Ariadne Genomics는 Pathway Studio 9과 MedScan Reader 5 버전을 출시하였습니다.
그럼 새로운 기능들과 향상된 기능들을 살펴볼까요?

Pathway Studio 9

◆ New Features to Expand Experimental Data Analysis
1. Two data types displayed in one pathway view
유전자 expression 또는 proteomics 데이터를 metabolomics 데이터와 함께 같은 pathway view 내에서 디스플레이가 가능합니다. 단순히 두 개의 실험 데이터와 pathway를 열면 링크버튼 위의 experiment table에서 두 개의 실험 데이터를 tab 방식으로 확인할 수 있습니다.

2. Experiment values displayed in group view
이전 버전에서는 experimental value는 오직 pathway view에서만 볼 수 있었습니다. 허나 이제는 group viewer에서도 그 값을 확인할 수 있습니다. Link 버튼으로 group viewer table과 연결되어 probe value 컬러와 수치 값이 보여집니다.
하나의 유전자에서 multi probes로 분석이 진행될 때 group viewer에서 probe value는 평균값을 제공하는 옵션도 가능하며, default 세팅은 각 유전자별로 가장 p-value가 높은 probe의 value로서 확인됩니다.


3. GSEA results display entities in order of measured value
GSEA 분석의 결과 테이블도 향상되었습니다. 분석된 "measured entities"컬럼은 엔티티들의 리스트와 연동되어 최대값과 최소값으로 설정된 범위의 fold change 값을 함께 컬러로 나타낼 수 있도록 할 수 있습니다.
또한 GSEA의 "Sample to analyze" 옵션으로 experiment table의 최소한의 혼란을 위하여 원하는 항목을 적절하게 선택을 통하여 제한할 수 있습니다. 이전에는 p-value 컬럼이 포함된 모든 컬럼이 테이블 내에 디스플레이 되었었습니다.


4. Correlation viewer available after experiment import
Correlation view가 experiment properties내에 tab으로 추가 되었습니다. 향상된 기능으로부터 large correlation plots은 화면에서 스크롤링 없이도 쉽게 볼 수 있습니다.


5. Chromosomal localization enrichment with Fisher's Exact Test
Fisher's Exact Test 알고리즘에 적용되는 유전자/단백질들의 리스트를 대상으로 chromosomal enrichment 분석을 할 수 있습니다. 현재 mammalian GSEA 분석을 위하여 사용할 수 있도록 준비되어 있습니다.


6. Colored experiment values can be exported to Excel
Experiment table 내의 컬러 value들을 MS Excel spreadsheet로 함께 export가 가능합니다. 컬러 intensity 또는 컬러 value는 세팅 옵션에서 쉽게 조절할 수 있습니다.

◆ New Capabilities for Visualizing Pathways
1. Options for initial pathway results views
Pathway 작업을 위하여 추가된 기능 중에는 새롭게 만들어진 pathway 결과를 graph view 또는 table view에 선택하여 열수 있는 옵션이 포함되었습니다. 또한 Advanced build pathway wizard를 사용하면 graph, entity table, relation table 또는 reference table view를 먼저 선택할 수 있습니다.

2. Easily adjust font size on entities in Pathway View
네트워크상의 single entity를 위한 텍스트 사이즈를 쉽게 조정할 수 있습니다. 원하는 엔티티 내 텍스트의 노란 도형을 선택하여 드래그하여 이용하면 됩니다.

3. Functional Class association tabs renamed
Functional Class 내의 단백질들의 membership을 구성할 때 새로운 tab을 조사한 특징을 이름으로 확인할 수 있도록 만들 수 있습니다. 예를 들어, "Members"라는 tab을 “Child Concepts"로 또는 ”Parent Concepts" tab을 바꾸어 분석 조건에 알맞게 사용할 수 있습니다.

MedScan Reader 5

◆ Dictionary and Algorithm Improvements
Entrez로부터 2011년 봄 기준으로 Protein 정의 업데이트가 진행되었으며 functional class dictionaries 큐레이트를 통하여 non-mammalian classes를 제거하고 가장 최신의 Gene Ontology를 나타내도록 변경되었습니다. 또한 MeSH로부터 새롭고 많은 aliases가 disease dictionaries에 추가되었습니다. 그리고 MedScan5에서는 텍스트 마이닝을 명확하게 하는 알고리즘이 향상되었고 애매모호한 단어들을 조금 더 명확하게 해석이 가능하도록 중점을 두어 업그레이드가 되었습니다.

◆ End User Editing of MedScan Dictionaries
이전에는 사용자 인터페이스 내의 제한으로 entity 용어를 추가한다거나 aliases를 추가하는 등의 MedScan dictionary 편집은 특별한 등록 키를 Ariadne에서 제공한 사용자만이 사용할 수 있었습니다. 이번 MedScan5 는 dictionary 편집과 인터페이스의 확장을 모든 사용자가 추가의 라이센스 활성화 없이도 이용할 수 있게 되었습니다. 이를 통하여 사용자들은 그들이 원하는데로 dictionary들을 modify 할 수 있습니다.



ResNet Database 9

◆ Mammalian database
    ▪ Organism 특이적 functional class 큐레이션 (non-mammalian classes 제거)
    ▪ 질병 레코드에 더 많은 aliases 추가
    ▪ 새로운 Ariadne Cell Process pathway 수집
    ▪ miRNA effect를 예측하는 relation이 포함
    ▪ 더 많은 metabolic pathway 추가
    ▪ 2배 이상의 full-text articles 포함

◆ Plant database
    ▪ 데이터베이스 내 relation 컨텐츠의 15% 이상 증가
    ▪ Organism 특이적 functional class 큐레이션 (non-plant classes 제거)
    ▪ Signaling pathway들의 수집을 확대하고 다시 작업하여 완성
    ▪ AraCyc로부터 더 많은 metabolic pathway들의 추가

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Insilicogen 7th birthday! 2011년 9월 30일...

