2011년 6월 23~24일, 한국폴리텍바이오 대학에서 제 1회 IncoWorkshop이 열렸습니다. 이번 워크샵에서는 한국폴리텍바이오대학에 구축된 CLC Genomics Workbench를 이용하여 NGS데이터 분석 전략에 대한 이론적인 교육과 실제 분석 방법에 대한 실습 교육이 진행되었습니다. 본격적인 장마가 시작되고 남쪽에서는 태풍 '메아리'가 북상하여 아침부터 폭우와 강풍이 부는 등 궂은 날씨에도 불구하고 전국 각지의 여러 연구소 및 기업에서 이번 워크샵에 참석하시어 NGS 분석에 대한 깊은 관심을 느낄 수 있었습니다.


교육장소인 한국폴리텍바이오대학은 바이오산업의 전문인력 양성을 목적으로 설립된 국내 최초 바이오 특성화 국책대학이며, NGS 염기서열분석 플랫폼과 대용량의 NGS 데이터 분석을 위한 시스템을 구축하였습니다. 이러한 시스템은 CLC bio사의 enterprise platform인 CLC Genomics Server와 CLC Genomics Workbench, CLC Assembly cell로 구성되어 있으며, 차후 이러한 대용량 NGS 데이터 분석 시스템 구축을 준비하고 있는 기관에서 참조할 수 있는 좋은 reference가 될 것입니다.


워크샵 첫째날은 NGS의 기본 개념과 응용분야, 국.내외 시장 동향, NGS를 통해 생성된 데이터의 분석 전략에 대한 소개 그리고 NGS 분석 분야와 둘째날 실습하게 될 분야들의 이론적인 설명이 주를 이루었습니다. NGS 분석 결과를 가지고 무엇을 할 것인지에 대한 방향을 제시한 점이 기존의 다른 워크샵과 차별성 있게 제시되어 참석자 분들께 좋은 인상을 남겼습니다.


교육 후 저녁식사 시간에는 워크샵에 참석해 주신 연구자 분들이 한 자리에 모여 연구동향에 대하여 서로 의견과 유용한 정보들을 공유하며 친목을 다질 수 있는 시간을 가졌습니다.


워크샵 둘째날 CLC Genomics Workbench를 사용하여 실 예제 데이터를 이용한 실습시간을 가졌습니다. 오전에는 NGS 데이터의 de novo, reference assembly를 해보며 NGS 장비 마다 다른 데이터 특성과 이러한 특성을 어떻게 분석에 반영할 것인지에 대한 교육이 이루어 졌으며, 이러한 결과를 가지고 SNP, DIP, CNV 분석과 같은 variation 분석 대한 실습이 이루어 졌습니다.


오후에는 NGS 분석 방법 중에서도 특정 조직의 발현양상을 분석할 수 있기에 기존의 DNA Chip Expression 방법을 대처할 수 있는 방법인 RNA-Seq analysis와 protein binding site를 찾을 수 있는 ChIP-Seq analysis에 대한 실습이 진행되었습니다. RNA-Seq analysis는 transcriptome분석 방법인 DNA microarray의 한계를 극복할 수 있는 방법으로 최근 각광받고 있으며, ChIP-Seq analysis는 Protein-DNA interaction을 특정 전체 genome을 대상으로 분석할 수 있는 방법으로 이슈가 되고 있습니다.


마지막으로 참석해 주신 모든 분들께 교육 수료증을 전달하며 제 1회 IncoWorkshop을 마무리 하였습니다. 이렇게 1차원 적인 염기서열 분석을 넘어 다양한 분야에서 응용될 수 있는 NGS 데이터 분석은 앞으로 더욱 그 중요성이 높게 평가되며, 이러한 기대에 충분한 정보와 최신 분석 기법을 전달 할 수 있는 인실리코젠의 Codes 사업부가 되도록 노력하겠습니다.

