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http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.2877.html

'고추' 하면 떠오르는 친근감은 비단 우리나라 뿐만이 아닐 것입니다. 고추는 세계적으로 사랑 받고 있고 영양학적인 가치 또한 우수하여 토마토, 감자와 함께 대표적인 작물 중 하나로 꼽히고 있습니다. 그러나 생물학자들에게는 대중적인 선호도 이외에 토마토, 감자와 함께 고추에서 밝히고자 하는 흥미로운 관심 거리가 있습니다. 서로 닮은 듯 아닌 듯 한 이들 세 작물은 모두 가지과 (Solanaceae)에 속하는 것으로 진화와 육종을 통해 얻어진 공통된 특성과 특이적인 특성을 각각 분자적으로 밝히기에 좋은 모델이 되기 때문인데요, 특히 토마토와 고추의 경우 흥미로운 연구거리가 가득합니다.
첫번째, 토마토의 경우 사과나 바나나와 같이 에틸렌 가스에 의해 후숙성이 촉진되는 climateric fruit 인 반면, 고추는 포도와 같이 후숙성이 촉진 되지 않는 non-climateric fruit으로 같은 가지과 작물로써 서로 비슷한 유전자 세트를 가지면서도 서로 다른 형태의 숙성과정을 거치게 되는 메카니즘은 무엇일까?
두번째, 토마토의 유전체는 약 900Mb정도인데 반해 고추는 약 3Gb에 달하는 거대한 유전체 사이즈를 갖는 이유는 무엇일까?
세번째, 고추의 대중적인 인기의 근간이 되는 매운맛 성분인 캡사이신의 생합성 경로는 어찌 될까? 이 런 모든 질문에 대한 해답이 최근 생물정보 컨설팅 전문기업인 (주)인실리코젠에서도 참여한 서울대 최도일 교수님 연구팀에서 Nature genetics 에 발표한 논문 Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.2877.html 에서 모두 해결되었습니다.


논문에 많은 내용들이 있지만 그 중 후숙성 과실인 토마토와 그렇지 않은 고추와의 과실 숙성 메카니즘의 차이를 보여주는 마지막 메인 figure를 살펴보면, ripening 관련 유전자는 두 종 모두에서 보존되어 있으나 그림에서 보여지는 것과 같이 mRNA상의 발현의 차이로 (group I) 표현형의 차이가 유발된 것으로 나타났습니다. 이 중 주요 유전자는 ethylene이 생성되는 과정에 수반되는 유전자들의 발현이 고추에서 모두 저하되어 ethylene 생성이 저하되고 그로 인해 ethylene에의해 repression되는 CCS(capsanthin-capsorubin synthase)의 발현이 tomato에 비해 월등히 높게 나타나고, 결국 pepper-specific carotenoids인 Capsanthin, capsorubin의 합성이 높아 tomato와는 다른 표현형을 나타냈습니다. 반면, tomato에서는 CCS와 ortholog 관계를 갖는 CYC-B(chromoplast-specific lycopene beta-cyclase) 유전자의 발현이 ripening 과정 동안 ethylene의 높은 합성으로 인해 억제됨을 나타냄으로써 그 메커니즘을 밝혔습니다.


Comparative fruit ripening


이 외에도 고추에 많은 비타민 함량의 메커니즘이라던가, 토마토와 고추의 과실이 물러지는 차이의 원인 메커니즘과 같은 유전체 전문가가 아니더라도 흥미를 가질 만한 많은 내용이 담겨 있습니다. 물론 유전체 전문가(?)의 입장에서도 소중한 정보가 가득합니다. 사실 제가 마지막 figure만을 소개한 이유는 이 하나의 figure를 위해 수행되어야 하는 genome assembly(유전체 서열 완성), gene structure분석(유전자의 서열 및 구조, 유전자 기능, 유전체내 전체 유전자 세트), gene family분석(ortholog, paralog분석) , genome expansion분석( repetitive sequence분석), gene expression 분석(transcription factor분석, RNAseq 분석, pathway 분석), genome variant 분석(SNP, indel 분석), phylogeny 분석과 같은 많은 분석이 수반되어야 하고, 이러한 정보는 supplementary information에서 제공하고 있는 table 54개, figure 49개에 고스란히 담겨져 있음을 알려드리고 싶어서 입니다. 이들 데이터는 마지막 figure와 같은 많은 생물학자들에게 실마리를 제공할 리소스 데이터로 제공이 될 것이기에 그 잠재력이 더욱 큽니다.

Gene structure분석 파이프라인



마지막으로 이번 연구의 가장 큰 성과라면, 순수 국내 연구진의 기술로 이뤄졌다는 점과 생물정보의 학문적 발전입니다. 식물의 유전체에는 유전자 영역 이외에 repeat 영역이 포유류나 균류, 미생물에 비해 매우 많이 존재하기 때문에 실제 유전체 서열을 완성하기에 매우 까다로운 조건을 갖고 있습니다. 단적으로 토마토, 감자의 경우 국제 컨소시엄을 통해 전세계 연구진의 협업에 의해 이뤄진 점만 보더라도 고추 유전체의 완성은 의미가 크다고 할 수 있습니다. 더욱이 유전체 크기가 토마토에 비해 3배이상 커지고 커진 대부분이 repetitive sequence에 해당하는 LTR retrotransposons 임을 감안하면 유전체 서열 어셈블리만 보더라도 많은 노력이 수반됐음을 알 수 있습니다. 실제, 오픈 소스 프로그램(SOAPdenovo, SSPACE, FLAKE)과 상용 프로그램(CLC Assmebly Cell; CLCbio사, 서울대, (주)인실리코젠의 공식 MOU를 통한 지원)이 모두 이용되었으며, 시퀀싱 또한 다양한 플랫폼/디자인으로 여러번의 수정과 시도를 반복하며 현재의 결과를 얻어냈습니다. 뿐만 아니라 유전자 구조 분석 또한 세계적인 수준의 분석이 진행되었으며 genome expansion, gene expression, 진화적론적인 phylogenetic 분석 모두 국내 연구진들의 몰입적인 연구를 수행한 결과라 할수 있습니다.
다시한번, 생물정보 컨설팅을 전문으로 하는 (주)인실리코젠의 입장으로 NGS라는 막강한 도구와 나날이 정신없이 발전하고 있는 생물정보학의 발전을 통해 보다 많은 좋은 소식이 있기를 기대해 봅니다.

Posted by 人Co

지난 6월 17일부터 21일 5일 동안 생전 처음으로 해외학회에 이경표사원과 함께 참석하게 되었습니다. 둘이갔는데 같이 찍은 사진이 하나도 없네요(-.-;).

왼쪽이 이성찬 주임개발자이고 오른쪽이 이경표 개발자예요~

학회는 독일 함부르크에서 열리는 2012 International Supercomputing Conference (ISC'12) 라는 슈퍼컴퓨팅학회였는데요, 이 학회는 슈퍼컴퓨팅학회 중에서 세계에서 2번째로 크게 열리는 학회라네요(올해 참석인원은 2,403명이 참석했다고 하네요). 회사에 독일에서 생활하셨던 박사님들이 계셔서 독일의 6월은 환상이라는 말에 학회걱정은 안하고 마음은 놀생각만 잔뜩 부풀어서 학회를 다녀왔습니다. 그렇지만, 학회를 다녀오고나서의 마음은 잔뜩 부푼 마음만큼 배움이 부족한 듯해서 아쉬움이 남습니다.

ISC는 세계 각지의 IT기업들 중에서도 대용량의 스토리지를 제공하고, 고성능 컴퓨팅을 하고 있는 업체들이 참여하는 것으로 유명한데요, 올해는 유럽의 경기가 좋지 않아서인지 참여업체가 너무나 적고 대형기업들의 참여가 없었다고 하네요(한국과학기술정보연구원의 조혜영님의 말..). 조혜영님의 말을 빌리지 않더라도 제가 아는 대형기업은 Intel, HP, Samsung이 전부인것만 봐도 쉽게 짐작이 가네요(미국에서 열리는 Supercompunting Conference는 Google, MS를 비롯한 대형 Software업체뿐 아니라, IBM, HP, Intel등의 대형 하드웨어 업체들이 대거 참가해서 서로 잘났다고 뽐내기를 한다고 합니다). 아쉽게도 조혜영님과 찍은 사진도 없네요. 사진은 안찍고 뭐하고 다닌건지 모르겠네요.

왼쪽보이는게 Intel 부스의 3D자동차게임현장, 오른쪽은 HP의 부스입니다.

