 홈페이지로 분리하면서 새로운 사이트를 만들었어요. 당사 지식관리 플랫폼인 LabKM이 이용되었습니다. (온라인 교육센터는 다음 포스팅에 자세히 알려드릴껍니다.)



- Insilicogen homepage : www.insilicogen.com
- 人Co ACADEMY : edu.
insilicogen.com
- 人Co BLOG : www.
insilicogen.com/blog


이번 개편과 관련된 다양한 이야기들을 소개합니다.

SNS 실시간 내용을 가져오면서도 빠른 초기화면 제공

기존의 홈페이지에서는 모인모인의 첫페이지인 FrontPage에 대해서만 다른 디자인을 적용하는 방식이 사용되었는데, 이 방법은 디자이너의 혁신적인 느낌을 화면에 담기에 너무 제한적이였습니다. 초기화면의 경우 굳이 모인모인으로 연결할 필요가 없다는 판단하에 자유롭게 디자인하고 정적(static)으로 HTML을 서비스하도록 했습니다. 그랬더니, 훨씬 빠른 반응의 초기화면이 되었고, 이는 홈페이지 첫 느낌을 경쾌하게 하였습니다. 초기화면에 표시되는 블로그, 페이스북 최신글 등의 SNS 실시간 컨텐츠는 별도의 서버 프로그래밍을 통해 10분에 한번씩(cron) SNS 최신 컨텐츠를 미리 받아둔 다음 해당 내용을 표시하는 방법으로 느려지지 않도록 했습니다.




새로운 메뉴 구성과 다양한 컨텐츠 제공
전반적으로 변경된 사이트맵에 맞게 전체 메뉴를 한 번에 볼 수 있도록 전체보기 메뉴효과를 선택하였습니다. CI 메뉴를 추가하여 당사의 로고소개와 로고파일을 쉽게 다운로드 할 수 있도록 하였고, 보도자료에는 금년에 이데일리TV에 보도된 영상과 그동안의 당사관련 보도기사들을 업로드하였습니다. 그리고, 사람을 중시하는 기업 (주)인실리코젠의 가치체계에 맞게 대메뉴로 Recruit 메뉴가 추가되었습니다. 人Co CULTURE, 인재상 등을 통해 당사에 대한 정보를 더욱 친숙하게 접하고, 생물정보분야 인재양성과 채용에 중점을 두었습니다.



이번 홈페이지 개편을 기획하면서 마케팅적인 부분에서 가장 중점을 둔 부분은 "메인화면에서 고객들이 관심 갖고자하는 정보를 많이 보여주자!" 였습니다. 여러 홈페이지의 메인 화면들을 벤치마킹하면서 핫 트렌드를 반영하고자 하였고, 마케팅팀의 기획 의견과 설계된 많은 컨텐츠들을 단순하고 심플하게 보여주기 위하여 디싸인팀과 개발팀에서 짧은 시간안에 고생 많으셨어요.

메인 컨텐츠는 (주)인실리코젠의 人Co 브랜드와 사업분야를 전반적으로 소개할 수 있도록 선정 하였습니다. 물론 메인 메뉴에서도 더 자세한 정보를 볼 수 있긴 하지만 우리의 브랜드와 생물정보 컨설팅을 위한 비지니스 전략을 한눈에 보여주고자 새로운 메인 컨텐츠를 제작하였습니다. 또한 기존 홈페이지에 존재하던 뉴스 게시판과 프로모션 배너 외에 새로 오픈한 人Co ACADEMY(온라인교육센터) 배너, 채용공고 및 보도 자료 배너를 메인컨텐츠로 추가하였고 블로그, 페이스북을 활용하여 고객과 소통할 수 있는 또 다른 컨텐츠들도 함께 보여주도록 기획하여 홈페이지 구경 오시는 분들께 한 번에 더 많은 정보를 얻으실 수 있도록 하였습니다.

디자인 컨셉 - Simplicity & Minimalism

이번 개편된 홈페이지는 심플하고 미니멀한 박스형 레이아웃으로, 기업의 세가지 컬러인 그린&블루, 그레이톤을 유지하여 사용자들의 컨텐츠 접근성을 높였습니다. (주)인실리코젠의 로고를 모티브로 당사가 보유한 각 사이트에 적용되는 검색창과 버튼 등에 일관적으로 포인트를 주었습니다. 메인 페이지에서는 당사의 다섯가지 人Co BUSINESS를 메인 비쥬얼로 표현하여 슬라이드 전환효과를 줌으로써, 방문자의 시선을 유도하였습니다. 빠르게 접해야 하는 컨텐츠들은 박스형 오브젝트로 구분하였으며, 소통을 위한 블로그와 SNS의 최근 게시글을 노출시킴으로써 사용자들이 더 많은 이슈와 정보를 접할 수 있도록 하였습니다.

홈페이지의 개편과 동시에 블로그 역시 홈페이지의 아이덴티티로 일관성있게 디자인 하였습니다. 오랫동안 사용해왔던 Quipu Story라는 블로그의 네임도 당사 브랜드 재정립을 위해 人Co BLOG 로 변경하였습니다. 블로그의 일반형태에서 벗어나지 않은 익숙한 레이아웃으로 상단, 우측부분, 폰트컬러 등의 변화를 통해 편안하고 친숙한 느낌을 줄 수 있도록 하였습니다.

금번 홈페이지 개선 프로젝트에서의 디자인은 당사의 플랫폼을 활용하여 디자인 적용상의 제약사항이 많고, 타 브랜드 홈페이지처럼 화려하진 않지만, 일관성있는 기업 이미지를 정립하고 보다 빠른 정보제공을 통해 (주)인실리코젠만의 기업문화를 알리고자 고민한 결과물이라 보람있었습니다.

에필로그

이번 개편은 지시에 의한 것이 아닌, 구성원들이 자발적으로 필요성을 느끼고 직접 나서서 작업했다는데 큰 의의가 있었습니다. 기획, 개발, 디자인이 각각의 맡은 부분과 전체 작업을 잘 조율하여 크게 어렵지 않게 작업할 수 있었으며 그만큼 보람도 충분히 느끼고 있습니다. 마지막으로, 프로젝트 회고모임은 3Fs(Fact-Feelling-Finding)방법으로 진행하였습니다.
더 나은 다음 프로젝트를 위해~

2013 홈페이지 개편을 통해 전문적인 지식을 공유하고 고객에게 신뢰받는 기업으로,
고객과의 소통이 원활한 (주)인실리코젠이 되겠습니다.


작성자 :
Codes사업부 Development팀 김형용 팀장 /
Marketing팀 김경윤 주임 / Descign팀 이지혜 주임


Posted by 人Co

2013/05/09 16:42 2013/05/09 16:42
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안녕하세요~ 어느덧 벚꽃이 만개하는 봄, 4월이 다가왔습니다.
유난히 추웠던 겨울이 지나가고 드디어 따스한 봄이 왔습니다. 모두 꽃놀이 구경 계획은 하셨는지요?
친구, 가족, 연인분들과 함께 소중한 시간 보내기 참 좋은 계절인 것 같습니다 :D

이번 블로그는 얼마전 참여했던 2013년의 첫 culture day 후기 입니다~
2013년 03월 27일, 여느때처럼 모든 人Co분들께서 열심히 근무를 마치시고 난 다음 culture day를 함께 보내기 위해 KBS 수원 아트홀로 모여주셨습니다.
이번에는 경상도 부부의 결혼이야기를 다룬 연극 '당신만이'를 보게 되었습니다.
짜쟌, 자랑스런 人Co인의 모습입니다.



몇몇 분들이 커피를 한잔씩 들고 계시죠? 여담으로 말씀드리자면, 이분들은 보다 쾌적하고 좋은 자리를 맡기 위해 조금 서둘러 저녁식사를 마치고 도착하신 분들 입니다~ 티켓 발권을 마치고 여유로운 커피한잔을 즐기려고 했지만 시간이 촉박해서 뜨거운 커피를 모두 허겁지겁 드링킹 하셨다는 슬픈 사연이 있었답니다.

이벤트 추첨함에 각자의 추첨권을 넣고 극장 안으로 들어 갔습니다. 일찍 도착해서 자리를 맡은 덕분에, 가장 좋은 자리에 모두 옹기종기 모여 앉아 관람을 할 수 있었습니다.

KBS수원아트홀의 극장은 대학로에서 많이 보았던 소극장의 느낌(?)이었습니다~ 저는 개인적으로 큰 극장보다는 배우들의 호흡(?)까지 느낄 수 있는 소극장을 더 선호하는 편이라 너무 마음에 들었습니다.

드디어 공연이 시작되고 먼저 관객들의 호응과 집중을 위해 추첨 이벤트를 시작하였습니다. 모두 자신의 이름이 불리지 않을까 기대하며 귀를 쫑긋 쫑긋 세우고 있던 그때, 자랑스런 인실리코젠의 박병준 팀장님의 이름이 들렸습니다~(올해도 인실리코젠에 행운이 깃들 것 같네요)그리고 당첨된 선물은 차이나팩토리 1인 식사권!! 하지만 안타깝게도 박팀장님께서는 필요가 없으시다며 양도하겠다는 글을 올리셨습니다..(그래도 박팀장님 축하드립니다. 올해는 박팀장님의 해가 되려는 것 같습니다.)

그리고 본격적으로 연극이 시작 되었습니다!! 연극에서 등장하는 배우는 총 4명이었고 주인공인 부부 2명을 제외한 나머지 두분은 엄청나게 다양한 역할을 맡아 주셨습니다.



연극 당신만이의 줄거리는 이러합니다. 필례는 일년에 치를 제사가 무려 8번이나 되는 봉식과 결혼을 하였고 오늘은 봉식과 함께 제사를 위해 장을 보고 오다 한푼이라도 아끼기 위해 깍은 콩나물 값 50원을 가지고 봉식과 다툼이 벌어졌습니다. 게다가 봉식이 친구의 보증을 서줬다는 사실을 알게 되었고 필례는 급기야 봉식에게 이혼선언을 합니다.
하지만 다행히 봉식과 필례의 결혼 생활은 계속 이어졌고 친구의 아들이 부러웠던 봉식은 겨우겨우 필례를 설득하여 아이를 하나 더 가집니다. 안타깝게도 태어난 아이는 아들이 아닌 딸이 었고 이 딸은 나중에 정신적 장애가 있는 사람과 결혼하겠다며 봉식과 필례의 속을 썩히기도 합니다. 잘 다니고 있던 직장을 잃게되면서 조금씩 망가져 가는 봉식임에도 불구하고 '당신의 동반자는 바로 나'라는 코끝 찡하게 만드는 대사를 남기며 필례는
봉식을 버리지 않고 계속 결혼생활을 이어나갑니다.
그리고 여느 가정에서 흔히 볼 수 있는 다사다난(?)한 시간이 지나고 어느덧 봉식과 필례는 나이가 지긋한 노인이 되어 갑니다. 노인이 되어버린 봉식과 필례이지만 여전히 아옹다옹 다투면서도 서로를 챙기는 모습을 보이다 필례는 먼저 세상을 떠나고 봉식은 필례가 타고 다니던 휠체어에 필례의 영정사진을 올려 놓은채로 공원을 걸어가는 모습을 마지막 장면으로 연극은 끝이 납니다.

배우들의 실감나는 부산사투리 연기 덕분에 오랜만에 부모님의 모습을 떠올릴 수 있었습니다. 경상도에서 태어나고 자란 저였기 때문에 조금 더 연극에 집중하고 즐길 수 있었던 것 같습니다.

맨 앞줄에 앉은 덕분에 연극 중간중간에 배우들과 함께하는 즐거운 시간을 가질 수 있었습니다~
무대에 올라가 함께 고래도 타고(?) 힘든 인생을 산듯한 6살 꼬마 역을 해주신 선수선배님, 듬직한 외모(?) 덕분에 인실리코젠의 가장 높으신 분으로 오해를 받아 아주 큰 웃음은 선사해주신 제홍씨, 그리고 배우분께서 열심히 먹던 막대사탕을 거리낌없이 드신 박준형 부장님 덕분에 연극을 더욱더 재밌게 볼 수 있었습니다(그리고 저는 무대에 올라가 캔맥주를 드링킹 했습니다~ 맥주가 정말 너무너무 시원해서 꿀맛이었습니다 하지만 제가 마시기 전에 배우분들께서 이미 너무 많이 드셔서 조금 모자란감이 있었습니다...)

아직 미혼인 저의 경우에는 이 연극을 보면서 부모님 생각이 많이 났습니다. 불꽃튀는 사랑보다는 부부간의 끈끈한 정이 있기에 오랜 결혼 생활을 함께 할 수 있는 것 같습니다.

오랜만에 감명깊은 연극을 보고 감성100% 충만한 상태로 배우분들과 함께 기념사진
촬영 찰칵~ 생각보다 이쁜 무대배경 덕분에 모두 잘 나오신것 같습니다~(저는 빼구요...)



이후에 Culture day를 함께 해주신 분들의 후기글을 받아 보았습니다. 그 중에 아주 지극히 개인적으로 가장 감명 깊었던 후기 두개를 소개해 드리려고 합니다.

