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일정

일시 : 20154월 1(수)~ 4월 3(금)

장소 : KT인재개발원 1연수관 204호


목표

R 초보자들의 실제 유전체 자료 분석을 수행할 수 있는 역량 개발


내용

R을 활용한 NGS 데이터 분석

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)



신청방법

신청기간 : 20153월 19(목) ~ 2015년 3월 22(일)

선발인원 : 30

우선 선발 사항 :

  1) 유전체 자료 분석 경험자

  2) R 사용 경험자

  3) 학생 및 연구원

선발안내 : 2015년 3월 23일(월) ~ 2015년 3월 24일(화)

교육비 : 무료 (중식 무료제공)

준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net

문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA


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2015/03/17 14:46 2015/03/17 14:46
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일정

일시 : 20152월 25(수)~ 2월 27(금)

장소 : KT인재개발원 1연수관 204호


목표

Public 온라인 툴을 이용한 NGS 분석 및 네트워크 분석


내용

Public 온라인 툴 소개, NGS 기본 분석, RNA-seq 분석, 네트워크 분석

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)



신청방법

신청기간 : 20152월 11(수) ~ 2015년 2월 13()

선발인원 : 30

교육대상 : NGS 데이터를 이용한 생물정보분석 기초 교육이 필요한
               
연구원 및 대학원생 등

교육비 : 무료 (중식 무료제공)

준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net/dcrud/dform/create/1

문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA



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2015/02/10 12:06 2015/02/10 12:06
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일정

일시 : 201411월 26(수)~ 11월 28(금)

장소 : KT인재개발원 1연수관 204호


목표

NGS의 기본 개념을 이해하고 실습을 통하여 NGS 데이터 분석 및 RNA-seq 분석에 대한 기초 분석 능력 습득


내용

NGS 개요, NGS 기본 분석, RNA-seq 분석

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)



신청방법

신청기간 : 201411월 10() ~ 201411월 14()

선발인원 : 30

교육대상 : NGS 데이터를 이용한 생물정보분석 기초 교육이 필요한
               
연구원 및 대학원생 등

교육비 : 무료 (중식 무료제공)

준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net/dcrud/dform/create/1

문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA


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2014/11/11 14:35 2014/11/11 14:35
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[모집분야]
1. 생물정보 분석
컨설팅(신입 또는 경력 0명)
2. 생물정보 모듈 개발(신입 또는 경력 0명)

[업무내용]
1. 생물정보 분석 컨설팅
   1) NGS 데이터 분석 및 컨설팅
   2) 생물정보 분석 컨설팅 및 제반업무

2. 생물정보 모듈 개발
   1) 생물정보 웹 프로젝트 지원
   2) 생물정보 업무 분석/설계 및 데이터 처리 지원

[자격 및 우대조건]
1.
생물정보 분석컨설팅
   ① 석사 이상의 생물정보학 및 생물학 관련 전공자
   ② Python 혹은 Perl 등 스크립트 언어 경험자 우대
   ③ 리눅스 경험자 우대
   ④ Genomics(NGS) 데이터 분석 경험자 우대
   ⑤ 경력 : 해당업무 경력 5년 이상
   ⑥ 프레젠테이션(발표) 능통자
   ⑦ 영어회화 및 작문/독해 가능자


2. 생물정보 모듈 개발
   ① 석사 이상의 생물정보학 및 생물학 관련 전공자 우대
   ② Python 혹은 Perl 등 스크립트 언어 경험자 우대
   ③ 경력 : 해당업무 경력 2년 이상
   ④ 리눅스 경험자 우대
   ⑤ 졸업예정자 입사 후 병역특례 전환가능
(신입)

[채용형태]
1. 정규직(신입 또는 경력) 각 0명
   1) 신입 : 인턴 계약 6개월 후 정규직 전환(인턴 평가 진행)
   2) 경력 : 정규직(계약직 3개월 포함)


[채용일정]

1. 서류전형 : 2014.07.21.(월) ~ 2014.07.31.(목)
2. 면접전형 : 2014.08.04.(월) ~ 2014.08.07.(목)- 서류전형 합격자에 한하여 개별 통지
3. 최종 합격자 발표 : 2014.08.11.(월)
4. 입사예정일 : 2014.09.01.(월)  면접 시 자기소개
(경력위주 5분 분량 PT준비) 발표 포함

[전형방법]

1차 서류전형 : 당사 입사지원서를 기한내 recruit@insilicogen.com로 제출
2차 면접전형(서류전형 합격자에 한하여 개별통보)
    - 면접 시 자기소개(경력위주 5분 분량 PT준비) 발표 포함

[제출서류]
- 입사지원서 및 자기소개서 : 당사 양식(파일명 : ‘입사지원서_성명.docx’으로 저장)
- 서류전형 합격자는 PPT(경력위주, 자기소개, 5분분량)




[근무환경 및 복지
]
- 주5일 근무
- 4대 보험
- 퇴직연금
- 경조사휴가 및 경조금 지원
- 성과급, 석식제공
- 자기계발지원
- 주차비 지원
- 체력단련 지원

[기타사항]
1. 근무지 : 수원 본사
2. 급여조건은 회사내규에 따름
3. 남자의 경우 병역필 또는 면제자
4. 기타자격요건
   ① 기본예의 등 소양이 되어 있는자
   ② 해외출장이나 개인 신용에 결격사유가 없는자
   ③ 운전 가능자 우대
5. 제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
6. 채용 합격 및 입사 후에라도 입사지원서 및 제출서류 내용이 거짓으로 확인될
   경우에는 합격 및 입사를 취소 할 수 있습니다.
7. 절차별 합격자는 E-mail을 통해 개별 안내해 드립니다.