(주)인실리코젠의 7번째 생일파티가 열렸습니다. 원래 10월 1일이지만 주말인 관계로 하루 전날인 금요일에 생일파티를 진행하였습니다.

이 날 행사는 1부와 2부로 나누어 진행이 되었습니다. 1부 행사 전에 포토타임이 먼저 진행이 되었습니다. 인실리코젠에는 미남, 미녀 분들이 참 많은 것 같죠?

포토타임을 마치고 이성찬 주임님의 진행아래 1부 행사가 진행이 되었습니다.

타임캡슐 개봉으로 시작을 하였습니다. 1년 전 모두의 소망을 적어 넣었던 타임캡슐을 개봉하여 읽어보는 시간을 가졌습니다. 소원을 이룬 분들이 많아 행복했던 시간이었습니다.

다음으로 김성후씨가 준비한 인실리코젠 7년간의 이야기 동영상을 감상하였습니다. 동영상 재생이 끝나고 모두 잠시 말을 잊지 못하였습니다. 너무 감동적이었던 걸까요? 지난 7년간의 추억에 모두 빠져드는 시간이었습니다. 

그 뒤에 사장님 말씀이 이어졌습니다. '마쓰시타 고노스케' 의 '길을 열다' 라는 책을 인용하시어 좋은 말씀을 해주셨습니다.

다음으로 단체사진 촬영이 있었는데 파견 및 외근으로 많은 분들과 함께 촬영하지 못해 조금은 아쉬웠습니다. 

1부 행사 마지막으로 모두가 자신이 버리고 싶은 것을 적어 날려 보내는 풍선 날리기 행사가 있었습니다. 어느 순간 인실리코젠 창립기념일의 문화로 자리잡게 되었습니다. 타임캡슐에는 소망을 담고 풍선에는 버리고 싶은 것을 담아 날려 보내며 새로운 마음가짐을 갖게 해주는 시간이었습니다.

2부는 수원역 근처의 한 고기 집에서 열렸습니다. 파견 및 외근을 나가시는 분들까지 참석해주셔서 오랜만에 전 사원들이 모일 수 있어 좋았습니다. 모두들 맛있게 식사를 하고 계실때 쯔음 최성의 수석님의 진행아래 2부 행사가 시작되었습니다. 2부 행사에는 특별히 Biobase사의 부사장이신 Jesintha가 참석하여 자리를 빛내주셨습니다. 

첫 번째 행사는 베스트 드레서 시상이었습니다. 모두가 고기로 배를 채우는 동안 투표가 이루어졌고 투표가 중간쯤 진행이 됐을 때 번외 경기로 즉석 인기상 투표가 있었는데요. 대상자들의 화려한 워킹과 퍼포먼스가 있었고 Descign팀의 조아영 선배님과 KM사업부의 강병철 팀장님의 접전 끝에 Descign팀의 조아영 선배님이 뽑혔습니다. 그리고 계속된 투표에서 최종적으로 남자부문은 KM사업부의 황선수씨, 여자부문은 Descign팀의 조아영 선배님이 베스트 드레서로 뽑혔습니다. 베스트드레서에게는 Descign팀에서 준비한 특별선물과 사장님의 특별 상금이 수여되었습니다.

다음으로 모두가 기다리던 행운권 추첨이 시작되었습니다. 특이하게도 같은 테이블에 앉은 분들이 행운권을 쓸어가 조작이 아닌가 하는 논란이 일기도 하였지만 추첨하는 내내 즐거운 시간이었습니다. 

이어서 Jesintha의 축하사가 이어졌습니다. 

Jesintha의 축하사에 이어 사장님과 이사님들의 케이크 컷팅이 진행되었습니다. 가운데 숫자 7모양의 초가 아주 예쁘게 타오르고 있네요 ^^ 

이렇게 인실리코젠의 7번째 생일을 함께 보냈습니다. 모두가 같이 노력해 왔기에 행복한 생일을 보낼 수 있었던 것 같습니다. 우리 모두 1년 뒤 8번째 생일에는 더욱 더 행복한 모습으로 만나요 ^^ 

P.S. 끝으로 7번째 생일을 위해 고생하신 Descign팀 분들과 다른 모든 분들에게 감사의 인사를 드립니다.

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문화가 아름다운 회사라는 수식어가 어울리는 그런 회사가 있습니다.
바로 Insilicogen입니다. 사람을 중요하게 생각하는 Insilicogen에는 다양한 문화가 있지만 오늘은 그 중 한 가지인 CultureDay에 대해서 소개해드리겠습니다.

지난 8월 17일은 Insilicogen의 CultureDay로써 동료애와 친목을 돈독히 하는 영화 관람 및 저녁식사가 있었습니다. 회사에 오기 전 Quipu Story를 통해 보았던 CultureDay에 제가 함께 참여하고 있다는 것이 참 신기했고 이러한 행사가 꾸준히 이어져 왔다는 점에서 다시 한 번 회사에 대한 신뢰감이 들었습니다.

8월의 시작과 함께 사내 위키 페이지는 보고 싶은 영화를 선정하기로 뜨거웠습니다.
블라인드, 혹성탈출과 함께 막판까지 접전을 벌이다 최종적으로 선정된 영화는 바로 “최종병기 활”입니다.
이 영화는 병자호란을 배경으로 당시 무력했던 왕조의 항복에 의해 50만 우리 민족이 청나라로 끌려 가야만 했던 시대적 비극을 다루고 있습니다.