- 박준형 부장님 :
매번 CultureDay는 내 생각과 정 반대의 결과를 가져오는 것 같다. 작년 년말 걸그룹의 콘서트가 아니라 박진영만 나오는 콘서트라고 해서 볼까말까 망설였지만 보고 난 뒤 처음 느껴보는 콘서트 매력은 나에게는 거의 충격이었다. 나이 40이 넘도록 그런 경험이 없었던 무식한 부산 촌놈이었으니 아마도 당연하였으리라. 이번에는 "당신만이" 라는 참 재미없는 제목을 가진 연극을 본다고 하길래 이건 내 체질과는 다르지만 어쩔 수 없이 봐야겠다는 생각이었는데 역시나 대 반전이었다. 생전 처음, 무대 바로 앞자리에 앉아서 배우들과 눈을 마주치면서 보고 있으니 여배우가 괜히 나에게 말을 걸면 어떻게 할까하고 조바심을 가지고 보다보니 금새 동화되고 마는 것이었다. 그 강렬한 배우들의 부산 사투리. 우리 아부지, 어무이가 늘 크고 시끄럽게 대화하시는 모습들이 어떻게 이렇게도 생생하게 묘사를 하는지. 역시 연극배우가 다르다고 생각이 들었다. 아마도 부산사람들이 아닌 회사직원들은 부산 부부들의 거친 대화가 와닿지 않았을 것이다. 와이프가 처음 부산 집에 와서는 부모님이 대화하시는 것을 보고 싸우신다고 생각을 했으니... 마지막으로 서로 의지하면서 늙어버린 부부의 모습이 울 부모님과 겹쳐지면서 갑자기 부모님 생각에 가슴이 뭉클해졌었다. 매번 촌놈에게 좋은 문화적 충격을 안겨주는 디사인팀에게 감사드립니다.

- 심재영 주임님 :
이필례 여사님 같은 아내가 있었으면 좋겠다고 생각하게 되었습니다.

이 두분의 후기가 연극의 전부를 말해주는 듯 합니다.
이번 Culture day는 많은 분들이 함께하지 못해 너무 아쉬웠던것 같습니다. 지혜주임님 말씀처럼 다음 culture day에는 직원 참석율 100%를 목표로 해보았으면 합니다.
연극 마지막에 흘러나와 저의 심금을 울렸던 노래 Bravo, My Life! 의 가사 일부분을 끝으로 저의 글을 마무리 해보려고 합니다~

내일은 더 낫겠지 그런 작은 희망 하나로
사랑할 수 있다면 힘든 1년도 버틸 거야
일어나 앞으로 나가 네가 가는 곳이 길이다
Bravo Bravo my life 나의 인생아
지금껏 살아온 너의 용기를 위해
Bravo Bravo my life 나의 인생아
찬란한 우리의 미래를 위해
고개들어 하늘을 봐 창공을 가르는 새들
너의 어깨에 잠자고 있는 아름다운 날개를 펼쳐라

Bravo, Insilicogen!! 언제 어디서나 여러분들 모두를 응원하겠습니다.
오늘, 내일 모두 파이팅 입니다!!! :)



작성자 : Codes사업부 Marketing팀 김경아

Posted by 人Co

2013/04/22 16:52 2013/04/22 16:52
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우리는 Genomic 데이터를 분석할때, 온라인 데이터베이스를 이용해서 정보를 검색하고 이용하기 위한 여러가지 도구를 사용합니다. 많이 활용되는 온라인 데이터베이스 자체의 좋은 웹인터페이스를 제공하고 있지만, 연속된 분석을 자동화하거나 다양한 통계량을 구하고자할 때는 프로그래밍이 필요합니다.
R 은 오픈 소스 통계 소프트웨어로, 이 작업을 간단하게 할 수 있도록 몇가지 패키지를 제공합니다. 그 중에 NCBI 데이터베이스를 이용할 수 있도록 구성되어 있는 NCBI2R 패키지에 대해서 알아보려고 합니다.

NCBI2R 패키지는 NCBI 데이터베이스에서 SNPs를, 유전자와 microsatellites의 목록에 Annotation 정보를 검색할 수 있는 R 패키지입니다. 이 패키지는 KEGG 경로 (일부 다른 기능들)에 속하는 유전자를 유전자에서 SNP를 검색하거나 정보를 저장할 수 있으며, SNPs를 또는 유전자의 Annotation 정보를  R을 이용해서 필용한 정보를 얻을 수 있는 매우 유용한 기능을 제공합니다. 더 자세한 정보는 NCBI2R 공식 웹사이트인 http://NCBI2R.wordpress.com 을 활용하시면 됩니다.

1. NCBI2R package download & installation
다음 URL에서 다운로드하거나 R 배포판의 특징에 맞춰 설치를 합니다.
 * http://cran.r-project.org/web/packages/NCBI2R/index.html

2. NCBI2R loading
라이브러리가 정상적으로 로딩되는지 확인합니다.
> library("NCBI2R")                # NCBI2R loading
> PrintNCBI2RInfo()               # NCBI2R 패키지 기본정보 확인
NCBI2R package loaded.
Developed by Scott Melville, Christian Fuchsberger,
Cristian Pattaro and Yuri D'Elia
Please check the web for updates, tutorials, manuals etc
http://NCBI2R.wordpress.com
Please read the usage guidelines on the website.
now checking if you have the latest version
[1] "NCBI2R is the current version. 1.4.4"
>

3. dbSNP 데이터베이스 이용하기 (대표적인 함수 따라해 보기)
(1) GetSNPInfo 함수를 이용해서 특정 유전자 영역의 SNPs정보 기본 정보 검색하기
 * GetIDs : 유전자명, KEGG pathway 등의 검색조건에 맞는 유전자 아이디를 가져온다.
 * GetSNPsInGenes : 해당 Gene 위치에 SNP ID 목록을 가져온다.
 * GetSNPInfo : dbSNP 내 SNPs 정보를 가져온다.
> GetIDs("MAPT[sym]")    # MAPT 유전자의 GeneId 정보를 가져온다
[1] "4137"
a <- GetIDs("KEGG pathway:Alzheimer´s disease")     
b <- GetIDs("protein binding[GO]")                        # Gene ontology 를 이용해서 Gene Id 가져옴
c <- GetIDs("ENST00414122")                              # ensembl reference ID를 이용해서 Gene Id 가져옴
> GetGeneInfo(4137)     # Gene Annotation 정보를 가져온다.
                                                          
  locusID org_ref_taxname org_ref_commonname   OMIM                                      synonyms
1    4137    Homo sapiens              human 157140 TAU MSTD PPND DDPAC MAPTL MTBT1 MTBT2 FTDP-17

genesummary
1 This gene encodes the microtubule-associated protein tau (MAPT) whose transcript undergoes complex, regulated alternative splicing, giving rise to several mRNA species. MAPT transcripts are differentially expressed in the nervous system, depending on stage of neuronal maturation and neuron type. MAPT gene mutations have been associated with several neurodegenerative disorders such as Alzheimer's disease, Pick's disease, frontotemporal dementia, cortico-basal degeneration and progressive supranuclear palsy. [provided by RefSeq, Jul 2008]
                            genename phenotypes
1 microtubule-associated protein tau           
                                                                                               pathways GeneLowPoint
1 KEGG pathway: MAPK signaling pathway--- KEGG pathway: Alzheimer's disease--- Reactome Event:Apoptosis     43971748
  GeneHighPoint ori chr genesymbol                               build    cyto approx
1      44105700   +  17       MAPT Homo sapiens Annotation Release 104 17q21.1      0
>mysnps <- GetSNPsInGenes(4137)        # Gene 영역의 SNP 정보를 가져온다.

(2) AnnotationSNPList : 검색하고자 하는 SNP목록의 gene symbol, locusId, chromosome과 그 위치정보, fxn_class(eg intron, exon, UTR) 정보와 종정보등을 파일형태의 결과로 보여준다.
 * AnnotationSNPList : NCBI dbSNP 데이터베이스로부터 snp 위치정보 및 관련 유전자, pathway 등의 정보를 제공한다.
> snplist<-c("rs1234567","rs333","rs848484")
> d<-AnnotateSNPList(snplist) #no HTML file is created
[1] "GetSNPInfo has been performed and information for identified genes will now be found."                                                
Information for genes has been found - AT LEAST one gene listed has  titles that are temporary or unofficial names)
  |=====================================================| 100%
> MakeExcel(d,"results.tab")
[1] "file was created"

(3) GetPathways 함수를 이용해서 특정 SNP에 연관된 Pathway 정보를 확인하기
 * GetPathways : 해당 유전자의 Pathway 정보를 확인할 수 있다.
> mySNPInfo<-GetSNPInfo("rs4294787")
> GetPathways(mySNPInfo$locusID)
  locusID                                                  name                                                       web
1    1139                     KEGG pathway: Cholinergic synapse http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04725+1139
2    1139 KEGG pathway: Neuroactive ligand-receptor interaction http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04080+1139
3    1139               KEGG pathway: Calcium signaling pathway http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa04020+1139
4    1139                 KEGG pathway: Chemical carcinogenesis http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa05204+1139
5    1139                      KEGG pathway: Nicotine addiction http://www.genome.jp/dbget-bin/show_pathway?hsa05033+1139
>

지금까지 간략하게 NCBI2R 패키지를 이용해서 R에서 NCBI의 데이터를 다루는 예제를 살펴보았습니다. R 언어는 생물정보학을 위한 Bioconductor 프로젝트에서 Ensemble, HGNC, InterPro, Reactome 및 HapMap 등의 여러 데이터베이스에 정보를 이용할 수 있는 인터페이스를 제공하고 있습니다. NCBI에도 dbSNP 이외의 많은 데이터가 있으므로 여러 조합으로 활용할 수 있을 것입니다.


작성자 : KM사업부 기반기술팀
강연경 팀장


Posted by 人Co

2013/04/12 13:33 2013/04/12 13:33
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돼지를 아시나요?

회식을 할 때 마다 빠지지 않는 터줏대감 삼겹살을 생각하시나요? 아니면 지저분하고 더러운 동물, 이도 아니라면 부와 행운의 상징인 돼지 저금통이 떠오르시나요? 우리가 잘 알고 있다고 생각하지만 막상 잘 모르는 돼지에 대해서 알아보겠습니다.

학명으로는 Sus scrofa domesticus 라고 합니다. 좀더 달리 말하자면 가축화된 멧돼지(Sus scrofa)이죠. 한자로는 돈(豚)이라고 하죠. 전 세계적으로 약 8~9억 마리가 사육되고 있습니다. 사람이 약 50억이라고 하면 사람 숫자의 1/5이 지구상에 존재한다고 보면 되겠습니다. 사람과는 무척 친밀하고 가까이 있는 동물입니다.

먼저 돼지의 어원을 알아보겠습니다. 돼지의 기원은 돌에서 시작합니다. 어미돌이죠. 돌의 새끼를 도아지라고 했고 이것이 발전하여 도야지, 돼지로 발전한 것입니다. 송아지, 망아지, 강아지와 같은 새끼를 의미합니다. 우리가 흔히 부르고 있는 돼지는 돌의 새끼입니다. 돼지 새끼를 말하는 것이죠.


[출처 : 동아일보]

돼지꿈은 용꿈에 이어 길몽으로 해몽되는데 돼지 꿈을 꾸면 복권을 사기도 하고 로또방으로 향하게 하는 근거없는 기대의 원흉이 되기도 합니다. 또한 장사를 하는 집이나 개업을 하는 곳에서는 돼지머리를 올리고 부를 기원하는 고사를 올리기도 합니다. 이는 돼지가 한자로 돈(豚), 우리가 좋아하는 돈(金)과 같아서가 아닐까 합니다.

돼지는 약 1만년전(9천년전) 인간의 손에 길들여짐으로써 야성의 힘과 민첩함을 잃어버리고 게으르고 우둔하며 온순한 동물로 인식되고 있습니다. 개와 양에 이어 인간에 길들여진 세번째 가축으로 개와 마찬가지로 주인과 낯선 사람을 구별할 줄 알고 최근에는 컴퓨터도 사용합니다. 하지만 여전히 우매한 동물로 치부되기엔 마찬가지입니다. 하지만 돼지는 개와 돌고래에 견줄만큼 매우 영리하며 깔끔한 것을 좋아합니다. 돼지는 땀샘이 발달하지 못해서 체내의 수분이 소변으로 배설되기 때문에 항상 주변이 습기가 차고 더러운 경향을 보이지만 배설 장소를 따로 만들어주면 배설물이 있는 곳의 냄새를 맡고 그 장소에서만 배설하며, 누울 곳은 항상 깨끗하게 유지합니다. 우리가 알고 있는 것과는 거의 정반대죠. “똑똑하고 깨끗한 동물, 돼지”, 꼭 기억해 주세요.

돼지에 대한 또 다른 면모를 알아보겠습니다.

돼지의 조상인 멧돼지는 야생에 있을 때 포수의 화약 냄새를 수 리에서 수십 리 밖에서 인지하고 멀리 도망간다고 합니다. 포수의 엽총 화약 냄새를 몇 리 밖에서 식별하고서 멀리 달아나 버리는 것이죠. 그래서 산에 올랐을 때 멧돼지에 대한 응급처치 요령으로 우산이나 화약을 지참하라고 합니다. 우산은 갑자기 덩치가 큰 뭔가가 나타나서 순간적으로 놀라서 움츠러들어 방비할 시간을 주는 것이고 화약은 멧돼지가 싫어하는(두려워하는) 냄새이기 때문입니다. 돼지도 살아야 하니까요.