막상 독일에 도착하니 유럽의 늦은 봄비가 반겨줬지만, 20시간의 비행시간에 몸은 찌뿌둥하고, 비는 추적추적, 그냥 호텔방으로 향해서 잠을 청했네요. 6시에 잠든 것 같은데 어느새 다음날 오전 8시가 되었습니다. 늦었다는 생각에 부랴부랴 학회장으로 향했습니다. 지 리도 모르고 무엇을 타고가야하는지도 몰라서 무작정 구글지도를 켜고 걸었더니 30분이나 걸리더라구요. 사실 5일동안 매일 이 길을 걸어 다녔습니다. 나중에 알고보니 Planten un Blomen라고하는 함부르크에 있는 꽤 큰 공원이더라구요. 이 길을 걸으면서 매일같이 이 생각이 들었습니다. 독일사람들 정말 운동 열심히 한다!! 매일매일 조깅하는 사람, 자전거 타는 사람, 산책하는 사람 등등 운동하는 사람들이 정말 많더라구요.

학회장가는길에 있는 Planten un Blomen 공원이에요~

학회의 5일간의 일정에는 여러가지 주제가 있었지만, 모든걸 다 들을 수 없고 다 소화할 수 없어서 우리는 다음의 주제에 대해서 포커싱했습니다.

• Energy Efficient HPC Centers – At What Cost?
• Exascale Computing: Where Are We?
• Energy & HPC
• Big Data – Analysis for Extreme Scale Research
• Cloud Computing & HPC Requirements
• File Systems

사실 위의 주제만해도 다 이해하는 것은 불가능 하리라 만큼 주제가 폭넓고 어렵고, 더군다나 영어(ㅠ.ㅠ)여서 알아듣기가 쉽지는 않았습니다. 학회의 내용중에서도 가장 흥미롭고 재미있었던 내용은 Energy Efficient HPC Centers – At What Cost? 에 대한 강연이었습니다. 총 4명의 강연자가 나와서 슈퍼컴퓨팅이 가져오는 에너지과소비에 대한 문제를 지적하고 어떻게 하면 이를 해결할 수 있는지에 대한 발표를 해주었고, 컴퓨터산업에서 종사하는 사람으로써 우리가 얼마나 환경에 유해한 일을 하고 있는지에 대해 반성할 수 있는 기회가 되었던것 같습니다. 기회가 된다면, 위에 대한 내용을 블로깅 할 수 있으면 좋겠습니다.

다음으로 흥미로웠던 강연은 Cloud Computing & HPC Requirements 에 대한 강연이었습니다. 그 중에서도 아마존에서 한 강연이 가장 흥미로웠는데요, 아무래도 우리 회사와 가장 밀접한 관계에 있어서 그랬던 것 같습니다. 아마존의 S3와 EC2의 사용자가 계속해서 급증하고 있고, 그 주요고객 중의 많은 부분을 생물정보학을 무대로 하고 있는 NCBI와 EMBL등의 회사들이라고 하네요. 곧 우리 (주)인실리코젠도 EC2와 S3를 이용한 서비스를 할 수 있지 않을까 하는 생각이 드네요.

학회장 현장 1, 2, 3!!

5 일간의 학회일정을 모두 소화하고 회사의 배려로 이경표사원과 저는 1일간 자유여행을 할 수 있는 시간을 가졌습니다. 저희는 이 1일을 어떻게 할까 고민하다가 독일의 Kiel이라는 소도시를 구경하기로 했습니다. 이 도시는 항구도시이자 독일인들의 최고의 휴양지중에 하나라고 하더라구요. 날씨가 너무너무 좋아서 Kiel에서 살까 하는 생각을 하다가, 그래도 (주)인실리코젠에서 즐거운 시간을 보내는 기쁨을 버릴 수 없기 때문에!!! Kiel을 뒤로하고, 회사로 돌아왔습니다.

Kiel에서 보낸 마지막 하루, 여유롭고 행복했던 시간이었습니다~

해외에서의 소중한 경험을 할 수 있도록 배려해주신 (주)인실리코젠 사장님 이하 구성원분들께 감사하다는 말씀드립니다.

Posted by 人Co

(주)인실리코젠이 8살이 되었습니다. 모두들 각자의 위치에서 바쁘시지만 이날만큼은 본사에 모여 창립 8주년을 축하하였습니다.
오늘의 초대MC는 화려한 언변을 자랑하는 유원기 주임님께서 맡아주셨습니다. 유주임님의 시작 멘트와 함께 사장님 말씀이 있으셨습니다.




사장님께서는 우리가 지금까지 달려온 길과 앞으로 달려갈 길에 대해 말씀해 주셨습니다. 사람이 중요하다는 사장님의 말씀을 다시 한번 생각해봅니다. 인실리코젠이 이렇게 성장할 수 있는건 구성원 서로가 배려하고, 각자의 위치에서 열심히 달려주었기에 가능한 일이라고 생각합니다.



다음은 우리 회사의 오랜 문화인 타입캡슐 개봉이 있었습니다. 창립기념일마다 소망하는점, 반성의 시간을 가진 뒤 지난해를 돌아보고 새로운 목표나 바램을 적어 넣는 행사인데요. 지난해에는 우리 人Co인들이 어떠한 생각을 가지고 있었는지 유원기 주임님께서 하나 하나 읽어 주셨습니다. 즐거운 내용도 있었고, 반성하게 되는 내용도 있었고, 작년에 가졌던 마음가짐과 지금은 어떻게 다른지, 또 얼마나 성장했는지 생각해 볼 수 있는 시간이었습니다. 우리는 다시 앞으로의 바램을 담아 타임캡슐을 봉인하였습니다.



그 다음은 8살을 맞은 인실리코젠을 위해 다같이 생일축하 노래를 부르고 케이크 컷팅식이 있었습니다. 사람 나이로 치면 학교에 입학할 나이가 되었네요. ^^ 케이크 컷팅을 마친 후 이번에 13주 동안 진행한 생물정보인재양성 프로그램에 참가한 인턴분들의 수료식이 있었습니다.



이제홍, 김경아씨 13주 동안 인턴십 프로그램에 참가하면서 힘들기도하고 많이 배우기도 했을텐데 성실히 임해준 모습이 아름다웠습니다. 정은미 이사님께서 수료증을 전달해 주셨습니다. 지금은 인턴 두분께서 인실리코젠의 식구가 되어 매우 기쁜일이 아닐 수 없네요. 축하드립니다~ 짝짝짝! 진행해 주신 분들과, 좋은 기회를 주신 사장님께 감사하며 더욱 더 성실히 임해주길 바래요~!




포토월에서 단체사진을 찍은 후 창립기념일 행사의 하나인 풍선날리기를 하러 모두 옥상으로 나갔습니다. 풍선과 함께 근심, 걱정을 모두 날려버리고 소원도 빌어봅니다.



이렇게 1부 행사를 마치고 회식장소로 이동하였습니다. 2부에서는 맛있는 오리고기를 맘껏 먹으며 그동안 못다한 얘기를 나누는 시간을 가졌습니다. 파견지에서, 대전지사에서 고생하시는 분들은 자주 뵙기 어렵기 때문에 늦은 시간까지 이야기 꽃이 한창이었습니다. 한해 한해 인실리코젠이 성장하고 좋은 사람들과 오랫동안 할 수 있다는것에 감사드리며 8주년의 8이 무한대 기호와 모양이 같듯이 우리 (주)인실리코젠이 무한대로 뻗어나가고 성장할 수 있기를 바래봅니다. 내년에도 발전된 인실리코젠의 모습을 기대해주세요!

Posted by 人Co

人Co와 함께한 13주 (김경아)

처음 면접을 보기 위해 인실리코젠의 문을 열고 들어섰을 때, welcome과 제 이름이 적혀 있는 칠판이 저를 가장 먼저 반겨주었습니다. 이것을 보며 아주 작은 것 하나에도 신경을 써 주신 것 같아, 저에게 인실리코젠의 첫 이미지는 ‘따뜻함’으로 다가왔습니다. 그리고 7월2일, 인실리코젠에서 저의 인턴십 프로그램이 시작되었습니다. 첫날에는 자리, 모니터, 노트북을 배정받고 업무를 시작하기 위해 필요한 소프트웨어들을 설치하고 회사 분들과 인사를 나누고 명함을 받는 시간을 가졌습니다.
둘째날은 사내규범, 사회생활예절, 파워포인트 작성법에 대한 교육을 받고 다음날 아침 수요세미나시간에 발표할 자기소개를 준비하는 시간을 가졌습니다. 수요세미나는 아침 8시에 진행이 되었기 때문에 지쳐있는 회사사람들의 이목을 끌만한 무언가를 생각해내기 위해 열심히 머리를 굴렸습니다. 회사에서 하는 첫 발표였기 때문에 지금 생각해보면 가장 떨었던 발표였던 것 같습니다.

