2012년 6월 1일 ㈜인실리코젠 Codes사업부는 신입 부서원들과의 단합과 더욱 효율적인 업무 수행을 위해 워크숍을 떠났습니다. 저 에겐 첫 출근과 동시에 떠나는 워크숍이라 기대에 많이 부풀어 있었습니다. 출근 첫날 강연경 선임님께서 인실리코젠의 식구들을 한 분 한 분 소개해 주셨습니다. 모든 人Co분들께서 웃으시면서 "안녕하세요?"라며 명함을 건내 주셨습니다. 아직까지 한분한분의 미소와 상냥함이 잊혀지지가 않습니다. 그리고 송하나 선배님의 도움으로 업무를 볼 수 있게 노트북 세팅 및 기초 위키 사용법에 대해서 알려 주셨습니다. 저희 Codes사업부는 오후 4시까지 업무를 보고 부랴부랴 짐 가방을 메고 충남 당진으로 출발하였습니다.
저와 강연경 선임님은 신윤희 선임님의 차를 타고 출발하였습니다. 출발한지 30분 즈음 웅장한 서해대교를 지나 간단히 허기를 채우기 위해 행담소 휴게소를 들렸습니다. 먼저 도착한 유원기 주임님과 정명희 선배님, 박혜선 선배님께서 저희를 기다리고 있었습니다. 간단한 먹거리를 사서 포토존에 앉아 아름다운 행담소 휴게소를 감상했습니다. 특히나 바다 옆에 위치해 시원한 바람과 유럽풍의 풍차, 새빨간 전화 부스, 천사의 날개 등 너무나 잘 꾸며져 있어서 지나가는 길목이면 꼭 다시 한번쯤 들리고 싶은 휴게소였습니다.

아쉬움을 뒤로한 채 목적지에 6시까지 도착해야 하기에 다시 저희는 목적지를 향해 출발하였습니다. 목적지에 도착하기 10분 즈음 남은 상황에서 이정표에 보이는 건 석문면!! 잘못 본 거라 생각하고 조금 지나가니 또다시 나타난 이정표에 "석문면 교로리 방향!!" 목적지가 당진군 석문면 교로리라는 것을 그제야 알았습니다. 우연한 일치인지 첫 출근에 첫 워크숍의 목적지가 저의 이름인 석문 면인 게 너무나 신기해 하는 찰라 목적지인 왜목마을에 도착하였습니다. 왜목마을을 간단히 설명하자면 서해에서 유일하게 일출, 일몰을 한 곳에서 감상할 수 있으며 한적하여 휴가지로도 인기 만점이랍니다.

그리고 도착한 곳! Codes사업부가 묵을 "꿈꾸는 펜션"을 소개합니다!!!

가장 먼저 눈에 들어온 것은 넓은 잔디밭!!! 저 잔디 위에서 아기들이 뛰어놀고 있는 모습이 흡사 외국 휴양지를 온 듯한 느낌을 받았습니다. 펜션에서 김경윤 주임님을 처음 뵈었습니다. 상냥한 미소로 "안녕하세요?"라고 먼저 인사를 건네시던 모습이 생생합니다. 출장을 갔다가 바로 워크숍 장소로 와서 혼자서 장을 보셨는데 너무 고생하셨습니다. 간단하게 저희는 짐을 풀고 펜션구경 및 휴식을 취했습니다.



그리고 세미나를 위해 준비해 온 빔프로젝터를 심재영 주임님께서 세팅하시고 예정시간보다 약간 늦은 6시 30분경에 박준형 부장님 진행 아래 펜션 안 소박한 세미나가 시작되었습니다. 짝짝짝
Codes사업부는 Marketing팀, Research팀, SI 팀으로 구성되어 있습니다. 발표는 먼저 Marketing팀의 김경윤 주임님께서 Codes사업부의 상반기 매출 결과와 하반기 매출 계획에 대해 발표해 주셨습니다. 대부분 매출 즉 "금액"에 대한 내용이기 때문에 체감적으로 회사의 규모와 성장성에 대한 느낌을 잡을 수 있었습니다. 그리고 이번년도 매출계획을 달성하기 위해 저 또한 열심히 협업할 수 있게 최선을 다해야겠다라는 마음가짐을 가질 수 있었습니다. 그 다음으로 Research팀의 신윤희 선임님께서 현재 진행중인 사업과 진행될 사업에 대해 발표해 주셨습니다. 느낌점을 한마디로 표현하자면 역시 전문가가 많은 기업은 다르구나!라는 생각을 가장 먼저 하게 될 만큼 어마어마한 사업리스트들 보게 되었습니다. 마지막으로 제가 속한 SI 팀의 이규열 선임님께서 현재 이슈인 오믹스 사업, 바코드 사업, 농과원 사업에서 시스템 구축현황 및 진행예정에 대해 말씀해 주셨습니다. 아직은 신입사원이라 구체적인 것은 잘 모르지만 열심히 익혀서 SI팀을 이끌고 더 나아가 인실리코젠에서 핵심 개발자가 되리라 다짐했습니다. 마지막으로 박준형 사업부장님께서 각 팀의 내용에서 추가적으로 살을 덧붙여 주셨습니다. 그리고 저와 대전지사에서 7월부터 근무하게 될 양성진씨의 소개가 있었습니다. 양성진씨의 해맑게 웃으시는 모습이 너무나 인상깊어서 기억에 오래도록 남을 것 같습니다.