송로버섯의 모습 [출처: 위키피디아]


송로버섯을 이용한 음식 [출처: 위키피디아]

송로버섯을 아세요?
아마 대단한 미식가라면 알고 있을 수 있겠죠.(하지만 아직 먹어보지는 못했습니다. 그나마 자연산 송이버섯은 자주 먹어봤다는 것만으로 위안삼으려 합니다) 거위의 간 푸아그라, 철갑상어의 알 캐비어과 함께 세계 3대 진미라 불리우는 바로 송로버섯(truffle)입니다. 송로버섯은 블랙과 그 보단 열 배쯤 더 가치가 있는 화이트로 구별됩니다. 지구서 나는 자연산 음식 중 가장 비싼 버섯이죠. 맛 보다는 향기를 위한 음식으로 그 향미는 천국의 냄새라 합니다. 그 향기가 말로 형용할 수가 없으며 그 향기에 빠져들면 행복하고 그 느낌을 절대 잊지 못한다고 합니다. 일종의 마약이라고 할 수가 있습니다. 가격이 얼마냐구요? 2007년 마카오의 억만장자 스탠리 호가 1.5kg짜리 화이트 트러플을 33만달러에, 1.08kg은 20만 달러, 2010년 900g과 400g 짜리 두 개를 역시 33만 달러에 구입하였습니다. 대충 따져보면 1g당 220달러. 금 3.75g에 22만원이니까 가격이 대충 짐작되시죠?

이렇게 “땅 속의 다이아몬드”라 불리우며 외국에서 최고의 향미로 칭송받고 있는 송로버섯은 지상이 아닌 지하(5~40cm)에서 자라기 때문에 사람이 육안으로는 거의 찾기 힘듭니다 이 버섯을 찾는 과정을 트러플 헌팅이라고 하는데 사람이 찾을 수는 없고 동물을 이용하는데 그 동물이 바로 개와 돼지입니다. 개의 후각이 뛰어난 것은 주지의 사실로 알고 있지만 돼지는 다소 의외입니다.

개는 익히 알려진 바와 같이 과자를 주면서 훈련을 시켜 이용하고, 돼지는 그 자체 그대로 이용합니다. 돼지를 이용한 트러플 헌팅에서는 암퇘지가 이용됩니다. 트러플에서 발생하는 냄새가 마치 돼지 수컷의 발정기에 나타나는 호르몬 냄새(sex hormone)와 비슷하여 암퇘지가 거의 미친 듯이 달려들기 때문이죠. 즉 트러플에서 발생하는 향미가 수퇘지의 성적인 유인물질과 흡사하여 암퇘지를 이용하는 거죠. 그런데 암퇘지가 버섯을 발견하게 되면 극도로 흥분하여 주둥이와 발굽으로 헤집어 찾아내는데 이때 사람이 돼지를 저지해야만 합니다. 왜냐하면 육중한 체구를 이용하여 즉석에서 먹어 치워 버리기 때문입니다. 그러나 의외로 똑똑하여 버섯을 못 찾은 척 하다가 나중에 혼자 가서 먹어버리기도 한답니다. 하지만 개는 돼지만큼 버섯을 좋아하지 않을 뿐더러 대신 칭찬, 과자같은 보상에 길들여져 개를 많이 이용하는 추세라고 합니다.

여기서 중요한 포인트가 있습니다. 바로 돼지의 후각 능력입니다. 수십리 밖에서 화약 냄새를 맡거나 땅 속에 숨겨진 트러플을 찾아 내는 그 후각 능력말입니다. 돼지의 후각 능력은 인간의 약 2000배에 해당한다고 알려져 있습니다. 왜일까요? 우리가 몰랐던 돼지의 후각 능력, 이제 그 비밀을 알아보고자 합니다.

사용자 삽입 이미지




2012년 국내 연구진과 외국 연구진이 공동 연구하여 돼지의 유전체를 분석하여 네이처지에 그 내용을 발표하였는데 그 분석 내용을 보면 “돼지의 후각은 개보다도 뛰어나다!” 입니다. 정확히 그 정도는 표현할 수 없지만 돼지의 재발견이라고 해도 좋을 것 같습니다.
네이처 표지 [출처: 네이처]



[물론 저 국내 연구진에 저도 들어가 있습니다. 처음에 잘 찾지도 못했네요.] 




앞서 돼지의 후각 능력이 뛰어 나다고 하였는데 먼저 후각이란 무엇인지 알아보겠습니다. 후각은 우리가 냄새를 맡는 감각입니다. 물론 감각 세포 중 후각 감각 세포가 이러한 역활을 담당하고 있습니다. 냄새를 가진 분자가 공기 중에 떠다니면 이 냄새 분자가 콧구멍으로 들어와 콧구멍 안을 덮고 있는 점액에 녹고 이를 후각 수용기라고 하는 부분이 인식해서 뇌로 전달해줍니다. 그럼 뇌가 적절히 정보를 정리해주는 것이죠. 맛있는 냄새, 향기롭다, 역겹다 등의 과학적 정보와 감정적 정보를 주게 됩니다.

[출처 : 네이처] EMBO reports (2007) 8, 629 - 633 doi:10.1038/sj.embor.7401029

사람의 경우 약 500 만개의 수용체가 약 1,000 개의 다른 냄새를 구별할 수 있습니다.
냄새의 숫자는 어마하게 많지만 냄새의 유형은 사실 그리 많지 않습니다. 냄새는 보통 매우 적은 농도의 화학적 화합물에서 발생하는데 이는 향수와 같이 기분 좋은 냄새도 있지만 부패 등 기분 나쁜 냄새도 있죠. 산업적으로 음식/화장품 업체와 같이 기분 좋은 냄새(향기)를 이용하는 경우도 있지만, 사람과의 관계나 커뮤니케이션에 나쁜 영향을 주는 경우도 매우 많습니다. 예를 들면 발냄새, 암내, 땀냄새 등 말이죠. 냄새란 상당 부분 개인적인 면과 관계가 깊습니다. 냄새를 맡고 해석하는 과정은 과거의 경험, 성별, 건강상태, 개인의 경험에 따라 상당히 다르게 나타나기 때문입니다. 특히 동물에 있어서 무의식적인 위험경고, 짝 짓기, 음식 찾기, 포식자 탐색 등 다양한 분야에 이 후각 능력을 이용합니다. 물론 생존적인 면이 가장 크겠죠. 인간에 있어 이러한 후각 능력은 더 복잡한데 건강, 이성교제, 독성물질, 음식의 섭취, 감정 전달, 의사소통 등 모든 분야에 고려되는 중요한 요소입니다. 사실 이것은 다른 어떤 외부의 자극보다 기억에 연관되어 있기 때문입니다. 음식을 섭취할 때 부패했다거나 질병을 일으킬 수 있는 위험이 있다거나 할 때 보통 기억 속에 잠재된 냄새로 그것을 판단하게 됩니다. 음식이나 음료의 냄새가 코의 후각을 통해 인지되어 지고 후각 감각세포가 그 징후를 받아 들임으로써 그것을 먹을지 말지 결정하게 됩니다. 이러한 원칙은 해롭거나 혹은 이롭거나 한 모든 물질에서 그 판단 기준이 되는 것입니다. 그래서 후각(코)은 “뇌의 오랜 연인” 이라고도 합니다.

독일 드레스덴대 연구팀에 의하면 후각 능력이 떨어지는 남성이 후각 능력이 뛰어난 남성에 비해 연애 횟수나, 연애 능력이 떨어진다는 사실을 밝혔습니다. 후각은 사람의 감정을 불러일으키거나 오랫동안 유지시키는 결정적인 역활을 한다고 합니다. 과학적으로도 후각 능력이 떨어지면 모험심이 줄어들고 타인과 소통하거나 평가하는데에도 어려움이 있다고 합니다. 후각이 삶을 살아가는데 있어 알게 모르게 상당한 영향을 끼친다는 거죠.

사람의 기억에 남는 것은 미각이 아니라 후각이 더 많은 영향을 주고 있답니다. 모 광고에서 “낯선 여자에게서 내 남자의 향기를 느꼈다.” 처럼 어깨를 스치며 지나가는 여인의 냄새에서 내 남자의 기억을 되살리고 있는 것이죠. 냄새를 통해 누군가를 기억하거나, 냄새를 통해 누군가에게 호감 또는 혐오감을 느끼는 것입니다. 이는 후각 감각 신경세포가 기억과 감정, 인지와 관련된 뇌의 영역, 예로 대뇌 피질이나 변연계에 속해 있는 해마, 편도체 같은 곳에 서로 신경으로 연결되어 있기 때문입니다.

이런 냄새를 맡기 위해서는 우리의 후각 능력이 절대적으로 중요합니다. 후각 능력은 크게 두 부분으로 나누어 볼수 있는데.

1) 외부 자극을 받아들여 신경 세포의 전기적 신호로 바꾸는 말초적인 면

모든 신호를 받아 중추신경계에서 처리하는 중추적인 면입니다. 여기서 말초적인 면은 후각 감각세포(Olfactory receptor)와 상당 부분 깊게 관련되어 있는데 코를 통해 흡입된 냄새 물질에 반응하는 능력에 따라서 후각능력이 좌우됩니다. 앞서 간단히 냄새 맡는 과정을 언급하였지만 좀 더 생물학적으로 정리하자면 다음과 같습니다.

냄새 물질은 코 내부의 후각 상피와 접촉하는데 후각 상피에는 수많은 후각 감각 세포가 들어 있고 이들은 원래 있던 냄새에서 새 냄새를 구별하고 그 냄새의 농도를 결정합니다. 이 세포들은 후각 상피 내의 후각 감각 신경으로 이어져 있으며 감각 세포가 받아 들인 신호를 뉴런의 전기적인 신호로 바꾸어 주는 역활을 합니다. 이 전기적 신호는 말초 신경계인 후각 신경을 따라 전달되고 이 신경이 중추 신경계로 전달되고 이 때 뇌가 여러 정보를 토대로 우리가 반응해야 할 결과를 알려줍니다. 이것이 일반적인 냄새를 맡는 과정입니다.

사람에게는 500만개, 토끼 1억개, 개는 2억2천만개의 후각 감각 수용체를 가지고 있습니다. 사람의 경우 적은 수용체 수에도 불구하고 다른 포유류보다 냄새를 잘 구별할 수 있는 것(물론 능력이 뛰어나다는 의미는 아닙니다)은 높은 뇌의 메카니즘과 연결되어 있습니다. 물론 사람의 시각 능력과도 전혀 무관할 수 없습니다. 하지만 우리가 짚고 넘어가야 할 중요 포인트는 후각 감각 세포에 있는 수용체, Olfactory receptor입니다. 우리말로 번역하자면 후각 수용체, 후 수용기 라고 합니다. 외 수용기-접촉 수용기-화학 수용기로 재분류 할 수 있습니다.

후각 수용체(Olfactory receptor)는 냄새를 인지하고 반응하는데 이용되는 신경 세포의 일부입니다. 사실 이 수용체가 수 천 가지의 냄새를 인지하는데 결정적인 역활을 하는 것입니다. 이 수용체는 7 transmembrane domain을 가지고 있는 GPCR(G-protein coupled receptor)의 일종으로 약 200년 전에 설치류에서 처음 발견되었습니다. 또한 유전자 영역이 매우 잘 보존되어 있죠. (이 유전자의 구성 중 3/4은 tripodal metal ion binding site를 가지고 있습니다. 그러나 아직까지 이 유전자의 명확한 구조가 밝혀지지는 않고 있습니다. Metalloproteins가 OR(Olfactory receptor) 핵심이라는 설이 있으나 최근에는 양자 간섭 메커니즘을 통해서 분석한 결과 구조적 모티프보다는 분자의 다양한 진동 에너지 수준을 감지함으로써 인식한다는 설이 더 인정받고 있습니다. 이 OR(Olfactory receptor) 유전자는 포유 동물에서 매우 큰 패밀리 유전자입니다. 유사 기능을 하는 유전자가 종 내에 많다는 말이죠. 복어에서는 약 44개, 녹색복어에서는 42개가 발견되었습니다. 쥐에서는 약 1,200개가 발견되었죠. 물고기는 약 100개정도를 가지고 있고 인간은 약 350여개를 가지고 있습니다. 그럼 이쯤해서 돼지는 궁금하지 않으신가요? 몇 개나 존재하는지. 몇 개나 존재해서 돼지가 후각 능력이 뛰어 난지 말입니다.

자. 그 비밀을 밝혀드리도록 하겠습니다. 답은 1,113개 입니다. 물론 이것이 실험적으로 완전히 증명된 것은 아니지만 in silico 상으로 분석했을 때 나타나는 결과입니다. 돼지 유전체 Sscrofa10.2 버전(전체 유전체의 99.9%)으로 분석한 결과입니다. 이 버전은 Nature지에 발표되었던 버전과 동일합니다. 이 유전체 어셈블리 버전에서 OR 유전자 관련해서 1,301개를 밝혀냈습니다. 기능 유전자 1,113개, 슈도진 188개입니다. 염색체별 분포도를 보면 다음과 같습니다. 전체 16개 염색체에서 46영역에서 이들 유전자가 발견되었습니다.
 

보시는 것처럼 염색체 2번과 7번, 9번에서 가장 많이 발견되었습니다. 물론 pseudogene(188개)이 많이 포함되기는 합니다. 좀 더 자세히 테이블로 정리해 보았습니다.