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2014/07/21 17:38 2014/07/21 17:38
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[모집분야]
생물정보 분석 컨설턴트
(신입/경력)

[업무내용]
1. NGS 데이터 분석 및 컨설팅
2.
생물정보 분석 컨설팅 및 제반업무
3.
기타 일반업무


[채용형태]
1. 정규직
(신입/경력) 0
1)
신입 : 인턴계약직 6개월 후 검증통과자 정규직 전환
2)
경력 : 수습계약직 3개월 후 정규직 전환


[자격요건]
1. 공통자격요건(신입/경력)
석사 이상의 생물정보학 및 생물학 관련 전공자
Python 혹은 Perl 가능자
프레젠테이션(발표) 능통자
영어회화 및 작문/독해 가능자
해외여행에 결격사유가 없는 자

2. 경력자 추가 자격요건(생물정보 분석 컨설턴트)
생물정보 데이터 분석 경력 5년 이상
Genomics(NGS) 데이터 분석 경험자 우대


[
채용일정]

1.
서류전형 : 2014.06.23.() ~ 2014.07.02.()
2.
면접전형 : 2014.07.08.() ~ 2014.07.11.() - 서류전형 합격자에 한하여 개별 통지
3.
최종 합격자 발표 : 2014.07.14.()
4.
입사예정일 : 2014.08.01.()


[
전형방법]

- 1차 서류전형 : 당사 입사지원서를 기한내 recruit@insilicogen.com로 제출
- 2
차 면접전형(서류전형 합격자에 한하여 개별통보)
   면접 시 자기소개
(경력위주 5분 분량 PT준비) 발표 포함


[제출서류]
- 입사지원서 및 자기소개서 : 당사 양식(파일명 :‘입사지원서_성명.docx’으로 저장)
-
서류전형 합격자는 PPT(경력위주, 자기소개, 5분분량)

 


[근무환경]

- 주5일 근무
- 4
대 보험
- 퇴직연금
- 경조사휴가 및 경조금 지원
- 성과급
, 석식제공
- 자기계발지원

- 주차비 지원
- 체력단련 지원


[기타]
1. 근무지 : 수원 본사
2.
급여조건은 회사내규에 따름
3.
남자의 경우 병역필 또는 면제자
4.
제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
5.
채용 합격 및 입사 이후라도 입사지원서 및 제출서류 내용이 거짓으로 확인 될 경우에는
    합격 및 입사를 취소할 수 있습니다
.
6.
절차별 합격자는 E-mail 또는 휴대전화를 통해 개별 안내해 드립니다.
7.
문의사항은 메일로 문의해 주십시오. (recruit@insilicogen.com)


 

 

 

 

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2014/06/23 19:09 2014/06/23 19:09
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지난 11일, CLC bio사에서는 Drug discovery를 위한 새로운 솔루션을 릴리즈 하였습니다. 그 이름은 바로 "CLC Drug Discovery Workbench" 입니다. 기존의 Workbench들은 NGS를 비롯한 시퀀싱 데이터의 분석을 촛점으로하여 계속적으로 업그레이드가 되고 있지만, 이전 Molegro사의 합병을 통해 Molegro virtual docker라는 솔루션을 리뉴얼하여 새로운 타입의 Workbench로서 출시 하였습니다.


CLC Drug Discovery Workbench는 이름 그대로 새로운 약물 개발을 위한 스크리닝 도구로서 활용할 수 있습니다. 타겟 단백질과 리간드의 결합 모델을 분석함으로서 interaction 및 docking 분석을 수행하여 단백질의 3D 구조를 확인하고 기존 Workbench의 protein 서열 분석 툴도 포함되어 있어 binding되는 서열 구조도 함께 확인할 수 있다고 합니다.

그럼 CLC Drug Discovery Workbench로 어떻게 분석되는지 살펴 볼까요?













또한 CLC bio는 "CLC Cancer Research Workbench"라는 새로운 Workbench도 곧 출시할 예정입니다.



CLC Cancer Research Workbench는 암 연구에 포커싱된 informatics 솔루션으로 NGS를 기반으로 한 amplicon, exom, whole genome sequencing 데이터를 이용하여 체세포 돌연변이 및 유전적인 질환과 약물반응, 또는 새로운 oncogene 등을 분석할 수 있으며, 돌연변이 관련 reference database를 이용하여 직접 분석한 돌연변이 데이터들과 비교 분석이 가능하도록 설계되었습니다.



그리고 일반 생물학자들도 쉽게 분석할 수 있도록 GUI 형태의 인터페이스를 제공하므로 암과 관련한 모든 연구자분들이 보편적으로 사용할 수 있는 솔루션으로서 자리매김 할 수 있을 것이라 생각됩니다.



올 4월에 릴리즈 될 예정이니 많은 관심 부탁드리며, 구체적인 기능 등은 공식 릴리즈 후에 소식 전해드리도록 하겠습니다.

그 외 생물정보 소프트웨어에 대한 문의사항도 언제나 (주)인실리코젠 마케팅팀(marketing@insilicogen.com)으로 연락주십시오.

감사합니다.









작성자 : Codes사업부 Consulting팀

김경윤 팀장


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2014/02/21 16:43 2014/02/21 16:43
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2013 NGS market survey!

CLC bio사에서 지난 1월에 2013년도 NGS market survey 결과를 발표하였습니다.
NGS 시장 동향을 파악하는데 유용한 자료로 함께 공유하고자 소개해드립니다.
총 231명을 대상으로 NGS 시장조사를 실시한 결과입니다.



- Response rate: 미국이 23.4%로 가장 많은 비중을 차지하고 있습니다.
- Organization type : 2012년도와 비교한 결과 Academic organization은 7.5% 감소, Governmental은 37.5% 증가, Industry는 25.6% 증가하였습니다.


주로 여떤 연구를 수행하는가?
 


Primary application focus
- Basic research : 25.5% (가장 많은 비율을 차지)
- Microbial research : 18.6%
- Bioinformatics : 17.7%

응답자의 86%가 NGS 분석을 수행하고 있으며, 이는 2012년도(73%)보다 증가하였습니다.

2011년도(57%) -> 2012년도(73%) -> 2013년도(86%)


Illumina continues dominance


Illumina의 HiSeq 장비가 가장 많은 부분을 차지하고 있으며, Life Tech의 Ion Torrent PGM 장비가 작년 6위에서 3위로 상승하였습니다.


In-house NGS instruments


각 기관마다 NGS 장비를 얼마나 보유하고 있는지에 대한 통계치를 보여주고 있습니다. 기관의 27.9%가 NGS 장비를 더 구입할 계획을 가지고 있다고 합니다.