영화는 남이 (박해일 분)와 그의 동생 자인 (문채원 분)의 어린 시절로부터 시작합니다.
그들의 아버지는 역적으로 몰려 죽음을 맞이합니다. 아버지가 그에게 남기셨던 활을 들고 동생과 함께 살기위해 찾았던 곳은 바로 서군 (김무열 분)의 집이었고 그곳에서 그들은 역적의 아들과 딸로 숨어살 수밖에 없었습니다.
청국의 언어를 알고 뛰어난 활솜씨를 가졌지만 과거 시험에 응시할 기회조차 얻지 못했던 남이가 될 대로 되라는 식의 삶을 살았던 것이 참 안타까웠습니다.
그들에게도 좋은 날이 왔는데 바로 자인과 서군의 결혼이 현실화된 것입니다.
그러나 바로 혼인날 습격한 청나라 정예부대(니루)에 의해 자인과 서군은 포로로 잡혀가고 맙니다.

삶의 중심이었던 동생 자인을 찾기 위해서 남이는 아버지의 활을 들고 뒤쫓아 갑니다.
귀신과도 같은 솜씨로 청나라 정예부대 (니루)를 하나둘씩 처치하는 남이와  남이의 신묘한 활솜씨를 알아챈 청의 명장 쥬신타(류승룡 분)의 대결 구도가 매우 흥미진진했습니다.

날아오는 방향을 예측할 수 없는 곡사를 사용하는 남이와 무시무시한 파괴력을 가진 육량시를 사용하는 쥬신타. 쥬신타가 힘이라면 남이는 기술입니다. 남이가 신속하게 쏘는 반면 쥬신타는 한발 한발에 신중합니다. 쥬신타가 격공이라면 남이는 수비입니다.
두 무인의 대결 구도가 손에 땀을 쥐게 합니다.

과연 승자는 누구일까요?

영화의 결말에 대해서 이런저런 이야기들이 오갔지만 아직 못 보신 분들을 위해서 함구하겠습니다.
조금 잔인하기는 했지만 활이라는 색다른 소재가 신선했던 영화였습니다.
남이가 이런 말을 남깁니다. 바람은 계산하는 것이 아니라 극복하는 것이라고.
동생의 구출을 위해 필사적으로 애쓴 그의 모습을 보면서 목적이 얼마나 큰 동기가 되는지 다시 한 번 깨닫게 되었습니다.
목적이 확고할 때, 아무리 거센 바람이 몰아쳐도 극복할 수 있을 것이라는 생각이 들었습니다.

영화 관람 후 우리가 빠르게 움직인 곳은 바로 수원의 맛집 'ㅈ' 고기집입니다.
작은 분수와 목재 구조가 전원을 느끼게 하는 곳이었습니다.
특이한 점은 식육점이 옆에 있다는 것인데 고기를 산 후 가게에서 먹을 수도 있다고 합니다. 그만큼 신선한 고급육을 사용하고 있다는 거겠죠?

그곳에서 영화 내용에 대해서 이야기도 나누고 함께 화기애애한 시간을 가졌습니다.
사실 서로 다른 팀원들끼리는 공통의 관심사를 끄집어내기가 조금은 어려운 점이 있었는데 영화를 통해서 하나 되는 모습이 참 보기 좋았습니다.
외근 등으로 함께 하시지 못한 분들이 계셨는데 참으로 아쉽습니다.

다음 CultureDay 때에는 꼭 함께할 수 있기를 소망합니다!!


* 사진 출처 : 네이버 영화(http://movie.naver.com/movie/bi/mi/photo.nhn?code=83084)

Posted by 人Co

2011년 7월 22일.. (주)인실리코젠 식구들은 단합대회를 떠났습니다.
장소는 강원도 인제에 위치한 내린천.

4시까지 모든 업무를 마친 후 각자 챙겨온 짐을 들고 버스에 올랐습니다.

날이면 날마다 오시는 최수석님의 입담과 넌센스 퀴즈의 시작으로 버스 안은 화기애애해지고 웃음이 넘쳐났습니다.
넌센스 퀴즈의 1등 상품은 양주!
임이사님과 선수씨와의 센스 넘치는 공방전 끝에 양주는 선수씨의 품으로 들어갔습니다.
하늘이 저희들의 단합대회를 아는지 뜨거운 태양을 구름으로 살포시 가려주었고, 가는 길은 막힘없어 이른 시간에 펜션에 도착할 수 있었습니다.

도착하자마자 저녁시간임을 알리는 배꼽시계가 울려 바로 저녁 식사 준비를 하였습니다. 서로 누구랄 것도 없이 분주하게 움직였습니다.

저녁 메뉴는 바비큐 파티였습니다. 바비큐 파티를 위해 저와 윤주임님은 상추 및 쌈을 씻어 준비하고, 아영선배는 쌈장과 경표씨가 다듬은 마늘을 나눠 담는동안 밖에서는 다함께 먹을 고기를 먹음직스럽게 구워주셨습니다.

선수씨의 건배 제의와 함께 저녁식사가 시작되었고, 모두들 함께 할 수 있다는 마음에 즐겁고 맛있게 식사를 하였습니다. 고기를 구워주시느라 제대로 못 드신 분들도 계셨지만 덕분에 정말 꿀맛 같았던 저녁이었습니다.

배를 채운 저희들은 성찬주임님의 진행으로 게임을 시작하였습니다. 짝짓기 게임을 통해 팀을 만들고 각 팀마다 구호를 정하였습니다.
처음으로 시작한 게임은 '줄줄이 말해요'입니다. 모든 분들이 각자 속한 팀의 구호를 목이 쉬어라 외쳤고, 사회자의 오판으로 인해 분위기는 더 달아올랐습니다.
두 번째 게임은 스피드 퀴즈였습니다. 저 문제를 어떻게 맞힐까 하는 것들도 각 팀마다 모두 텔레파시가 통했는지 신기할 정도로 잘 맞추었습니다.