7월5일, 인턴프로그램일정이 시작되었고 제일 처음으로 접하게 된 부서는 Codes사업부였습니다. Codes사업부에서는 회사에서 주로 다루고 있는 분석 tool인 CLC Main Workbench와 CLC Genomics Workbench 그리고 NGS(Next Generation Sequencing)에 관한 것을 배웠습니다. 교육을 토대로 CLC Main Workbench, CLC Genomics Workbench의 사용방법과 한글 매뉴얼을 작성하고 발표하였고 NGS에 관한 PPT를 작성하였습니다. Codes사업부는 인턴 프로그램을 시작한지 얼마 되지 않았기 때문에 상대적으로 가장 많이 얼어있었고 처음 접하는 부분이 많아서 힘들었던 점이 많았습니다. 하지만 경윤주임님, 재영주임님, 하나선배님께서 중간 점검을 통해서 잘못된 방향으로 가고 있을 때에는 바로 잡아주시고 모르는 부분은 친절하고 최대한 쉽게 설명해 주셔서 과제를 무사히 마칠 수 있었습니다.

8월2일, 두 번째로 KM사업부에서의 인턴프로그램일정이 시작되었습니다. KM사업부에서 첫날 받은 일정표를 과연 내가 이것들을 모두 수행해 낼 수 있을까 하는 걱정이 가득해졌습니다. 하지만 저의 걱정과는 달리 KM사업부에서의 프로그램은 알아갈 수록 재미있었습니다.
Linux에 관한 교육을 담당하셨던 경표 선배님께서는 제가 아주 기본적인 내용을 몰라 질문을 하여도 항상 친절하게 이해가 갈 때까지 설명해 주셨습니다. CRM교육과 세금계산서 작성, 견적서 작성등과 같은 문서작성관련 교육을 담당해주신 선수선배님께서는 항상 꼼꼼하게 수행해야 할 과제들을 체크해 주셨고 과제를 수행하고 난 다음에는 개선되어야 할 부분을 체크해 주셨습니다. DBMS중의 하나인 MySQL에 관한 교육과 brassicarapa의 primer를 design하는 프로젝트를 담당해주신 성찬주임님께서는 다른 인턴분들과 함께 과제를 해결해나갈 수 있도록 잘 이끌어 주셨습니다. 덕분에 어색했던 인턴분들과 조금 더 친해질 수 있었던 계기가 될 수 있었습니다.

KM사업부에서 있으면서 CLC 세미나 지원을 나가게 되었습니다. 기념품을 나눠주고 질문타임에 마이크를 전달해주는 작은 역할을 맡았지만 직접 세미나가 진행되는 곳에 방문하고 경험해 볼 수 있어서 너무 좋았습니다. 회사에서 보던 주임님들이 많은 사람들 앞에 나가서 강연을 하고 또 그 강연을 사람들이 경청하는 모습을 보며 왠지 모를 뿌듯함이 느껴졌습니다. 함께 세미나 지원을 나갔던 Descign팀의 지혜주임님과 아영주임님은 기념품, 펜, 이젤 등과 같이 작은 부분도 꼼꼼하게 체크하고 준비를 하셨습니다. 그러한 모습을 보면서 주임님들의 프로페셔널함에는 다 이유가 있다는 것을 느낄 수 있었습니다.

8월30일, 세 번째로 Trac사업부에서의 인턴프로그램일정이 시작되었습니다. 평소 회사에서 자주 뵐 수 없었던 Trac사업부의 이부장님과 박선임님께서는 바쁜 일정에도 불구하고 아침 일찍 회사에 나오셔서 저희를 위해 교육을 해 주셨습니다. 이부장님께서는 이력추적시스템에 관한 교육을 해주시고 국내∙외 이력추적시스템에 관한 발표과제를 내주셨습니다. 발표를 할 때에도 편한 분위기를 조성해 주셨고 발표의 내용에 관한 질문을 하실 때에도 편하게 답을 할 수 있도록 도와주셨습니다. 박선임님께서는 WBS와 산출내역서 교육을 담당해주셨습니다. 이 부분은 인턴프로그램을 진행하면서 가장 이해하기 힘들었던 내용이었습니다. 하지만 교육을 해 주시면서 할 수 있다는 용기를 불어넣어 주셨습니다.
Trac사업부에서의 최종발표를 하면서 나의 노력은 터무니 없이 부족했다는 것을 느꼈습니다. 스스로 해답을 찾는 것 보다는 모르는 것은 물어보고 조언을 구하는 것이 더 중요하다는 사실을 다시 한번 가슴에 새길 수 있었습니다.

9월13일, Descign팀에서의 인턴프로그램일정이 시작되었고 이틀간 유전체학회에 지원을 나가게 되었습니다. 유전체학회에서 맡은 역할은 기념품과 브로셔를 나눠주고 최대한 많은 설문조사를 받아내는 것 이었습니다. 처음에는 사람들에게 우리회사를 소개하는데 버벅 거리고 당황을 하였지만 주임님과 선배님께서 회사 소개를 하시는 모습을 보고 따라 하다 보니 자연스럽게 회사를 소개 할 수 있게 되었습니다.
학회 둘째날, 강부장님의 런치세미나가 있었던 시간에 본격적으로 브로셔와 설문지를 돌렸습니다. 몇몇 분은 정성스럽게 설문조사에 참여하시고 직접 가져다 주시기 까지 하셨지만 대부분은 그대로 책상 위에 놔두고 가셔서 뿌린 만큼의 효과를 거두지 못해 아쉬웠습니다. 규모가 작은 학회였기 때문에 적은 인원이 참가하여 조금은 힘이 빠져 있었지만 열심히 잠재고객에게 회사소개를 하시는 조팀장님의 모습을 보며 다시 힘을 낼 수 있었습니다.



이렇게 이틀간의 유전체학회는 무사히 마무리 될 수 있었고 학회에서 받은 설문 조사결과를 분석하여 회사 신뢰도와 인지도를 나타내는 그래프를 작성하여 작년의 그래프와 비교해 보았습니다. 신뢰도와 인지도가 모두 하락했지만 작년과 비교 대상이 달랐고 많은 항목이 공백으로 채워져 있었기 때문에 이번 설문조사 결과에 큰 의미를 둘 필요는 없다고 생각하였습니다.

유전체학회에서 돌아와 Descign팀에서 수행한 과제는 유전체학회 참가보고서 작성, 창립기념일 기획보고서 작성, 워크샵 기획보고서 작성, CI&BI 수집하기, 회사홍보방안, 정보디자인하기였습니다. Descign팀에서 과제를 수행할 때에는 최대한 전형적인 틀에서 벗어나 새롭고 창의적인 내용을 담으려고 노력을 했습니다. 그 결과 창립기념일 기획보고서 아이디어에 관한 칭찬을 받아서 노력의 보람을 느낄 수 있었습니다. Descign팀에서는 가장 짧은 기간 동안 참여했기 때문에 아쉬운 감이 많았습니다.
13 주 동안 인실리코젠의 인턴십프로그램을 통해 총 4개의 사업부에서 많은 것을 체험하고 배울 수 있었습니다. 프로그램을 마치기까지 힘들어서 포기해버리고 싶은 적도 있었지만 꿋꿋하게 버텨왔습니다. 이렇게 버틸 수 있었던 가장 큰 힘은 바로 인실리코젠에 계시는 모든 분들의 따뜻한 말 한마디와 관심이었습니다. 단 하루도 쓸데 없이 시간을 보내지 않도록 좋은 프로그램을 구성하여 최대한 많은 것을 체험하고 느낄 수 있도록 해주셔서 13주 동안 많은 성장을 할 수 있었습니다. 가끔은 인턴십프로그램을 열심히 준비해준 분들에 비해 나의 노력이 부족한 것 같아 죄송스러울 때도 있었지만 항상 최선을 다하려고 노력을 다 하였습니다. 그리고 그 결과 지금과 같은 결실을 맺을 수 있었습니다.

이 글을 쓰면서 오랜 기간 함께 했던 모든 분들의 얼굴이 스쳐지나 갔습니다. 인실리코젠에서 인턴십프로그램을 참여한 순간이 제 인생에 있어서 가장 많이 배우고 느끼고 성장하며 자신을 객관적으로 바라 볼 수 있었던 시간이었던 것 같습니다.

