PacBio 플랫폼을 이용한 whole genome sequencing 데이터를 가지고 CLC Genome Finishing Module을 이용해서 고급단계의 de-novo assembly가 가능합니다. 현재 다양한 시퀀싱 장비들이 출시되어있지만 가장 긴 read 결과를 자랑하는 PacBio의 raw data(H5 포맷)의 경우에는 기존의 CLC Genomics Workbench만으로 분석이 불가능한 포맷이며 기존 장비에서 생산되는 데이터의 포맷들과는 다른 특징들을 가지고 있어서 PacBio 시퀀싱 결과를 다루기 위한 또 다른 분석툴이 필요하게 되었습니다.

CLC Genomics Finishing Module Workflow

PacBio 장비의 데이터는 길이가 긴 장점이 있지만 데이터의 에러율이 타 플랫폼에 비해 많이 높습니다. 이러한 점을 보완하기 위하여 CLC Genome Finishing Module에는 error correction 분석 툴이 있으며 이를 이용하여 보정된 서열들을 가지고 de-novo assembly를 수행하게 됩니다. 이렇게 만들어진 contig들은 reference가 있는 경우 이를 기준으로 alignment가 가능하고(reference가 없어도 alignment가능) alignment 결과에서 오버랩 되는 부분들을 직접 보고 두 개의 contig 매뉴얼하게 연결할 수 있습니다. 따라서 직접 연구자들이 눈으로 보고 contig의 개수를 줄이면서 유전체 서열의 finishing 작업을 수행할 수 있습니다.

Contig Joining 



De-novo assembly를 진행 후 contig 분석을 통해서 low coverage 또는 broken pair 영역 또는 gap 부분에 대한 추가적인 확인이 필요할 경우가 생깁니다. 보통 해당 부분을 증폭하여 re-sequencing을 진행하는 절차를 진행하는데, 이때 필요한 primer design 툴도 함께 제공하고 있습니다. 해당 영역에 새로운 sequence read가 추가되면 다시 처음부터 분석을 해야할까요? 그렇지 않습니다. CLC Genome Finishing Module은 기존의 assembly데이터에 새로운 sequence read를 특정한 contig에만 다시 맵핑하여 필요 영역을 채워나갈 수 있습니다.

Create Amplicon Tool을 사용하여 amplify할 부분을 확인

기존 PacBio 시퀀싱 데이터의 분석 결과에 대해서 만족스럽지 못하셨다면 CLC Genome Finishing Module을 한 번 이용해보는 것은 어떨까요? 당사로 연락주시면 2주간의 trial 라이선스를 제공해 드립니다. 단, CLC Genome Finishing Module은 CLC Genomics Workbench를 기반으로 한 모듈 이라는 점 명심해주세요.

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(문의) Consulting팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : consulting@insilicogen.com)

Posted by 人Co