세미나를 모두 마치고 저녁을 먹으러 출발하기 전 펜션 앞 잔디에서 단체사진을 찍으려고 모두 포즈를 취하는데...
펜션 주인 아주머니께서 기르시는 집고양이가 "하나","두울","셋"하는 순간마다 매번 카메라를 가려서 겨우 단체사진을 찍을 수 있었습니다. 여러 번의 사진 촬영은 있었지만 처음보는 광경에 모두 웃음을 참지 못하고 여기저기서 웃음보가 터졌고 덕분에 모두 "스마일"하는 사진을 얻을 수 있었습니다.
일행 대부분 배에서는 밥 달라는 신호가 계속 울리고 저녁을 먹기 위해 바다 근처로 이동을 하였습니다. 주위에는 횟집들이 즐비하고 있었는데 배고픔을 참지 못하고 제일 처음으로 보이는 횟집으로 들어갔습니다. 자리배치를 하다 보니 조개구이 먹는 팀, 횟먹는 팀으로 나뉘게 되었고 제가 앉은 자리는 이규열 선임님과 박혜선 선배님, 양성진씨와 자리를 같이 했습니다. 주 요리가 나오기 전 무수히 많은 요리가 나왔고 서로의 술잔에 잔을 채우고 박준형 부장님의 건배 제의를 시작으로 화기애애한 분위기 속에 Codes사업부의 저녁 만찬은 계속되었습니다.

펜션으로 복귀 후 간단히 맥주를 마시며 이슈거리에 대해 이야기 하면서 즐거웠던 워크숍 첫날은 마무리되었습니다.

다음 날 아침 모두 분주하게 씻고 아침을 먹으려고 펜션을 나서는데 주인 아주머니가 기르시는 또다른 집 고양이 발견하고 사진을 찍었습니다. 애니메이션 속에 나오는 고양이 마냥 너무 귀엽게 포즈를 취하였습니다.

모두 허기진 배를 잡고 근처 해장국집을 들어갔습니다. 콩나물국밥과 갈비탕으로 맛있게 식사를 하면서 마친 후 여기까지 워크숍을 왔는데 바다를 안 보고 갈 수는 없었죠! 바로 옆 바다로 걸음을 향하였습니다. 눈부신 햇살과 여기저기에서 바람 쐬러 온 가족과 연인들! 정말 평화로움 그 자체였습니다. 저희 Codes사업부도 질 수 없죠! 따스한 햇빛을 먹은 모래사장을 한 발 한 발 걸으며 시원한 바닷바람을 온몸으로 맞으며 마지막 워크숍 순간을 만끽하였습니다.

해변에서 마지막으로 단체사진을 찍고 모두 모여 "수고하셨습니다"라는 함성과 함께 각자 목적지로 향하는 차를 타고 1박 2일의 아쉬운 워크숍은 마무리가 되었습니다. 저는 박 부장님의 차를 타고 회사 앞까지 오면서 부장님과의 오고 가는 대화 속에 인실리코젠에 대해 더욱더 잘 알 수 있었던 소중한 시간이었던것 같습니다.

저는 지금 입사한 지 6주차에 접어들었습니다. 처음 목표는 무엇보다 다른 직원분들과 친해지는 것이었습니다. 약간의 내성적인 성격으로 인해 완전히 친해지려면 조금 더 시간이 필요하겠지만 요즘은 웃으며 농담도 건내는 수준까지 왔습니다. 한분한분이 다들 적응을 빨리 할 수 있도록 세심한 관심을 기울여 주신 덕이라고 생각합니다. 또한 8월에 투입될 사업에 대비해서 서버세팅과 일주일 간의 웹개발에 필요한 교육도 강연경 선임님의 도움으로 무사히 마칠 수 있었습니다. 특히나 매일 오전 7시 강연경 선임님께서 스프링 프레임워크 교육을 해주셔서 기본적인 스프링의 동작방법 및 웹개발 시 프로그래밍하는 법을 많이 배울 수 있었습니다. 특히나 JSP에서는 깔끔하지 못했던 코드들이 스프링프레임 워크을 이용하면 깔끔하게 MVC (Model View Controller)로 분리가 되니 참 신기할 따름이었습니다. 지금은 생물자원관 웹 개발하시는 석호동 대리님을 도와 다국어 메시지 처리부분을 담당하고 있습니다.

아직까지 회사에 대해 완벽히 파악하진 못했지만 어느 정도의 일을 하고 있고, 어느 분야에 포커스가 맞추어져 있는지는 알 수 있었습니다. 그리고 6주간 많이 사고도 쳤지만 배우면서 성장하는거야! 다음부턴 사고치면 안돼!라 는 선임님께서 따뜻한 말을 많이 해주셨습니다. 실수를 할 때마다 가슴도 조이지만 다시금 같은 실수를 하지 않겠노라 다짐하며 하루하루의 일정을 확인하고 놓치지 않지 위해서 메모하는 습관을 키우고 있습니다. 6주간의 시간동안 느낀 인실리코젠은 탄탄한 기업임은 부정할 수 없는 사실이고 그 외에 인간을 중시하는 따뜻하고 포근한 회사였습니다. 또한 여러 분야의 많은 전문가들이 소속되어 있으며 모두들 본인의 일을 즐겁게 즐기면서 꿈을 키워 나가는 모습은 어느 회사를 가도 보지 못하는 광경일 것 같습니다.