With insilicogen (이제홍)

인실리코젠과 함께 한 3달이란 시간동안 즐거웠고 최선을 다했다고 생각합니다. 3달 동안 Codes 사업부, KM 사업부, Trac 사업부, Descign 팀을 거치며 다양한 교육을 받고 많은 일들을 수행하였습니다. 무엇보다도 人Co의 가치체계를 통해 사람과 사람 사이의 관계가 무엇보다 중요하다는 것을 느낄 수 있었습니다. 이러한 지식과 경험들은 앞으로도 잊어버리지 못 할 좋은 추억이 되었습니다.

Codes 사업부에서는 CLC Main Workbench와 CLC Genomics Workbench를 공부하는 것이었습니다. CLC Main Workbench는 분자생물학 데이터 분석 및 관리를 위한 통합 생물정보 분석 소프트웨어로 CLC Main Workbench에 NGS 데이터 분석기술을 추가한 것이 CLC Genomics Workbench입니다.

소프트웨어 교육과 함께 영문 manual 번역을 함께 진행 하였습니다. 가장 이해하기 쉽게 구성된 한글 manual을 만든다는 것이 생각보다 많이 어려웠습니다. 문제 해결 방법을 모르고 갈팡질팡 할 때 진행방향을 조언해 주시고, 간단한 업무들에 대해서는 직접 경험할 수 있는 기회를 만들어 주셔서 회사에 빨리 적응할 수 있었습니다. 짧은 기간이여서 소프트웨어의 세세한 부분까지 파악하지는 못하였지만, Workbench의 구성과 분석 설계의 흐름을 파악할 수 있었던 시간이였습니다.

KM 사업부에서는 처음 교육일정표를 받았을 때, 다양한 교육들이 빡빡하게 짜여져 있어 많은 긴장을 하였지만 협업을 하는 방법과 정확한 피드백을 통해 업무에 대한 부담감을 줄이고 즐거움을 느낄 수 있도록 많은 도움을 주셨습니다. 혈연관계를 가진 유전자 정보를 체계적으로 관리, 보존하기 위한 첨단 생물정보 시스템인 KinMatch와 생명과학 분야의 지식관리를 위한 Web 2.0 기술 서비스인 LabKM에 대하여 고객 제안용 ppt제작과 기업이 고객 관계를 관리해 나가는 방법인 CRM 교육을 통하여 업무를 진행하기 전에 고객의 다양한 상황을 생각하여 제안하는 목적을 생각하고 목적에 따른 주요사항을 정리하는 습관을 가지고 딱딱한 보고형태의 대화보다는 고객과의 소통을 통해 친근하게 다가가야 한다는 것을 알 수 있었습니다. 기초적인 Linux 사용법을 배우고 직접 Blast를 설치하고 구동해보았으며, DBMS인 MySQL을 이용하여 데이터베이스의 구조에 대하여 이해할 수 있었습니다. 또한 제안요청서, 제안서, 견적서, 세금계산서 등의 문서 작성 실습을 통하여 정확한 업무 전달이나 의사결정을 위해서는 문서가 올바르고 체계적으로 작성되어야 하며, 문서작성 및 관리하는 능력은 업무 활동에 중요한 역할을 한다고 느낄 수 있었습니다.

Trac 사업부에서는 프로젝트의 계획단계부터 종료단계까지의 업무를 세분화하여 분류하는 WBS(Work Breakdown Structure)와 계약금액을 구성하는 공종별목적물물량에 대한 계약단가를 기재하여 작성하는 산출내역서에 대하여 공부하고, 실습을 통하여 프로젝트의 착수부터 종료까지의 모든 과정을 총괄하는 PM의 역할을 수행해 보니 업무의 세분화를 떠나 고객의 요구사항을 정확히 판단 즉, 사람과 사람사이의 Communication이 얼마나 중요한가를 알게 되었고, 맡은 프로젝트를 무사히 마치게 되었을 때의 뿌듯함을 느낄 수 있었습니다.

Descign 팀에서는 기업을 고객의 마음속에 깊은 인상을 남기기 위한 중요한 작업인 브랜딩에 대한 교육과 워크샵과 창립기념일의 행사 기획안 작성을 통해 창의적인 마케팅 방법과 생각을 실천에 옮길 수 있는 방법들을 생각하는 시간이었습니다. 또한 9월 13~14일에 개최된 유전체학회에 참가하여 기업 이미지 설문조사를 실시하고 분석하는 과정을 통하여 기업의 발전방향에 대한 생각과 마케팅의 중요성에 대해서 배울 수 있었습니다.

인턴기간 동안 사원의 마음가짐, 경영의 마음가짐, 사업의 마음가짐, CEO 칭기스칸, 프리젠테이션 젠 총 5권의 독서경영도서를 읽고 많은 것을 느낄 수 있었으며, 특히 ‘사원의 마음가짐’이라는 책을 통하여 직장에서의 생활 방법과 올바른 마음가짐에 대해 생각하고 입사 초기의 마음을 잃지 않겠다는 다짐을 할 수 있는 계기가 되었습니다. 3 달간의 인턴십 기간 동안 많은 분들의 관심과 배려를 통하여 알찬 시간을 보낸 것 같고, 좀 더 적극적으로 많은 분들에게 다가가지 못했던 점이 아쉬움으로 남아서 고치려고 많이 노력하였습니다. 이번 인턴십의 3달이 인생에 있어서 빙산의 일각에 지나지 않겠지만, 빙산을 구성함에 있어서 많은 영향을 줄 것이라 생각합니다. 제 자신을 객관적으로 평가하고, 성장의 가능성을 만들어주신 모든 분에게 감사의 말씀 전합니다.

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CLC bio asia-pacific resellers meeting

CLC bio 에서는 매년 여름 아시아 지역의 distributor들이 모여 정보를 공유하고 협력 방안을 모색 할 수 있는 meeting을 주최해 왔습니다. 이번 Asia-pasific resellers meeting에는 한국과 대만, 일본, 중국, 말레이시아, 오스트레일리아의 distributor들과 덴마크의 CLC bio 본사의 책임자들이 함께하였습니다. 아시아 각국의 생물정보 시장을 선도하는 업체 담당자들과 만나 이야기를 나눠보니 모두 생물정보 분야의 발전에 일부분 기여하고 있다는 자부심을 공유할 수 있어서 유익한 시간이었습니다.

특히 이번 meeting에는 CLC bio 의 부사장과 개발 책임자가 참가했는데요, 저희 (주)인실리코젠은 한국의 CLC bio 유저들을 대신하여 고객들의 요구사항이나 고충을 대변하여 CLC bio의 담당자들을 거세게 몰아 붙이는 진풍경이 벌어지기도 했습니다. 그 결과 다양한 지원 정책과 유용한 분석 기능들의 추가 개발을 약속 받았습니다.



CLC bio는 Next-Generation Sequencing (NGS) 열풍으로 생물정보학 분야에 집중된 관심과 함께 나날이 성장해 나가며, Agriculture, Diagnosis, Medical research 분야의 집중된 분석 도구와 pipeline을 개발해 나갈 것이라고 밝혔습니다. 뿐만 아니라 이러한 분야에 적용할 수 있는 다양한 case study와 application note와 같은 자료를 제공하겠다는 계획도 밝혀 CLC bio의 solution들이 더 쉽게 널리 이용될 수 있도록 노력하는 의지를 볼 수 있었습니다.



3일 이라는 짧은 시간 동안의 만남이지만 모두 다 생물정보학 분야의 발전이라는 목표와, 'CLC man'이라는 동질감을 공유해서 일을 떠나 개인적으로 많이 친해진 모습들을 볼 수 있었습니다.

NGS analysis, anyone can do!

이 번 CLC bio Asia re-seller meeting 행사 내에는 "NGS analysis, anyone can do!" 라는 주제로 NGS 데이터의 de novo/reference assembly를 비롯하여 variation detection, RNA-seq, ChIP-seq 등의 분석을 누구나 쉽고 간편하게 수행할 수 있는 CLC Genomics Workbench의 5.5 버전 런칭 세미나도 개최되었습니다.

지 난 8월 23일, 이비스 앰베서더 수원 호텔에서 진행된 이 세미나는 최근 업그레이드로 다양한 분석 도구들이 추가된 CLC Genomics Workbench의 기능과 실 사례 데이터 분석 결과를 바탕으로 우리 회사의 VVIP 고객들을 초청하여 CLC Genomics Workbench 사용자들에게 유용한 시간이 되었습니다.