마지막으로 인간 제로 게임!
이 게임에서 지는 팀은 펜션 앞 개울에 입수하기로 하였습니다. 제일 긴장되었던 게임이었습니다. 모두 숨죽인 채 숫자를 외치기 시작했고, 입수에 당첨된 팀은 저희 팀이었습니다. 최수석님, 규선임님, 성후씨, 석대리님과 저는 입수를 했고, 결국엔 물귀신 작전으로 모든 분들이 입수를 했습니다.
입수가 끝난 후 심선배의 클라리넷연주와 조팀장님, 성후씨의 기타연주를 들으며 즐거운 밤을 보냈습니다.

다음날 아침, 간단하게 라면으로 배를 채우고, 래프팅할 준비를 했습니다.
내린천은 다른 곳보다 물살이 세기 때문에 긴장이 되었습니다. 픽업하러 온 차량을 타고 래프팅 장소로 이동했습니다.
구명조끼를 입고 헬멧을 쓰고 각자 패들을 들고 물가로 다가갔습니다. 안전요원의 설명을 듣고 드디어 래프팅 시작!
우렁찬 구호소리와 함께 보트가 출발했습니다.
급류에서는 정말이지 아찔하고 무섭고 재미있었습니다. 물살이 잔잔한 곳에서는 물에 빠져 수영도 해보고 자유롭게 놀았습니다. 40-50여분 동안 타고 내려와 저희는 다시 펜션으로 향했습니다. 그리고는 밤에 게임을 통해 입수를 했던 개울에 들어가 어린아이들처럼 동심의 세계로 돌아가 물놀이를 즐겼습니다.

점심시간이 다가오고 서둘러 모두 씻은 후 펜션에서 점심을 먹었습니다. 점심 식사 후 남자직원 분들께서는 뜨거운 태양아래 단합대회에서 빠지지 않는 족구를 하셨습니다. 한 바탕 땀을 흘리고 난 후에 단체사진을 마지막으로 찍고 버스에 올랐습니다.
모두들 피곤하셨는지 돌아오는 차안에서는 숨소리 하나 없이 모두 잠에 빠져들었습니다.

모두 즐길 수 있는 단합대회라 그런지 기억에 많이 남을 것 같습니다.
올 여름은 이렇게 시원한 추억을 갖고 무더운 여름을 버텨야겠습니다. 하루 빨리 내년 여름이 다가왔으면 하는 생각도 듭니다.
단합대회를 준비하신 규선임님 너무 수고 많으셨고, 좋은 추억 많이 만든 것 같아 행복한 미소가 입가에 떠오릅니다.

Posted by 人Co

언제나 새로운 환경에서 새로운 사람들을 만나서 무엇인가를 함께 하게 한다는 것은 알 수 없는 설레임을 느끼게 만듭니다. 당사는 2011년 7월 7일(목)부터 2박 3일의 일정으로 오대산 국립공원 호렙동산에서 열렸던 2011 Summer Brain Storm 및 교육 프로그램에 참여하였습니다. 본 행사는 대덕넷에 소개되기도 했습니다. KM팀 이승헌 컨설턴트가 2박 3일 간의 행사에 대한 후기를 남겼습니다. 함께 보실까요.

출발 당일 아침부터 한반도로 밀려 온 장마 전선으로 인해 2박 3일의 일정 동안 맑은 하늘을 볼 수 있는 시간은 없었지만 워크샵을 참석한 뒤에 회고를 해 보는 지금 제 마음속에는 푸른 하늘이 함께 합니다. 그만큼 이번 워크샵이 많은 것을 보고 배우고 느낄 수 있는 소중하고 의미 있는 시간이었습니다. 워크샵 장소로 가는 여정 동안 보여 준 오대산 자락과 고속 도로 주변의 능선을 뒤덮은 7월의 녹음과 운무는 바쁜 도시의 삶과 업무에 지친 우리들의 마음을 창문으로 흘러내리는 비와 함께 초록빛으로 물들여 주었습니다.

워크샵에 사용된 숙소는 오대산 자락에 위치한 켄싱턴 플로라 호텔이었고 교육 및 체육 활동은 숙소 근처의 호렙 동산에서 이루어졌습니다. 호텔 1층에서 등록 및 방 배정을 받은 뒤에 각자 짐을 풀고 지급 받은 학회티로 갈아 입은 뒤에 교육 및 체육 활동의 장소인 호렙 동산으로 이동하였습니다.

비교적 이른 도착 시간이었음에도 불구하고 먼저 도착한 학회 구성원들이 내리는 빗 속에서 축구, 피구 등의 체육활동을 즐기고 있었습니다. 당사의 구성원들도 도착하자마자 각종 체육활동을 함께 하였습니 다.

처음에는 오랜만에 해보는 체육 활동에 처음 보는 분들과 함께 어우러져 뛰어 다니기가 어색했지만 서로 공을 주고 받으면서 뛰어 다니고 격려 및 응원에 멋진 플레이에는 박수도 치다 보니 어느새인가 흐르는 땀방울과 함께 모두가 서로 융화 되어 즐거운 시간을 보낼 수가 있었습니다. 회사, 기관 그리고 연구실의 책상에서 벗어나 멋진 자연 경광 속에서 소중한 인연이 될 분들과 함께 마음껏 땀을 흘리며 굳었던 몸과 마음이 자연스럽게 무장해제되는 경험을 하였습니다. 비가 약간씩 내리긴 했지만 오히려 뜨거운 여름햇살을 피할 수 있어서 좋았습니다.

체육활동이 끝난 뒤에는 NGS 기기들에 대한 특강을 듣고 저녁 식사 후 숙소인 켄싱턴 플로라 호텔로 복귀하였습니다. 계획상으로는 호렙 동산에서 캠프 파이어 등의 추가적인 프로그램이 준비 되어 있었지만 우천으로 인해 취소가 된 것이 못내 아쉬웠습니다.

