How can I find candidate genes related to a specific plant trait?

특정 식물의 특성과 관련이 있는 후보 유전자는 어떻게 찾을 수 있을까?
식물의 특성 중에서도 과일 단계에서 과일의 크기, 모양, 색과 같은 다양한 특성에 관련된 유전자를 찾는 방법에 대해서 알아보고자 한다. 또한 과일의 색에 영향을 주는 유전자들을 찾았다고 한다면 유전자들 중에서 영향을 많이 준 순서대로 보는 방법과 과일의 색과 유전자의 관계를 뒷받침해주는 논문의 수가 많은 순서대로 보는 방법도 함께 소개한다.

Step to follow

Step 1. Fruit 검색

Search Entities by keword를 통해 과일과 관련이 있는 Cell Process만 검색한다. 검색된 Cell Process 중에 보고자 하는 것만 선택하고 복사한 뒤 새 Pathway 문서에 붙여넣기 한다.

Step 2. Pathway 옵션 설정

선택한 Cell Process와 관련이 있는 유전자를 찾고 Pathway로 나타내기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “Upstream” > Entity type: “Protein” > Filter Parameters: “Regulation” 순으로 선택한다.

Step 3. Entity Table 보기(View > Entity Table View)

엔티티 테이블 보기를 하면 Pathway에 있는 모든 엔티티에 대한 정보를 테이블 형태로 볼 수 있다. 테이블 컬럼 중에 Outdegree 컬럼을 내림차순으로 정렬하면 과일의 특성과 관련된 유전자 중에서 많은 영향을 준 유전자 순으로 볼 수 있다.

Step 4. Relation Table 보기(View > Relation Table View)

Relation 테이블 보기는 Pathway의 Relation에 대한 정보들을 테이블 형태로 보여 주는 기능을 한다. # of Reference 컬럼을 내림차순으로 정렬하면 Relation 정보를 뒷받침해주는 Reference가 많은 순으로 Effect 정보와 함께 볼 수 있다.

Step 5. Active Style 변경

Effect와 Reference 개수에 따라 그래프 보기에서도 효과를 나타내 줄 수 있다. Style 메뉴의 Active Style Sheet에서 By Effect를 선택하면 Effect의 Positive, Negative 효과에 따라 Relation 선색을 다르게 할 수 있으며, By Reference Count를 선택하면 Reference의 개수에 따라서 Relation 선색이 달라지는 것을 확인 할 수 있다.

Posted by 人Co

How can I find diseases that are involved in the amplification of a specific gene?

표피성장인자수용체(EGFR)의 증폭과 관련이 있는 질병에는 어떠한 것들이 있을까?
보통 표피성장인자수용체(EGFR)가 증폭되었을 때 어떤 질병과 관련이 있는지 알아보기 위해서 먼저 인터넷 또는 논문 검색을 하게된다. 인터넷 또는 논문 검색을 통해 찾은 정보들은 무수히 많고 그것을 하나하나 살펴보고 정리하는 것도 만만치 않은 일이다. 그래서 표피성장인자수용체가 증폭되었을 때 생길 수 있는 질병만 선택해서 찾고 한번에 Pathway까지 그릴 수 있는 방법을 소개하고자 한다.

Step to follow

Step 1. 표피성장인자수용체(EGFR) 검색

PathwayStudio 검색창에서 표피성장인자수용체인 EGFR을 검색한다. 검색된 EGFR을 복사한 후 새 Pathway 문서에 붙여넣기 한다.

Step 2. Pathway 옵션 설정

표피성장인자수용체(EGRF)에 의해 나타나는 질병을 모두 찾고 Pathway로 나타내기 위해 옵션 설정 과정을 거친다. Advanced Build Pathway Wizard 에서 Add Neighbors > Directionality: “downstream” > Entity type: “disease” > Filter Parameters: “regulation” 순으로 선택한다.

Step 3. Relation 속성을 이용한 검색 기능

Pathway에서 “amplif”가 포함된 Regulation 관계만 찾기 위해 pathway 검색 tool에서 “Find Relation by Attribute”를 클릭한다. 찾고자 하는 Attribute에 대해 설정하는데 논문의 문장에 "amplif"가 포함된 것만 찾기위해 Attribute를 Sentence로 선택하고 Operation은 "includes", Value는 "amplif"로 설정하고 검색을 한다. 검색 결과 Reference sentence에 "amplif(amplification/amplified)"가 포함된 Relation만 파란색으로 표시된것을 확인할 수 있다.