Preferred open source tool


UCSC Genome Browser가 여전히 1위를 차지하고 있으며, SAMtools 또한 많이 사용되고 있습니다. 대부분의 open source tool이 증가 추세를 보이고 있음을 확인할 수 있습니다.


Primary application focus


RNA-Seq Expression은 20.1%의 많은 증가율을 보이며 1위를 차지하였습니다.(작년은 whole genome sequencing) De novo sequencing은 작년에 비해 16.7% 증가하여 2위를 차지하였습니다.

해당 내용은 아래의 첨부파일을 통해 다시 보실 수 있습니다.



작성자 : 브랜드마케팅실 Marketing팀
컨설턴트 송하나

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2014/02/21 16:26 2014/02/21 16:26
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고추 매운맛 유전자, 국내 연구진이 밝혀냈다 2014.01.22 티브이데일리
고추 유전체서열 국내 독자 기술로 완성 2014.01.21 정책브리핑
고추 유전체서열 국내 독자 기술로 완성 2014.01.20 아시아투데이
고추 표준 유전체 염기서열 국내 기술로 완성 2014.01.20 연합뉴스
좀 더 맵고 맛있는 고추 나온다 2014.01.20 동아사이언스

논문바로보기
http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.2877.html

'고추' 하면 떠오르는 친근감은 비단 우리나라 뿐만이 아닐 것입니다. 고추는 세계적으로 사랑 받고 있고 영양학적인 가치 또한 우수하여 토마토, 감자와 함께 대표적인 작물 중 하나로 꼽히고 있습니다. 그러나 생물학자들에게는 대중적인 선호도 이외에 토마토, 감자와 함께 고추에서 밝히고자 하는 흥미로운 관심 거리가 있습니다. 서로 닮은 듯 아닌 듯 한 이들 세 작물은 모두 가지과 (Solanaceae)에 속하는 것으로 진화와 육종을 통해 얻어진 공통된 특성과 특이적인 특성을 각각 분자적으로 밝히기에 좋은 모델이 되기 때문인데요, 특히 토마토와 고추의 경우 흥미로운 연구거리가 가득합니다.
첫번째, 토마토의 경우 사과나 바나나와 같이 에틸렌 가스에 의해 후숙성이 촉진되는 climateric fruit 인 반면, 고추는 포도와 같이 후숙성이 촉진 되지 않는 non-climateric fruit으로 같은 가지과 작물로써 서로 비슷한 유전자 세트를 가지면서도 서로 다른 형태의 숙성과정을 거치게 되는 메카니즘은 무엇일까?
두번째, 토마토의 유전체는 약 900Mb정도인데 반해 고추는 약 3Gb에 달하는 거대한 유전체 사이즈를 갖는 이유는 무엇일까?
세번째, 고추의 대중적인 인기의 근간이 되는 매운맛 성분인 캡사이신의 생합성 경로는 어찌 될까? 이 런 모든 질문에 대한 해답이 최근 생물정보 컨설팅 전문기업인 (주)인실리코젠에서도 참여한 서울대 최도일 교수님 연구팀에서 Nature genetics 에 발표한 논문 Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.2877.html 에서 모두 해결되었습니다.


논문에 많은 내용들이 있지만 그 중 후숙성 과실인 토마토와 그렇지 않은 고추와의 과실 숙성 메카니즘의 차이를 보여주는 마지막 메인 figure를 살펴보면, ripening 관련 유전자는 두 종 모두에서 보존되어 있으나 그림에서 보여지는 것과 같이 mRNA상의 발현의 차이로 (group I) 표현형의 차이가 유발된 것으로 나타났습니다. 이 중 주요 유전자는 ethylene이 생성되는 과정에 수반되는 유전자들의 발현이 고추에서 모두 저하되어 ethylene 생성이 저하되고 그로 인해 ethylene에의해 repression되는 CCS(capsanthin-capsorubin synthase)의 발현이 tomato에 비해 월등히 높게 나타나고, 결국 pepper-specific carotenoids인 Capsanthin, capsorubin의 합성이 높아 tomato와는 다른 표현형을 나타냈습니다. 반면, tomato에서는 CCS와 ortholog 관계를 갖는 CYC-B(chromoplast-specific lycopene beta-cyclase) 유전자의 발현이 ripening 과정 동안 ethylene의 높은 합성으로 인해 억제됨을 나타냄으로써 그 메커니즘을 밝혔습니다.


Comparative fruit ripening



이 외에도 고추에 많은 비타민 함량의 메커니즘이라던가, 토마토와 고추의 과실이 물러지는 차이의 원인 메커니즘과 같은 유전체 전문가가 아니더라도 흥미를 가질 만한 많은 내용이 담겨 있습니다. 물론 유전체 전문가(?)의 입장에서도 소중한 정보가 가득합니다. 사실 제가 마지막 figure만을 소개한 이유는 이 하나의 figure를 위해 수행되어야 하는 genome assembly(유전체 서열 완성), gene structure분석(유전자의 서열 및 구조, 유전자 기능, 유전체내 전체 유전자 세트), gene family분석(ortholog, paralog분석) , genome expansion분석( repetitive sequence분석), gene expression 분석(transcription factor분석, RNAseq 분석, pathway 분석), genome variant 분석(SNP, indel 분석), phylogeny 분석과 같은 많은 분석이 수반되어야 하고, 이러한 정보는 supplementary information에서 제공하고 있는 table 54개, figure 49개에 고스란히 담겨져 있음을 알려드리고 싶어서 입니다. 이들 데이터는 마지막 figure와 같은 많은 생물학자들에게 실마리를 제공할 리소스 데이터로 제공이 될 것이기에 그 잠재력이 더욱 큽니다.