마침 돌아오는 일요일이 당사의 김형용 책임개발자님의 생일이라 비록 조그만한 케익이었지만 함께 모여서 생일 축하 노래도 부르면서 끈끈한 인실리코젠만의 정을 느낄 수 있는 시간도 함께하였습니다. 워크샵의 밤에 술은 빼 놓을 수 없는 우리의 소중한 친구 입니다. 창문 너머로 들리는 빗소리와 흐르는 강물 소리가 음주를 위한 운치를 더해주었습니다. 당사는 워크샵을 위한 다른 만반의 준비와 마찬가지로 알코올의 측면에서도 완벽한 준비를 하였습니다. Vodca와 양주 그리고 맥주 등에 각종 안주가 준비가 되었으며 한잔 두잔 서로 주고 받으면서 소소한 이야기, 학술적인 대화 그리고 철학적인 대화를 자유롭게 나누는 밤이었습니다.

어느 정도 당사 구성원간의 대화가 일단락 되고 난 뒤에는 다른 기관이나 대학에서 참석한 학회 구성원들의 숙소를 방문하여 회사 소개 및 각가 개인 소개를 하는 기회를 만들었고 이를 통해 학회 구성원들과의 친분도 쌓을 수 있었습니다. 그렇게 첫번째 밤은 더욱 깊어만 갔습니다.

2nd Day

전날의 체육 활동과 음주 때문에 욱신거리는 몸과 아픈 머리를 들고 호렙 동산을 다시 찾았습니다. 오전에는 첫째날과 마찬가지로 체육 활동이 진행 되었습니다. 여전히 계속 내리는 비로 인해 옷과 몸은 젖었지만 모두의 얼굴에는 하나 같이 환한 미소가 번졌습니다. 체육 활동을 마친 뒤 오후에는 본격적으로 워크샵의 세미나가 진행이 되었습니다. 주로 각 기관이나 대학교의 석사급 연구원분들이 주축이 되어 자신이 하는 연구에 대해서 발표를 하는 시간을 가졌는데, 이번 워크샵을 통해서 Toxicology에 관련된 연구의 다양한 접근 방법과 연구원분들의 땀과 열정을 느낄 수가 있었고 이를 통해 신선함과 자극을 동시에 느낄 수가 있었습니다.

특히 당사가 참여하고 있는 EnviHaz Tool Kit 개발이나 중금속 독성 지표 발굴과 같은 연구 과제와 관련 된 발표 주제가 많아서 해당 업무에 대해서 좀 더 학습을 할 수 있는 소중한 시간이었습니다. 한분 한분 발표가 끝날 때마다 자유롭게 서로 질의 응답도 하고 또 교수님들의 아낌 없는 조언을 통해 젊은 연구자분들이 좀 더 발전할 수 있는 토대를 마련할 수 있었다고 생각 합니다. 학회를 주관하신 류재천 회장님과 황승용 교수님 및 많은 교수님들의 젊은 후학들에 대한 애정과 사랑을 느낄 수 있는 시간이었습니다.

또한 외부 인사 초청을 통하여 사진, 법 그리고 삶의 철학 등에 대해서도 배울 수 있었습니다. 준비 되어진 모든 세션이 끝난 뒤에는 워크샵 참가자들이 서로를 서로에게 소개하는 시간을 가졌습니다. 체육 활동 등을 통하여 오고 가며 서로의 얼굴만 기억하고 있다가 소속과 이름을 들으면서 좀 더 서로를 마음 속에 새길 수 있었습니다.

오후 프로그램이 끝난 뒤에는 모두 야외에서 바베큐 파티를 통해 하룻동안의 피로를 풀었고 강당에서 소통과 교류의 정점이라 할 수 있는 '짝' 프로그램 및 장기자랑이 진행 되었습니다. 즐거운 일탈을 통해 모두 행복한 시간이었습니다. 또한 워크샵 참석자 분들의 연구 이외릐 다양한 재능을 확인할 수 있었습니다. 특히 동국대학교 서영록 교수님의 노래 실력이 가장 기억에 남습니다.

그렇게 두번째 밤도 깊어만 갔고 숙소로 복귀한 당사 구성원들은 자체적으로 아래와 같은 주제로 서로의 생각을 나누는 시간을 가졌습니다. 조금은 쑥스러울 수도 있는 주제지만 서로의 꿈을 알 수 있는 시간을 통해 상대방을 좀 더 잘 이해할 수 있게 되는 계기가 되었다고 생각 합니다. 이 글을 읽고 있는 여러분도 주변의 분들에게 질문을 해 보시는 것이 어떨까요? "너의 꿈은 무엇이니? 투명 인간이라고 해도 괜찮아." 짧은 한 문장의 질문이 여러분과 여러분의 주변을 좀 더 행복하게 하지 않을까요?

3rd Day

이틀간에 누적 된 피로로 인해 다들 힘든 아침을 보냈습니다. 어찌나 일어나기가 힘이 들던지 몸이 천근 만근이었습니다. 결국 늦장을 부리게 되어 아침밥을 못 먹는 사태까지 발생하였고, 세미나실에 준비 되어진 다과로 아침을 대신할 수 밖에 없었습니다. 전날과 마찬가지로 여러 젊은 연구자들의 패기와 열정을 느끼면서 피곤했던 아침을 날려 보낼 수가 있었습니다.

모든 세션이 완료 되고 마지막으로 빛나는 수료증의 수령 뒤에 단체 사진을 촬영하였습니다. 단체 사진은 각자에게 소중한 추억의 한 장면으로 남을 것이라고 생각합니다. 사진에 찍힌 얼굴 하나 하나가 좋은 추억으로 남을 것이며 같은 시간에 같은 공간에서 존재하면서 보낸 행복한 시간을 잊지 않을 것이라고 믿습니다. 단체 사진은 다음 해의 워크샵 표지에 쓰인다고 하니 이번 워크샵에 만났던 소중한 인연이 다음 해의 워크샵까지 이어졌으면 하는 바램 입니다.