먼저 이번 세미나의 개요와 각 섹션에 대한 간단한 소개 후 본격적으로 세미나가 시작되었습니다. ‘NGS 기본 개념 및 응용분야’라는 주제로 진행된 첫 번째 섹션은 NGS를 이용한 다양한 application 및 분석 사례를 소개하는 시간이었고, 연이어 두 번째 섹션은 NGS 데이터를 활용할 수 있는 다양한 분석 툴을 탑재하고 있는 CLC Genomics Workbench의 기능들에 대하여 알 수 있는 시간이었습니다. 또한 이번 re-seller meeting 행사로 인하여 내한한 CLC bio사의 Henry Wang 컨설턴트가 가장 중요한 세 번째 섹션을 맡아 CLC Genomics Workbench 5.5 버전의 업그레이드된 기능에 대한 리뷰를 진행하였습니다.





잠깐의 휴식시간 후 바로 진행된 네 번째 섹션은 이러한 CLC Genomics Workbench를 이용하여 얻은 실사례 데이터로 case study를 보여주는 시간이었습니다. 최근 NGS 데이터로 가장 많이 수행하고 있는 variation 분석과 RNA-seq 분석에 대한 예제로 CLC Genomics Workbench에서 실제 분석되는 과정을 확인할 수 있었고, 업그레이드 된 기능들을 잘 활용하여 쉽고 간단한 워크플로우로 제작할 수 있음이 사용자들에게 가장 흥미있는 이슈였습니다.





이렇게 이번 세미나를 통하여 CLC Genomics Workbench의 한층 업그레이드된 강력해진 분석 기능들을 파악할 수 있는 시간이었고, 짧은 시간에 많은 정보를 보여주려고 하다보니 그 동안 고민이었던 NGS 데이터의 분석 관련 질의/응답 및 컨설팅의 시간이 부족했던 점이 가장 아쉬웠습니다. 하지만 충분히 CLC Genomics Workbench의 매력을 직접 느낄 수 있었던 시간이었을 것이라 생각되고, 우리 고객분들이 조금 더 CLC Genomics Workbench를 활용하는 능력을 키울 수 있는 좋은 기회가 되었을 것입니다. "NGS analysis, anyone can do!"라는 이번 세미나의 주제처럼, 저희 (주)인실리코젠은 NGS 데이터 분석에 어려움을 느끼시는 연구자 분들께 NGS를 조금 더 쉽고 편리하게 분석할 수 있는 방법을 알릴 수 있도록 노력하겠습니다.

Tour

8월 22일 수요일

8월 22일 오전 distributor Meeting이 끝난 후 이비스 호텔에서 점심식사를 하였습니다. 모두들 맛있는 식사를 한 후에 든든한 마음으로, 한편으론 비가 올까 걱정스러운 마음을 가지고 경복궁을 향해 출발했습니다.

경복궁 입구에서 가이드를 만나기로 약속을 한 후, 버스를 타고 달리고 달려 드디어 경복궁 앞에 도착. 보라색 모자를 쓴, 오늘 하루 우리에게 친절하고 재미있게 설명을 해주실 가이드를 만났습니다. 하늘은 곧 비가 쏟아져 내릴 것처럼 흐렸지만 다행히도 비는 내리지 않았습니다. 경복궁에 들어가기 전 가이드의 설명이 시작되고, 저와 Henry는 입장권을 끊으러 갔습니다. 경복궁에 처음 온다는 저의 말에 Henry는 굉장히 놀란 눈치였습니다. Henry는 경복궁이 두 번째 방문이라고 합니다. 그렇게 먼 거리도 아닌데 왜 여지껏 한 번도 가보지 않았는지.. 너무 역사에 무관심했다는 생각이 드는 순간이었습니다.

경복궁에 들어서서 단체 사진을 한컷! 찍고 가이드의 설명을 들으며 이곳 저곳 둘러보기 시작했습니다. 모두들 호기심 가득한 눈빛으로 경복궁을 둘러보고 매우 아름답다는 탄성이 나오기도 하고 가이드의 재미난 설명 덕에 다들 신나보였습니다. 그리고 많은 분들이 사진을 찍느라 분주한 모습이었습니다.

많다면 많고 적다면 적은 인원을 박 부장님과 제가 어떻게 인솔을 해야 할지 걱정이 앞서기도 했지만 Henry의 도움 덕분에 한결 편하게 경복궁 관광을 할 수 있었습니다. 경 복궁 투어가 끝난 후 우리는 바로 인사동으로 향했습니다. 인사동에서는 각자 쇼핑타임을 가졌고, 인사동의 한정식 집에서 저녁 식사를 하였습니다. 좌식이라 외국인들에게는 다소 불편하여 미안한 마음이었지만 다들 내색하지 않고, 음식을 맛있게 먹어주었습니다.

빡빡했던 일정을 마무리하고 우리는 내일 또 다른 투어를 위해 호텔로 아쉬운 발걸음을 옮겼습니다.

8월 23일 목요일

23일 목요일에는 용인에 위치한 한국민속촌을 투어하기로 했습니다. 투 어를 시작하기 전 우리는 수원에서 맛있기로 소문난 ‘ㄱ’ 한정식 집으로 향했습니다. Vegetarian을 위해 식당에서 별도로 샐러드도 준비해주었습니다. 보기 좋은 음식(떡)이 먹기도 좋다는 말이 있듯이 음식들이 모두 굉장히 예쁘고 먹음직스럽게 한 접시 한 접시 담겨져 나왔습니다. 작품을 카메라에 담듯이 다들 배고픔도 잊은 채 음식을 카메라에 담기 바빴습니다. 역시나 맛도 굉장히 좋았습니다. 처음 보는 음식들도 신기해하며 모두들 맛있게 먹었습니다. 맛있는 점심 식사를 마친 후 우리는 본격적인 한국민속촌 투어를 시작하기 위해 식당을 나섰습니다. 한국민속촌은 우리 조상의 슬기와 지혜가 스며있는 전통생활 모습을 재현, 전시한 야외민속박물관으로 만들어진 곳입니다. 민속촌에서는 나이가 지긋하고 인상이 좋아 보이는 어르신이 가이드를 해주셨습니다. 교장선생님으로 계셨다가 퇴직 후에 봉사활동으로 가이드를 하고 계시다고 합니다. 전통생활 모습을 젊은 세대의 가이드가 아닌 나이 지긋한 어르신이 직접 해주니 우리나라 전통생활 모습이 더 잘 묘사되고 전달되지 않았나 싶었습니다.

가이드 선생님의 디테일한 설명과 함께 민속촌을 둘러본 후 각자 지인들에게 선물할 기념품도 구매를 하였습니다.

호텔로 돌아가는 차안에서 노을이 빨갛게 지는 모습을 보니 제가 타국에서 관광을 하고 있는 것만 같았습니다. 그만큼 노을이 너무 아름다웠습니다.

이틀동안 걸어서 투어를 하느라 저도 외국인 분들도 힘들었지만 그만큼 서로에게 좋은 추억이 됐을 거라 생각합니다. 대한민국이라는 나라에서 (주)인실리코젠과 함께 관광했던 모든 모습들이 외국인 분(친구)들에게 좋은 기억만 심어줬으면 좋겠다라는 생각을 하며, 저는 지금도 그 때의 모습을 다시 추억해 보고 있습니다.

(상기 사진중 초상권에 대한 우려가 있으신 분은 당사로 연락주시면, 즉시 조치를 취하겠습니다.)

Posted by 人Co

2012년 6월 1일 ㈜인실리코젠 Codes사업부는 신입 부서원들과의 단합과 더욱 효율적인 업무 수행을 위해 워크숍을 떠났습니다. 저 에겐 첫 출근과 동시에 떠나는 워크숍이라 기대에 많이 부풀어 있었습니다. 출근 첫날 강연경 선임님께서 인실리코젠의 식구들을 한 분 한 분 소개해 주셨습니다. 모든 人Co분들께서 웃으시면서 "안녕하세요?"라며 명함을 건내 주셨습니다. 아직까지 한분한분의 미소와 상냥함이 잊혀지지가 않습니다. 그리고 송하나 선배님의 도움으로 업무를 볼 수 있게 노트북 세팅 및 기초 위키 사용법에 대해서 알려 주셨습니다. 저희 Codes사업부는 오후 4시까지 업무를 보고 부랴부랴 짐 가방을 메고 충남 당진으로 출발하였습니다.
저와 강연경 선임님은 신윤희 선임님의 차를 타고 출발하였습니다. 출발한지 30분 즈음 웅장한 서해대교를 지나 간단히 허기를 채우기 위해 행담소 휴게소를 들렸습니다. 먼저 도착한 유원기 주임님과 정명희 선배님, 박혜선 선배님께서 저희를 기다리고 있었습니다. 간단한 먹거리를 사서 포토존에 앉아 아름다운 행담소 휴게소를 감상했습니다. 특히나 바다 옆에 위치해 시원한 바람과 유럽풍의 풍차, 새빨간 전화 부스, 천사의 날개 등 너무나 잘 꾸며져 있어서 지나가는 길목이면 꼭 다시 한번쯤 들리고 싶은 휴게소였습니다.