Gene structure분석 파이프라인

유전자 구조 분석 파이프라인으로 고추 유전체 분석을 위해 고추의 mRNA(RNAseq, ESTs)서열,  단백질 서열, 토마토 및 감자의 단백질 서열, 애기장대, 포도 및 가지과 작물의 단백질 서열을 이용한 Evidence gene modeling과 여러개의 ''ab initio'' gene modeling (gene prediction)이 함께 수행되어 이들의 공통된 유전자 모델을 선정하는 combined gene modeling이 수행되었습니다. - (주)인실리코젠 지원


마지막으로 이번 연구의 가장 큰 성과라면, 순수 국내 연구진의 기술로 이뤄졌다는 점과 생물정보의 학문적 발전입니다. 식물의 유전체에는 유전자 영역 이외에 repeat 영역이 포유류나 균류, 미생물에 비해 매우 많이 존재하기 때문에 실제 유전체 서열을 완성하기에 매우 까다로운 조건을 갖고 있습니다. 단적으로 토마토, 감자의 경우 국제 컨소시엄을 통해 전세계 연구진의 협업에 의해 이뤄진 점만 보더라도 고추 유전체의 완성은 의미가 크다고 할 수 있습니다. 더욱이 유전체 크기가 토마토에 비해 3배이상 커지고 커진 대부분이 repetitive sequence에 해당하는 LTR retrotransposons 임을 감안하면 유전체 서열 어셈블리만 보더라도 많은 노력이 수반됐음을 알 수 있습니다. 실제, 오픈 소스 프로그램(SOAPdenovo, SSPACE, FLAKE)과 상용 프로그램(CLC Assmebly Cell; CLCbio사, 서울대, (주)인실리코젠의 공식 MOU를 통한 지원)이 모두 이용되었으며, 시퀀싱 또한 다양한 플랫폼/디자인으로 여러번의 수정과 시도를 반복하며 현재의 결과를 얻어냈습니다. 뿐만 아니라 유전자 구조 분석 또한 세계적인 수준의 분석이 진행되었으며 genome expansion, gene expression, 진화적론적인 phylogenetic 분석 모두 국내 연구진들의 몰입적인 연구를 수행한 결과라 할수 있습니다.
다시한번, 생물정보 컨설팅을 전문으로 하는 (주)인실리코젠의 입장으로 NGS라는 막강한 도구와 나날이 정신없이 발전하고 있는 생물정보학의 발전을 통해 보다 많은 좋은 소식이 있기를 기대해 봅니다.



Codes사업본부 Research실
선임컨설턴트 신윤희 선임


Posted by 人Co

2014/01/28 22:07 2014/01/28 22:07

차세대 염기서열 분석 기술은 더 짧은 시간에 더 적은 비용으로 더 많은 염기서열을 결정할 수 있는 플랫폼이 계속적으로 업그레이드 되면서, 생물정보 분석은 이제 선택이 아닌 필수가 되었습니다. 또한 NGS 데이터의 분석 단계는 크게 pre-processing, assembly 그리고 assembly를 이용한 이차 분석으로 나누어 볼 수 있는데 이러한 분석 단계들을 하나의 툴에서 모두 진행하고 그 결과를 그래픽하게 확인할 수 있다면 NGS 데이터를 다루는 생물학자들이 훨씬 더 수월하게 연구를 진행할 수 있을 것입니다. 이를 위한 목적으로 개발된 CLC bio사의 CLC Genomics Workbench는 GUI 기반의 데스크탑 솔루션으로 각 NGS 플랫폼에서 제공하는 다양한 데이터셋을 지원하여 assembly를 비롯한 이후 이차분석까지 한번에 수행할 수 있는 통합형 생물정보 분석 도구입니다.

PART 1. Variant Detection

NGS 데이터를 이용한 최근 연구들을 살펴보면 resequencing 분석에 포커싱이 맞춰지고 있으며, 이러한 연구 동향에 발맞추어 CLC Genomics Workbench의 툴들도 resequencing 분석에 초점을 맞춘 SNP, Indel detection 툴이 업그레이드되었습니다.



Variant 분석에 대한 업그레이드 내용을 이야기하기 전에 read mapping 결과를 재조정할 수 있는 툴인 ‘Local realignment’를 먼저 소개합니다. 이전에는 beta 버전으로 제공되었지만 지난 달 업그레이드가 되면서 CLC Genomics Workbench의 정식 툴이 되었습니다. Read mapping을 수행하는 과정에서 align 되지 않았던 끝 부분을 realign하여 보다 정확한 read mapping 결과를 제공해줍니다. 자, 그럼 결과를 직접 눈으로 확인하는 것이 더 신뢰가 가겠죠?



위의 그림에서 [A]는 처음 read mapping을 수행했으며, 1,2,5번째 read의 4개의 염기가 제대로 align 되지 않아 gap이 생겨난 것을 확인할 수 있습니다. [B]는 [A]의 데이터를 가지고 ‘Local realignment’ 결과 화면을 보여주고 있습니다. [A]에서 gap이 발생했던 염기부분이 다시 realign된 것을 확인할 수가 있습니다. 이처럼 realign을 통해 정확한 mapping 데이터를 기반으로 이 후 variant 분석을 수행한다면 분명 고퀄리티의 결과를 얻을 수 있을 것입니다.

CLC Genomics Workbench에서의 SNP detection은 두 가지 알고리즘으로 분석을 수행할 수 있습니다. 하나는 확률을 계산하는 ‘Probabilistic Variant Detection’, 또 하나는 quality를 계산하는 ‘Quality-based Variant Detection’의 분석 툴입니다. 이러한 두 가지 분석 툴 중에 데이터의 특성에 적합한 것으로 선택하여 분석한다면 더욱 정확한 잠재적인 SNP를 발굴할 수 있습니다.

또한 새로운 버전에서는 SNP처럼 단일 염기가 아닌 더 넓은 범위의 영역에 대한 InDel(insertion, deletion)이나 structural variant를 detection 할 수 있는 ‘InDels and Structural Variants’ 툴이 추가되었습니다. 기존 beta 버전에서는 HiSeq 플랫폼의 paired read로 mapping된 데이터만 input으로 지원했던 부분이 Roche 454 플랫폼에서 생산되는 single read의 mapping 데이터도 input으로 지원되어 다양한 데이터셋의 hybrid assembly 결과도 indel 분석이 가능해졌습니다.



그리고 variant 분석 후 발굴된 SNP 후보들이 이미 알려진 variant 정보와 비교하여 필터링 할 수 있는 ‘Filter against known variants’와 이미 알려진 variant 정보를 추가할 수 있는 ‘Annotate from known variants’의 툴 기능도 향상되었습니다.