다음은 각 종별 OR 유전자의 분포입니다. 의외로 닭이 82개입니다. 인간은 388개, 개는 872개, 생쥐가 1, 037개, 쥐가 1,201개, 돼지는 1,113 개입니다. 이제 돼지가 개보다 냄새를 더 잘 맡을 수 있다는 이야기에 공감이 가시나요? 물론 이 유전자가 많다고 냄새를 다 잘 맡지는 않겠지만 가능성은 훨씬 높아지죠. 이 유전자가 좀 더 많은 종류의 냄새를 구분해 낼테니까요. 더불어 쥐도 냄새를 무척 잘 맡는 동물에 속합니다. 쥐도 무시하지 마세요.


위의 돼지 관련 후각 감각 세포 분석 내용은 아래 보이는 논문에서 2012년 출판 (BMC Genomics) 되었습니다. 아쉬운 것은 논문을 쓸 당시엔 4.3점대 였는데 출판시점에 4.07점대로 주저 앉았습니다. 아뿔싸!! 그렇지만 이 내용으로 인해 Nature에도 잠시 이름을 얹었습니다.



우리가 막연히 알고 있던 “돼지가 냄새를 잘 맡는다”는 말을 들었을 때 “설마 돼지가?”하고 반문 할 수도 있습니다. 그러나 돼지의 외형적인 모습을 보면 후각이 잘 발달되어 있다는 느낌은 지울수가 없습니다. 물론 돼지 유전체 분석을 통해 그 근거도 증명했습니다.

지난 2년간 돼지 유전체 분석을 통해 돼지의 OR유전자는 1,113개이고 pseudogene 수가 188개로 상대적으로 많은 유전자들이 기능을 잃지 않고 있다는 것을 보여주는 내용입니다. 후각이 민감한 동물일수록 그 세포의 수가 많고 또한 냄새는 다종다양하므로 여러 유형의 세포가 필요하기 때문입니다. 인간은 단 388개의 유전자가 OR 관련 유전자입니다. 이는 근연관계로 볼 때 쥐(1,200개)와 확연한 차이가 존재합니다. 이는 인간이 시각능력과 지적 능력이 발달함에 따라 후각 능력은 점차 퇴화한 것으로 보여집니다. 예전 어느 논문에서인가 컬러를 구분하는 능력과 지적 능력 때문에 우리의 후각 능력이 현저히 떨어지고 있다는 설을 접한 적이 있습니다.

물론 좀 더 깊은 연구는 심리학, 공학, 향수 업계의 기밀, 생물학 등을 기반으로 하는 이어집니다. “냄새의 과학”은 진화론과 동물행동학, 신경과학, 생화학 등을 아루르는 새로운 영역이기에 그 내용은 배제하려고 합니다. 기회가 된다면 정말로 “냄새의 과학”에 대해서 정리해보도록 하겠습니다.

지금까지 우리가 의외로 생각했던 돼지의 후각능력, 그 능력은 단순한 설이 아니라 과학적으로도 근거가 있는 사실이었습니다.


작성자 : KM사업부 개발1팀
이규열 팀장

Posted by 人Co

2013/03/20 15:40 2013/03/20 15:40
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人Co Internship 2013을 마치며-


지난 1월 7일부터 한달여간 (주)인실리코젠의 생물정보 인재양성 프로그램인
人Co INTERNSHIP 프로그램이 진행되었습니다. 국내 기업과 연구기관에서 요구하는 최신의 생물정보 솔루션과 기초 기술교육 및 사내 현장실습을 통해 바이오 연구개발과 조직 생활의 기초 개념을 이해할 수 있는 좋은 기회를 제공하는데 목적을 둔 본 프로그램에 앞으로도 생물정보인재로 성장하고자 하는 많은 분들의 관심과 참여 바랍니다.
수료하신 네 분 모두 축하드리며, 소감을 한 번 들어볼까요?

사용자 삽입 이미지

강전모

2013 人Co Internship에 참여한 강전모입니다. 전 이번 2013년 새해를 인실리코젠과 함께 시작하였습니다.
지금 영남대학교 생명공학과에 재학 중에 있지만 생명공학 전공임에도 불구하고 전공 관련 기업 등에 대해서는 잘 알고 있지 않았습니다. 그러던 중 동기생인 명희선배의 취업소식을 통해 '인실리코젠' 이라는 회사를 처음 알게 되었고, 이 후, 학교에서 열리는 학회에서 박준형 부장님의 발표도 보고, 강의시간에 정명희 선배의 회사 소개를 들으면서 인실리코젠에 대해서 알게 되었습니다.
이렇게 알게 된 인실리코젠에 대한 첫 이미지는 빼어난 디자인이었습니다. 아직 잘 알지 못했었지만 다른 곳과 다르게 딱딱하지 않은 홈페이지와 블로그는 부담 없이 알아갈 수 있도록 도와주었습니다. 호감을 가지고 둘러보던 중 인실리코젠의 기업가치인 人Co ‘사람(人)을 중심(Core)으로 컴퓨터(Computer)를 통해 배려(Consideration)하고 소통(Communication)한다.’ 를 보고 감동 받았었습니다. 또 제가 관심이 있는 컴퓨터를 이용하고, 사람이 중심이라는 말을 통해 호감은 관심으로 이어졌습니다. 이 관심은 저에게 경험을 위해 한 발짝 내딛을 수 있는 용기를 주었고 이를 계기로 이번 12월 학교 홈페이지를 통해 알게 된 ‘인턴십 지원자 모집’ 과 교수님의 추천으로 이번 인턴십에 지원하여 참여할 수 있게 되었습니다.

1월7일 떨리는 마음으로 인실리코젠에 출근한 첫날, 자리와 노트북을 배정받고 회사 업무에 필요한 skype나 wiki 사용법, 회사 소개 등을 받으며 인턴십을 시작하였습니다. 무엇보다 송하나 선배가 직원 한분 한분을 소개시켜주시는데 반갑게 맞이해주시며 정중하게 명함을 건네주시던 그 모습이 정말 인상 깊었습니다. 첫 주의 수요세미나를 통해 각자 자기소개 발표를 하며 정식으로 직원 분들께 인사를 드렸는데, 발표 전 까지는 괜찮았지만 발표를 시작하는 순간 너무 떨리는 바람에 어떻게 발표했는지 기억도 안날 정도였습니다. 1주차 중반에 접어들면서 CLC Main Workbench에 대해 배우기 시작했습니다. 수요세미나 후 농림수산검역검사본부에 CLC Main workbench 강의지원을 나가서 책자와 볼펜, 설문지도 나눠드리고, 쉬는 시간을 위한 다과도 준비하며 강의 준비를 도와드렸고, 앞으로 익혀나가야 할 CLC Main Workbench에 대한 강의도 들었습니다. 생각 외로 많은 분들이 모이셨고, 단상에 서서 강의하는 김경윤 주임님과 송하나 선배를 보면서 왠지 모를 뿌듯함과 자신감이 생기는 것 같았습니다. 강의를 들으면서 대략적인 CLC Main Workbench 사용법을 배웠고 이를 바탕으로 CLC Main Workbench overview를 발표 자료를 만들면서 tool사용법을 숙지하였습니다. overview발표 후 CLC Main Workbench를 이용해 당뇨병과 인플루엔자에 관한 두 가지 case study를 실습하였습니다.

당뇨병에 관한 주제는 '사람의 당뇨병에 연관된 유전적 변이 확인'으로, 사람과 유사한 점이 많은 돼지의 유전체내 당뇨병 관련 위치에서의 서열 다형성을 CLC Main Workbench를 사용하여 분석하는 것이었습니다. CLC Main Workbench에 있는 NCBI 검색기능으로 당뇨병관련 유전자인 UCP유전자를 찾고, 이 유전자를 BLAST하여 상동성을 가진 돼지 및 다른 개체 5종의 서열을 다운받아 Alignment를 수행한 후 나머지 종들과 비교하면서 돼지와 사람에서 SNP로 의심되는 지역을 annotation 하였습니다. 이 후, NCBI SNP DB에 올라와있는 SNP를 비교해 실제 SNP가 존재하는 지역을 찾고 이를 포함하는 유전자 서열을 클로닝하기 위한 primer도 제작해보고, 임의로 선택한 증폭구간의 서열에서 SNP가 바뀌어서 아미노산 서열이 바뀌는 지를 translation tool을 이용해 비교해보았습니다. 두번째는 인플루엔자에 관해 '높은 발병률의 조류독감 바이러스의 유전적 특성'을 주제로 case study를 진행하였고 당뇨병의 case study와 비슷한 방법으로 수행하였습니다. CLC Main Workbench를 이용한 DB search를 통해 각 type 별 인플루엔자 서열을 받아 Alignment를 수행하고, 이를 통해 type간의 서열차이를 확인하고 BLAST를 이용해 각 type별 인플루엔자의 상동성을 조사하였습니다. 이 과정에서 각 인플루엔자 간에 동일하게 일치하는 지역을 확인하였고, 이는 인플루엔자 연구에서 primer 제작 등에 사용될 수 있을 것이라는 생각도 하게 되었습니다. 마지막으로는 phylogenetic tree 그려 봄으로 인플루엔자 바이러스가 지역별로 분화한다는 특징도 확인하였습니다. 이 두 case study에 대한 발표준비를 하면서 인턴십에 참여하지 않았다면 알 수 없는 CLC Main Wrokbench라는 프로그램을 알게 되었고, CLC Main Workbench가 실험이나 연구에 얼마나 많은 도움을 줄 수 있는지도 몸소 체험하는 계기가 되었습니다.

이후, Genomics Workbenh에 대해 김경윤 주임님의 설명을 듣고 Main Workbench처럼 그룹스터디가 아니라 개별 스터디로 발표 주제를 각각 배정받고 실습했습니다. 학교에서 수업으로만 들었던 NGS 데이터를 이용해 assembly를 실습할 수 있었는데, assembly에 관한 알고리즘이나 각 NGS file format에 맞는 옵션설정과 assembly를 수행하기 위한 parameter설정 등의 절차를 알게 되면서 학교에서는 미처 배우지 못했던 것을 알게 되는 계기가 되었습니다.

인턴십 시작할 때 책을 한권씩 나눠 주셨습니다. '사원의 마음가짐'이라는 책이었는데 회사에 실습하면서 책을 읽게 될 줄은 예상 밖이었습니다. 예전엔 서점에서 책도 구매하여 읽고, 좋아하는 작가도 있었으며 책 읽는 것을 좋아했는데 지금은 거의 읽어본 적이 없어서 내심 반성하는 기회도 되었습니다. 이 책을 읽고 난 후, 지금 가장 크게 와 닿았던 문구가 있습니다. '백문이 불여일험' '백번 듣는 것 보다 한번 경험하는 것이 더 좋다.' 라는 뜻입니다. 4주 동안 CLC Main Workbench와 Genomics Workbench를 배우고 실습하면서 사실 종종 의문점도 들었었습니다. 인턴십 과정 이기는 하지만 회사의 업무를 배워 간단한 일이나마 도와드린다는 생각보단 회사에게 일방적으로 배우기만 하는 과정이 더 컸기 때문입니다. 하지만 점점 발표준비를 하고 사장님과 이사님 그리고 부장님, 주임님의 면담과 직원 분들이 일하시는 모습을 보고 그냥 지나가는 인턴십 과정이 아니라는 것을 깨달았습니다. 더 좋은 솔루션을 만들고, 좋은 프로그램을 다른 사람들에게 제공하기 위해서는 자신도 프로그램에 대해서 잘 알고 있어야하며, 사용하면서 생긴 여러 가지 문제점들과 의문점을 해결해 줄 수 있어야 하기 때문입니다. 또한 이러한 과정을 통해 자신 스스로가 성장하고 이 성장이 회사가 성장하는 계기가 되는 것처럼 하루하루가 그냥 지나가는 것이 아니라 경험이고, 이 경험들이 쌓이면 능력이 된다는 것을 최근에서야 깨달았습니다. 이 뜻을 이해했을 때 인턴십 프로그램에 참여하길 정말 잘했다는 생각이 들었습니다.

또 이번 인턴십에 참여하게 되어 저의 시야를 조금 더 넓힐 수 있게 된 것 같습니다. 사실 생물정보학 분야가 이렇게 넓고 다양할 줄은 생각하지 못했었습니다. 생물정보분석과 실험은 별개라고 구분했던 편견이 깨어졌고 물론 많은 고민이 생기긴 했지만, 저에게 부족한 점이 무엇인지, 무엇을 해야 할지 등의 제가 가야할 길의 갈피를 잡아주었습니다. 아직 1년의 시간이 남은 만큼 조금 더 고민하고, 노력한다면 1년 후에는 더욱 성숙해져있는 저를 볼 수 있을 것 같습니다. 4주간의 人Co Internship을 통해 많은 가르침을 주신 사장님 및 직원 분들에게 감사의 인사를 드립니다.