아쉬움을 뒤로한 채 목적지에 6시까지 도착해야 하기에 다시 저희는 목적지를 향해 출발하였습니다. 목적지에 도착하기 10분 즈음 남은 상황에서 이정표에 보이는 건 석문면!! 잘못 본 거라 생각하고 조금 지나가니 또다시 나타난 이정표에 "석문면 교로리 방향!!" 목적지가 당진군 석문면 교로리라는 것을 그제야 알았습니다. 우연한 일치인지 첫 출근에 첫 워크숍의 목적지가 저의 이름인 석문 면인 게 너무나 신기해 하는 찰라 목적지인 왜목마을에 도착하였습니다. 왜목마을을 간단히 설명하자면 서해에서 유일하게 일출, 일몰을 한 곳에서 감상할 수 있으며 한적하여 휴가지로도 인기 만점이랍니다.

그리고 도착한 곳! Codes사업부가 묵을 "꿈꾸는 펜션"을 소개합니다!!!

가장 먼저 눈에 들어온 것은 넓은 잔디밭!!! 저 잔디 위에서 아기들이 뛰어놀고 있는 모습이 흡사 외국 휴양지를 온 듯한 느낌을 받았습니다. 펜션에서 김경윤 주임님을 처음 뵈었습니다. 상냥한 미소로 "안녕하세요?"라고 먼저 인사를 건네시던 모습이 생생합니다. 출장을 갔다가 바로 워크숍 장소로 와서 혼자서 장을 보셨는데 너무 고생하셨습니다. 간단하게 저희는 짐을 풀고 펜션구경 및 휴식을 취했습니다.



그리고 세미나를 위해 준비해 온 빔프로젝터를 심재영 주임님께서 세팅하시고 예정시간보다 약간 늦은 6시 30분경에 박준형 부장님 진행 아래 펜션 안 소박한 세미나가 시작되었습니다. 짝짝짝
Codes사업부는 Marketing팀, Research팀, SI 팀으로 구성되어 있습니다. 발표는 먼저 Marketing팀의 김경윤 주임님께서 Codes사업부의 상반기 매출 결과와 하반기 매출 계획에 대해 발표해 주셨습니다. 대부분 매출 즉 "금액"에 대한 내용이기 때문에 체감적으로 회사의 규모와 성장성에 대한 느낌을 잡을 수 있었습니다. 그리고 이번년도 매출계획을 달성하기 위해 저 또한 열심히 협업할 수 있게 최선을 다해야겠다라는 마음가짐을 가질 수 있었습니다. 그 다음으로 Research팀의 신윤희 선임님께서 현재 진행중인 사업과 진행될 사업에 대해 발표해 주셨습니다. 느낌점을 한마디로 표현하자면 역시 전문가가 많은 기업은 다르구나!라는 생각을 가장 먼저 하게 될 만큼 어마어마한 사업리스트들 보게 되었습니다. 마지막으로 제가 속한 SI 팀의 이규열 선임님께서 현재 이슈인 오믹스 사업, 바코드 사업, 농과원 사업에서 시스템 구축현황 및 진행예정에 대해 말씀해 주셨습니다. 아직은 신입사원이라 구체적인 것은 잘 모르지만 열심히 익혀서 SI팀을 이끌고 더 나아가 인실리코젠에서 핵심 개발자가 되리라 다짐했습니다. 마지막으로 박준형 사업부장님께서 각 팀의 내용에서 추가적으로 살을 덧붙여 주셨습니다. 그리고 저와 대전지사에서 7월부터 근무하게 될 양성진씨의 소개가 있었습니다. 양성진씨의 해맑게 웃으시는 모습이 너무나 인상깊어서 기억에 오래도록 남을 것 같습니다.



세미나를 모두 마치고 저녁을 먹으러 출발하기 전 펜션 앞 잔디에서 단체사진을 찍으려고 모두 포즈를 취하는데...
펜션 주인 아주머니께서 기르시는 집고양이가 "하나","두울","셋"하는 순간마다 매번 카메라를 가려서 겨우 단체사진을 찍을 수 있었습니다. 여러 번의 사진 촬영은 있었지만 처음보는 광경에 모두 웃음을 참지 못하고 여기저기서 웃음보가 터졌고 덕분에 모두 "스마일"하는 사진을 얻을 수 있었습니다.
일행 대부분 배에서는 밥 달라는 신호가 계속 울리고 저녁을 먹기 위해 바다 근처로 이동을 하였습니다. 주위에는 횟집들이 즐비하고 있었는데 배고픔을 참지 못하고 제일 처음으로 보이는 횟집으로 들어갔습니다. 자리배치를 하다 보니 조개구이 먹는 팀, 횟먹는 팀으로 나뉘게 되었고 제가 앉은 자리는 이규열 선임님과 박혜선 선배님, 양성진씨와 자리를 같이 했습니다. 주 요리가 나오기 전 무수히 많은 요리가 나왔고 서로의 술잔에 잔을 채우고 박준형 부장님의 건배 제의를 시작으로 화기애애한 분위기 속에 Codes사업부의 저녁 만찬은 계속되었습니다.

펜션으로 복귀 후 간단히 맥주를 마시며 이슈거리에 대해 이야기 하면서 즐거웠던 워크숍 첫날은 마무리되었습니다.

다음 날 아침 모두 분주하게 씻고 아침을 먹으려고 펜션을 나서는데 주인 아주머니가 기르시는 또다른 집 고양이 발견하고 사진을 찍었습니다. 애니메이션 속에 나오는 고양이 마냥 너무 귀엽게 포즈를 취하였습니다.

모두 허기진 배를 잡고 근처 해장국집을 들어갔습니다. 콩나물국밥과 갈비탕으로 맛있게 식사를 하면서 마친 후 여기까지 워크숍을 왔는데 바다를 안 보고 갈 수는 없었죠! 바로 옆 바다로 걸음을 향하였습니다. 눈부신 햇살과 여기저기에서 바람 쐬러 온 가족과 연인들! 정말 평화로움 그 자체였습니다. 저희 Codes사업부도 질 수 없죠! 따스한 햇빛을 먹은 모래사장을 한 발 한 발 걸으며 시원한 바닷바람을 온몸으로 맞으며 마지막 워크숍 순간을 만끽하였습니다.

해변에서 마지막으로 단체사진을 찍고 모두 모여 "수고하셨습니다"라는 함성과 함께 각자 목적지로 향하는 차를 타고 1박 2일의 아쉬운 워크숍은 마무리가 되었습니다. 저는 박 부장님의 차를 타고 회사 앞까지 오면서 부장님과의 오고 가는 대화 속에 인실리코젠에 대해 더욱더 잘 알 수 있었던 소중한 시간이었던것 같습니다.

저는 지금 입사한 지 6주차에 접어들었습니다. 처음 목표는 무엇보다 다른 직원분들과 친해지는 것이었습니다. 약간의 내성적인 성격으로 인해 완전히 친해지려면 조금 더 시간이 필요하겠지만 요즘은 웃으며 농담도 건내는 수준까지 왔습니다. 한분한분이 다들 적응을 빨리 할 수 있도록 세심한 관심을 기울여 주신 덕이라고 생각합니다. 또한 8월에 투입될 사업에 대비해서 서버세팅과 일주일 간의 웹개발에 필요한 교육도 강연경 선임님의 도움으로 무사히 마칠 수 있었습니다. 특히나 매일 오전 7시 강연경 선임님께서 스프링 프레임워크 교육을 해주셔서 기본적인 스프링의 동작방법 및 웹개발 시 프로그래밍하는 법을 많이 배울 수 있었습니다. 특히나 JSP에서는 깔끔하지 못했던 코드들이 스프링프레임 워크을 이용하면 깔끔하게 MVC (Model View Controller)로 분리가 되니 참 신기할 따름이었습니다. 지금은 생물자원관 웹 개발하시는 석호동 대리님을 도와 다국어 메시지 처리부분을 담당하고 있습니다.