Read mapping을 통하여 분석된 variation들을 mapping된 서열 단위에서 그 결과를 뷰어할 수 있지만, track이라는 새로운 뷰어를 제공하여 브라우저 형태의 역할을 할 수 있도록 도와주고 있습니다. 이 또한 다양한 기능 업데이트를 통해 더 효율적으로 분석 결과를 확인할 수 있습니다.

이러한 track 툴을 활용하면 위에서 보는 바와 같이 한 종의 genome 내 다양한 정보들(Gene, CDS, Transcript, mRNA, Exon, Variation)을 한 화면에서 확인할 수 있고, 아래의 그림과 같이 Trio analysis 툴을 이용하여 부모에게서 자녀로 유전되는 SNPs 정보나 mutation 정보, 그로 인해 나타나는 질병 등에 대한 분석 후 그 정보를 한번에 확인할 수 있습니다.




PART 2. Workflow

앞서 이야기한 variation 분석은 만약 여러 샘플에 대한 분석을 개별적으로 진행하려면, 단순한 분석을 여러번 수행함으로 시간이 많이 소요됩니다. 이렇게 여러 샘플의 데이터를 각각 동일한 분석 과정을 수행해야할 경우, workflow라는 기능을 이용하면 빠른 시간안에 쉽게 분석을 완료할 수 있습니다. 아래의 그림과 같이 분석해야하는 툴(기능)들을 선택하고, 각 툴을 순서대로 나열한 다음 각 분석단계의 output 파일을 다음 분석과정의 input 데이터로 연결만 시키면 하나의 workflow가 만들어집니다.


이렇게 만들어진 workflow를 이용하여 분석하고자하는 샘플 데이터만 선택해주면 일련의 과정대로 클릭 몇 번 만으로 결과 데이터를 얻을 수 있으며, workflow를 installer로 변환하여 toolbox내에 하나의 툴로써 추가할 수 있어 실험실 내에서 정규화된 분석 파이프라인을 직접 제작할 수 있습니다. 그리고 이러한 workflow를 통해 만들어지는 output 데이터를 원하는 포맷의 파일로 별도의 export가 가능합니다.





PART 3. 3D Molecule Viewing

CLC Genomics Workbench 내에는 NGS 데이터를 분석하는 툴 외에도 일반 서열 데이터를 기준으로 분석할 수 있는 다양한 생물정보 툴들이 통합되어 있습니다. 이 중 Molecule Viewer는 Protein Data Bank(PDB) database에 저장되어 있는 단백질과 다른 분자들의 structure inspection과 visualization을 수행할 수 있도록 합니다. 이 전에는 CLC Genomics Workbench를 이용하면 단백질의 3D 구조의 뷰어만 확인할 수 있었습니다. 하지만 이번 업그레이드를 통하여 3D 구조의 뷰어뿐만 아니라 서열 정보와 연동되어 3D 구조상에서 선택된 영역이 어떤 서열로 이루어져 있는지 함께 뷰어가 가능해졌습니다. Domain 및 binding site 분석하시는 연구자분들이 늘 서열과 함께 분석되어졌음 좋겠다 하셨었는데, 이젠 굉장히 유용하게 사용될 수 있겠지요?

뿐만 아니라 Protein, Ligands, Water molecules, Internolecular bonds 등의 원하는 molecule 정보만을 선택하여 뷰어할 수도 있다고 합니다.





PART 4. Phylogenetic trees


이번에 소개해드릴 기능은 계통분석을 수행하는 실험실에서는 아주 반가운 소식이 아닐까 합니다. 사실 계통분석은 굉장히 어렵고도 다양한 알고리즘이 존재하여 현재는 전문적인 소프트웨어들을 많이 사용하고 있고, CLC Genomics Workbench를 통해서는 서열을 정렬한 후 기본적인 tree까지만 제공하며 분석 결과의 수정이 어려웠던 부분이 있었습니다. 허나 이번 업그레이드를 통하여 Phylogenetic tree module이 plug-in으로 새로 추가되어 좀 더 전문화되고, 분석 결과를 그래픽하게 확인할 수 있게 되었습니다.



Phylogenetic tree module은 Plug-in을 통하여 다운로드 받으신 후 ‘Create Tree’ 툴로 실행합니다. 실행 과정에서는 이전 버전과 달라진 부분은 없으며 뷰어 옵션을 지정할 수 있는 Side panel을 통해 tree 결과의 뷰어 설정을 변경할 수 있습니다.
Tree layout이 아래 그림과 같이 다섯가지로 선택할 수 있어 원하는 형태의 tree구조를 figure 자료로 사용할 수 있게 되었습니다.



또한 이 뿐만이 아니라 메타데이터의 수정도 가능해졌습니다. 이전 버전에서 이 기능을 문의하셨던 사용자분들도 굉장히 많았었는데요, 새 버전에서는 node, label 세팅 기능의 추가로 인해 사용자가 원하는 tree 그림을 그릴 수 있게 되었습니다.

이상으로 CLC Genomics Workbench 프로그램의 주요한 업그레이드 내용을 소개해드렸습니다. 블로그를 통해 모든 정보를 알려드리기가 어려워 아쉬운점이 있지만, 소개해드린 기능 이외에도 업그레이드 및 개선된 기능들이 많이 있으니 아래의 사이트를 방문하시면 더욱 자세한 정보를 확인할 수 있습니다.

http://www.clcbio.com/products/latest-improvements/

그리고 언제든지 생물정보 소프트웨어에 대하여 문의사항이 있으신 분들은
(주)인실리코젠의 마케팅팀(Marketing@insilicogen.com)을 찾아주시기 바랍니다!
감사합니다.