마지막으로 워크샵을 준비하고 진행하느라 수고하신 대한 환경 위해성 보건 과학회(http://ehs.or.kr)와 대한 독성 유전 단백체 학회(http://tox.or.kr)의 류재천 회장님과 황승용 교수님 및 여러 교수님들과 젊은 연구자 분들의 노고에 감사를 드리며 워크샵을 후원 해주신 아미사(http://cafe.naver.com/bluehorizon), 아름다운 미래를 만드는 사람들) 일동 여러분에게도 감사의 말씀을 올립니다. 2박 3일 간의 소중한 기억과 추억을 안고 돌아오는 길에 바라 본 강원도의 풍경은 여전히 푸르른 7월의 녹음을 자랑하고 있었습니다.

2박 3일 간의 일정을 돌아 보면 "젋은 후학"들의 다양한 연구 방법과 열정을 접하면서 뜨거운 열기를 느낄 수가 있었고 앞으로 우리 나라 과학계를 이끌고 나갈 큰 재목이 될 것이라는 생각이 들었습니다. 체육 활동, 연구 활동 등 하나 같이 모든 일에 열심히 하는 모습에서 많은 점을 느낄 수 있었습니다.

아쉬운 점은 "젊은 후학"들의 자리인만큼 당사 구성원도 한 세션을 맡아서 발표를 진행했으면 하는 바램이 생겼습니다. 다음 번에는 꼭 협의를 통해 당사 구성원도 세션을 차지할 수 있었으면 하고, 좌장 등의 역할 수행을 통해 좀 더 학회 구성원들과 긴밀해질 수 있는 기회가 생겼으면 좋겠다는 생각을 했습니다.

이상 (주) 인실리코젠 KM팀의 이승헌 컨설턴트의 후기였습니다.

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2011년 6월 23~24일, 한국폴리텍바이오 대학에서 제 1회 IncoWorkshop이 열렸습니다. 이번 워크샵에서는 한국폴리텍바이오대학에 구축된 CLC Genomics Workbench를 이용하여 NGS데이터 분석 전략에 대한 이론적인 교육과 실제 분석 방법에 대한 실습 교육이 진행되었습니다. 본격적인 장마가 시작되고 남쪽에서는 태풍 '메아리'가 북상하여 아침부터 폭우와 강풍이 부는 등 궂은 날씨에도 불구하고 전국 각지의 여러 연구소 및 기업에서 이번 워크샵에 참석하시어 NGS 분석에 대한 깊은 관심을 느낄 수 있었습니다.


교육장소인 한국폴리텍바이오대학은 바이오산업의 전문인력 양성을 목적으로 설립된 국내 최초 바이오 특성화 국책대학이며, NGS 염기서열분석 플랫폼과 대용량의 NGS 데이터 분석을 위한 시스템을 구축하였습니다. 이러한 시스템은 CLC bio사의 enterprise platform인 CLC Genomics Server와 CLC Genomics Workbench, CLC Assembly cell로 구성되어 있으며, 차후 이러한 대용량 NGS 데이터 분석 시스템 구축을 준비하고 있는 기관에서 참조할 수 있는 좋은 reference가 될 것입니다.


워크샵 첫째날은 NGS의 기본 개념과 응용분야, 국.내외 시장 동향, NGS를 통해 생성된 데이터의 분석 전략에 대한 소개 그리고 NGS 분석 분야와 둘째날 실습하게 될 분야들의 이론적인 설명이 주를 이루었습니다. NGS 분석 결과를 가지고 무엇을 할 것인지에 대한 방향을 제시한 점이 기존의 다른 워크샵과 차별성 있게 제시되어 참석자 분들께 좋은 인상을 남겼습니다.


교육 후 저녁식사 시간에는 워크샵에 참석해 주신 연구자 분들이 한 자리에 모여 연구동향에 대하여 서로 의견과 유용한 정보들을 공유하며 친목을 다질 수 있는 시간을 가졌습니다.


워크샵 둘째날 CLC Genomics Workbench를 사용하여 실 예제 데이터를 이용한 실습시간을 가졌습니다. 오전에는 NGS 데이터의 de novo, reference assembly를 해보며 NGS 장비 마다 다른 데이터 특성과 이러한 특성을 어떻게 분석에 반영할 것인지에 대한 교육이 이루어 졌으며, 이러한 결과를 가지고 SNP, DIP, CNV 분석과 같은 variation 분석 대한 실습이 이루어 졌습니다.


오후에는 NGS 분석 방법 중에서도 특정 조직의 발현양상을 분석할 수 있기에 기존의 DNA Chip Expression 방법을 대처할 수 있는 방법인 RNA-Seq analysis와 protein binding site를 찾을 수 있는 ChIP-Seq analysis에 대한 실습이 진행되었습니다. RNA-Seq analysis는 transcriptome분석 방법인 DNA microarray의 한계를 극복할 수 있는 방법으로 최근 각광받고 있으며, ChIP-Seq analysis는 Protein-DNA interaction을 특정 전체 genome을 대상으로 분석할 수 있는 방법으로 이슈가 되고 있습니다.


마지막으로 참석해 주신 모든 분들께 교육 수료증을 전달하며 제 1회 IncoWorkshop을 마무리 하였습니다. 이렇게 1차원 적인 염기서열 분석을 넘어 다양한 분야에서 응용될 수 있는 NGS 데이터 분석은 앞으로 더욱 그 중요성이 높게 평가되며, 이러한 기대에 충분한 정보와 최신 분석 기법을 전달 할 수 있는 인실리코젠의 Codes 사업부가 되도록 노력하겠습니다.