아직까지 회사에 대해 완벽히 파악하진 못했지만 어느 정도의 일을 하고 있고, 어느 분야에 포커스가 맞추어져 있는지는 알 수 있었습니다. 그리고 6주간 많이 사고도 쳤지만 배우면서 성장하는거야! 다음부턴 사고치면 안돼!라 는 선임님께서 따뜻한 말을 많이 해주셨습니다. 실수를 할 때마다 가슴도 조이지만 다시금 같은 실수를 하지 않겠노라 다짐하며 하루하루의 일정을 확인하고 놓치지 않지 위해서 메모하는 습관을 키우고 있습니다. 6주간의 시간동안 느낀 인실리코젠은 탄탄한 기업임은 부정할 수 없는 사실이고 그 외에 인간을 중시하는 따뜻하고 포근한 회사였습니다. 또한 여러 분야의 많은 전문가들이 소속되어 있으며 모두들 본인의 일을 즐겁게 즐기면서 꿈을 키워 나가는 모습은 어느 회사를 가도 보지 못하는 광경일 것 같습니다.

아직 인턴 기간이지만 1년 3년 5년 10년을 내다보며 인실리코젠에서 좋아하는 일을 하며 소중한 사람들과 함께하고 싶습니다.

이 글을 읽어주신 모든 분께 감사드립니다. 앞으로 열심히 잘하는 사원이 되겠습니다.

Posted by 人Co

(주)인실리코젠 이라는 회사를 알게 된 것은, 질병관리본부에서 연구원으로 근무하던 때였습니다. 용역사업을 담당했던 회사로 처음 접하게 되었는데, 당시에 박준형 부장님과 이규열 선임님을 만나면서 떠올랐던 느낌은 두 가지였습니다. 회사에 대해 전체적으로 깨끗한 느낌을 받았고, 좋은 사람들이 많이 있다고 생각했습니다. 또한 함께 사업을 수행하고 도우면서 내실이 있는 회사라는 느낌을 받았습니다. 회의차 만날 때마다 항상 밝은 얼굴로 맞아주시고, 즐거운 회사생활에 대해서 자랑하시니까 제가 그렇게 생각하는 것은 어쩌면 당연한 결과였습니다.

그러나 우리 회사에 결정적으로 오고 싶다는 생각을 하게 된 것은 최남우 사장님을 세미나 때 몇 차례 만난 후였습니다. 최 사장님은 비지니스와 인재상에 대해 설명하시면서, "세상에 완벽한 사람은 없으며, 어떤 사람이든지 동료와 조화를 이루고 시너지 효과를 내야만 성공할 수 있다"고 말씀하셨습니다. 그 말씀은 수 개월이 지난 후에 협력하며 살아가야 한다면, 좋은 사람들과 즐겁게 일을 할 수 있는 회사를 가고 싶다는 제 생각의 뿌리가 되었습니다.



본격적으로 Codes사업부의 Research팀의 일원으로서 입사해보니까, 중소기업다운 패기가 있으면서도 회사체계는 견고했으며, 생각이상으로 좋은 분석 솔루션들이 많았습니다. Codes사업부에서는 누구나 쉽게 게놈(genome) 분석이 가능한 다양한 CLC bio사의 제품들과 효과적으로 상호작용 또는 네트워크 분석을 돕는 Pathway Studio가 대표적이었는데, 제가 앞으로 많이 익혀야 할 분석 소프트웨어였습니다. 또한 KM사업부에서는 wiki 기반으로 업무 소통이 용이한 LabKM과 강력한 친자검색 기능을 가진 KinMATCH가 인상적이었고, Trac사업부에서는 최근에 개발된 이력추적시스템을 포함하여 그 동안 축적된 다양한 사례들이 놀라웠습니다. 무엇보다 이 분야에서는 흔치 않은 Descign팀(design과 science의 조합)이 회사내 모든 콘텐츠를 그 의미와 용도에 맞게 창조적으로 표현해주기 때문에 눈도 즐거웠습니다.

현재 회사가 지향하고 있는 분석 컨설팅 방향은 바로 人Co Business 입니다. 다양한 해석이 가능한 멋진 말인데, 그 중에서 가장 마음에 드는 뜻은.. 바로 "사람(人)과 사람(人) 사이에 통하는(Communication) 분석"입니다. 즉, 고객(client)과 분석가(analyzer)간의 소통을 통해 함께 최적의 결과물을 생산해 내는 것입니다. 이런 내용을 담은 회사의 가치체계는 연구분야에서 필요한 상생(相生) 정신이 그대로 녹아있었기에 저에게는 큰 감동이었습니다. 실제로 人Co Analysis를 담당하는 Research팀은 기존 분석 프로그램 활용을 넘어서 고객과 함께 고민하면서 최적의 생물학적인 의미(biological meaning)를 도출할 수 있도록 파트너 역할을 톡톡히 해왔다는 인상을 받았습니다.

지금까지 연구실에서의 경험만 있었기 때문에, raw data를 가지고 2,3차 가공을 통해 새로운 관점에서 논문을 작성해왔습니다. 다행스럽게도 저의 첫 담당업무가 분석된 데이터를 가지고 고객과 함께 협력하여 논문화 작업을 하는 것이었습니다. 새롭게 연구되는 종(species) 이기에 결과 분석 및 논문 작성이 쉽지는 않았지만, 남들이 하지 않는 것을 하는 것이기에 더욱 즐겁게 매진할 수 있었고, 고객과 함께 문제를 고민하고 해결했기에 보람된 결과를 기다릴 수 있었습니다. 입사 후 2개월 동안 매일 야근을 하다시피 했던 바쁜 일정이었지만, 저 혼자만이 아닌 여러 부원들과 함께 할 수 있었기에 오히려 즐거운 시간이었습니다. 가장 좋은 회사 적응은, 실무를 직접 경험하면서 사람, 업무, 사내 분위기에 동시에 적응하는 것이라고 생각했기 때문입니다.

최근에는 부원들과 함께 New Balance Race 10 km 마라톤 대회에 참가해서 친목도 다지고 완주도 했습니다. 이제 2개월이 지났을 뿐이지만, 회사생활을 하면서 2년, 20년 동안 수많은 난관들도 함께 잘 헤쳐나갈 수 있다는 믿음을 준 작지만 소중한 추억이었습니다. 미래를 위해 생물정보학 분야를 선택했는데, 이제 그 미래를 실현하기 위해 (주)인실리코젠 회사를 선택했습니다. 열심히 노력해서 저와 회사 모두가 앞으로 더 많이 성장할 수 있도록 진력(盡力)할 것입니다.

Posted by 人Co

입사한지 세달. 인턴기간.
학교에서 생물정보학을 열심히 공부하며 꿈꿔왔던 나의 미래상과 지금의 현실은 너무 만족스럽습니다.
교수님과 여러 지인들과의 상담을 통해 해외포닥, 축산과학원 공무원, 및 생물정보 회사 등 여러 갈래길 중에서 (주)인실리코젠에 입사하게 되었습니다. (주)인실리코젠에서 업무의 성과만이 아닌 김효영의 모습을 보여주고 싶습니다.

3개월 인턴기간 동안 CLC Genomics Workbench, BioXM, PathwayStudio, LabKM, KinMatch 등 총 5개의 솔루션을 공부하였습니다. 그 중 CLC Genomics Workbench, BioXM, PathwayStudio는 매뉴얼을 처음부터 끝까지 혼자 공부하면서 저만의 매뉴얼을 만들었습니다.

KM 사업부에 들어와서 처음으로 맡게된 일은 BioXM 솔루션을 마스터하는 것이었습니다.
BioXM은 Biomax사의 다양하고 복잡한 여러 종류의 생물 데이터 지식관리와 의미론적 데이터 통합 시스템으로, 여러 연구방법들에 의해 대량으로 생성되는 정보들과 상호 연결되어 있는 생물학적 시스템을 쉽게 이해할 수 있습니다.

현재는 숙지한 BioXM을 이용하여 맞춤형 약물 및 임상진행 정보 제공을 위한 온톨로지 구축 사업에 참여하였습니다. Gene, GO, Pathway, Disease, Chemical, Drug, CNV, SNP, ClinicalTrials, Cosmic mutation 등을 데이터베이스화하였고, 이 Entity 간에 상호관련 정보를 추출하여 관계를 맺었습니다. 이 데이터베이스에서 내가 원하는 정보 추출을 위한 쿼리를 생성하고 결과로 웹포탈을 연동하였습니다. 처음으로 맡은 비중 있는 일을 사업부의 동료들과 협력하며 잘 마무리하여 좋은 결과를 얻어 기뻤습니다.

