지난 3월 11일, (주)인실리코젠과 CLC bio사, 그리고 서울대학교 식물유전체육종연구소와의 NGS 데이터 분석을 위한 기술적인 정보 교환과 공동 연구 개발 및 컨설팅을 위한 프로모션 등의 내용에 대하여 MOU를 체결하였습니다.

이번 MOU 체결식에는 (주)인실리코젠의 최남우 대표이사님, 서울대학교 식물유전체육종연구소의 소장님이신 고희종 교수님, CLC bio사의 아시아 마케 총괄 담당을 맡은 Wayne Hsu가 CEO인 Thomas Knudsen를 대신하여 참석하였으며, Next Generation Sequencing 기술을 바탕으로 한 식물의 게놈 분석을 위하여 그 동안 수행했던 프로젝트의 다양한 경험들과 기술적인 능력들을 공유하기로 동의하였습니다.

서울대학교 식물유전체육종연구소는 막대한 양의 NGS genome 데이터 분석에 중요한 기술적인 문제를 해결할 수 있는 강력한 파트너들을 갖게 됨으로서, CLC bio사의 NGS 데이터 분석을 위한 생물적보학 솔루션과 (주)인실리코젠의 고품질의 컨설팅 서비스를 모두 지원 받을 수 있게 되었고 또한 국내에서 뿐만 아니라 국제적으로 생물정보학과 식물 과학 분야에서 중요한 경쟁력을 갖게 될 것으로 생각됩니다.

이번 MOU 행사는 한국과 아시아의 NGS를 이용한 유전체 연구에 새로운 장을 마련한 것으로, (주)인실리코젠과 CLC bio사는 서울대학교의 NGS 분석 관련한 프로젝트를 성공시키는데 최선의 지원을 해줄 것을 약속하였습니다.

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 지난 2월 26일(금) Systems Biology 전문 소프트웨어 개발회사인 Ariadne Genomics사에서 Anton Yuryev 박사가 내한하였습니다. Anton Yuryev 박사는 이번 세미나에서 nutrigenomics, toxicogenomics와 biomarker발굴 연구에 응용할 수 있는 Pathway Studio 프로그램의 다양한 분석 활용에 대해 소개해주셨습니다.

 세미나는 26일 하루 동안 서울과 대전 두 곳에서 바쁘게 진행되었습니다. 먼저 오전에 서울대학교 약학대학에서는 서울 근교 지역에서 여러 분들이 참석을 해주셨습니다. 서울대학교 분석약학실의 권성원 교수님의 Anton박사 약력 소개와 이어 (주)인실리코젠의 Codes팀 박준형 팀장님께서 이날 세미나의 취지에 대해 말씀해 주시는 것으로 세미나가 시작되었습니다. Anton박사는 Pathway Studio에 대한 간략한 소개와 skin care에 대한 새로운 idea, 다양한 물질에 대한 toxicity mechanism, drug action mechanism, disease pathway 등 다양한 case study를 Pathway Studio 이용하여 어떻게 분석할 수 있는지에 대해 설명해 주셨습니다.

1시간 30분간의 서울에서의 세미나 일정을 마치고 간단하게 점심을 먹고 대전으로 향했습니다. 점심을 먹는 동안에는 김연아 선수의 프리스케이팅 경기가 있었습니다. Anton Yuryev 박사님께 김연아 선수에 대한 소개도 해드리고 함께 경기를 지켜보았습니다. 김연아 선수의 좋은 성적으로 기분 좋게 대전으로 출발할 수 있었던 것 같습니다.

 대전에서는 한국생명공학연구원에서 세미나가 진행되었는데 한국생명공학연구원분들과 KAIST 그리고 멀리 부산에서도 참석하여 함께 자리를 빛내주셨습니다. 세미나에 대한 소개를 시작으로 Anton Yuryev 박사의 세미나가 시작되었습니다. 세미나는 서울에서와 마찬가지로 Pathway Studio에 대한 간략한 소개와 drug epositioning and combination therapy design이라는 주제에 중점을 둔 case study 내용으로 진행되었습니다. 세미나가 끝나고 멀리 있어서 자주 찾아뵙지 못하는 분들과 반갑게 대화를 나누는 시간도 잠시 가졌습니다.

