<출장정보>
 - 기간 : 2012.11.04 ~ 2012.11.10 (7일)
 - 지역 : BIOBASE사 인도지사 (Bangalore in India)



BIOBASE사는 그 동안 우리 회사에서 많은 고객분들에게 consulting과 분석을 진행해왔던 파트너사입니다 (http://www.insilicogen.com/wiki/BIOBASE/Introduction). 이미 잘 알려져 있는 것처럼 BIOBASE사는 TRANSFAC^®, HGMD^®, PROTEOME™ 등의 양적/질적으로 훌륭한 데이터베이스를 전문 curator들이 직접 구축할 뿐만 아니라, 최근에는 Genome Trax™와 ExPlain™과 같은 분석 서비스도 개발되어 생물정보학적 분석서비스를 선도하는 기업입니다.



BIOBASE사 본사는 독일의 Wolfenbuettel에 위치하고 있으며 1997년에 설립되어 지금까지 생명과학, 의약학 및 다양한 응용 분야 등의 사업에서 큰 기여를 해왔습니다. 이후 2006년에 Jesintha (BIOBASE사 인도지사장)와 Kantharuban (재정 및 행정 담당)이 인도 Bangalore에서 BIOBASE사 인도지사를 설립하여 독일 본사와 긴밀한 관계를 유지하면서 독자적인 curation service에 대한 체계를 확장해 나가고 있습니다. 모든 database의 curation이 인도지사에서 이뤄진다는 것을 알고 그런 모습을 직접 현장에서 알아보고자 이번에 박준형 부장님과 제가 그 곳을 다녀왔습니다.



본격 미팅을 하기 전에 우리가 묵는 호텔에 직접 찾아와주신 Jesintha 및 Javid (인사담당자)와 함께 점식 식사를 하면서 가벼운 대화를 했습니다. 작년에 Jesintha가 당사를 방문했을 때 정말 좋았다며 소중한 추억을 나눴고, 이후 시간에는 자세히 다룰 이슈 사항들에 대해서 이야기를 나누었습니다. 인도 전통 음식들은 사실 입에 많이 맞지는 않았지만, 다행히 호텔 레스토랑 위주로 식사를 해서 적정수준에서 인도의 음식문화를 경험할 수 있었습니다.



BIOBASE사 인도지사는 ORACLE이 위치한 동일한 건물을 사용하고 있으며 3층을 사용하고 있습니다.
 

예상했던 것보다 사무실이 상당히 넓었고, 직원들도 많았습니다. 책상이 넓으면서도 그 위에 기타 복잡한 행정서류가 없어서인지 전체적으로 깔끔한 느낌을 받았습니다. 직원들의 65% 정도는 여성일 정도로, 상대적으로 여직원들이 많은 편이었습니다. 사진에는 보이지 않지만, 논문을 보면서 자유롭게 의논하는 모습들이 마치 대학 연구실의 한 장면 같아 보였습니다. 중간에 있는 기둥에는 Growth의 단어 아래에 "The road to success is always under construction. It is necessary to always surpass oneself and this is a lifelong occupation." 문장이 기록되어 있었는데, 이 말이 어쩌면 curator들에게 가장 중요한 것들이란 생각이 들었습니다.
 


한창 curation 작업을 하시던 한 curator 팀원들과 함께 사진을 찍었습니다. 가운데 curator 분의 책상 한 켠에 보시면 논문이 쌓여있는 것이 보입니다. 이 분들은 대부분이 curator로서 업무 유형에 따라 PDF 파일을 화면을 통해 보는 분도 계셨고, 출력물로 curation 정보를 추출하는 분도 있었습니다.
 

먼저 양사간의 업무 특징과 비전에 대한 내용을 소개하는 시간을 가졌는데, 함께 대화를 하면 할수록 서로 간에 긴밀한 상호협력관계가 필요하다는 기대를 하게 되었습니다. 크게는 BIOBASE사의 Product와 Service를 구분하여 논의를 진행하였고, 이후 시간에 실무 담당자들의 발표를 통해서 구체적인 정보를 얻을 수 있었습니다.
 