아직 인턴 기간이지만 1년 3년 5년 10년을 내다보며 인실리코젠에서 좋아하는 일을 하며 소중한 사람들과 함께하고 싶습니다.

이 글을 읽어주신 모든 분께 감사드립니다. 앞으로 열심히 잘하는 사원이 되겠습니다.

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(주)인실리코젠 이라는 회사를 알게 된 것은, 질병관리본부에서 연구원으로 근무하던 때였습니다. 용역사업을 담당했던 회사로 처음 접하게 되었는데, 당시에 박준형 부장님과 이규열 선임님을 만나면서 떠올랐던 느낌은 두 가지였습니다. 회사에 대해 전체적으로 깨끗한 느낌을 받았고, 좋은 사람들이 많이 있다고 생각했습니다. 또한 함께 사업을 수행하고 도우면서 내실이 있는 회사라는 느낌을 받았습니다. 회의차 만날 때마다 항상 밝은 얼굴로 맞아주시고, 즐거운 회사생활에 대해서 자랑하시니까 제가 그렇게 생각하는 것은 어쩌면 당연한 결과였습니다.

그러나 우리 회사에 결정적으로 오고 싶다는 생각을 하게 된 것은 최남우 사장님을 세미나 때 몇 차례 만난 후였습니다. 최 사장님은 비지니스와 인재상에 대해 설명하시면서, "세상에 완벽한 사람은 없으며, 어떤 사람이든지 동료와 조화를 이루고 시너지 효과를 내야만 성공할 수 있다"고 말씀하셨습니다. 그 말씀은 수 개월이 지난 후에 협력하며 살아가야 한다면, 좋은 사람들과 즐겁게 일을 할 수 있는 회사를 가고 싶다는 제 생각의 뿌리가 되었습니다.



본격적으로 Codes사업부의 Research팀의 일원으로서 입사해보니까, 중소기업다운 패기가 있으면서도 회사체계는 견고했으며, 생각이상으로 좋은 분석 솔루션들이 많았습니다. Codes사업부에서는 누구나 쉽게 게놈(genome) 분석이 가능한 다양한 CLC bio사의 제품들과 효과적으로 상호작용 또는 네트워크 분석을 돕는 Pathway Studio가 대표적이었는데, 제가 앞으로 많이 익혀야 할 분석 소프트웨어였습니다. 또한 KM사업부에서는 wiki 기반으로 업무 소통이 용이한 LabKM과 강력한 친자검색 기능을 가진 KinMATCH가 인상적이었고, Trac사업부에서는 최근에 개발된 이력추적시스템을 포함하여 그 동안 축적된 다양한 사례들이 놀라웠습니다. 무엇보다 이 분야에서는 흔치 않은 Descign팀(design과 science의 조합)이 회사내 모든 콘텐츠를 그 의미와 용도에 맞게 창조적으로 표현해주기 때문에 눈도 즐거웠습니다.

현재 회사가 지향하고 있는 분석 컨설팅 방향은 바로 人Co Business 입니다. 다양한 해석이 가능한 멋진 말인데, 그 중에서 가장 마음에 드는 뜻은.. 바로 "사람(人)과 사람(人) 사이에 통하는(Communication) 분석"입니다. 즉, 고객(client)과 분석가(analyzer)간의 소통을 통해 함께 최적의 결과물을 생산해 내는 것입니다. 이런 내용을 담은 회사의 가치체계는 연구분야에서 필요한 상생(相生) 정신이 그대로 녹아있었기에 저에게는 큰 감동이었습니다. 실제로 人Co Analysis를 담당하는 Research팀은 기존 분석 프로그램 활용을 넘어서 고객과 함께 고민하면서 최적의 생물학적인 의미(biological meaning)를 도출할 수 있도록 파트너 역할을 톡톡히 해왔다는 인상을 받았습니다.

지금까지 연구실에서의 경험만 있었기 때문에, raw data를 가지고 2,3차 가공을 통해 새로운 관점에서 논문을 작성해왔습니다. 다행스럽게도 저의 첫 담당업무가 분석된 데이터를 가지고 고객과 함께 협력하여 논문화 작업을 하는 것이었습니다. 새롭게 연구되는 종(species) 이기에 결과 분석 및 논문 작성이 쉽지는 않았지만, 남들이 하지 않는 것을 하는 것이기에 더욱 즐겁게 매진할 수 있었고, 고객과 함께 문제를 고민하고 해결했기에 보람된 결과를 기다릴 수 있었습니다. 입사 후 2개월 동안 매일 야근을 하다시피 했던 바쁜 일정이었지만, 저 혼자만이 아닌 여러 부원들과 함께 할 수 있었기에 오히려 즐거운 시간이었습니다. 가장 좋은 회사 적응은, 실무를 직접 경험하면서 사람, 업무, 사내 분위기에 동시에 적응하는 것이라고 생각했기 때문입니다.