  이렇게 26일의 서울과 대전의 바쁜 일정을 마치고 27일(토)에는 Anton Yuryev 박사께서 직접 저희 회사에 방문해 주셔서 내부 세미나를 진행해주시기도 하였습니다. 한층 더 업그레이드된 ResNet Database curator, MedScan 기술, 그리고 Pathway Studio의 API에 대해 Training을 받았습니다. 저희 회사에서 앞으로 Pathway Studio 컨설팅을 하는데 있어서 도움이 될 수 있는 내용에 대해 배우는 중요한 시간이 되었습니다.

  다시 한 번 바쁘신 와중에도 지난 26일(금)에 세미나에 참석해 주신 모든 분들께 진심으로 감사드리며, 이번에 개최된 세미나가 많은 분들께 유익한 시간이 되었기를 바랍니다. 앞으로도 저희 (주)인실리코젠에서는 세미나를 진행함에 있어 부족한 점들을 지속적으로 보완하여 세미나에 참여하시는 모든분들께 보다 새롭고 다양한 정보를 제공할 수 있도록 노력하겠습니다. 발표 내용이나 PathwayStudio에 대한 문의사항이 있으시면 언제든지 대표전화(031-278-0061) 또는 Codes팀(codes@insilicogen.com)으로 문의하여 주십시오.

감사합니다.

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 지난 2월 5일, 저희 (주)인실리코젠의 Codes팀은 "Practical bioinformatics pipeline for NGS data"라는 주제로 세미나를 개최하였습니다.

이번 교육은 당사에서 발간한 Quipu Issue Paper 2호의 "NGS 시대의 분석전략 2"을 중심으로 최근 가장 이슈가 되고 있는 NGS 데이터의 assembly, 그리고 그 이후에 진행할 수 있는 다양한 분석들에 대한 내용들을 크게 3가지 세션으로 나누어 구성하였습니다. 또한 생물정보 분야의 중심 역할을 하고 있는 한국생명공학연구원 국가생물자원정보관리센터(KOBIC)의 많은 연구원분들을 대상으로 진행되었습니다.

NGS 데이터의 assembly는 유전체 분석에 있어서 데이터 플랫폼의 종류와 어떤 어셈블러를 사용하느냐에 따른 분석 전략 및 파이프라인은 꼭 필요할 것이라 생각합니다. 이에 첫 번째 세션은 De novo assembly와 Reference assembly에 사용되고 있는 여러 가지 어셈블러들의 종류, 장단점 비교, 실제 데이터 벤치마킹 결과 등에 대한 내용으로 준비하였고, 발표 중간중간 관련 사항에 대한 질문과 열띤 토론으로 참석하신 연구원분들의 많은 관심을 받았습니다.

두번째 세션은 SNP 분석 방법 및 최근 capture array 분석의 실제 연구사례, 관련 솔루션 등을 소개한 variation 분석 파트와 EST 데이터를 이용한 functional annotation, Organism-specific 분석, Ortholog/Paralog 유전자 분석방법 등에 대한 expression 분석 파트로 구분되어 진행되었으며 마지막 세션은 NGS와 생물정보 파이프라인을 이용한 Genome annotation에 대한 내용으로 현재 NGS 염기서열 결정 이후 문제점 및 이슈를 분석하고 효율적인 전략들을 소개하였습니다. 또한 structural annotation과 functional annotation의 분석 방법 및 실제 Codes팀의 분석 컨설팅 파이프라인 관련하여도 설명 드릴 수 있는 좋은시간이 되었습니다.

이렇게 바쁜 와중에도 하루의 일정을 직접 방문하여 소화해주신 KOBIC 연구원분들께 감사의 인사를 드리며, 진행된 교육으로 인해서 NGS 데이터를 분석하고 연구하시는데 조금이나마 도움이 되었으면 하는 바램입니다. 또한 "NGS시대의 분석전략 3"의 발간도 부탁하실 정도로 기술소식지와 세미나에 큰 관심을 보여주셔서 더욱 뜻 깊은 시간이었고, 앞으로도 이러한 교육의 자리를 많이 준비하도록 노력하겠습니다.

책자로 발간되었지만, 이번 세미나 내용을 포함한 NGS시대의 분석전략은 더욱 많은 연구자분들께 유익한 정보를 제공해 드리고자 블로그 연재도 계속 진행중입니다. 이와 관련한 자세한 문의사항은 저희 (주)인실리코젠의 Codes팀에게 연락 부탁드립니다.