HGMD^®, Genome Trax™, PROTEOME™, TRANSFAC^® 등의 전반적인 BIOBASE사 제품군에 대한 설명은 Dr. Karthick이 담당을 해줬고 (사진 위), ExPlain™에 대한 전반적인 설명은 Dr. Dinesh가 진행해줬습니다 (사진 아래). 그 동안 HGMD^®와 TRANSFAC^® 정도만 주로 알았던 저에게 Genome Trax™와 ExPlain™ 에 대한 설명을 듣는 시간이 매우 흥미로웠습니다. 모든 세미나는 자유롭게 토론하는 방식으로 진행하다보니 무수한 질문과 응답이 교차하면서 1시 30분 - 2시간 동안 모든 세미나가 진행되었습니다. (아래는 발표를 내용 중에서 주요 내용만 다룬 것으로 자세한 내용은 BIOBASE사 홈페이지를 참조바랍니다.)

• 연구자가 발견한 disease mutation이 진짜인지 아닌지를 구별하고 싶을 때는 방대한 참고문헌 리뷰를 통해 구축된 HGMD^® 데이터베이스를 검색해보면 되며, 더 나아가 고급 검색기능을 통해 dbSNP filtering, 특정 position 또는 구간 내에 존재하는 mutation 검색, 특정 질병 및 미리 지정된 mutation 특성을 기반으로 한 mutation 검색 등이 가능합니다.

• 더 나아가 Genome Trax™는 대단위로 동정된 mutation 중에서 연구자가 원하는 최적의 mutation을 결정하기 위한 약 30여개에 달하는 분석결과 정보를 제공하며, 그 외에도 dbNSFP를 이용하여 human non-synonymous SNP를 손쉽게 탐색이 가능하고, 어떤 결과에도 포함되지 않은 mutation이라면 novel variation이라고 충분히 판단할 수 있도록 돕는 웹기반 분석툴입니다.

• TRANSFAC^®은 gene regulation에 초점을 둔 데이터베이스이고, PROTEOME™은 단백질 발현 및 상호작용 등에 걸친 다양한 부분에 초점을 둔 것입니다.

• ExPlain™은 TRANSFAC^®과 PROTEOME™의 강력한 기능을 적용하여 target gene이 과발현하지 않더라도 promoter 분석과 pathway 분석을 통해 activated pathway와 그에 따른 key node를 분석할 수 있는 독자적인 분석 툴입니다.

• Reference pipeline은 방대한 참고문헌을 통해 정보를 추출하고 수집하는 단계로서, partially automated process를 통해 전체 정보의 30%정도를 일정하게 수집하는 한편, manually searching papers 과정을 통해 나머지 70%의 정보를 축적합니다.
• Sequence pipeline은 Sort, Merge, Nametag process와 같은 세부적인 3단계를 거쳐서 서열 정보를 중심으로 BIOBASE사 내부 데이터베이스와 연결된 다양한 데이터를 grouping하는 중요한 과정을 거치게 됩니다.
• Vocabulary pipeline는 앞선 과정을 통해서 수집된 gene ontology, Mesh term, international vocabulary를 BIOBASE Knowledge Library (BKL)로 연결해 줍니다.
• Curation platform는 ortholog 관계를 근거로 GOGNATE group으로 지정하고 가용한 모든 BIOBASE사 내부 데이터베이스 정보를 연결하게 됩니다.

위 의 단계별 작업을 통해 완성된 curation 데이터베이스는 quality check (QC) 정책을 통해서 3단계를 거쳐서 발생된 error를 수정할 수 있으며, quality assurance (QA) 제도를 통해 curation 작업의 질을 지속적으로 향상시키고 있다고 합니다. 이렇게 축적된 데이터베이스를 고객이 사용할 경우, 어떻게 결과를 보게 되는지 TP53 단백질을 사례로 보여줬습니다. 그 결과를 하나하나 따라가 보니 Introduction, Biomarker associations, Drug interactions, Mutant phenotype, Pathway & Interactions 등을 포함하여 현 시점에 수집할 수 있는 그 단백질과 관련된 모든 정보를 확인할 수 있었습니다. 더구나 참고문헌 정보까지 연결되어 있기 때문에 이 단백질에 대한 논문을 작성한다면 정말 편하게 작성할 수 있을 것 같았습니다.