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지난 2009년 가을, (주)인실리코젠에서는 차세대 위키엔진 글터(GLTER)를 선보였습니다. 2년 남짓한 기간 동안 글터에 보내주신 사랑과 성원에 깊은 감사를 드리며 2011년 4월! 따뜻한 봄바람을 타고 설레는 마음으로 글터 v1.5를 내놓게 되었습니다. 고객 여러분의 따끔한 충고와 따뜻한 격려에 힘입어 보다 향상된 기능으로 다시 인사드립니다.

글터 v1.5는 사용자의 편의성 향상에 중점을 두고 여러 가지 기능을 추가하였습니다. 보다 편리해진 편집기, 강력한 이미지 업로드 기능, 문서 작성의 수고를 덜어줄 다양한 템플릿, 바쁜 시간을 효율적으로 관리해 줄 캘린더, 독립 홈페이지로서의 기능을 보다 강화한 사이트 메뉴관리와 회원관리까지 이 모든 것이 새로운 글터에서 가능합니다.

글터를 글터답게 만드는 편집기

간결하고 직관적인 편집기. 눈에 보이는 그대로 웹 페이지가됩니다. 쉬운 사용은 이제 기본입니다. 원하는 대로 글터를 글터답게 사용하세요.

강화된 이미지 첨부 기능

보다 향상된 이미지 첨부. 원하는 자리에 원하는 크기로 넣을 수 있습니다. 하나씩 넣기가 번거로우시다구요? 글터에서 여러 개의 이미지를 한 눈에 보고 한 번의 클릭으로 손 쉽게 넣으세요.

강력한 웹 캘린더

편집기 메뉴에서 한 번 클릭으로 캘린더를 넣을 수 있습니다. 간단하게 일정이나 업무일지를 정리해 보세요.

글터 템플릿, 멋진 글을 더욱 돋보이게 하는 방법

글터 템플릿은 문서 작성자가 웹 디자이너라도 된 것처럼, 작업에 잘 어울리는 문서를 빠르게 만들 수 있습니다. 본격적으로 내용을 작성하기 전이라도 이미 근사해 보입니다. 다양한 템플릿 중에서 필요한 것을 골라 원하는 대로 적용하고 직접 내용을 입력해 보세요. 다 되셨지요? 멋진 전문가급 문서가 금새 완성됩니다! 나의 일, 이제 웹으로 보여주세요.

메뉴구조를 내 마음대로!

사이트의 메뉴를 내가 원하는대로! 관리자는 메뉴를 만들고 지우기를 보다 쉽게 할 수 있을 뿐만 아니라 드래그 앤 드롭(Drag and Drop)을 이용하여 편리하게 메뉴의 순서를 변경할 수 있습니다. 메뉴 순서를 바꾸고 싶을 때는 메뉴를 마우스로 끌어서 사뿐히 내려놓기만 하면 됩니다.

손쉬운 회원관리와 권한설정

사이트의 관리자는 다수의 회원들을 그룹으로 묶어 관리할 수 있습니다. 또한 글터에서는 타 위키가 지원하지 않는 권한설정을 지원합니다. 관리자는 각 페이지 별로 권한을 부여할 수 있습니다. 공유할 수 없는 중요한 지식이라면 글터의 권한설정을 이용해 보세요. 복잡한 내부 시스템을 몰라도 걱정할 필요가 없습니다. 설정은 원하는 대로 쉽게 변경할 수 있습니다.

사용자 입장에서 한 번 더 생각한 도움말

시스템을 처음 접하는 사용자도 도움말을 따라 쉽게 이용할 수 있습니다. 글터는 위키를 처음 접하는 사용자를 위해 개념적인 설명은 물론 화면 구성, 사용자 도움말, 편집기 도움말, 관리자 도움말까지 제공합니다. 하나부터 열까지 차근차근 안내해 드립니다. 지식관리 시스템, 이제 어렵지 않습니다.

잃어버릴 수는 있어도 잊어버릴 수는 없습니다.

지식기반사회를 준비하는 고객님의 든든한 동반자 글터는 공학과 과학 분야에서 사람 중심의 연구환경을 만들기 위한 노력을 늦추지 않을 것입니다. 글터와 함께 꿈에 한 발 다가서는 2011년이 되시기 바랍니다.

http://www.glter.net

|주|인실리코젠 KM사업부

	031-278-0061
	031-278-0062
	km@insilicogen.com

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What are the known and potential side effects of my drug?