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지난 2009년 가을, (주)인실리코젠에서는 차세대 위키엔진 글터(GLTER)를 선보였습니다. 2년 남짓한 기간 동안 글터에 보내주신 사랑과 성원에 깊은 감사를 드리며 2011년 4월! 따뜻한 봄바람을 타고 설레는 마음으로 글터 v1.5를 내놓게 되었습니다. 고객 여러분의 따끔한 충고와 따뜻한 격려에 힘입어 보다 향상된 기능으로 다시 인사드립니다.

글터 v1.5는 사용자의 편의성 향상에 중점을 두고 여러 가지 기능을 추가하였습니다. 보다 편리해진 편집기, 강력한 이미지 업로드 기능, 문서 작성의 수고를 덜어줄 다양한 템플릿, 바쁜 시간을 효율적으로 관리해 줄 캘린더, 독립 홈페이지로서의 기능을 보다 강화한 사이트 메뉴관리와 회원관리까지 이 모든 것이 새로운 글터에서 가능합니다.

글터를 글터답게 만드는 편집기

간결하고 직관적인 편집기. 눈에 보이는 그대로 웹 페이지가됩니다. 쉬운 사용은 이제 기본입니다. 원하는 대로 글터를 글터답게 사용하세요.

강화된 이미지 첨부 기능

보다 향상된 이미지 첨부. 원하는 자리에 원하는 크기로 넣을 수 있습니다. 하나씩 넣기가 번거로우시다구요? 글터에서 여러 개의 이미지를 한 눈에 보고 한 번의 클릭으로 손 쉽게 넣으세요.

강력한 웹 캘린더

편집기 메뉴에서 한 번 클릭으로 캘린더를 넣을 수 있습니다. 간단하게 일정이나 업무일지를 정리해 보세요.

글터 템플릿, 멋진 글을 더욱 돋보이게 하는 방법

글터 템플릿은 문서 작성자가 웹 디자이너라도 된 것처럼, 작업에 잘 어울리는 문서를 빠르게 만들 수 있습니다. 본격적으로 내용을 작성하기 전이라도 이미 근사해 보입니다. 다양한 템플릿 중에서 필요한 것을 골라 원하는 대로 적용하고 직접 내용을 입력해 보세요. 다 되셨지요? 멋진 전문가급 문서가 금새 완성됩니다! 나의 일, 이제 웹으로 보여주세요.

메뉴구조를 내 마음대로!

사이트의 메뉴를 내가 원하는대로! 관리자는 메뉴를 만들고 지우기를 보다 쉽게 할 수 있을 뿐만 아니라 드래그 앤 드롭(Drag and Drop)을 이용하여 편리하게 메뉴의 순서를 변경할 수 있습니다. 메뉴 순서를 바꾸고 싶을 때는 메뉴를 마우스로 끌어서 사뿐히 내려놓기만 하면 됩니다.

손쉬운 회원관리와 권한설정

사이트의 관리자는 다수의 회원들을 그룹으로 묶어 관리할 수 있습니다. 또한 글터에서는 타 위키가 지원하지 않는 권한설정을 지원합니다. 관리자는 각 페이지 별로 권한을 부여할 수 있습니다. 공유할 수 없는 중요한 지식이라면 글터의 권한설정을 이용해 보세요. 복잡한 내부 시스템을 몰라도 걱정할 필요가 없습니다. 설정은 원하는 대로 쉽게 변경할 수 있습니다.

사용자 입장에서 한 번 더 생각한 도움말

시스템을 처음 접하는 사용자도 도움말을 따라 쉽게 이용할 수 있습니다. 글터는 위키를 처음 접하는 사용자를 위해 개념적인 설명은 물론 화면 구성, 사용자 도움말, 편집기 도움말, 관리자 도움말까지 제공합니다. 하나부터 열까지 차근차근 안내해 드립니다. 지식관리 시스템, 이제 어렵지 않습니다.

잃어버릴 수는 있어도 잊어버릴 수는 없습니다.

지식기반사회를 준비하는 고객님의 든든한 동반자 글터는 공학과 과학 분야에서 사람 중심의 연구환경을 만들기 위한 노력을 늦추지 않을 것입니다. 글터와 함께 꿈에 한 발 다가서는 2011년이 되시기 바랍니다.

http://www.glter.net

|주|인실리코젠 KM사업부

	031-278-0061
	031-278-0062
	km@insilicogen.com

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What are the known and potential side effects of my drug?

약물의 알려진 부작용과 잠재적인 부작용에는 무엇이 있는가?
후천성면역결핍증이라 불리는 에이즈는 에이즈바이러스가 몸속에 침입하여 우리몸의
면역세포를 파괴시켜 면역기능이 저하되면서 각종 감염병이나 암 등이 생겨 사망에 이르게 되는 질병이다. 에이즈를 치료하는 치료제는 역전사효소 억제제와 단백질분해효소
억제제 두 가지로 나누어지는데 오늘은 단백질 분해효소 억제제인 Ritonavir에 대해 알아보고자 한다. Ritonavir(리토나비어)는 단백질분해 효소 억제제로 세포사의 후기 단계에서 바이러스의 부분인 단백분해를 차단하여 복제를 방해하는 약물로 혈액내의 순환하고 있는 바이러스의 숫자를 줄이고 T-cell의 숫자를 증가시키는 약물이다. Ritonavir의 부작용으로는 오심, 구토, 설사, 구강주위부 및 말초의 감각이상, 중성지방 및 콜레스테롤의 증가 및 간효소의 증가등이 있다. Ritonavir는 간의 cytochrome P450 효소를 강력히 억제하므로 간에서 대사되는 다른 약물과 같이 사용하여서는 안된다고 알려져 있다.
오늘은 Ritonavir에 대한 알려져 있는 부작용과 잠재적인 부작용에 대해 알아보고자 한다.