Non-NGS based analysis에 대한 설명도 충분히 듣고 왔습니다. 다른 분들과 마찬가지로 담당자 Mittun은 고객의 실험 결과와는 별개로 독립적인 데이터베이스를 구축하는 전략과 방법에 대해 구체적으로 발표해 주셨습니다. 이와 관련된 Service 프로젝트로는 앞에서 언급한 것들 뿐만 아니라, compounds, lipids, metabolite 등도 포함되어 있었습니다. 수많은 curation service 중에서 놀라웠던 것은 Reaction kinetics curation이었습니다. Kinetics 정보를 추출하려면 참고문헌의 본문 뿐만 아니라, 그래프와 표에 제시된 데이터 수치를 curator가 직접 추출하는 과정을 거치며, 추출된 데이터를 Cell Illustrator에 적용하여 시뮬레이션도 가능하다고 합니다. 이 외에도 Drug curation, Protein kinase curation, Plant pathway curation, Nutrigenomics curation 등의 curation service를 통해서 이미 방대한 정보를 보유하고 있다고 합니다.



BIOBASE사는 고객에게 데이터를 파일로 직접 전달하기도 하지만, Cell Illustrator, Cell Designer, PIXEL 등의 소프트웨어를 이용하여 고객들이 좀더 효율적으로 simulation을 할 수 있도록 해줍니다. Cell Designer를 잘 이용하면 사용자가 원하는 biological map을 효율적으로 비교 및 분석이 가능하다고 합니다.



BIOBASE사의 product 및 service에 대한 모든 발표를 들은 후에, 본격적으로 Jesintha 및 Jyothi와 함께 마케팅 전략에 대해 깊이있는 의논을 했습니다.



당사에 관심이 많은 인도지사 실무자 팀장인 Dr. Dinesh와 Dr. Karthick은 자투리 시간에도 먼저 찾아와서 말을 걸 정도로 많은 관심을 표현했습니다. 처음에는 한국과 인도 간의 문화 차이에 대해서 가볍게 대화를 시작했지만, 점차 각 국의 연구환경, 각 회사의 비전에 대한 다양한 의견 공유까지 연결되어 1시간여동안 서서 대화를 나누었습니다.



많은 인종과 종교가 공존하는 인도이기에 다양한 축제가 있지만, 국가적인 명절로 손꼽히는 것은 힌두교 축제들입니다. 그 중에 하나인 Diwali를 기념함과 동시에 BIOBASE사에서는 결혼하는 직원들을 위한 이벤트를 마련해줬습니다. 예비부부의 서로 간의 퀴즈 맞추기는 우리나라에서도 몇 번 보았지만, 그림 그리기 게임은 처음 보는 것이어서 인도 사람들의 순수함을 엿볼 수 있어서 좋았습니다. 웃고 즐긴 후에는 결혼을 앞둔 직원들이 원하는 가전제품을 선물로 주는 훈훈한 모습도 보았답니다.



모든 행사의 마지막에 Jesintha 지사장님은 한국에서 온 (주)인실리코젠이 함께 비전에 대해 고민하고, 다양한 아이디어를 제공한 것에 대해 진심으로 고마움을 표시하시면서 방문한 저희들과 회사에 귀한 선물을 주셨습니다. 사실 관광하러 (차 많고 사람 많은) 인도 Bangalore를 또 가라고 한다면 정중히 거절하고 싶지만, BIOBASE사 인도지사에 가라고 한다면 다시 그곳에 가고 싶습니다. 자신들의 pipeline을 자신있게 설명해주는 그들과 그것을 모두 받아들이고 가고 싶다는 열정을 가지고 듣는 우리, 그렇게 함께 보낸 6일 동안의 여정은 모두가 하나가 되는 멋진 순간들의 연속이 아니었나 싶습니다. 그런 순간들이 밑바탕이 되어 생긴 신뢰가 다시 고객들에게 고스란히 돌아가는 날이 하루빨리 오기를 기대해 봅니다.

Posted by 人Co