Popular Destination 검색 가운데 “Search PubMed”를 선택하면, NCBI의 PubMed와 동일한 화면을 볼 수 있다. NCBI의 PubMed에서 문헌을 검색할 때와 동일한 방법으로 알고자하는 쿼리를 입력하고 검색을 수행한다. PubMed에서 문헌을 검색할 때 Display Setting을 Abstract로 변환하고, 페이지당 보여지는 문헌의 개수를 200개로 변환하면 더욱 더 많은 정보를 추출할 수 있다는 것을 염두해두자. 검색된 Abstract에서 검색하고자 했던 쿼리와 관련이 있는 정보들이 있는 문장은 노란색 배경처리되어 표시되고 생물학적인 의미를 지니고 있는 단어는 초록색으로 표시가 된다. 표시가 된 부분은 자동으로 Entity와 Relation으로 추출되어 우측 상단의 테이블 형태로 정리가 된다.

검색 결과

 검색 결과가 정리된 우측의 테이블은 Relation tab과 Entities tab 두 가지 tab으로 결과가 정리되어 있다. Relation tab을 보면 첫 번째 컬럼은 Reference 문헌의 개수를 의미하고 두 번째 컬럼은 Entity 1, 세 번째 컬럼은 Relation 관계 정보를 마지막 네 번째 컬럼은 Entity 2를 나타낸다. 상단 도구모음의 View를 클릭하면 데이터를 컬럼별로 정렬하여 볼 수 있도록 되어 있다. 각각의 컬럼을 정렬해가면서 원하는 데이터만 키보드의 Shift 또는 Ctrl을 사용하여 선택한다. 그런 다음 선택된 데이터만 아래의 Known Relation 테이블로 이동시킨다. Known Relation 테이블에서도 다시 한 번 view를 통해 정렬을 하여 컬럼을 선택 할 수 있다.

 그렇게 해서 최종적으로 선택된 데이터들만 가지고 Pathway Studio로 이동시킨다. 선택된 데이터에서 마우스 오른쪽을 누른 뒤 send to pathway studio 클릭한다. Pathway Studio를 다시 실행 시켜 보면 MedScan에서 보낸 데이터를 Import 할 수 있는 창이 떠있고 여기에서 pathway를 저장 할 디렉토리를 선택해주고 Next를 클릭한다. Import가 완료되고 해당 디렉토리로 가면 MedScan에 서 보낸 데이터 정보를 이용하여 그려진 pathway 파일이 생성되어 있는 것을 확인 할 수 있다.

  이밖에도 MedScan에서는 직접 사용자가 가지고 있는 텍스트, 워드, pdf, XML 또는 HTML 포맷의 문서를 Import 하여 데이터를 추출 할 수도 있다. Import 할 문서가 한 개 이상일 때에는 문서를 하나의 폴더 안에 저장해 놓고 폴더 자체를 Import 할 수도 있다. 우리가 어떤 연구를 하기 전에는 보통 문헌에서 내가 하고자 하는 연구가 어느 정도 선행 연구가 이루어 졌는지 알아보는데 그 때마다 많은 문헌들을 하나 하나 살펴 보기에는 어려움이 있다. 그 때 MedScan을 사용하면 그런 점에서 많은 도움을 줄 뿐만 아니라 그 문헌들 사이에서 의미 있는 결과까지 도출해 줄 수 있으리라 생각된다.