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김정민

4주간 인실리코젠과 저와의 인사

지금(2013년 2월 1일)으로부터 약 2달 전 교수님께서 전화가 오셨습니다. “정민아, 이번에 인실리코젠에서 여름때 못갔던 인턴십을 다시 하니까 갈 수 있지?, 가서 많이 배워왔으면 좋겠다.” 라고 하신 것이 이곳 인실리코젠과의 대면을 위한 교수님의 배려이자 저에게는 첫 걸음마였습니다. 그 후 1달 뒤 처음 수원에 올라올 때, 네비게이션의 목적지가 인실리코젠이 있는 벤처밸리여서 일생 처음 수원에 올라와서 첫발을 내딛은 곳도 ‘회사 바로 앞’이었습니다. 그날따라 날이 춥고 먼 길을 오느라 피곤했지만 낯선 이곳이 신기했고 빨리 회사에 들어가서 회사분들을 뵙고 싶다는 생각을 했습니다. 하 지만 어느 곳이나 마찬가지듯이 낯선 곳은 두렵고, 어색하기 마련이고 여기서 처음 또한 그러했지만, 人co core라는 말과 걸맞게 사람을 가장 먼저로 여기고 소중히 생각하는 이곳의 선배님들께서 너무 자상하게 대해주셔서 적응하는데 큰 힘이 들지 않았습니다.

첫 날, 둘째날에 걸쳐 많은 분들께서 명함을 주시며 특히 정은미 이사님께서 “명함을 대할 때 우리는 그 사람을 대하듯이 소중하게 대한다.”라 말씀하시며 그 분들에게 얼굴이 되어주는 인실리코젠 특유의 디자인이 되어있는 명함을 소중히 받는 시간을 가졌습니다. 실제로 모 교수님을 뵐때 명함을 받으시는 모습을 볼 수 있었는데 받으신 이후에 명함을 대하는 모습을 유심히 보았습니다. 그 결과 저는 명함은 그 사람을 대면할 때 절대로 함부로 하지않고 소중히 앞 테이블에 놓아서 이야기를 나누신다고 우리에게 교육하신 그대로 몸소 실천하고 계심을 보고 진심으로 감명을 받았습니다. 다른 곳에서는 명함같이 작은 것 하나까지 소중히 여기시는 분들을 볼 수가 없었는데 그런 모습을 보면서 또 한번 ‘정말 나는 인턴십을 온 것이 아니라 “人Co” 인턴십에 와있는구나.’ 라는 생각을 하게 되었습니다. 임천안 이사님께서 우리에게 보안각서 등을 주시며 그 순간까지도 깨알같은 조언이나 인생에 있어서 필요한 충고를 아끼지 않으셨습니다.

이 곳에서 가장 기억에 남는 것들 중 하나가 발표하는 것들에 대한 역량을 늘리기 위해서 자주 발표를 하는 시간을 가졌는데 그 시작은 인턴쉽 3일차 되는 날에 가졌던 나에 대한 소개 발표였습니다. 그날의 기억이 아직도 생생한데 많이 긴장하고 떨렸지만 발표할 때에 이곳 분들이 편안하게 하라고 편안한 분위기를 자연스럽게 만들어 주신 대한 작은 배려가 저에게는 매우 큰 힘이 되어 무사히 마칠 수 있었습니다.

또한 우리가 3주가량에 걸쳐 배운 CLC main workbench, CLC genomics workbench라는 프로그램을 처음 접할 수 있게 농림수산검역검사본부에서 열린 세미나에 참석했는데 김경윤 주임님, 송하나 선배님께서 발표하시는 모습을 보게 회사에서 하루일정을 배려해 주셨습니다.

첫 주가 이렇게 마무리 되고 두 번째 주는 본격적으로 CLC main workbench를 이용해서 실습하고, 공부하는 시간을 가졌습니다. 처 음에는 매우 낯선 프로그램을 접함으로 인해 오는 스트레스와 압박감이 있었지만 사용을 하면 할수록 너무 편리하고 유익하고 어딜 가든지 회사의 일원은 아니지만 소개해주고 싶다고 생각이 드는 프로그램임을 깨달을 수 있었습니다. CLC main workbench를 이용하는 작업을 하면서 이곳에서는 직접적으로 하지는 않았지만 실험적인 측면이나, 기타 생물학적인 배경지식을 쌓는데 많은 도움이 되어 유익한 시간임을 또 한번 깨닫고 이곳에 와서 이렇게 교육을 받는다는 자체가 ‘알아가는 행복’임을 느꼈습니다. CLC genomics workbench를 할 때에는 조금 더 어려운 NGS를 이용한 mapping분석이며, 변이에 대해 분석-조사 했는데, 항상 경윤 주임님께서 “어려운 부분이 있으면 언제든지 와서 물어보고 또 부담감 가지지말고 공부하고 준비해서 아는 만큼 발표하자”고 우리를 위해 배려차원에서 말씀해주셔서 마음을 편히 가지고 공부할 때도 더 집중할 수 있게 되었고 발표 후 경윤 주임님의 설명을 통해 공부할 수 있는 질보다 더욱 심도있는 내용을 공부 하였습니다. 단언코 만일 저러한 프로그램이 필요한 실험실이나 회사가 있다면 돈을 주고 직원을 보내는 손해를 감수하면서도 여기서 교육을 통해 배울 충분한 가치가 있는 내용의 인턴십 프로그램이었습니다.

또한 사람을 먼저 생각하고 그 사람의 인성이나 하고자하는 성실감을 먼저 보며 그 사람의 부족한 점은 시간을 들여서 키운다는 신념아래 저희에게 나눠주신 지금은 고인이 되신 마쓰시타 고노스케씨의 사원의 마음가짐이라는 책을 읽으면서 회사의 일부분으로써 어떠한 마음가짐을 가져야하고 이곳에서 원하는가를 알 수 있었습니다.

다른곳의 인턴십을 체험해보지 못해서 잘은 모르겠습니다만, 이곳은 학교에 제출하는 우리의 임무임에도 불구하고 하나부터 열까지 꼼꼼하고 세세하게 다 신경써주셨던 이지혜 주임님과 모든 과정을 관료적이지 않고 ‘내가 정말 나에 대해서 알고 싶어하는 회사에 있구나’라는 생각이 들게끔 해주었던 모든 프로그램들은 이곳에 오고싶다고 하는 분들이나 관심을 가지고 있는 분들께는 지금이라도 당장 가보라 말씀드리고 싶습니다.

제가 다른 곳을 선택 할 수도 있었지만 교수님께서 “이곳은 가 보아야하는 곳이다”, 학교 선배이신 명희 선배님께서도 “나는 우리회사가 너무 만족스럽고 거기의 사람들이 너무 좋아서 일할 맛이 난다.”라는 말들을 듣고 택했는데 아주 탁월한 선택이었던 것 같습니다. 또 이곳에서는 멘토, 멘티라는 것이 있어서 지정해놓은 멘토에게 궁금한거나 힘든일이 있으면 자연스럽게 가서 여쭈어보고 맘을 터놓을 수 있게 해놓아서 너무 좋았습니다. 제 멘토는 Descign팀의 조아영 주임님이셨는데 1:1로 대화하기에는 너무 바빠보이셔서 그렇게 잘 하지는 못했지만 처음에 적응을 할 수 있게끔 교육때 편의도 봐주시고, 식사도 같이하면서 다른 분들보다는 조금 더 가까워 질 수 있게 해주셔서 감사했습니다. 보 통 무슨 일정이든 끝이나고 돌아갈 때는 더 잘할거라는 아쉬움과 끝이나서 홀가분한 마음이 들기 마련인데 4주교육을 마치고 돌아가는 순간에도 한주만 더 있어서 더 많은 것을 배우고 싶은 마음이 간절해서 제가 제 자신에게 놀래면서 대구로 돌아갑니다.

영리를 추구하는 회사에서 실적이나, 자신의 업무에 대한 책임은 어느곳에나 있듯이 이곳에서도 있겠지만 이곳은 ‘돌봄’이 있는 회사이고 배려가 있는 회사입니다. 높은 직급을 가지신 분께서 사원분들이나, 저희에게 작은 것 하나도 시키지 아니하시고 도와줄 수 있느냐고 말씀하시는 것이 이상적으로 말하는 소위 ‘수평적 관계’의 회사의 바람직한 모습을 보여주고 있지 않느냐 느껴짐을 얻었습니다. 이곳을 안 것은 앞으로의 Bioinformatics 분야로 가기를 마음먹은 저에게는 놓쳐서는 안될 큰 기회이자 행운이었던 것 같습니다. 끝 으로 우리 곁에서 있는 듯 없는 듯 지켜보아주신 최남우 사장님께서는 모든 직원분들의 으뜸되시는 CEO로서 존경 또한 한 몸에 받고 계신 듯 보여집니다. 많이 겪어 보지는 못했지만 말씀 하나 하나 하실 때 단어선택에도 신경을 쓰셔서 말씀을 하시고 한마디 한마디에 진심을 담아 나아갈 비젼을 저희에게 보이시고 우리의 생각을 물으시고 들어주심에 회사의 직원분들이 왜 이토록 친절하시고 배려가 많으신지 알 수가 있었습니다. 저는 이것을 끝으로 여기지 않습니다. 지금은 다시 학교로 돌아가지만 분명 회사에서 만족할 만한 인재가 되어 다시 이곳을 방문했을 때는 이렇게 아쉬운 마음으로 돌아가지 않을 것입니다. 그때가 너무 기다려지고 기대가 됩니다. 다시 한번 귀한시간 내어 저를 4주가량 맡아서 친절과 배려로 가르쳐주신 인실리코젠의 모든 직원분들에게 감사의 말씀을 짧게나마 드리면서 인실리코젠과 함께한 4주간 “人Co” 인턴십에 대한 후기를 맺겠습니다. 감사합니다!

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김진규

[첫 만남 : 2013년 1월 6일 (일)]

人Co Internship의 첫 시작은 1월 7일 월요일이었지만, 내게 있어서 실제 인턴십의 시작은 1월 6일 일요일이었다. 수원 사무실에 8시까지 출근해야 된다는 사실을 알게 되었고, 평소 잠이 많은 나는 고민 끝에 4주 동안 수원 사무실 근처에서 살기로 마음 먹었다. 한 달간 일하게 될 인실리코젠 본사에도 미리 와보고 주변 고시원, 숙소들도 알아보았지만 마땅치 않았다. 게다가 6개월도 아닌 한 달 동안 살 방을 알아보는 것은 더욱이 어려웠고 수원역 주변은 이른 아침마다 출근하기엔 교통편에서 별 이점이 없어 보인다고 생각하여 지나가던 중 찜질방을 보게 되었고, 나는 1월 6일부터 2월 1일 한 달간 찜질방에서 살게 되었다. 사실 처음부터 찜질방 생활이 편했다고 할 순 없지만 약 4주가 된 지금은 정말 편하게 잘 지내고 있다. 다음 날 나는 인실리코젠에 처음으로 출근을 하게 되었다. 지문 등록, 위키 문법과 OJT작성, 사내 예절 교육, Skype 등 모든 것이 처음 접해보는 것이고 낯설었고 어려웠다. 다른 인턴 분들께서 먼저 와 계셨는데 당시는 정말 어색하고 긴장됬지만 한 주 한 주 같이 배우고 일하고 발표하면서 정말 큰 힘이 되었다. 만약에 다른 인턴분들이 없었다면 지난 4주 동안 어떡했을까 하는 생각이 든다.

[1주차]
첫 날 이후 인실리코젠 직원 분들을 익히는 것이 어려웠다. 그 이유는 직책이 너무 다양했기 때문이다! 이전에도 아르바이트 등을 해왔고, 군대에서도 금방 익혔는데… 선임님, 주임님, 책임님, 수석님….너무 헷갈렸던 기억이 난다. 뿐만 아니라 그 동안 가끔씩 한 두 번 만들어봤던 프레젠테이션 작성과 발표를 매주 2번 정도씩 발표 혹은 제출해야 된다는 사실을 알게 되었다. 그야말로 1주차 초반에는 정말 매일 매일 혼란의 연속이었다. 첫 발표는 수요세미나 시간에 했었던 “자기소개” 였다. 첫 발표라 많이 긴장도 많이 됐지만 그것보다도 앞으로의 발표를 위해서 정말 많이 연습하고 준비해야겠다는 생각이 앞섰다. 이후 성격 검사, 사내 예절, 농림수산검역검사본부 세미나 보조 등 그렇게 첫 1주는 정신 없이 지나갔다. 사실상 4주라는 기간 동안 생물정보 분석 프로그램을 완전히 익히는 것은 어렵기 때문에 2주차에는 당뇨에 대한 Case study를 실습해보기로 하였고 3주차에는 인플루엔자 바이러스에 대한 Case study를 실습하기로 하였다. 그리고 마지막 4주차에는 NGS 분석기능이 추가된 CLC Genomics workbench에 대해서 공부를 하기로 하였다.

[2주차]
2주차에는 본격적으로 인실리코젠의 생물정보 분석 메인 툴 중 하나인 CLC Main Workbench에 대해서 공부를 하였다. 처음인지라 CLC Main workbench를 다루는 것 자체가 서툴고 어떠한 기능을 언제 활용 해야 될 지도 감이 안 왔지만, 김경윤 주임님과 송하나 선배님을 비롯, 다른 인턴분들에게 조언을 구하면서 Case study를 실습한 끝에 어느정도 전반적인 내용은 이해할 수 있었다. 처음에는 어려웠지만 Case study를 통해 실습을 해보면서 한 가지 실험을 다루면서, Main workbench에 대한 기능도 통합적으로 공부할 수 있어서 정말 효과적이었다고 생각한다. 학교 전공과목 시간에 이론적으로 배웠던 SNP, BLAST 등의 내용을 실제로 프로그램을 이용하여 실습하고 관련 내용을 찾아서 공부해나가다 보니 정말 내 자신에게 큰 도움이 되었다. 실습도 점점 익숙해 졌을 뿐 아니라 첫 주와는 달리 회사 분위기도 빠르게 적응이 되었다. 한 분 한 분 모두들 정말 친절하시고 열정을 가지고 일하시는 모습이 인상 깊었다. 비록 금요일에 발표는 만족스럽지 못했지만 어느 정도 Main workbench에 대해서도, 인실리코젠에 대해서도 감을 익힐 수 있었던 한 주였다.