작성자 : Marketing팀 송하나

Posted by 人Co

2013/09/30 16:46 2013/09/30 16:46
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제3기 人Co INTERNSHIP 수료생 후기

제3기 人Co INTERNSHIP 수료생 이영호



첫째 날~ 수원의 날씨는 생각보다 좋았다. 해가 뜨진 않았지만 습하지 않고 시원한 바람이 불었던 걸로 기억난다. 마을버스(대구에는 없는)에서 시내버스로 환승하며 도착한 수원산업단지 그리고 (주)인실리코젠, 나의 인생에서 첫 번째 인턴십이 시작되던 날이다.
이번 인턴십 제3기의 총 인원은 나를 포함해 4명! 신기하게도 상명대학교 2명, 영남대학교 2명으로 초반부터 대립(?)되는 구도가 형성되었다고 선배님들께서 말씀하셨지만 이상하게도 우리들은 점점 더 가깝게 친해져서 회식도 하고 서로 도와주는 공생 관계로 4주를 함께 지냈다. 어쩌면 우리가 교육 받았던 생물정보 분석 프로그램들이 단합하지 않고 혼자 하기에는 너무 힘든 과정이었기에 서로 지식을 공유하면서 더 친해질 수 있지 않았을까 하는 생각도 든다.
CLC Main Workbench, CLC Genomic Workbench란 DNA, RNA, Protein 서열을 기반으로 여러 가지 정보를 얻어내고 그 정보를 통해 다양한 database를 구축하기 위한 생물정보 분석 프로그램이다. 내가 생각 했을 때 다양하게 분석된 생물정보 데이터는 database 구축을 통해 최종적으로 인간의 수명과 건강을 얻기 위함이 아닐까 싶다. 그런 의미에서 위의 2가지 프로그램들은 우리들이 원하는 목표의 밑거름이 될 수 있는 아주 좋은 도구가 될 것이다.
이런 도구들을 공부하는데 많은 도움을 주신 분들이 계시지만 특히 김경윤 주임님, 심재영 주임님, 송하나 선배님, 김경아 선배님들께 감사의 말씀을 전해드리고 싶다. 또 회사 생활에 대한 진심어린 충고와 조언을 아끼지 않고 해주신 임천안 이사님, 정은미 이사님 두분께도 너무나 감사드린다. 회사일 때문에 너무 바쁜 와중에도 우리 인턴들을 너무 잘 챙겨주시고 신경써주셔서 오히려 우리들이 모든 분들께 피해를 끼치는 게 아닌가 싶어 죄송할 때도 많았다. 조금 아쉬운 게 있었다면 나에 멘토이신 조아영 주임님의 분야는 디자인 쪽이셔서 교육내용에 대한 교류는 하지 못했지만 항상 친절하고 정답게 나를 챙겨주시고 좀 더 쉽게 회사에 적응 할 수 있도록 많은 도움을 주셨다. 마지막으로 (주)인실리코젠 최남우 대표님! 회사에 오기 전에 미리 홈페이지를 통해 사진을 보면서 느꼈었지만 외모도 너무 동안이시고 목소리도 다정다감 하셨다. 그래서인지 대표님과 첫 면담을 할 때 좀 더 편안하게 대화를 나눌 수 있었고 회사에 대한 믿음도 확고해졌다.
그렇게 1주차, 2주차 ,3주차, 4주차 시간이 지나면 지날수록 나 자신이 많이 변화하고 있다는 걸 스스로 느낄 수 있었다. 물론 짧은 인턴십 과정 중에서 배우게 되는 교육이나 회사 업무 등을 다 이해하고 습득하기에는 힘들 것이다. 하지만 난 이번 한 달 과정을 통해서 너무나 많은 경험을 할 수 있었던 것 같다. 첫째, 집을 나와 타지에서 자취하면서 생활하는 능력, 둘째, 규칙적인 식습관과 생활습관, 셋째, 직장에서의 예의범절과 대인관계, 넷째, 프리젠테이션 연습 등 평소에 경험하지 못했던 많은 것들을 여기서 배울 수 있게 되었다. 이 모든 경험들이 내가 앞으로 나아가야 할 방향에서 많은 힘이 될 것이라고 믿는다.
(주)인실리코젠, 그리고 대표님을 비롯한 모든 직원 분들과의 좋은 인연에 감사드립니다. 또 앞으로 더 좋은 인연이 되고 싶고 그렇게 될 수 있을 거라고 믿습니다. 감사드립니다.