인 턴기간 동안 CEO 칭기스칸, 사원의 마음가짐, 경영의 마음가짐, 사업의 마음가짐 총 4권의 필독서를 읽어서 직장생활을 하는데 많은 지침과 교훈을 얻을 수 있었고, '똑똑한 여우들의 직장생활 다이어리'라는 책은 직장생활의 첫걸음을 하는 저에게 직장생활에서의 예절, 말투, 생각 등 많은 도움을 준 책이었습니다.

또한 여러 제안서 작성 및 논문 작성, 다양한 연구결과와 생물정보 통합 기획을 통하여 내 자신이 가꾸어 지면서 미래의 나를 생각해보게 되었습니다. 너무나 멋지고 훌륭한 인재가 될 것 같습니다.

세 달이라는 인턴기간 동안 많은 배움과 가르침을 배울 수 있는 시간이었습니다. 앞으로 더 많은 사람들이 KM사업부의 고급 생물정보 컨설팅을 컨택할 수 있도록 BioXM 마스터 뿐 아니라 논문을 많이 읽어서 다양한 분야의 기획이나 제안서 작성에 도움이 되도록 많은 노력을 해야할 것 같습니다. 그리고 앞으로 함께 좋은 분위기를 만들어서 더 고가치의 (주)인실리코젠을 만들어 갔으면 좋겠습니다. 좋은 사람들과 함께 멋지고 고급스러운 생물정보 컨설팅을 할 수 있다는게 너무 행복합니다. 제가 선택한 사회의 첫걸음인 (주)인실리코젠이기에 멈추지도, 포기하지도 않고 전국민이 (주)인실리코젠을 알 때까지 지금부터 열심히 하겠습니다. 이제 직장다니는 제 모습이 일상이된 요즘 기쁩니다. 우리 모두 화이팅합시다!

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What are the known and potential side effects of my drug?

약물의 알려진 부작용과 잠재적인 부작용에는 무엇이 있는가?
후천성면역결핍증이라 불리는 에이즈는 에이즈바이러스가 몸속에 침입하여 우리몸의
면역세포를 파괴시켜 면역기능이 저하되면서 각종 감염병이나 암 등이 생겨 사망에 이르게 되는 질병이다. 에이즈를 치료하는 치료제는 역전사효소 억제제와 단백질분해효소
억제제 두 가지로 나누어지는데 오늘은 단백질 분해효소 억제제인 Ritonavir에 대해 알아보고자 한다. Ritonavir(리토나비어)는 단백질분해 효소 억제제로 세포사의 후기 단계에서 바이러스의 부분인 단백분해를 차단하여 복제를 방해하는 약물로 혈액내의 순환하고 있는 바이러스의 숫자를 줄이고 T-cell의 숫자를 증가시키는 약물이다. Ritonavir의 부작용으로는 오심, 구토, 설사, 구강주위부 및 말초의 감각이상, 중성지방 및 콜레스테롤의 증가 및 간효소의 증가등이 있다. Ritonavir는 간의 cytochrome P450 효소를 강력히 억제하므로 간에서 대사되는 다른 약물과 같이 사용하여서는 안된다고 알려져 있다.
오늘은 Ritonavir에 대한 알려져 있는 부작용과 잠재적인 부작용에 대해 알아보고자 한다.

Step to follow

• 알려진 부작용: Ritonavir와 관련있는 질병 찾기

Step 1. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

Step 2. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Disease” > Relation Type : “Regulation” (filter on effect positive)

Step 3. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Reference Count 선택

• 잠재적 부작용: Ritonavir와 관련있는 Cell Process 찾기

Step 4. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

Step 5. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Cell Process” > Relation Type : “Regulation”

Step 6. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Effect 선택


아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

Posted by 人Co

인실리코젠에 입사한 지 3일 째 되는 날인, 2010년 12월 29일은 인실리코젠의 송년회가 있는 날이었습니다. 입사하자마자 바로 이러한 자리가 생겨 저에게는 운이 좋았습니다. 뮤지컬을 보고 맛있는 저녁도 먹는다는 생각에 아침부터 들뜬 기분으로 하루를 시작했습니다. 오전에는 각자 맡은 일을 하고 한 시간 청소를 한 뒤, 점심을 먹었습니다. 다 먹은 후에 5대의 차로 잠실로 쓩쓩~~ 저는 사장님, 경윤주임님, 경의주임님과 함께 정호진 수석님의 차를 타고 잠실로 향했습니다.

뮤지컬, 지킬 앤 하이드 일 정보다 한 시간정도 빨리 도착해서 샤롯데씨어터에서 회사 식구들과 사진을 찍으며 시간을 보냈습니다. 지킬 앤 하이드는 책으로도 많이 알려져 있었지만 책을 읽지 않아 스토리는 알지 못한 채 뮤지컬을 봐야했고, 그래서 궁금증이 더 컸습니다.

드디어 3시! 떨리는 마음으로 극장 안으로 입장했습니다. 생각보다 좌석이 무대와 가까웠습니다. 왜냐하면 우리는 VIP석이기 때문에~~!! 좋은 자리로 예매해주신 사장님께 감사했고, 회사 모든 분들께도 감사했습니다.

뮤지컬 시작 전 무대는 무엇을 표현한 것인지 이해는 가지 않았지만 조명 때문에 분위기가 음산했습니다. 무대가 바뀌면서 지킬 앤 하이드는 지킬 박사의 변호사인 어터슨의 등장으로 시작합니다. 인간의 두 가지 본성인 선과 악에 대해서 다루고 있었습니다.

스토리도 재미있었지만, 무엇보다 연기자들의 노래실력에 감탄하지 않을 수가 없었습니다. 특히 지킬박사의 노래실력이 너무 뛰어났습니다. ‘지금 이 순간~♬’ 은 어디선가 들어본 기억이 있어 따라서 흥얼거리기도 했지만 그 노래를 제외한 모든 음악은 처음 들어보는 곡 이었습니다. 대학로 소극장에서 연극을 본 적이 있었는데 뮤지컬을 보니 연극과는 또 다른 느낌이 들었습니다. 2층에서 봤다면 감동을 많이 느끼지 못했을 듯합니다. 뮤지컬은 VIP석에서 봐야 뮤지컬 좀 봤다고 말을 할 수 있을 것 같단 생각이 들었습니다^^;

뮤지컬을 다 보고 나온 후에 저희는 단체 사진을 찍었습니다. 저희 식구들 모두 잘 나온 것 같네요^^

굶주린 배를 붙잡고 뷔페로~!! 저 녁은 롯데호텔 라세느뷔페에서 먹기로 했습니다. 예약시간이 8시이기 때문에 뮤지컬이 끝난 후 2시간 가량 시간이 남았습니다. 다함께 볼링을 치려고 했지만 저희 식구들이 모두 칠 수 있는 자리가 부족해 볼링을 칠 수 없었습니다. 그래서 카페에 들어가 쉬면서 이야기를 나누었습니다.

8시가 다 돼서 굶주린 배를 붙잡고 뷔페로 갔습니다. 오픈 전이라 사람들이 바글바글... 문이 열리고 우리는 룸으로 들어갔습니다. 룸으로 가는 동안 음식을 보니 나도 모르게
침이 꿀~꺽 넘어갔습니다. 다같이 와인도 한 잔씩하며 즐겁게 식사를 했습니다.
진짜 이렇게 가족같은 분위기로 식사를 하는 회사가 있을까요? 아마 거의 없을 듯합니다.
배가 빵~ 터질 정도로 많이, 그리고 맛있게 먹고 뷔페를 나왔습니다.

조금 더 가까워져요 더 더욱 가까워지기 위해 우리는 신천으로 향했습니다. 최성의 차장님의 주도로 분위기는 한껏 달아올랐고, 게임도 하고 노래도 하며 재미있게 놀았습니다. 집에 들어가야 해서 마지막으로 노래를 부르고 아쉬움을 안고 나왔습니다. 이 자리로 인해 전보다 더 가까워진 것 같아 기분이 좋았습니다. 눈이 많이 오는데도 박준형 팀장님께서 집까지 안전하게 데려다 주셔서 너무 감사했습니다.

어느 회사를 가도 사장님을 비롯해 이렇게 좋은 분들과 일을 할 수 없을 것 같습니다. 사회 생활 첫 걸음을 인실리코젠에서 할 수 있어 기분이 좋고, 2010년을 인실리코젠 식구들과 함께 마무리할 수 있어서 참 좋았습니다. 모두들 수고하셨습니다.
2011년에는 성실한 송하나가 되겠습니다.^^

Posted by 人Co