[3주차]
어느덧 人Co Internship 프로그램에 참여한 지도 3주차, 벌써 절반이 지났다. 이번 주에 다루게 될 CLC Main Workbench의 2번째 Case study는 인플루엔자 바이러스에 대한 연관성을 분석하는 내용이었다. 몇 해전 전세계적으로 큰 이슈였던 조류 독감, H5N1 인플루엔자 바이러스들의 지역별, 종별 연관성을 비교하는 실습을 하였다. 뿐만 아니라 유사 질병인 뉴캐슬 병과의 차이점도 CLC Main Workbench를 이용하여 손쉽게 비교할 수 있다는 사실에 정말 신기했다. 처음 CLC Main Workbench를 이용할 때는 마냥 어려운 프로그램이라고만 생각했었는데 어느 정도 익숙해지니 정말 생물정보 분석을 하는데 유용한 툴이라는 생각이 들었다. 중간 중간에 틈틈이 최남우 대표이사님, 임천안 이사님, 박준형 부장님과 면담을 가졌는데 내 자신의 현재를 다시 한번 되돌아 보고 반성할 수 있었던 좋은 기회였다. 뿐만 아니라 아직은 불확실한 진로에 대해서도 좀 더 많이 고민하고 방향을 잡아나가야겠다는 생각이 들었다. 금요일 발표와 함께 그렇게 인턴십의 3주차도 지나갔다.

[4주차]
벌써 인턴십의 마지막 주가 되었다. 지난주부터 틈틈이 공부해온 NGS에 대한 배경지식을 CLC Genomics workbench를 이용하여 인턴분들 각각에게 주어진 다른 주제를 다뤄보았다. 나는 Epigenomics와 ChIP-chip/ChIP Seq 두 가지 분석 방식을 알아보고 실제로 예제 데이터를 이용하여 ChIP Seq 분석을 해보았다. 기존의 Main workbench에 NGS 데이터 분석 기능이 추가되었기 때문에 이해하는데도 좀 더 어려웠지만 많은 분들의 도움을 받아 무사히 프로젝트를 수행하고 발표를 마쳤다.

[2013년 2월 1일 (금)]
오늘은 드디어 人Co Internship의 마지막 날이다. 오전에는 그동안 4주간의 인턴십 활동을 집약하여 만든 프레젠테이션을 토대로 최종평가 발표 시간을 가졌다. 최남우 대표이사님과 임천안 이사님, 정은미 이사님, 김경윤 주임님 그리고 이지혜 주임님께서 평가관으로 참석하셨는데 너무 떨리고 긴장됐다. 나머지 세 분의 인턴분들의 발표까지 다 끝난 이후 대표이사님께서 여러 가지 조언과 함께 인실리코젠의 경영 철학인 人Co에 대해서 다시 한번 말씀하셨는데 다시 한번 이번 인턴십 기간 동안 배우 많은 것들의 의미를 되새길 수 있었다. 오후에는 수료식을 가졌는데 4주라는 기간, 총 160시간 동안의 人Co Internship 동안 직접 경험한 모든 순간 순간들이 새록 새록 기억나는 순간이었다. 인턴십 기간 동안 매일 작성해온 OJT 위키 페이지에 랜덤으로 나오는 글귀 중 이런 글귀가 있다.

“엘리자가 말했어요. 세상은 생각대로 되지 않는다고. 하지만 생각대로 되지 않는다는 건 정말 멋지네요. 생각지도 못한 일이 일어나니까요."
그렇다. 항상 무언가를 준비하고 직접 실천하는 데 있어서 나 자신의 생각대로 완벽하게 되는 것은 없다. 하지만 그렇기 때문에 보다 많은 것을 경험하고 배울 수 있으며 다시 한번 자신에 대해서 되돌아 볼 수 있는 여유를 가질 수 있는 것이 아닐까? 나는 이번 人Co Internship을 통해서 다시 한번 내 자신의 부족한 점이 무엇이고 앞으로 보완해 나가야겠다는 생각이 들었는데 이것만으로도 나는 인실리코젠에서 귀중한 경험을 했다고 생각하고 앞으로도 잊지 못할 것이다.



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유승일

Insilicogenist로 지낸 1월

(주)인실리코젠에 대한 첫 기억은 2010년 말 송하나 선배님이 취직했다는 소식을 접했을 때 였습니다. 그 이후엔 졸업생 선배들의 입에서 저희 회사에 대한 얘기를 은연 중 들었던 기억도 있습니다. 그렇게 한두 번 회사명을 접하다보니 '회사명 정말 좋다.' 라는 생각을 하게 되었습니다. in silico + gen(e), 누가 들어도 생물정보회사였습니다.
석사 졸업을 앞 둔 시점에서 첫 직장에 대한 고민을 하게 되었습니다. 항상 '첫 직장은 중요하다.'라는 말을 들어왔기 때문인지 그 어느 때보다 신중했던 것 같습니다. 선택을 하게 된 큰 이유는 주변 지인들의 자자한 칭찬이 있었기 때문입니다. 사내 분위기도 좋고, Culture Day를 통해 단합을 다지는, 사람이 중심인 회사라는 칭찬이 그것이었습니다. 하지만 제 선택의 주요인은 회사 홈페이지를 봤을 때 부터 마음이 이미 넘어와 있었습니다. 그리곤 人Co Internship의 문을 두드렸습니다.
7일부터 8일 이틀간은 인코인턴십 프로그램의 소개와 저희 회사에서 개발한 LabKM을 기반으로 한 Wiki의 사용법, 그리고 人Co 브랜드 가치 소개, 사내 생활에서의 예절, 안전보안교육 등 회사생활에 필요한 다양하고도 기초적인 교육을 받은 시간이었습니다. 이 시간 동안 명함을 주고받아 보기도하고 제 성격이 어떠한 유형인지 알아 본 시간이 되었습니다. 많은 교육들 중에 제 머리 속에 딱 박히는 단어가 있었습니다. 바로 정은미 이사님께서 말씀해주신 Plan Do See 의 생활화 입니다. 이사님께서는 회사를 다니시면서 박사학위과정을 밟으셨는데, 그때 일을 말씀해주시면서 Plan Do See 라는 말씀을 해주셨습니다. 이 방법은 제가 그 동안 해왔었던 것들을 다시 한 번 돌아보는 계기가 되었습니다. 또한 이번 1월 한 달 동안 프로그램을 진행하면서 직접적인 큰 도움이 되었습니다.

그 다음 날인 9일에는 가장 떨렸었던 첫 발표인 자기소개가 있었던 날입니다. 수요세미나 때 진행되었기 때문에 스카이프를 통해 모든 직원분들에게 저에 대한 간략한 소개를 하는 시간이었습니다. 석사학위논문에 대해서도 말씀드리기도 했지만, 저의 포부를 보여드리기 위해 ‘하나로 잇는 유승일’, ‘유승일-INSILICOGEN=0'이라는 멘트를 준비했었습니다. 발표 당시에는 당차게 발표했었는데 지금 생각하면 얼마나 손발이 오글거리는지 모릅니다.
본격적인 일정이 시작되었던 10일에서 23일에는 CLC Main Workbench에 대해서 공부했습니다. 당뇨와 조류 인플루엔자, 총 2가지 케이스에 대해 매뉴얼을 참고하며 Main Workbench를 익히는 시간이 되었습니다. 당뇨병 케이스 스터디에서는 SNP가 당뇨병에 어떻게 연관을 보이는지에 대해서 공부했습니다. SNP에 의해 단백질의 구조가 바뀌면 그 기능도 변하기 때문에 Main Workbench를 통해 당뇨병을 유전적인 레벨에서 공부하는 계기가 되었습니다. 두번째 케이스로 조류 인플루엔자에 대해서 공부했었습니다. 조류 인플루엔자는 바이러스가 원인인데 고 병원성 바이러스에 걸리면 엄청난 전염성으로 인해 막대한 경제적 손실을 가져옵니다. 때문에 공부를 하면서 고 병원성과 저 병원성의 염기서열의 차이를 밝히면 재밌겠다는 아이디어가 떠올랐지만, 논문 검색을 해본 결과 아쉽게도 다른 사람이 먼저 연구한 것이 확인되었습니다. 어쩔 수 없이 그 논문의 내용을 가지고 cleavage site에서 고 병원성과 저 병원성의 서열 차이를 Main Workbench를 사용하여 확인했습니다.
24일부터 30일에는 Main Workbench를 마치고 Genomics Workbench를 공부하였습니다. NGS 데이터를 활용한 Genomics Workbench의 다양한 활용 중에 저는 Expression Analysis를 공부했고 분석을위해 RNA-Seq을 Genomics Workbench를 통해 수행했습니다. 분석을 공부하면서 느꼈던 것은 효율적인 시퀀싱 컨설팅 진행을 위해서는 실험 방법이나 과정을 제대로 이해하는 것부터 시작되어야 하고, 유전학적 지식을 바탕으로 대용량 시퀀싱 데이터를 효율적으로 활용할 수 있는 기반이 체계적으로 구축되어야 한다고 생각했습니다. 프로그램의 자동성과 스크립트를 통한 유연성을 골고루 갖추는 것이 좋을 것 같았습니다.
중간 중간 독서경영과 추가적인 업무들을 포함해 Genomics Workbench를 마지막으로 1월 한 달의 모든 과정이 끝났습니다. 그 한 달 동안 저는 39번의 지하철과 78번의 버스, 그리고 78번의 환승, 2666.43km의 이동 그리고 97시간 30분의 출퇴근 이라는 기록 데이터를 만들어냈습니다. 이 기록은 계속 이어질 테지만 단순히 이어지는 것이 아닌 이 기록을 밟고 더 나아가야 할 것은 프로페셔널단계입니다. 프로가 되고 싶다. 이것이 제가 한달 동안 人Co Internship을 하면서 가장 크게 느낀 점입니다.
사용자 삽입 이미지
한 달 동안 진행된 人Co Internship은 제 인생에 특별한 의미가 있는 달이었습니다. 제 인생에 있어서 화이트 칼라(White Collar)로써 처음으로 출근을 경험한 의미 있는 달이고, 진정한 아침형 인간으로 환골탈태한 달이기도 합니다. 그리고 저만의 아날로그 식 메모가 유원기 주임님 덕분에 스마트한 메모로 탈바꿈하기도 했습니다. 그리고 부족한 부분이 무엇이고, 어떻게 채워 나가야하는지 나름의 방향을 잡는 계기가 되었고, 인실리코젠이 컨설팅전문회사로써 어떤 업무를 하는지 100%는 아니지만 어느 정도 알게되었습니다. 1월의 人Co Internship은 끝이 났습니다. 하지만 앞으로 2월의 人Co Internship 그리고 앞으로 차근차근 계획하고 실천하고 평가하면서 제 역량들을 쌓아갈 것입니다. 마지막으로 좋은 기회를 주신 사장님과 직접 실천으로 가르침을 주신 모든 분들께 감사드립니다.





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2013/02/28 17:02 2013/02/28 17:02
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[모집분야]
1. 생물정보분석분야 경력 0명
2. 개발분야 경력 0명
3. 개발분야 신입 0명
4. 기획/사업관리분야 경력 0명

[분야별 지원요건]
1. 생물정보분석분야
   - 석사졸업이상, 경력3년 이상
   - 생물관련 전공자 중 생물정보 분석경력자
   - NGS 분석 경험우대, Python 경험자
   - 근무지 : 수원
2. 개발분야 (경력)
   - 공공기관 SI 프로젝트 경험 3년 이상(경력확인 가능한 서류 필요)
   - Java, JSP, Oracle, MySQL 사용 가능자
   - 전자정부프레임워크 개발 경험자
   - 시스템 엔지니어 경험자 우대
   - 생물정보 경험 및 관심자 우대
   - 근무지 : 수원 또는 대전지사
3. 개발분야 (신입)
   - Java, JSP 사용 가능자
   - 시스템 엔지니어 경험자 우대
   - 생물정보 경험 및 관심자 우대
   - 근무지 : 수원
4. 기획/사업관리분야
   - 경력3년 이상 또는 석사 졸업 이상
   - 정보통신 전공자 중 생물정보분석 경력자 우대
   - 데이터베이스 설계 경험 우대
   - 영어 독해, 작문 필수
   - 근무지 : 수원

[제출 서류]
입사지원서 : 당사양식 작성 후 제출 (파일명 : 이름_이력서.docx. 경력위주로 작성요망)



[제출 방법]
recruit@insilicogen.com으로 파일첨부하여 제출 (메일제목 : "[모집분야] 홍길동 지원" 제목으로 기재)

[채용 절차]
1. 1차 서류전형 : 2/4(월) ~ 2/28(목)
2. 2차 실무담당자 및 임원 면접(1차 통과자) : 3/8(금)
3. 최종합격자 통보일 : 3/15(금)
   * 상기 일정은 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

[채용 형태] 
1. 경력 : 경력검증을 위한 계약직(3개월, 당사내규에 따른 연봉)입사 후 검증 통과자는 연봉협상을 통한 정규직 전환
2. 신입 : 인턴계약 6개월 후 검증 통과자는 정규직 전환(당사내규에 따른 연봉)

[근무환경]
1. 주5일 근무
2. 4대 보험, 단체보험
3. 퇴직연금
4. 성과급
5. 경조사 휴가 및 지원

[공통우대사항]
영어회화가능자, 운전 가능자

[기타]
- 해외 출장 결격사유 없는 자(필수)
- 남자의 경우 병역필 또는 면제자(필수)
- 제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
- 채용 합격 및 입사 후에라도 입사지원서 및 제출서류 내용이 거짓으로 확인될 경우에는 합격 및 입사를 취소할 수 있습니다.
- 절차별 합격자는 E-mail/휴대전화를 통해 개별 안내해 드립니다.
- 문의사항은 메일로 문의해 주시기 바랍니다.(recruit@insilicogen.com)

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2013/02/04 08:53 2013/02/04 08:53
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배경

돼지생식기 호흡기 증후군 (Porcine reproductive and respiratory syndrom)은 PRRS 바이러스에 의한 질병으로 자돈이나 육성돈이 이 병에 걸리면 기침, 호흡곤란, 폐렴 등 호흡기 증상을 보이며, 모돈의 경우 임신말기에 유사산 및 조산을 나타내고 허약자돈을 분만하게 되고, 웅돈에서는 정액성상의 이상을 일으키는 등 병명그대로 번식장애와 호흡기 증상으로 인한 성장부진이 특징입니다. 1986년 미국에서 보고되고 1990년 유럽에서 처음 보고된 비교적 새로운 가축질병이며 병원체가 알려지기 전에는 Mystery pig disease라고 불리기도 했습니다.