제3기 人Co INTERNSHIP 수료생 윤선영



(주)인실리코젠의 人Co INTERNSHIP은 저에게 있어 사회 생활의 첫걸음이며, 한층 성장하는 계기가 되었습니다. 인턴십에 지원하기 위해 처음으로 자기소개서를 작성하고 면접을 보고, 직장 생활이 어떤 것인지도 알게 되었습니다. 조교로 계셨던 유승일 선배님이 석사 졸업후 취직했다는 소식과 함께, 그 회사에서 인턴십 프로그램을 진행한다는 교수님의 소개로 인해 (주)인실리코젠이라는 회사를 처음 접하게 됬습니다. 어떤 일을 하는 회사인지 알고 싶어 먼저 홈페이지를 찾아보게 되었는데, 깔끔한 페이지 구성과 블로그를 통해 회사소식에 대한 여러 내용들을 볼 수 있었습니다. 또한 설립된 지 얼마되지는 않았지만 연혁으로 미루어 봤을 때, 비약적인 발전을 하고 있는 회사라는 점도 눈에 띄였습니다. ‘한 번쯤 이런 회사에서 실무적인 것을 경험하고 배운다면 내 인생에 있어 많은 것이 도움이 되겠구나’ 생각이 들어 망설임 없이 지원했던 기억이 납니다.
일산에서 수원까지 많이 먼 거리는 아니지만 출근시간도 빠르고, 처음으로 하는 사회생활인 만큼 열심히 해보고자 수원역 근처에 방을 얻어 한달 동안의 인턴 생활을 시작하게 되었습니다. 입사 첫 날 가장 먼저 모든 분들께 인사를 드리며 명함을 받았는데, ‘단순히 인턴이라 생각하고 지나칠 수 있었던 부분인데 역시 인실리코젠에서는 사람 사이의 관계를 소중히 생각하는구나’ 라고 느꼈습니다. 한달이라는 짧은 기간 동안 인실리코젠의 人Co 가치체계에 걸맞게 사람을 중요시하는 회사라는 점을 확실히 느꼈습니다.
첫 주에는 회사소개와 사회 생활을 어떻게 해야 하는지에 대한 기본적인 교육을 받았습니다. 면접을 보기 전에 미리 홈페이지를 통해 간략하게 보았던 내용에 대해서 자세한 설명을 들으니, 훨씬 이해도 잘 되었고 무슨 일을 하는 회사인지에 대해 확실하게 알게 되었습니다. 또 사회 초년생에게 필요한 조언과 충고를 해주신 임천안 이사님과 직장 생활에서 꼭 필요한 예절을 가르쳐주신 정은미 이사님의 말씀이 아직도 기억에 납니다. 면접을 볼 당시에도 그리고 한 달동안 저희를 대할 때 항상 웃음을 잃지 않으셨던 정은미 이사님의 모습을 본받아야겠다고 생각했습니다.
일주일 뒤 수요세미나에서 자기소개 발표 시간이 있었는데, 어떻게 하면 지루하지 않은 발표를 할까 고민을 믾이 했었습니다. 첫 발표라 긴장도 많이 되었지만 다행히도 재미있게 들어주셔서 발표하는 동안 떨지 않고 무사히 마무리 할 수 있었습니다. 둘째주와 셋째주는 생물정보 통합 분석 소프트웨어인 CLC Main Workbench와 CLC Genomic Workbench를 통하여 생물정보의 기초에 대해 배웠습니다. 갈수록 어려워지는 내용을 배울 때마다 좌절하는 순간이 왔지만, 그럴수록 저희를 위해 열심히 교육해주시는 분들 때문에 더욱 힘이 났습니다.
인턴십을 시작한지도 벌써 한 달이 다되어갑니다. 인턴십 프로그램에 참가하여 저의 부족한 점이 무엇인지 깨달을 수 있었고, 이런 깨달음을 통해 앞으로 채워나가야 할 점들을 확실히 알았습니다. 어떻게 보면 비록 한 달이라는 짧은 시간 동안 이론과 생물정보분야에 대해 많은 내용을 배우고 가지는 못하지만 사람을 대하는 방법과 사회 생활을 어떻게 해야 하는지에 대해서는 확실히 배우고 가는 것 같습니다. 그리고 한 달동안 같이 공부했던 인턴십 3기 분들과 저희에게 좋은 말씀을 해주시고 이끌어주셨던 (주)인실리코젠의 모든 분들 잊지 못할 것 같습니다. 마지막으로 이런 인턴십 프로그램을 계획하시고 좋은 경험을 할 수 있게 해주셔서 감사합니다.


제3기 人Co INTERNSHIP 수료생 이수민



안녕하세요. 人Co INTERNSHIP 프로그램에 참여한 이수민입니다. 교수님의 추천과 학교의 현장학습 제도를 통해서 (주)인실리코젠의 人Co INTERNSHIP 프로그램을 시작하게 되었습니다. 선배님이 보내 주신 자료와 교수님의 설명을 통해 처음으로 Bioinformatics 분야에 대해서 알게 되었고 가서 한 달 동안 생물정보에 대해 열심히 배우고 막연한 두려움만 가지고 있던 사회생활을 경험하여 성장해서 돌아오겠다고 다짐하였습니다. 그렇게 기대 반, 두려움 반으로 대구에서 수원에 오게 되었습니다. 첫 출근 낯선 출근길, 장소, 사람들, 모든 것이 낯설게 느껴졌습니다. 사실 회사에 오기 전 회사 홈페이지에서 '사람을 중시 한다는 가치' 가 너무 마음에 들었습니다. 아니나 다를까 역시 회사 직원분들 모두 친절하게 대해 주시고 회사 분위기도 제가 평소에 생각해오던 분위기와 다르게 화목했습니다. 그리고 떨렸던 면담시간에 대표이사님께서 저희를 편하게 해주시고 부담감을 줄일 수 있게 해주셔서 그런지 이런 좋은 환경 속에 점차 길도 익숙해지고 금방 적응할 수 있었던 것 같습니다. 그리고 첫주 위키, OJT, 사회생활의 예절 등 익숙하지 않은 것을 접하고 배우게 되었습니다. 또한 사원의 마음가짐이라는 책을 읽게 되었습니다. 사실 저는 지금 배우고 있는 생물정보 분석 툴도 중요하지만 이 첫 주에 읽은 책과 교육도 정말 중요하다고 생각합니다. 저는 책을 읽고 독후감을 쓰면서 제가 잘못 생각하고 있던 마음가짐을 배우게 되었고 정은미 이사님과 임천안 이사님의 사회생활 교육으로 제가 잘못하고 있던, 어쩌면 처음 사회생활을 했다면 독이 되었을 부분을 알게 되었습니다. 아마 사회의 초심자인 인턴에게는 정말 중요한 첫 주 였다고 생각합니다.
두번째 주 - 이제 본격적으로 CLC Main Workbench 프로그램을 통해 생물정보의 기초를 다루고 저희를 회사 모든 분들에게 알리는 자기소개를 준비하게 되었습니다. 나름 창의적이게 하고 싶어서 열심히 준비 하였습니다. 발표 전 이제 다소 지루 할 수 있는 가장 부담되는 마지막 순서였습니다. 그리고 15분 준비했는데 아침에 7분안에 해야된다는 충격적인 소식을 들었습니다. 일단 발표를 하였고 나름 카카오톡 이미지로 신선하게 다가가 처음은 괜찮게 시작하였다고 생각했습니다. 하지만 7분으로 줄이기는 너무 힘들었고 제가 정말 하고 싶었던 저의 가치관 등을 거의 생략하게 되어 아쉬웠지만 여러 사람들 앞에서 발표하고 준비하고 정말 좋은 기회였다고 생각합니다. 그래 두번째주, 세번째주를 걸쳐 배운 CLC Main Workbench 프로그램을 통한 생물정보 분석은 처음에 너무 낯설었고 '과연 내가 해낼 수 있을까'라는 부담이 있었습니다. 하지만 송하나 선배님, 김경윤 주임님, 김경아 선배님에 둘러 쌓인 자리라서 엄청 바쁘신 것을 앉아만 있어도 느낄 수 있었습니다. 그런 와중에도 질문하면 친절하게 잘 설명해주신 덕분에 조금 익숙해지고 압박감에서 벗어 날 수 있었습니다. 정말 감사합니다. 그리고 배우면 배울수록 프로그램이 정말 대단하고 바이오 산업이 급속히 발전 하기위해 꼭 필요한 프로그램이라는 것을 알았습니다. 그리고 매주 금요일 프리젠테이션은 미뤄지기도 했지만 파워포인트 작성 능력과 발표 능력을 키울 수 있는 좋은 기회였습니다. 다른 분야에 가서도 꼭 필요한 교육이라 생각됩니다.
이제 기본기를 다진 후 중요한 CLC Genomics Workbench 프로그램을 접하게 되었습니다. NGS 포맷을 지원해서 NGS 데이터들을 통합적으로 분석하는 프로그램인 CLC Genomics Workbench가 지금 이 생물정보 분야에 중요한 저희에게는 잠깐이나마 이 분야을 조금 경험 할 수 있는 기회였습니다. 이 주에는 김경윤 주임님이 내 주신 과제로 저희가 실제로 무언가 분석을 해볼 수 있다는 것이 흥미롭고 좋았습니다. 물론 제가 원하는 결과는 얻지 못하였지만 이 분야에 매력을 느낄 수 있는 좋은 기회였습니다.
저는 분명 이 한 달이 자기소개에서 발표 한 것처럼 제 인생에 정말 중요한 퍼즐 조각이 될 것이라 확신 합니다. 회사에 대한 저의 마음가짐과 잘못된 습관을 고칠 수 있는 계기가 되었고 생물정보학에 대한 눈을 키우게 되었습니다. 한 달동안 저희 4명이 부족해도 이해해 주시고 친절하게 대해주시고 웃어주신 모든분들께 정말 감사합니다. 한 달이 정말 짧은 기간이었던 것 같습니다. 처음 멘토분들과 점심을 먹은 것이 어제 같은데 벌써 한달이 지나가고 이렇게 후기를 쓰게 되었습니다. 이러한 도움이 헛되지 않게 앞으로 이 마음가짐을 잃지 않고 이 한 달의 기억을 잊지 않겠습니다. 마지막으로 한번 더 모든 (주)인실리코젠 직원분들게 감사하다는 말과 함께 후기을 끝내도록 하겠습니다. 모두들 정말 감사 합니다.