최근에는 부원들과 함께 New Balance Race 10 km 마라톤 대회에 참가해서 친목도 다지고 완주도 했습니다. 이제 2개월이 지났을 뿐이지만, 회사생활을 하면서 2년, 20년 동안 수많은 난관들도 함께 잘 헤쳐나갈 수 있다는 믿음을 준 작지만 소중한 추억이었습니다. 미래를 위해 생물정보학 분야를 선택했는데, 이제 그 미래를 실현하기 위해 (주)인실리코젠 회사를 선택했습니다. 열심히 노력해서 저와 회사 모두가 앞으로 더 많이 성장할 수 있도록 진력(盡力)할 것입니다.

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입사한지 세달. 인턴기간.
학교에서 생물정보학을 열심히 공부하며 꿈꿔왔던 나의 미래상과 지금의 현실은 너무 만족스럽습니다.
교수님과 여러 지인들과의 상담을 통해 해외포닥, 축산과학원 공무원, 및 생물정보 회사 등 여러 갈래길 중에서 (주)인실리코젠에 입사하게 되었습니다. (주)인실리코젠에서 업무의 성과만이 아닌 김효영의 모습을 보여주고 싶습니다.

3개월 인턴기간 동안 CLC Genomics Workbench, BioXM, PathwayStudio, LabKM, KinMatch 등 총 5개의 솔루션을 공부하였습니다. 그 중 CLC Genomics Workbench, BioXM, PathwayStudio는 매뉴얼을 처음부터 끝까지 혼자 공부하면서 저만의 매뉴얼을 만들었습니다.

KM 사업부에 들어와서 처음으로 맡게된 일은 BioXM 솔루션을 마스터하는 것이었습니다.
BioXM은 Biomax사의 다양하고 복잡한 여러 종류의 생물 데이터 지식관리와 의미론적 데이터 통합 시스템으로, 여러 연구방법들에 의해 대량으로 생성되는 정보들과 상호 연결되어 있는 생물학적 시스템을 쉽게 이해할 수 있습니다.

현재는 숙지한 BioXM을 이용하여 맞춤형 약물 및 임상진행 정보 제공을 위한 온톨로지 구축 사업에 참여하였습니다. Gene, GO, Pathway, Disease, Chemical, Drug, CNV, SNP, ClinicalTrials, Cosmic mutation 등을 데이터베이스화하였고, 이 Entity 간에 상호관련 정보를 추출하여 관계를 맺었습니다. 이 데이터베이스에서 내가 원하는 정보 추출을 위한 쿼리를 생성하고 결과로 웹포탈을 연동하였습니다. 처음으로 맡은 비중 있는 일을 사업부의 동료들과 협력하며 잘 마무리하여 좋은 결과를 얻어 기뻤습니다.

인 턴기간 동안 CEO 칭기스칸, 사원의 마음가짐, 경영의 마음가짐, 사업의 마음가짐 총 4권의 필독서를 읽어서 직장생활을 하는데 많은 지침과 교훈을 얻을 수 있었고, '똑똑한 여우들의 직장생활 다이어리'라는 책은 직장생활의 첫걸음을 하는 저에게 직장생활에서의 예절, 말투, 생각 등 많은 도움을 준 책이었습니다.

또한 여러 제안서 작성 및 논문 작성, 다양한 연구결과와 생물정보 통합 기획을 통하여 내 자신이 가꾸어 지면서 미래의 나를 생각해보게 되었습니다. 너무나 멋지고 훌륭한 인재가 될 것 같습니다.

세 달이라는 인턴기간 동안 많은 배움과 가르침을 배울 수 있는 시간이었습니다. 앞으로 더 많은 사람들이 KM사업부의 고급 생물정보 컨설팅을 컨택할 수 있도록 BioXM 마스터 뿐 아니라 논문을 많이 읽어서 다양한 분야의 기획이나 제안서 작성에 도움이 되도록 많은 노력을 해야할 것 같습니다. 그리고 앞으로 함께 좋은 분위기를 만들어서 더 고가치의 (주)인실리코젠을 만들어 갔으면 좋겠습니다. 좋은 사람들과 함께 멋지고 고급스러운 생물정보 컨설팅을 할 수 있다는게 너무 행복합니다. 제가 선택한 사회의 첫걸음인 (주)인실리코젠이기에 멈추지도, 포기하지도 않고 전국민이 (주)인실리코젠을 알 때까지 지금부터 열심히 하겠습니다. 이제 직장다니는 제 모습이 일상이된 요즘 기쁩니다. 우리 모두 화이팅합시다!

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How can I find literature supporting a list of candidate genes related to a specific plant trait?