구제역이나 조류독감처럼 축산산업에는 큰 영향을 주는 질병으로 현재 미국에서는 PADRAP이라는 위해성 평가 프로그램을 구성하여 양돈장이나 종돈장을 체계적으로 관리하기도 합니다.

이번 포스트는 실험에서 얻은 PRRSV 유전자 서열을 기존 서열과 비교해서 PRRSV의 고병원성 여부를 확인하는 Perl 스크립트를 만드는 방법을 살펴보겠습니다. 스크립트를 구현하는 초보자 입장에서 문제를 해결하는 과정을 담아 보려고 했습니다.

고병원성 PRRSV의 특징

Zhou 등에 따르면 고병원성 PRRSV 균주는 Nsp2 유전자 분절의 코딩영역에 고유의 30잔기의 아미노산 결실이 있는 것으로 확인되었습니다. 여기서 Nsp2는 nonstructural protein 2의 약어이며, 중간 부위에 유전자 변이가 매우 많지만, 프로테아제 도메인으로 예상되는 N말단과 트랜스멤브레인으로 예측된 C말단은 보존성이 매우 높은 구조를 가지고 있습니다(Han et al. 2007).


Figure 1. The 30-Amino-Acid Deletion in the Nsp2 of Highly Pathogenic PRRSV. (Zhou et al. 2009)

스크립트 작동조건

실험에서 직접 시퀀싱한 서열을 고병원성인지 확인하는 것이므로 입력 서열은 DNA이며, 이 예제에서의 기준서열은 Figure 1에서 제시된 것처럼 단백질 서열로 가정합니다(VR-2332). 그리고 결실이 있는 위치와 크기의 허용오차를 줄 수 있어야 합니다. 입력인 DNA 서열은 Nsp2의 특정 부위를 증폭한 PCR산물을 직접 시퀀싱한 것입니다.

해결책을 찾아가는...

일단 이 문제는 쌍서열정열(pairwise sequence alignment) 전형적인 예입니다. 서열정열만 하면 거의 해결에 가까이 온 것입니다. 먼저 간단한 퀴즈 하나를 내보겠습니다. 이 문제의 경우 전역정열(global alignment)와 지역정열(local alignment) 알고리즘 중에서 무엇을 선택하는 것이 좋을까요? 이 퀴즈에 답을 하기 위해서는 기준이 되는 단백질 서열의 길이와 입력이 되는 DNA 서열의 길이를 비교해야 합니다. 기준 서열은 PRRSV의 완전유전체 중의 하나이며, 입력 서열은 Nsp2의 PCR 산물이므로 그 길이가 많이 다릅니다. 따라서, 지역정열을 해야 적절한 결과를 얻을 수 있습니다.

많은 지역정열 프로그램이 있지만, 생물정보학의 기본중의 기본이라고 하는 BLAST의 패키지중의 하나인 bl2seq를 이용해서 정열을 구현할 수 있습니다. 여기서 두 번째 퀴즈... 어떤 BLAST 프로그램을 지정해야 할까요? 쿼리가 DNA이고, 서브젝트가 단백질서열이면.... 바로 BLASTX를 이용해야 합니다. 당연히 아시겠지만, bl2seq는 별도의 formatdb없이 바로 두 시퀀스를 지정하면 됩니다.

BLAST를 하고 나면 생물정보 스크립트 단골 메뉴인 파서 구현이 나오겠지만, 여기서는 일단 BioPerl이라는 걸출한 라이브러리를 이용합니다. 이미 잘 짜여 있는데 새로 만들 필요는 없으니까요. 따라서 직접 구현해야하는 스크립트의 핵심 기능은 사용자가 지정하는 오차범위에 일치하는 긴 결실이 있는지를 판단하는 부분입니다.

먼저 bl2seq의 결과 파일을 보면 Figure 2와 같이, 쿼리 요약, HSP (high scoring pair), 파라메터, 통계량 등을 보여줍니다. 

Figure 2. An example BLAST's result of the deletion in Nsp2.

BioPerl의 Bio::SearchIO 모듈을 이용한 BLAST, FASTA, HMMER, Sim4 등의 다양한 정열 프로그램 결과를 읽거나 저장할 수 있습니다. 바로 이 모듈을 이용해서 bl2seq 결과를 파싱(parsing)할 수 있습니다. 구체적인 사용법은 BioPerl 문서의 매뉴얼이나 HOWTO 문서를 읽어보시길 권합니다.

위 의 방법이든 직접 파싱을 하든 일단 HSP에서 긴 결실 부위를 찾는 것이 핵심인데, 연구를 열심히 하는 생물정보 스크립터들이 잘 빠지는 오류중의 하나가 너무 '현학적인'인 방법을 생각하는 것입니다. 이번의 경우에도 입력 서열의 품질이나 정제 상태에 따라서 지역정열의 결과 패턴이 매우 다양하고, 이를 고려하다 보면 각 컬럼별 통계량을 계산하거나, 프레임시프트 여부, 연속 결실을 계산하기 위한 그래프 알고리즘... 이런 상태에 봉착하셨다면 커피한잔이나 산책 후에 "Perl script should be Perlish"를 상기하면 어떨까요?

다음 Perl 코드는 HSP에서 "-"로 연속되는 결실을 포함하고 있는 문자열을 가져오는 것입니다.

my $query_alignment = $hsp->query_string();


이제 Perl의 초강력 정규식을 이용해서 연속하는 결실부위를 찾습니다. 아래 코드는 최소 크기 이상을 가지는 연속되는 결실을 모두 찾는 코드입니다.

my ($ref_start, $ref_end) = $hsp->hit->strand < 0 ? ( $hsp->hit->end, $hsp->hit->start ) : ( $hsp->hit->start, $hsp->hit->end ); while( $query_alignment =~ /(\-{$threshold_length,})/g ) { $indel_start = $-[1] + $ref_start; $indel_end = $-[1] + $ref_start + length($1) - 1; $indel_length = length($1); push @indels, [$indel_start, $indel_end]; }


이렇게 @indel 배열에 결실에 대한 정보를 저장하고, threshold % indentification (-p), expected start position of indel (-s), expected end position of indel (-e), tolerant positional error(-d)와 같은 추가적인 필터 조건을 구현하고 실제로 동작시키면 아래와 같습니다.

[bckang@gxs ~]$ ./gvs_find_indel.pl nsp2.blsx -s 921 -e 949 -d 15 #Mutation dectector's parameters: p=30 s=921 e=949 d=15 >AAO13191(NA_prototype) 920 948 29 >AAO13191(NA_prototype) >AAO13191(NA_prototype) >AAO13191(NA_prototype) >AAO13191(NA_prototype) >AAO13191(NA_prototype)


이 문제를 해결하는 방법은 매우 다양합니다. 위의 방법은 이미 결실 위치와 크기가 알려진 경우에는 간단한 해법이 될 것이라고 생각됩니다. 마지막으로 스크립트를 만드시는 분들께

Perl is supposed to be Perlish and Python looks like Pythonic.

References

  1. Zhou, L. et al. (2009) The 30-amino-acid deletion in the Nsp2 of highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus emerging in China is not related to its virulence. J. Virol. 83(10):5156-67.
  2. Han, J. et al. (2007) Identification of Nonessential Regions of the Nsp2 Replicase Protein of PRRSV Strain VR-2332 for Replication in Cell Culture. J. Virol. 81(18):9878-90.
  3. Wikipedia: PRRSV.
  4. Altscul, S.F. et al. (1999) Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.
  5. Thompson, J.D. et al. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22(22):4673-4680.
  6. Perl, http://www.perl.org

  7. BioPerl, http://www.bioperl.org

    KM사업부장 강병철


Posted by 人Co

2013/01/31 12:34 2013/01/31 12:34
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2012년 새해가 밝았습니다! 라고 이야기를 들었던게 얼마 안 된 일인 것 같은데, 어느새 끝나가는 2012년. 그리고 끝자락 즈음 12월 28일 (주)인실리코젠에서는 전 직원이 모여 한 해를 마무리하는 송년회가 있었습니다. 한 해를 마무리하는 이번 송년회는 가수 박진영씨의 나쁜 JAZZ BAR 콘서트를 관람하게 되었습니다.



오후 세 시. 오전 일과를 정리하고, 사무실 청소를 마친 뒤 서울 올림픽 공원 근처의 한정식 집으로 출발했습니다. 소복하게 쌓여있는 눈이 걱정스럽기도 했지만, 들뜨는 기분을 감출 수는 없었습니다. 한 시간 정도 도로를 달리고 드디어 목적지인 한정식 집에 도착했습니다.
끊임없이 나오는 맛있는 음식들과 함께 담소를 나누며 허기진 배를 달래고 난 뒤, 올 해의 1 부 송년회 행사가 있었습니다. 이날 행사 진행은 지난 창립기념일에 사회를 진행해 주신 인실리코젠의 일일 사회 전문 유원기 주임님께서 맡아주셨습니다.



먼저 송년회를 시작하면서 사장님의 말씀이 있었습니다. 늘 식상하지 않게 애쓰신다는 말씀 처럼, 이번에는 일본의 막부시대를 열었던 사람들의 이야기로 재미있게 풀어주셨습니다. 사장님의 말씀이 끝나고, 직원들이 서로를 위해서 준비한 선물 교환식이 있었습니다. 당첨률 80%를 자랑했던 핸드크림을 비롯해 연말연시에 빠질 수 없는 술, 오징어, 양은냄비 등등 실용적이거나 기발하거나 알차게 준비된 선물들과 함께 보낸 이 시간은, 올 한 해가 나에게 어떤 의미를 가지고 있었나를 잠시나마 생각하게 해 준 시간이었습니다.



1부 행사가 끝나고 남은 저녁 식사를 마치고, 모두 올림픽 경기장에 있는 콘서트 장으로 향했습니다. 8시가 조금 넘은 시각, 드디어 기다리고 기다리던 콘서트가 시작됐습니다. 불륜 삼부작(?) 이라던 발라드로 시작했던 콘서트 장은 어느 샌가 함께 뛰는 열기 가득한 콘서트 장으로 변했습니다. 어느덧 불혹의 나이가 되어서 10년, 20년 후에 머리가 백발이 되어서도 무대에서 뛰고 싶다던, 박진영씨의 열정으로 가득찬 퍼포먼스 들로 더더욱 빛이 났던 무대 였습니다. "나쁜" 이라는 단어에 걸맞지 않게(?) 나쁘지 않았던 오히려 발랄했던 나쁜 JAZZ BAR 에서 보낸 약 두 시간, 동행 했던 지인, 연인, 가족 등과 함께 지난 2012년에 있었던 좋지 않았던 기억들과 좋았던 기억들을 정리하고, 다가오는 2013년을 새롭게 준비할 수 있는 행복한 시간이 되었기를 바래봅니다. 이번 송년회에도 기획부터 진행까지 고생해주신 Descign팀과 아낌없는 지원을 해 주신 사장님께도 감사 드립니다.



그리고 밝아온 2013년 계사년. 2013년 1월 2일 인실리코젠 전 직원들이 다시 한 번 모였습니다. 바로 2013년 시무식을 위한 자리였습니다. 이날 시무식은 수원시 화서동에 새로 개설된 R&D 센터에서 열렸습니다. 이 날 행사는 이규열 팀장님이 사회를 맡아 진행해 주셨습니다. 바쁘신 와중에도 알차게 시무식 진행을 준비해주신 이규열 팀장님 고생하셨습니다!



시무식 때는 올 한 해에 (주)인실리코젠 이라는 기업이 어떤 방향에 중심을 두고, 어떤 목표를 가지고 나아갈 것인지에 대한 사장님의 말씀이 있었습니다. 다시 한 번 人Co라는 브랜드의 의미를 새길 수 있었던 시간이었습니다.