제3기 人Co INTERNSHIP 수료생 이용은



학교 수업 중 지도교수님께서 (주)인실리코젠에서 진행하는 人Co INTERNSHIP에 대해 설명 하시고, 참가 희망자를 말하실 때 첫 번째로 손을 들었던 기억이 납니다. 졸업한 몇몇의 선배님들이 다니고 있고, 생물정보를 하는 회사라는 정도만 알고 있었는데, 회사 홈페이지와 블로그를 보면서 사람을 중심으로 하는 고객 맞춤형 서비스업을 중요시 하는걸 알았습니다. 직접적으로 이력서를 작성 하는 것이 처음이라 어떤 내용을 적을까 고민도 해보고 면접을 볼때 어떤 복장과 어떤 말을 해야 좋을까라는 생각을 했었습니다. 시간이 흘러 저에게 전화 한통이 왔는데, 그것은 바로 (주)인실리코젠에서 걸려온 전화였습니다. 서류가 통과 되었으니 면접을 보러오라는 전화였습니다. 면접 당일 파주에서 새벽 기차를 타고 낯선 수원까지 와서 첫 면접을 보려고 하니 매우 긴장되었지만, 입구 게시판에 welcome이라는 글귀 아래 제 이름이 적혀 있는 것을 보고 괜시리 뿌듯했었습니다. 긴장되었지만 면접에서 당당히 준비했던 말들을 모두 하고 만족스런 면접이 그렇게 끝이 났습니다. 최종결과가 있던 날!! 아침 일찍 부터 합격 통보 전화를 기다리고 또 기다리던 찰나에 전화가 걸려왔는데 인턴십 프로그램에 합격 했으니 7월 4일부터 출근 하라는 전화였습니다. 가벼운 발걸음으로 첫 출근을 하던 날 모든 직원 분들께 인사를 드리고 명함을 받았는데 바쁘신 중에도 웃으면서 인사를 받아주시던 (주)인실리코젠의 모든 분들이 아직도 생생히 기억납니다.
1주차에는 사회생활에 필요한 예절교육과, 안전교육, wiki 사용법 등 교육을 받았고, 2주차 수요세미나 시간에 자기소개 발표가 있으니 준비하라는 얘길 들었습니다. 어떻게 준비해야 나란 사람을 소개할까 생각하면서 발표 준비를 하였고, 드디어 첫 발표를 하던 날 (주)인실리코젠의 모든 직원 분들이 보는 앞에서 발표를 했습니다. 며칠간 발표 연습을 했지만 학교와 다른 분위기에서 첫 발표를 한다는 생각에 떨었습니다. 특히 슬라이드 마지막에 제 이름을 기억해 달라고 했었는데 지금 생각해보면 닭살 돋고 손발이 오글거리는 멘트였습니다.
그리고 2주, 3주차에는 본격적으로 분자생물학 데이터 분석 및 관리를 위한 통합 생물정보 분석 툴인 CLC Main Workbench와 NGS 데이터 분석이 가능한 CLC Genomics Workbench에 대해 배웠습니다. 매주 금요일은 한 주 동안 공부한 것을 파워포인트로 제작하여 발표 했었는데 저에게 자신감도 길러주었고, 다시 한 번 복습 할 수 있는 좋은 시간이었습니다. 어느덧 4주차가 되어 人Co INTERNSHIP이 끝나게 되었지만, 4주 동안의 생활은 앞으로의 생활에 큰 도움이 되었습니다. 평소 아침 잠이 많은 저를 부지런하게 만들어 주었고, 사원의 마음가짐이란 좋은 책을 읽을 수 있는 기회와 여러 교육들을 들으면서 사회생활에서 필요한 예절 및 행동들을 배울 수 있었습니다.
4주의 짧은 시간이었지만 저에게 좋은 말들과 도움을 주셨던 멘토 심재영 주임님을 비롯한 모든 분들에게 감사드리고, 이러한 좋은 추억과 인연을 만들어 주신 최남우 대표님께 감사하단 말 전해드리고 싶습니다.





Posted by 人Co

2013/08/07 16:39 2013/08/07 16:39
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