식물 리그닌화(목질화)에 대한 후보 유전자 리스트를 확인할 수 있는 있는가?
리그닌은 목질소라고도 하며 셀룰로오스, 헤미셀룰로오스와 더불어 식물골격 구성성분의 하나로 목재 20~30%에 달한다. 식물의 리그닌화(목질화)는 식물이 자라는 과정에서 세포막이나 중간층에 리그닌이 생겨 흡착되거나 화학적으로 결합하여 강하고 단단해지는 현상을 말한다. 일반적으로 세포의 성장에 따라 서서히 일어나지만 병태 또는 상해 조직에서는 유조직세포벽에 급속히 일어나는 경우도 있다. 목질화된 세포벽은 병원균에 의해 잘 침범되지 않기 때문에 병태조직 또는 상해조직에서의 목질화는 일종의 방어반응이라고 할 수 있다.

Step to follow

Step 1. Gene list 검색

검색하고자 하는 유전자의 TAIR ID를 검색한다. Import > Gene List > 복사해 놓은 TAIR ID 리스트 Paste from Clipboard > Lookup in the Database 클릭

Step 2. Lignification과 관련있는 Cell Process 검색

Step 3. Pathway 옵션 설정

Protein과 Cell Process의 Relation 사이의 관계를 나타내기 위해 Protein을 선택한 상태에서 Add 메뉴를 선택하고 "Relations between Selected and Unselected" 클릭

Step 4. Pathway 확인

"Relations between Selected and Unselected"를 하면 서로 연관이 있는 Relation만 표시가 되고 연관이 없는 Entity는 Relation이 되지 않고 남아있다.

Step 5. 엔티티 추가하기

"lignin" small molecule을 검색하여 4번 pathway에 추가하고 Protein과 "lignin" 사이의 Relation을 확인하기 위해 "lingin"을 선택한 다음 Step 3을 반복한다.

아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

Posted by 人Co

What small molecules are known to regulate my pathway?

PTPRC(CD45)는 세포의 활성화 신호를 억제 조절할 수 있는 역할을 하는 단백질 중 하나이다. PTPRC(CD45)는 세포막에 위치한 protein tyrosine phosphatase의 일종으로 T세포 또는 B세포의 신호전달에 관여한다. PTPRC(CD45) 단백질을 제거한 실험에서 JAK와 신호 전달체 및 전사 활성인자 (STAT)가 활성화된다고 알려져 있다. 이러한 PTPRC(CD45) -> STAT6 signaling pathway를 조절하는 small molecule들은 무엇이 있는지 확인해보고자 한다.

Step to follow

Step 1. PTPRC -> STAT6 signaling pathway 검색

Information pane에서 PTPRC -> STAT6 signaling pathway를 검색한다. 검색된 Pathway를 더블클릭하면 새 Pathway 문서에서 확인 할 수 있다.

Step 2. Pathway 옵션 설정

PTPRC -> STAT6 signaling pathway를 제어하는 small molecule에는 무엇이 있는지 알아보기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard에서 Add Neighbors > Directionality: "Upstream" > Entity type : "Small molecule"를 순서대로 선택하고 Relation type은 창 하단의 Cheak All을 클릭하여 모든 Relation을 한 번에 선택해 준다.

Step 3. Pathway 확인

Tip. 복잡한 Pathway를 간략하게 정리하고 싶다면?

Tip 1. View > Relation Table View 기능 사용

Reference가 적은 relation들을 확인하고 삭제하는 manual 방법

Tip 2. Common Regulators 알고리즘 활용

Advanced Build Wizard 에서 Algorithm Type : “Add Common Regulators" > Algorithm Type : “Add Common Regulators” > Entity Type : “Small Molecule” > Relation Type : “All Regulation Type” 순으로 선택한다.

아래 동영상보기를 하시면 3개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

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Can I identify potential drug-drug interactions mediated by alterations of drug metabolism?

 drug 대사의 변경에 의해 조절되는 잠재적인 drug-drug interactions를 확인 할 수 있는가? 항응고제로 혈액응고를 방지하기 위한 약물로 알려진 쿠마딘의 대사에 대해 알아보고자 한다. 쿠마딘(와파린)은 항응고를 하는 약제로 혈관안에서 혈전이 형성되는것을 막아주기 때문에 주로 혈전 및 색전증 치료에 쓰이고 있다. 쿠마딘은 주로 간에서 대사되는데, 간 대사효소인 CYP3A4에 의해 미량 대사된다고 알려져 있다. PathwayStudio를 통해 쿠마딘과 CYP3A4의 관계를 알아보고 CYP3A4에 영향을 주는 약물에 대해 조사해봄으로써 durg-drug 상호작용을 확인해보고자 한다.

Step to follow

Step 1. Coumadin 검색

Information pane에서 coumadin을 검색한다. 검색된 coumadin을 복사하고 새 pathway 문서에 붙여넣기를 한다.

Step 2. Pathway 옵션 설정 및 Pathway 확인

coumadin이 어떤 효소에 의해 대사되는지 알아보 pathway로 나타내기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “upstream” > Entity type: “protein” > Filter Parameters: “ChemicalReaction” 순으로 선택한다.

Step 3. Pathway 옵션 설정

coumadin의 대사에 관여하는 효소 15개를 확인하였고, 그 중에서 CYP3A4라는 효소는 다시 어떤 small molecule에 의해 영향을 받는지 알아보기 위해 pathway 찾기를 재수행한다. CYP3A4를 선택하고 Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “upstream” > Entity type: “small molecule” > Filter Parameters: “DirectRegulation” 순으로 선택한다.