Step to follow

• 알려진 부작용: Ritonavir와 관련있는 질병 찾기

Step 1. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

Step 2. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Disease” > Relation Type : “Regulation” (filter on effect positive)

Step 3. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Reference Count 선택

• 잠재적 부작용: Ritonavir와 관련있는 Cell Process 찾기

Step 4. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

Step 5. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Cell Process” > Relation Type : “Regulation”

Step 6. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Effect 선택


아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

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인실리코젠에 입사한 지 3일 째 되는 날인, 2010년 12월 29일은 인실리코젠의 송년회가 있는 날이었습니다. 입사하자마자 바로 이러한 자리가 생겨 저에게는 운이 좋았습니다. 뮤지컬을 보고 맛있는 저녁도 먹는다는 생각에 아침부터 들뜬 기분으로 하루를 시작했습니다. 오전에는 각자 맡은 일을 하고 한 시간 청소를 한 뒤, 점심을 먹었습니다. 다 먹은 후에 5대의 차로 잠실로 쓩쓩~~ 저는 사장님, 경윤주임님, 경의주임님과 함께 정호진 수석님의 차를 타고 잠실로 향했습니다.

뮤지컬, 지킬 앤 하이드 일 정보다 한 시간정도 빨리 도착해서 샤롯데씨어터에서 회사 식구들과 사진을 찍으며 시간을 보냈습니다. 지킬 앤 하이드는 책으로도 많이 알려져 있었지만 책을 읽지 않아 스토리는 알지 못한 채 뮤지컬을 봐야했고, 그래서 궁금증이 더 컸습니다.

드디어 3시! 떨리는 마음으로 극장 안으로 입장했습니다. 생각보다 좌석이 무대와 가까웠습니다. 왜냐하면 우리는 VIP석이기 때문에~~!! 좋은 자리로 예매해주신 사장님께 감사했고, 회사 모든 분들께도 감사했습니다.

뮤지컬 시작 전 무대는 무엇을 표현한 것인지 이해는 가지 않았지만 조명 때문에 분위기가 음산했습니다. 무대가 바뀌면서 지킬 앤 하이드는 지킬 박사의 변호사인 어터슨의 등장으로 시작합니다. 인간의 두 가지 본성인 선과 악에 대해서 다루고 있었습니다.

스토리도 재미있었지만, 무엇보다 연기자들의 노래실력에 감탄하지 않을 수가 없었습니다. 특히 지킬박사의 노래실력이 너무 뛰어났습니다. ‘지금 이 순간~♬’ 은 어디선가 들어본 기억이 있어 따라서 흥얼거리기도 했지만 그 노래를 제외한 모든 음악은 처음 들어보는 곡 이었습니다. 대학로 소극장에서 연극을 본 적이 있었는데 뮤지컬을 보니 연극과는 또 다른 느낌이 들었습니다. 2층에서 봤다면 감동을 많이 느끼지 못했을 듯합니다. 뮤지컬은 VIP석에서 봐야 뮤지컬 좀 봤다고 말을 할 수 있을 것 같단 생각이 들었습니다^^;

뮤지컬을 다 보고 나온 후에 저희는 단체 사진을 찍었습니다. 저희 식구들 모두 잘 나온 것 같네요^^

굶주린 배를 붙잡고 뷔페로~!! 저 녁은 롯데호텔 라세느뷔페에서 먹기로 했습니다. 예약시간이 8시이기 때문에 뮤지컬이 끝난 후 2시간 가량 시간이 남았습니다. 다함께 볼링을 치려고 했지만 저희 식구들이 모두 칠 수 있는 자리가 부족해 볼링을 칠 수 없었습니다. 그래서 카페에 들어가 쉬면서 이야기를 나누었습니다.

8시가 다 돼서 굶주린 배를 붙잡고 뷔페로 갔습니다. 오픈 전이라 사람들이 바글바글... 문이 열리고 우리는 룸으로 들어갔습니다. 룸으로 가는 동안 음식을 보니 나도 모르게
침이 꿀~꺽 넘어갔습니다. 다같이 와인도 한 잔씩하며 즐겁게 식사를 했습니다.
진짜 이렇게 가족같은 분위기로 식사를 하는 회사가 있을까요? 아마 거의 없을 듯합니다.
배가 빵~ 터질 정도로 많이, 그리고 맛있게 먹고 뷔페를 나왔습니다.

조금 더 가까워져요 더 더욱 가까워지기 위해 우리는 신천으로 향했습니다. 최성의 차장님의 주도로 분위기는 한껏 달아올랐고, 게임도 하고 노래도 하며 재미있게 놀았습니다. 집에 들어가야 해서 마지막으로 노래를 부르고 아쉬움을 안고 나왔습니다. 이 자리로 인해 전보다 더 가까워진 것 같아 기분이 좋았습니다. 눈이 많이 오는데도 박준형 팀장님께서 집까지 안전하게 데려다 주셔서 너무 감사했습니다.

어느 회사를 가도 사장님을 비롯해 이렇게 좋은 분들과 일을 할 수 없을 것 같습니다. 사회 생활 첫 걸음을 인실리코젠에서 할 수 있어 기분이 좋고, 2010년을 인실리코젠 식구들과 함께 마무리할 수 있어서 참 좋았습니다. 모두들 수고하셨습니다.
2011년에는 성실한 송하나가 되겠습니다.^^

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 지난 1월 3일, (주)인실리코젠과 숭실대학교 의생명시스템학부는 맞춤형 생명정보 인재 양성을 위한 MOU를 체결하였습니다.

이번 MOU 체결식에는 (주)인실리코젠의 최남우 대표이사님, 숭실대학교 의생명시스템학부의 학부장님이신 김상수 교수님이 참석하셨으며, 양해각서 체결로 인해 (주)인실리코젠은 5억원 규모의 실습용 생물정보 솔루션과 최신의 생명정보 기술교육 및 현장실습을 지원하기로 하였으며, 숭실대는 최첨단의 하드웨어 시스템과 다양한 인적네트워크를 제공하기로 동의하였습니다.

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