약물의 알려진 부작용과 잠재적인 부작용에는 무엇이 있는가?
후천성면역결핍증이라 불리는 에이즈는 에이즈바이러스가 몸속에 침입하여 우리몸의
면역세포를 파괴시켜 면역기능이 저하되면서 각종 감염병이나 암 등이 생겨 사망에 이르게 되는 질병이다. 에이즈를 치료하는 치료제는 역전사효소 억제제와 단백질분해효소
억제제 두 가지로 나누어지는데 오늘은 단백질 분해효소 억제제인 Ritonavir에 대해 알아보고자 한다. Ritonavir(리토나비어)는 단백질분해 효소 억제제로 세포사의 후기 단계에서 바이러스의 부분인 단백분해를 차단하여 복제를 방해하는 약물로 혈액내의 순환하고 있는 바이러스의 숫자를 줄이고 T-cell의 숫자를 증가시키는 약물이다. Ritonavir의 부작용으로는 오심, 구토, 설사, 구강주위부 및 말초의 감각이상, 중성지방 및 콜레스테롤의 증가 및 간효소의 증가등이 있다. Ritonavir는 간의 cytochrome P450 효소를 강력히 억제하므로 간에서 대사되는 다른 약물과 같이 사용하여서는 안된다고 알려져 있다.
오늘은 Ritonavir에 대한 알려져 있는 부작용과 잠재적인 부작용에 대해 알아보고자 한다.

Step to follow

• 알려진 부작용: Ritonavir와 관련있는 질병 찾기

Step 1. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

Step 2. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Disease” > Relation Type : “Regulation” (filter on effect positive)

Step 3. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Reference Count 선택

• 잠재적 부작용: Ritonavir와 관련있는 Cell Process 찾기

Step 4. Ritonavir 검색

하단의 List pane에서 copy contents & paste

Step 5. Pathway 옵션 설정

Algorithm Type : “Add neighbors” > Direction : “downstream” > Entity Type : “Cell Process” > Relation Type : “Regulation”

Step 6. Pathway 결과 확인 & Advanced visualization toolbar

Style > Active Style Sheet > By Effect 선택


아래 동영상보기를 하시면 4개의 Step을 한 번에 보실 수 있습니다.

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인실리코젠에 입사한 지 3일 째 되는 날인, 2010년 12월 29일은 인실리코젠의 송년회가 있는 날이었습니다. 입사하자마자 바로 이러한 자리가 생겨 저에게는 운이 좋았습니다. 뮤지컬을 보고 맛있는 저녁도 먹는다는 생각에 아침부터 들뜬 기분으로 하루를 시작했습니다. 오전에는 각자 맡은 일을 하고 한 시간 청소를 한 뒤, 점심을 먹었습니다. 다 먹은 후에 5대의 차로 잠실로 쓩쓩~~ 저는 사장님, 경윤주임님, 경의주임님과 함께 정호진 수석님의 차를 타고 잠실로 향했습니다.

뮤지컬, 지킬 앤 하이드 일 정보다 한 시간정도 빨리 도착해서 샤롯데씨어터에서 회사 식구들과 사진을 찍으며 시간을 보냈습니다. 지킬 앤 하이드는 책으로도 많이 알려져 있었지만 책을 읽지 않아 스토리는 알지 못한 채 뮤지컬을 봐야했고, 그래서 궁금증이 더 컸습니다.

드디어 3시! 떨리는 마음으로 극장 안으로 입장했습니다. 생각보다 좌석이 무대와 가까웠습니다. 왜냐하면 우리는 VIP석이기 때문에~~!! 좋은 자리로 예매해주신 사장님께 감사했고, 회사 모든 분들께도 감사했습니다.