Step 4. Active Style 변경

Effect와 Reference 개수에 따라 그래프 보기에서도 효과를 나타내 줄 수 있다. Style 메뉴의 Active Style Sheet에서 By Effect를 선택하면 Effect의 Positive, Negative 효과에 따라 Relation 선색을 다르게 할 수 있으며, By Reference Count를 선택하면 Reference의 개수에 따라서 Relation 선색이 달라지는 것을 확인 할 수 있다.


아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

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문화가 아름다운 회사 Insilicogen의 CultureDay!

지난 7월에 이어 그 두 번째 시간이 돌아왔습니다.기다리고 기다리던 CultureDay.

이번에 소개할 영화는 줄리아 로버츠 주연의 <먹고 기도하고 사랑하라>입니다.

용기가 필요한 당신을 위한 기적같은 여행!

안정적인 직장, 번듯한 남편, 맨해튼의 아파트까지 모든 것이 완벽해 보이지만 언젠가부터 이게 정말 자신이 원했던 삶인지 의문이 생긴 서른 한 살의 저널리스트 리즈. 결국 진짜 자신을 되찾고 싶어진 그녀는 용기를 내어 정해진 인생에서 과감하게 벗어나 보기로 결심하는데요. 일, 가족, 사랑 모든 것을 뒤로 한 채 무작정 일년 간의 긴 여행을 떠난 리즈는 이탈리아에서 신나게 먹고 인도에서 뜨겁게 기도하고 발리에서 자유롭게 사랑하는 동안 진정한 행복을 느끼고 있는 자신을 발견하게

됩니다. 이제 인생도 사랑도 다시 시작할 수 있을까요?

리즈는 누가봐도 완벽한 조건의 결혼생활을 하고 있는 듯 합니다. 하지만 그녀는 이혼을 결심하게 되고 그 이유는 '자신을 찾기 위해서'였습니다. 힘든 이혼수속을 마치고 그녀는 이탈리아, 인도, 발리로 1년 간의 여행을 떠납니다. 각 여행지마다 만나는 새로운 친구들과 소중한 깨달음 그리고 진정 사랑하는 사람을 만나기까지의 야야기가 영화 속에 담겨 있습니다.

첫 번째 여행지인 로마에서 리즈는 ‘일하는 것 못지않게 중요한 게 놀고 쉬는 것’임을 깨닫습니다. 그녀가 피자 한 입을 베어물며 행복해 하는 장면은 그런 점에서 먹는 즐거움의 진수를 보여주는 것이라 할만하답니다. 그녀가 지금까지 살기 위해 먹어왔다면 오로지 먹는 즐거움만으로도 삶의 이유가 될 수 있다는 것을 보여줍니다.

리즈가 두 번째 여행지로 찾은 곳은 힌두교 성지인 인도의 아쉬람. 어쩌면 로마가 현실적이고 육체적인 욕구를 채우기에 적합한 공간이었다면 아쉬람은 정신적 허기를 채우는데 안성맞춤인 공간입니다. 아쉬람이 제공하는 고요와 응시, 고통과 인내의 메시지들은 충분히 공감을 일으킬만 합니다. 리즈 역시 스스로 선택한 여행지이므로 고되고 고통스러운 시간을 감내할 마음의 준비를 하고 있었겠지만 실제 아쉬람 생활에 힘겨워합니다. 비로소 왜 그녀가 여행을 떠나야 했는지, 그녀의 아픔이 어떤 것이었는지, 그녀가 뉴욕의 일상에서 매우 아파했다는 사실을 알 수 있게 합니다. 이 곳에서 그녀는 자신을 억눌러왔던 상처를 치유하게 되는데요. 단순히 상처를 치유한 것에 그치지 않고 그녀가 명상을 통해 만난 것은 즐거움 이상의 달콤함입니다.

그녀는 그들을 통해서 생각하고 깨닫고 심지어 사랑하는 방법까지 배우게 됩니다. 마지막 종착역인 발리에서는 자신을 돌보는 것을 넘어 남을 돕고 생각한다는 것을 손수 보여줍니다. 그녀의 요청에 고민도 없이 손을 내밀어 주는 그녀의 친구들. 하지만 정작 리즈는 자신의 닫힌 마음을 열 수가 없었습니다. 이제 간신히 명상과 친구들과 규칙적인 생활을 통해 평정을 되찾은 그녀에게 '펠리페'라는 매력적인 남자가 다가오지만 그녀는 사랑에 빠질 수가 없었습니다. 그동안 그녀가 겪었던 슬픔과 시련의 상처가 얼마나 깊었는지를 보여주는 대목이지요.

육체적인 휴식, 정신적인 치유 이외에 그녀에게 필요했던 것은 무엇일까요? 발리를 끝으로 그녀는 여행을 끝냅니다. 그녀가 유지해내려던 것은 삶의 균형입니다. 무엇과 무엇의 균형일까요? 육체적인 것과 정신적인 것의 균형? 너무 사랑에 빠진 삶도 아니고 너무 정신적 사랑만을 강조하는 삶도 아닌 그런 삶의 균형? 영화는 '이것이다'라고 분명히 하지는 않습니다.