R&D 센터 개소식에서는 강병철 부장님께서, 향후 R&D 센터의 발전 방향에 대한 이야기를 해 주셨습니다. 막 태어난, 하고 싶은 일도 많고 가능성도 많은 R&D 센터의 발전을 기대해 봅니다. 시 무식 마지막에 외쳤던 구호처럼 2013년에는 당당하고, 신나고, 멋지게 일하는 人Co인이 되기를 다짐해봅니다. 2013년은 한 살 한 살 먹어가는 (주)인실리코젠이 2012년 보다 더 높이 올라갈 수 있는 한 해가 되길 바래봅니다. 모두 새해 복 많이 받으세요!

Codes 사업부 컨설턴트 박혜선

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2013/01/21 10:56 2013/01/21 10:56
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<출장정보>
 - 기간 : 2012.11.04 ~ 2012.11.10 (7일)
 - 지역 : BIOBASE사 인도지사 (Bangalore in India)



BIOBASE사는 그 동안 우리 회사에서 많은 고객분들에게 consulting과 분석을 진행해왔던 파트너사입니다 (http://www.insilicogen.com/wiki/BIOBASE/Introduction). 이미 잘 알려져 있는 것처럼 BIOBASE사는 TRANSFAC®, HGMD®, PROTEOME™ 등의 양적/질적으로 훌륭한 데이터베이스를 전문 curator들이 직접 구축할 뿐만 아니라, 최근에는 Genome Trax™와 ExPlain™과 같은 분석 서비스도 개발되어 생물정보학적 분석서비스를 선도하는 기업입니다.



BIOBASE사 본사는 독일의 Wolfenbuettel에 위치하고 있으며 1997년에 설립되어 지금까지 생명과학, 의약학 및 다양한 응용 분야 등의 사업에서 큰 기여를 해왔습니다. 이후 2006년에 Jesintha (BIOBASE사 인도지사장)와 Kantharuban (재정 및 행정 담당)이 인도 Bangalore에서 BIOBASE사 인도지사를 설립하여 독일 본사와 긴밀한 관계를 유지하면서 독자적인 curation service에 대한 체계를 확장해 나가고 있습니다. 모든 database의 curation이 인도지사에서 이뤄진다는 것을 알고 그런 모습을 직접 현장에서 알아보고자 이번에 박준형 부장님과 제가 그 곳을 다녀왔습니다.



본격 미팅을 하기 전에 우리가 묵는 호텔에 직접 찾아와주신 Jesintha 및 Javid (인사담당자)와 함께 점식 식사를 하면서 가벼운 대화를 했습니다. 작년에 Jesintha가 당사를 방문했을 때 정말 좋았다며 소중한 추억을 나눴고, 이후 시간에는 자세히 다룰 이슈 사항들에 대해서 이야기를 나누었습니다. 인도 전통 음식들은 사실 입에 많이 맞지는 않았지만, 다행히 호텔 레스토랑 위주로 식사를 해서 적정수준에서 인도의 음식문화를 경험할 수 있었습니다.



BIOBASE사 인도지사는 ORACLE이 위치한 동일한 건물을 사용하고 있으며 3층을 사용하고 있습니다.
 

예상했던 것보다 사무실이 상당히 넓었고, 직원들도 많았습니다. 책상이 넓으면서도 그 위에 기타 복잡한 행정서류가 없어서인지 전체적으로 깔끔한 느낌을 받았습니다. 직원들의 65% 정도는 여성일 정도로, 상대적으로 여직원들이 많은 편이었습니다. 사진에는 보이지 않지만, 논문을 보면서 자유롭게 의논하는 모습들이 마치 대학 연구실의 한 장면 같아 보였습니다. 중간에 있는 기둥에는 Growth의 단어 아래에 "The road to success is always under construction. It is necessary to always surpass oneself and this is a lifelong occupation." 문장이 기록되어 있었는데, 이 말이 어쩌면 curator들에게 가장 중요한 것들이란 생각이 들었습니다.
 


한창 curation 작업을 하시던 한 curator 팀원들과 함께 사진을 찍었습니다. 가운데 curator 분의 책상 한 켠에 보시면 논문이 쌓여있는 것이 보입니다. 이 분들은 대부분이 curator로서 업무 유형에 따라 PDF 파일을 화면을 통해 보는 분도 계셨고, 출력물로 curation 정보를 추출하는 분도 있었습니다.
 

먼저 양사간의 업무 특징과 비전에 대한 내용을 소개하는 시간을 가졌는데, 함께 대화를 하면 할수록 서로 간에 긴밀한 상호협력관계가 필요하다는 기대를 하게 되었습니다. 크게는 BIOBASE사의 Product와 Service를 구분하여 논의를 진행하였고, 이후 시간에 실무 담당자들의 발표를 통해서 구체적인 정보를 얻을 수 있었습니다.
 


HGMD®, Genome Trax™, PROTEOME™, TRANSFAC® 등의 전반적인 BIOBASE사 제품군에 대한 설명은 Dr. Karthick이 담당을 해줬고 (사진 위), ExPlain™에 대한 전반적인 설명은 Dr. Dinesh가 진행해줬습니다 (사진 아래). 그 동안 HGMD®와 TRANSFAC® 정도만 주로 알았던 저에게 Genome Trax™와 ExPlain™ 에 대한 설명을 듣는 시간이 매우 흥미로웠습니다. 모든 세미나는 자유롭게 토론하는 방식으로 진행하다보니 무수한 질문과 응답이 교차하면서 1시 30분 - 2시간 동안 모든 세미나가 진행되었습니다. (아래는 발표를 내용 중에서 주요 내용만 다룬 것으로 자세한 내용은 BIOBASE사 홈페이지를 참조바랍니다.)
  • 연구자가 발견한 disease mutation이 진짜인지 아닌지를 구별하고 싶을 때는 방대한 참고문헌 리뷰를 통해 구축된 HGMD® 데이터베이스를 검색해보면 되며, 더 나아가 고급 검색기능을 통해 dbSNP filtering, 특정 position 또는 구간 내에 존재하는 mutation 검색, 특정 질병 및 미리 지정된 mutation 특성을 기반으로 한 mutation 검색 등이 가능합니다.

  • 더 나아가 Genome Trax™는 대단위로 동정된 mutation 중에서 연구자가 원하는 최적의 mutation을 결정하기 위한 약 30여개에 달하는 분석결과 정보를 제공하며, 그 외에도 dbNSFP를 이용하여 human non-synonymous SNP를 손쉽게 탐색이 가능하고, 어떤 결과에도 포함되지 않은 mutation이라면 novel variation이라고 충분히 판단할 수 있도록 돕는 웹기반 분석툴입니다.
  • TRANSFAC®은 gene regulation에 초점을 둔 데이터베이스이고, PROTEOME™은 단백질 발현 및 상호작용 등에 걸친 다양한 부분에 초점을 둔 것입니다.

  • ExPlain™은 TRANSFAC®과 PROTEOME™의 강력한 기능을 적용하여 target gene이 과발현하지 않더라도 promoter 분석과 pathway 분석을 통해 activated pathway와 그에 따른 key node를 분석할 수 있는 독자적인 분석 툴입니다.



사실 저희가 가장 궁금했던 내용은 Curation Pipeline에 대한 것이었는데, Proteome™ database 담당자 Dr. Geeta가 우리가 기대했던 만큼 방대한 내용을 세세하게 설명을 해주었습니다. 모든 curation은 reference pipeline, sequence pipeline, vocabulary pipeline, curation platform의 총 4개 부분으로 구성되어 있습니다.
  • Reference pipeline은 방대한 참고문헌을 통해 정보를 추출하고 수집하는 단계로서, partially automated process를 통해 전체 정보의 30%정도를 일정하게 수집하는 한편, manually searching papers 과정을 통해 나머지 70%의 정보를 축적합니다.
  • Sequence pipeline은 Sort, Merge, Nametag process와 같은 세부적인 3단계를 거쳐서 서열 정보를 중심으로 BIOBASE사 내부 데이터베이스와 연결된 다양한 데이터를 grouping하는 중요한 과정을 거치게 됩니다.
  • Vocabulary pipeline는 앞선 과정을 통해서 수집된 gene ontology, Mesh term, international vocabulary를 BIOBASE Knowledge Library (BKL)로 연결해 줍니다.
  • Curation platform는 ortholog 관계를 근거로 GOGNATE group으로 지정하고 가용한 모든 BIOBASE사 내부 데이터베이스 정보를 연결하게 됩니다.
위 의 단계별 작업을 통해 완성된 curation 데이터베이스는 quality check (QC) 정책을 통해서 3단계를 거쳐서 발생된 error를 수정할 수 있으며, quality assurance (QA) 제도를 통해 curation 작업의 질을 지속적으로 향상시키고 있다고 합니다. 이렇게 축적된 데이터베이스를 고객이 사용할 경우, 어떻게 결과를 보게 되는지 TP53 단백질을 사례로 보여줬습니다. 그 결과를 하나하나 따라가 보니 Introduction, Biomarker associations, Drug interactions, Mutant phenotype, Pathway & Interactions 등을 포함하여 현 시점에 수집할 수 있는 그 단백질과 관련된 모든 정보를 확인할 수 있었습니다. 더구나 참고문헌 정보까지 연결되어 있기 때문에 이 단백질에 대한 논문을 작성한다면 정말 편하게 작성할 수 있을 것 같았습니다.



Non-NGS based analysis에 대한 설명도 충분히 듣고 왔습니다. 다른 분들과 마찬가지로 담당자 Mittun은 고객의 실험 결과와는 별개로 독립적인 데이터베이스를 구축하는 전략과 방법에 대해 구체적으로 발표해 주셨습니다. 이와 관련된 Service 프로젝트로는 앞에서 언급한 것들 뿐만 아니라, compounds, lipids, metabolite 등도 포함되어 있었습니다. 수많은 curation service 중에서 놀라웠던 것은 Reaction kinetics curation이었습니다. Kinetics 정보를 추출하려면 참고문헌의 본문 뿐만 아니라, 그래프와 표에 제시된 데이터 수치를 curator가 직접 추출하는 과정을 거치며, 추출된 데이터를 Cell Illustrator에 적용하여 시뮬레이션도 가능하다고 합니다. 이 외에도 Drug curation, Protein kinase curation, Plant pathway curation, Nutrigenomics curation 등의 curation service를 통해서 이미 방대한 정보를 보유하고 있다고 합니다.



BIOBASE사는 고객에게 데이터를 파일로 직접 전달하기도 하지만, Cell Illustrator, Cell Designer, PIXEL 등의 소프트웨어를 이용하여 고객들이 좀더 효율적으로 simulation을 할 수 있도록 해줍니다. Cell Designer를 잘 이용하면 사용자가 원하는 biological map을 효율적으로 비교 및 분석이 가능하다고 합니다.



BIOBASE사의 product 및 service에 대한 모든 발표를 들은 후에, 본격적으로 Jesintha 및 Jyothi와 함께 마케팅 전략에 대해 깊이있는 의논을 했습니다.



당사에 관심이 많은 인도지사 실무자 팀장인 Dr. Dinesh와 Dr. Karthick은 자투리 시간에도 먼저 찾아와서 말을 걸 정도로 많은 관심을 표현했습니다. 처음에는 한국과 인도 간의 문화 차이에 대해서 가볍게 대화를 시작했지만, 점차 각 국의 연구환경, 각 회사의 비전에 대한 다양한 의견 공유까지 연결되어 1시간여동안 서서 대화를 나누었습니다.



많은 인종과 종교가 공존하는 인도이기에 다양한 축제가 있지만, 국가적인 명절로 손꼽히는 것은 힌두교 축제들입니다. 그 중에 하나인 Diwali를 기념함과 동시에 BIOBASE사에서는 결혼하는 직원들을 위한 이벤트를 마련해줬습니다. 예비부부의 서로 간의 퀴즈 맞추기는 우리나라에서도 몇 번 보았지만, 그림 그리기 게임은 처음 보는 것이어서 인도 사람들의 순수함을 엿볼 수 있어서 좋았습니다. 웃고 즐긴 후에는 결혼을 앞둔 직원들이 원하는 가전제품을 선물로 주는 훈훈한 모습도 보았답니다.



모든 행사의 마지막에 Jesintha 지사장님은 한국에서 온 (주)인실리코젠이 함께 비전에 대해 고민하고, 다양한 아이디어를 제공한 것에 대해 진심으로 고마움을 표시하시면서 방문한 저희들과 회사에 귀한 선물을 주셨습니다. 사실 관광하러 (차 많고 사람 많은) 인도 Bangalore를 또 가라고 한다면 정중히 거절하고 싶지만, BIOBASE사 인도지사에 가라고 한다면 다시 그곳에 가고 싶습니다. 자신들의 pipeline을 자신있게 설명해주는 그들과 그것을 모두 받아들이고 가고 싶다는 열정을 가지고 듣는 우리, 그렇게 함께 보낸 6일 동안의 여정은 모두가 하나가 되는 멋진 순간들의 연속이 아니었나 싶습니다. 그런 순간들이 밑바탕이 되어 생긴 신뢰가 다시 고객들에게 고스란히 돌아가는 날이 하루빨리 오기를 기대해 봅니다.

Codes 사업부 주임컨설턴트 유원기

Posted by 人Co

2013/01/18 14:22 2013/01/18 14:22
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