Step 4. 선택된 Pathway만 보기

복잡한 Pathway에서 선택된 것만 자세히 보기 위해 Edit에서 Copy를 하고 새 Pathway 문서에 붙여넣기 한다. 그러면 EGFR이 증폭했을 때 생길 수 있는 질병에 대한 pathway만 확인 할 수 있다.


아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

Posted by 人Co

Insilicogen이 드디어 6살이 되었습니다!!

  창립기념일을 맞이하여 인실리코젠 식구들이 한 자리에 모였습니다. 모두 바쁘신지라

전 구성원이 한자리에 모이기가 참 어려운데요. 오늘은 다 같이 모이게 되어 참 좋았습니다.^^

이규열 선임님의 진행아래 창립기념일 행사가 진행되었습니다.

세미나실 구석구석에 달려있는 풍선들이 참 예쁘죠? 먼저 독서경영 조발표가 시작되었습니다.

페차쿠차 형식으로 3분씩 발표 하는 것인데요, 우수조에게는 사장님께서 엄청난 상금을 수여해
주신답니다! 각 조의 발표자들이 모여 짧은 시간안에 준비한 내용을 발표하느라 긴장감이 팽팽
합니다. 과연 엄청난 상금은 몇 조에게 돌아갈 것인가!

모든 구성원이 가장 기다렸던(?) 영어시험도 있었습니다. 모두 숨죽이며 시험을 치르고 있네요.
그동안 열심히 갈고 닦은 영어실력을 시험지 안에 쏟아봅니다.

2NE1이라는 주제로 사장님 말씀이 시작되었습니다. 정말 좋은 얘기를 많이 해주셨습니다.
6년동안 회사를 이끌어주시느라 고생하신 사장님께 팀장님들께서 선물을 준비하셨습니다.
행복해 하시는 사장님~ 정말 훈훈하고 따뜻한 생일파티입니다. +_+

열심히 일한자에게 100만원의 상금을! 인실리코젠만의 행사인 꿈이진(꿈은이루어진다)상
수여가 있었습니다. 놀랍게도 저와 지혜주임님께 영광이 주어졌답니다. 앞으로 더 열심히
하라는 뜻에서 주신 것으로 생각하고 더 노력하겠습니다. 감사합니다 사장님~!>_<

1년전 오늘, 타임캡슐에 적어놓은 편지를 꺼내어 서로 서로 읽어봅니다. 지나온 시간에 대해
생각하는 시간이 되었습니다. 또 남은 시간에 대한 결심도 다져봅니다. 1년 뒤 우리는 어떤
모습일까요? 그러기 위해선 모두가 더욱더 열심히 노력해야겠죠?

 
 
멋쟁이 신사숙녀만 모여있다는 인실리코젠 단체사진입니다! 입구에서 다같이 치즈~!

그리고 다 같이 풍선을 하나씩 들고 옥상으로 올라가 풍선위에 떠나보내고 싶은 것들을
적습니다. (ex. 살, 돈걱정 등등..) 모두 다 힘껏 하늘로 날려보냅니다. 너무 예쁘지 않나요?
우리의 걱정거리도 모두 모두 날려 보냈습니다.

그 다음은 회식자리! 독서경영 조발표 1,2등(각각 100만원,50만원)과 무서운 선물(폭탄주)이
주어졌습니다. 영어시험 1등(상금 50만원)은 최차장님께서 하셨네요~ 짝짝짝! 일할땐 일!
놀때는 제대로 즐길 줄 아는 인실리코젠 모두가 진정한 챔피언입니다~

이렇게 6번째 인실리코젠의 생일을 함께 보냈습니다.

한명 한명 모두가 각자의 위치에서 열심히 노력했기 때문에 행복한 생일을 보낼 수 있었던 것
같습니다. 내년에는 올해보다 더 한층 성숙하고 행복한 생일이 되겠죠? 준비하신 모든 분들과
함께 해주신 인실리코젠 식구들 고생하셨습니다!

1년동안 열심히 일하고 7번째 생일에 만나요~^^

 

by Descign team designer Joa★

Posted by 人Co

문화가 아름다운 회사 Insilicogen의 CultureDay!
Insilicogen의 직원님들과 함께 동료애와 친목을 돈독히 할 수 있는 CultureDay를 소개합니다.