하지만 리즈의 고민만큼은 분명하지요. 다시 사랑하는 사람을 만났지만 과연 사랑해도 될 것인지, 그 사랑으로 인해 다시 상처를 입고 아파하지는 않을지, 돌이키고 싶지 않은 자신의 트라우마 때문에 망설이는 그녀의 모습에서 왜 이 여인의 여행이 인도에서 끝나지 않았는지 이해할 수 있게 됩니다. 이 영화는 발리를 끝으로 막을 내리지만, 리즈는 그녀의 새 사랑에게 '함께 건너자'고 합니다. 그리고는 배를 타고 새로운 여행을 떠납니다.

혼자는 균형을 이루기 어려운 법. 어쩌면 두 사람이라야 균형은 완성되는 것일지 모릅니다. 배를 타는 것도 균형을 이루지 못하면 뒤집히고 마는 것처럼, 삶이란 그런 것. 사랑에 완성이란 없는 법. 사랑이란 끊임없이 치우치지 않도록 균형을 맞추는 데 있다는 사실. 삶이란 사랑만도 아니고 그렇다고 사랑만이 아닌 것도 아닌 그런 균형이 아닐까요? 그녀는 그 위태위태한 여정을 다시 떠나고 있습니다.

깊어가는 가을, 섬세하게 감성을 자극하는 영화와 함께한 CultureDay! 극장을 나서며 저는 당장이라도 이탈리아로, 인도로, 발리로 달려가고 싶었습니다. ^____^

이번 CultureDay를 통해 사람이 좋은 회사, 문화가 아름다운 회사임을 다시 한 번 느끼게 하는 계기가 되었답니다. 발리의 주술사 케투가 건네는 "세상을 머리로 계산하지 말고 가슴으로 느껴"라는 충고를 마음에 새기며...

by KM team web publisher Sunsoo

Posted by 人Co

How can I find candidate genes related to a specific plant trait?

특정 식물의 특성과 관련이 있는 후보 유전자는 어떻게 찾을 수 있을까?
식물의 특성 중에서도 과일 단계에서 과일의 크기, 모양, 색과 같은 다양한 특성에 관련된 유전자를 찾는 방법에 대해서 알아보고자 한다. 또한 과일의 색에 영향을 주는 유전자들을 찾았다고 한다면 유전자들 중에서 영향을 많이 준 순서대로 보는 방법과 과일의 색과 유전자의 관계를 뒷받침해주는 논문의 수가 많은 순서대로 보는 방법도 함께 소개한다.

Step to follow

Step 1. Fruit 검색

Search Entities by keword를 통해 과일과 관련이 있는 Cell Process만 검색한다. 검색된 Cell Process 중에 보고자 하는 것만 선택하고 복사한 뒤 새 Pathway 문서에 붙여넣기 한다.

Step 2. Pathway 옵션 설정

선택한 Cell Process와 관련이 있는 유전자를 찾고 Pathway로 나타내기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “Upstream” > Entity type: “Protein” > Filter Parameters: “Regulation” 순으로 선택한다.

Step 3. Entity Table 보기(View > Entity Table View)

엔티티 테이블 보기를 하면 Pathway에 있는 모든 엔티티에 대한 정보를 테이블 형태로 볼 수 있다. 테이블 컬럼 중에 Outdegree 컬럼을 내림차순으로 정렬하면 과일의 특성과 관련된 유전자 중에서 많은 영향을 준 유전자 순으로 볼 수 있다.

Step 4. Relation Table 보기(View > Relation Table View)

Relation 테이블 보기는 Pathway의 Relation에 대한 정보들을 테이블 형태로 보여 주는 기능을 한다. # of Reference 컬럼을 내림차순으로 정렬하면 Relation 정보를 뒷받침해주는 Reference가 많은 순으로 Effect 정보와 함께 볼 수 있다.

Step 5. Active Style 변경

Effect와 Reference 개수에 따라 그래프 보기에서도 효과를 나타내 줄 수 있다. Style 메뉴의 Active Style Sheet에서 By Effect를 선택하면 Effect의 Positive, Negative 효과에 따라 Relation 선색을 다르게 할 수 있으며, By Reference Count를 선택하면 Reference의 개수에 따라서 Relation 선색이 달라지는 것을 확인 할 수 있다.

Posted by 人Co

How can I find diseases that are involved in the amplification of a specific gene?

표피성장인자수용체(EGFR)의 증폭과 관련이 있는 질병에는 어떠한 것들이 있을까?
보통 표피성장인자수용체(EGFR)가 증폭되었을 때 어떤 질병과 관련이 있는지 알아보기 위해서 먼저 인터넷 또는 논문 검색을 하게된다. 인터넷 또는 논문 검색을 통해 찾은 정보들은 무수히 많고 그것을 하나하나 살펴보고 정리하는 것도 만만치 않은 일이다. 그래서 표피성장인자수용체가 증폭되었을 때 생길 수 있는 질병만 선택해서 찾고 한번에 Pathway까지 그릴 수 있는 방법을 소개하고자 한다.