뮤지컬 시작 전 무대는 무엇을 표현한 것인지 이해는 가지 않았지만 조명 때문에 분위기가 음산했습니다. 무대가 바뀌면서 지킬 앤 하이드는 지킬 박사의 변호사인 어터슨의 등장으로 시작합니다. 인간의 두 가지 본성인 선과 악에 대해서 다루고 있었습니다.

스토리도 재미있었지만, 무엇보다 연기자들의 노래실력에 감탄하지 않을 수가 없었습니다. 특히 지킬박사의 노래실력이 너무 뛰어났습니다. ‘지금 이 순간~♬’ 은 어디선가 들어본 기억이 있어 따라서 흥얼거리기도 했지만 그 노래를 제외한 모든 음악은 처음 들어보는 곡 이었습니다. 대학로 소극장에서 연극을 본 적이 있었는데 뮤지컬을 보니 연극과는 또 다른 느낌이 들었습니다. 2층에서 봤다면 감동을 많이 느끼지 못했을 듯합니다. 뮤지컬은 VIP석에서 봐야 뮤지컬 좀 봤다고 말을 할 수 있을 것 같단 생각이 들었습니다^^;

뮤지컬을 다 보고 나온 후에 저희는 단체 사진을 찍었습니다. 저희 식구들 모두 잘 나온 것 같네요^^

굶주린 배를 붙잡고 뷔페로~!! 저 녁은 롯데호텔 라세느뷔페에서 먹기로 했습니다. 예약시간이 8시이기 때문에 뮤지컬이 끝난 후 2시간 가량 시간이 남았습니다. 다함께 볼링을 치려고 했지만 저희 식구들이 모두 칠 수 있는 자리가 부족해 볼링을 칠 수 없었습니다. 그래서 카페에 들어가 쉬면서 이야기를 나누었습니다.

8시가 다 돼서 굶주린 배를 붙잡고 뷔페로 갔습니다. 오픈 전이라 사람들이 바글바글... 문이 열리고 우리는 룸으로 들어갔습니다. 룸으로 가는 동안 음식을 보니 나도 모르게
침이 꿀~꺽 넘어갔습니다. 다같이 와인도 한 잔씩하며 즐겁게 식사를 했습니다.
진짜 이렇게 가족같은 분위기로 식사를 하는 회사가 있을까요? 아마 거의 없을 듯합니다.
배가 빵~ 터질 정도로 많이, 그리고 맛있게 먹고 뷔페를 나왔습니다.

조금 더 가까워져요 더 더욱 가까워지기 위해 우리는 신천으로 향했습니다. 최성의 차장님의 주도로 분위기는 한껏 달아올랐고, 게임도 하고 노래도 하며 재미있게 놀았습니다. 집에 들어가야 해서 마지막으로 노래를 부르고 아쉬움을 안고 나왔습니다. 이 자리로 인해 전보다 더 가까워진 것 같아 기분이 좋았습니다. 눈이 많이 오는데도 박준형 팀장님께서 집까지 안전하게 데려다 주셔서 너무 감사했습니다.

어느 회사를 가도 사장님을 비롯해 이렇게 좋은 분들과 일을 할 수 없을 것 같습니다. 사회 생활 첫 걸음을 인실리코젠에서 할 수 있어 기분이 좋고, 2010년을 인실리코젠 식구들과 함께 마무리할 수 있어서 참 좋았습니다. 모두들 수고하셨습니다.
2011년에는 성실한 송하나가 되겠습니다.^^

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 지난 1월 3일, (주)인실리코젠과 숭실대학교 의생명시스템학부는 맞춤형 생명정보 인재 양성을 위한 MOU를 체결하였습니다.

이번 MOU 체결식에는 (주)인실리코젠의 최남우 대표이사님, 숭실대학교 의생명시스템학부의 학부장님이신 김상수 교수님이 참석하셨으며, 양해각서 체결로 인해 (주)인실리코젠은 5억원 규모의 실습용 생물정보 솔루션과 최신의 생명정보 기술교육 및 현장실습을 지원하기로 하였으며, 숭실대는 최첨단의 하드웨어 시스템과 다양한 인적네트워크를 제공하기로 동의하였습니다.

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