1월, 3월, 5월, 7월, 9월, 11월 넷째주 수요일 저녁에 핫이슈 영화를 다 같이 관람하는 날입니다.
물론 맛있는 저녁식사와 함께~
일주일 전, 이슈영화를 꼼꼼히 골라서 여러분들의 의견을 모아 영화를 선정합니다.
CultureDay영화가 공지되면 참석여부를 결정하고 참석희망자를 체크하여
서둘러 좋은 자리로 예매 완료!
넷째주 수요일 저녁이 되면 모두 모여서 맛있는 저녁식사를 하고 흥미진진한 영화도 관람합니다. CultureDay! 너무 매력적이지 않나요?

그럼 지금부터 지난 7월 CultureDay이야기를 담아보겠습니다.

7월에는 기대되는 개봉 영화가 많이 있었습니다.
파괴된사나이, 이끼, 마음이, 인셉션 등등..
영화를 선정하기가 고민스러웠지만 지금까지도 HOT한 영화가 있습니다.
참석희망자분들의 만장일치로 선정된 인셉션!

생각을 훔쳐라 VS. 생각을 지켜라

드림머신이라는 기계로 타인의 꿈과 접속해 생각을 빼낼 수 있는 미래사회. ‘돔 코브’(레오나르도 디카프리오)는 생각을 지키는 특수보안요원이면서 또한 최고의 실력으로 생각을 훔치는 도둑이다. 우연한 사고로 국제적인 수배자가 된 그는 기업간의 전쟁 덕에 모든 것을 되찾을 수 있는 기회를 얻게 된다. 하지만 임무는 머릿속의 정보를 훔쳐내는 것이 아니라, 반대로 머릿속에 정보를 입력시켜야 하는 것! 그는 ‘인셉션’이라 불리는 이 작전을 성공시키기 위해 최강의 팀을 조직한다. 불가능에 가까운 게임, 하지만 반드시 이겨야만 한다!

말 그대로 신비한 꿈의 세계 내용입니다. 생각을 훔칠 수 있는 거대한 전쟁.
인셉션은 드림머신이라는 기계로 타인의 꿈과 접속해 생각을 빼낼 수 있는 미래사회 이야기로 내용은 조금 복잡하고 어렵지만 중간 중간 이해가지 않는 내용이 있어도 집중해서 보면 아주 흥미진진합니다.

의뢰인의 요청에 구성된 팀은 본격적인 작전에 돌입. 의뢰인이 요청한 어느 대기업의 후계자의 기억에 침투하는 작전을 시작합니다. 꿈속에서는 ‘킥’을 통해 현실 세계로 돌아올 수 있는데 여기서 킥이란 높은 곳에서 아래로 떨어지거나 꿈속에서의 죽음 또는 강한 충격을 의미합니다. 이번 꿈은 꿈속의, 꿈속의, 꿈속의, 꿈속의, 꿈속에서의 작전. 영화 후반부에서는 약물로 인해 킥이 제대로 작용하지 않아 위험한 일을 초래하게 됩니다.

작전의 성공여부가 확연히 드러나지 않은 상태에서 처음 작전을 시작하게 된 기내로 돌아와 각각의 멤버는 알 수 없는 표정을 지었고, 현상수배범이었던 침입자는 유유히 미국에 입국하여 그토록 간절히 보고 싶어 하는 아이들을 만납니다. 본인 자신도 아직 꿈인지 현실인지 알 수 없는 마지막 결말부에서 그 답을 알려주는 열쇠 ‘토템’을 돌리고 아이들과 만날 수 있게 됩니다.

토템은 멈추면 현실, 멈추지 않으면 꿈이라는 것을 증명하는데 토템이 위태롭게 흔들리며 끝내 멈추지는 않은 채 영화는 막을 내립니다.

가장 성공적인 영화는 엔딩크레딧이 올라간 뒤에도 관객들로 하여금 끊임없이 얘기하게 만드는 영화라고 하는데 그런 점에서 크리스토퍼 놀란 감독은 완벽하게 성공한 것 같습니다.

꿈일까, 현실일까.

열린 결말의 기대 이상, 상상 이상의 작품.

사장님의 적극적인 지원으로 정말 즐겁고 행복했던 CultureDay!
직원을 위한 배려에 감사함을 느끼면서 우리의 인연을 더욱 소중히 하는 계기가 되었습니다.

다음 CultureDay를 기대해보며... ^^

추가로 디자이너들 입장에서 그린 인셉션 포스터를 소개합니다~ 즐거운 눈으로 감상해주세요!

출처:http://www.mymodernmet.com/profiles/blogs/10-fantastic-inception

by Descign team designer 찌:야♥

Posted by 人Co

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