Step to follow

Step 1. 표피성장인자수용체(EGFR) 검색

PathwayStudio 검색창에서 표피성장인자수용체인 EGFR을 검색한다. 검색된 EGFR을 복사한 후 새 Pathway 문서에 붙여넣기 한다.

Step 2. Pathway 옵션 설정

표피성장인자수용체(EGRF)에 의해 나타나는 질병을 모두 찾고 Pathway로 나타내기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “downstream” > Entity type: “disease” > Filter Parameters: “regulation” 순으로 선택한다.

Step 3. Relation 속성을 이용한 검색 기능

Pathway에서 “amplif”가 포함된 Regulation 관계만 찾기 위해 pathway 검색 tool에서 “Find Relation by Attribute”를 클릭한다. 찾고자 하는 Attribute에 대해 설정하는데 논문의 문장에 "amplif"가 포함된 것만 찾기위해 Attribute를 Sentence로 선택하고 Operation은 "includes", Value는 "amplif"로 설정하고 검색을 한다. 검색 결과 Reference sentence에 "amplif(amplification/amplified)"가 포함된 Relation만 파란색으로 표시된것을 확인할 수 있다.

Step 4. 선택된 Pathway만 보기

복잡한 Pathway에서 선택된 것만 자세히 보기 위해 Edit에서 Copy를 하고 새 Pathway 문서에 붙여넣기 한다. 그러면 EGFR이 증폭했을 때 생길 수 있는 질병에 대한 pathway만 확인 할 수 있다.


아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

Posted by 人Co

Insilicogen이 드디어 6살이 되었습니다!!

  창립기념일을 맞이하여 인실리코젠 식구들이 한 자리에 모였습니다. 모두 바쁘신지라

전 구성원이 한자리에 모이기가 참 어려운데요. 오늘은 다 같이 모이게 되어 참 좋았습니다.^^

이규열 선임님의 진행아래 창립기념일 행사가 진행되었습니다.

세미나실 구석구석에 달려있는 풍선들이 참 예쁘죠? 먼저 독서경영 조발표가 시작되었습니다.

페차쿠차 형식으로 3분씩 발표 하는 것인데요, 우수조에게는 사장님께서 엄청난 상금을 수여해
주신답니다! 각 조의 발표자들이 모여 짧은 시간안에 준비한 내용을 발표하느라 긴장감이 팽팽
합니다. 과연 엄청난 상금은 몇 조에게 돌아갈 것인가!

모든 구성원이 가장 기다렸던(?) 영어시험도 있었습니다. 모두 숨죽이며 시험을 치르고 있네요.
그동안 열심히 갈고 닦은 영어실력을 시험지 안에 쏟아봅니다.

2NE1이라는 주제로 사장님 말씀이 시작되었습니다. 정말 좋은 얘기를 많이 해주셨습니다.
6년동안 회사를 이끌어주시느라 고생하신 사장님께 팀장님들께서 선물을 준비하셨습니다.
행복해 하시는 사장님~ 정말 훈훈하고 따뜻한 생일파티입니다. +_+

열심히 일한자에게 100만원의 상금을! 인실리코젠만의 행사인 꿈이진(꿈은이루어진다)상
수여가 있었습니다. 놀랍게도 저와 지혜주임님께 영광이 주어졌답니다. 앞으로 더 열심히
하라는 뜻에서 주신 것으로 생각하고 더 노력하겠습니다. 감사합니다 사장님~!>_<

1년전 오늘, 타임캡슐에 적어놓은 편지를 꺼내어 서로 서로 읽어봅니다. 지나온 시간에 대해
생각하는 시간이 되었습니다. 또 남은 시간에 대한 결심도 다져봅니다. 1년 뒤 우리는 어떤
모습일까요? 그러기 위해선 모두가 더욱더 열심히 노력해야겠죠?

 
 
멋쟁이 신사숙녀만 모여있다는 인실리코젠 단체사진입니다! 입구에서 다같이 치즈~!

그리고 다 같이 풍선을 하나씩 들고 옥상으로 올라가 풍선위에 떠나보내고 싶은 것들을
적습니다. (ex. 살, 돈걱정 등등..) 모두 다 힘껏 하늘로 날려보냅니다. 너무 예쁘지 않나요?
우리의 걱정거리도 모두 모두 날려 보냈습니다.

그 다음은 회식자리! 독서경영 조발표 1,2등(각각 100만원,50만원)과 무서운 선물(폭탄주)이
주어졌습니다. 영어시험 1등(상금 50만원)은 최차장님께서 하셨네요~ 짝짝짝! 일할땐 일!
놀때는 제대로 즐길 줄 아는 인실리코젠 모두가 진정한 챔피언입니다~

이렇게 6번째 인실리코젠의 생일을 함께 보냈습니다.

한명 한명 모두가 각자의 위치에서 열심히 노력했기 때문에 행복한 생일을 보낼 수 있었던 것
같습니다. 내년에는 올해보다 더 한층 성숙하고 행복한 생일이 되겠죠? 준비하신 모든 분들과
함께 해주신 인실리코젠 식구들 고생하셨습니다!

1년동안 열심히 일하고 7번째 생일에 만나요~^^

 

by Descign team designer Joa★

Posted by 人Co