(Tel: 031-278-0061, E-mail: codes@insilicogen.com)

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우리회사 신입사원의 이야기입니다. "훈남"으로 통하면서 여직원들의 관심을 독차지하고 있다죠. (질투 삐릿~) 입사 후 한달이 지난 그의 이야기를 들어볼까 합니다.

KM팀 신입사원 이재영

인실리코젠에 지원서를 제출하고 약 1주간의 기다림 끝에 면접을 보게 되었습니다. 대학에서의 마지막 시험 기간과 일정이 겹쳐져 학업과 면접을 동시에 준비하는 상태가 되어 이 한 주 동안에만 살이 2~3kg정도 빠졌던 기억이 납니다.

드디어 면접 당일, 이른 아침에 일어나 준비하던 기분이 아직도 생생합니다. 긴장과 기대, 두려움과 설렘 같은 기분들이 복잡스럽게 뒤엉키며 저의 마음을 흔들었고 혹여 늦지 않을까 하는 걱정에 이른 걸음을 하다보니 면접시간보다 1시간 정도 먼저 도착했습니다. 잠시 동안의 주변을 둘러 본 이후 회사의 문을 두드렸을 때 일찍 오셨다는 말과 함께 문을 열어주셨던 분이 경윤 주임님 이셨죠. 그리고 곧 면접, 김 팀장님과 박 팀장님 두 분이 들어오셨습니다. 두 분과의 긴 면접을 마치고 집으로 돌아오는 길은 아쉬움과 홀가분함이 반반인 기분의 짧은 길이였습니다.

합격통지를 받고 너무 큰 설렘에 답을 보내는 것을 잊어 임 실장님께서 따로 전화를 하시는 수고를 만들어 드리기도 했습니다. 이후 첫 출근에서의 어색함과 미숙함은 다양한 실수들을 만들기도 했고 그러는 가운데 본격적인 업무가 시작되었습니다.

처음으로 팀에 들어와서 진행된 프로젝트는 정행사 논문투고 시스템(OJMS)입니다. 웹 방면의 코딩은 부족한 상태이기에 코드의 구현 보다는 자료의 조사나 정리, 요약과 같은 서브 작업들을 위주로 진행 중입니다. 현재는 화면 구성을 하고 있습니다.

OJT 기간 중 처음으로 만져본 코드인 혈연관계정보검색시스템(KinMatch)입니다. 맨땅에 헤딩하는 기분으로 약간의 기본만을 가진 상태로 모든 파일을 열어보며 구조를 확인하고 그것들을 하나하나 바꾸어 가며 각각의 경우에 변하는 화면을 보면서 수정해 나갔습니다. 이로 인해 장고(Django)를 이용해 만드는 웹페이지의 구조와 프로젝트 진행 절차 및 subversion의 사용법, vi editor의 숙달 그리고 CSS와 HTML의 기본을 익혔습니다. 그리고 혼자 진행하는 것이 아닌 Descign팀과의 협업으로 진행해 나가 업무협조의 과정과 방법을 익히게 해준 과정입니다. 그리고 단순히 여기서 종료되지 않고 한국저작권 위원회에 프로그램 등록을 통해 지적 재산권의 확보와 사업의 진행을 위한 기본적인 과정을 익혔습니다.

마지막으로 현재 기획중인 대한독성유전단백체학회의 홈페이지 리뉴얼 작업입니다. 이 부분에서는 단지 프로그램만을 제작하는 과정만이 아닌 기획서의 작성을 통해 프로젝트 진행 이전 단계를 알아가고 있습니다. 또한 기획을 하며 사람들이 필요로 하는 기능이 무엇이 있는지를 생각하는 과정을 거침으로 해서 내가 앞으로 알아야 할 부분이 어떤 것인지, 그리고 그것을 구현하고 서비스 하는데 얼마만큼의 시간과 인력이 필요할지에 대해서도 생각해보게 되었습니다.

한 달이라는 기간은 업무를 파악하는데 있어서 짧지 않은 기간입니다. 이 시간동안 회의도 많았고 다양한 주제의 대화도 오고 갔습니다. 이 가운데 제가 배워야 하는 것은 수 없이 많았지만 이들 중 얼마만큼을 찾았는가를 정확히 말씀드릴 수는 없습니다. 그러나 한 가지 확실한 점은 배워야 할 것이 많고 스스로 고쳐가야 할 것들 역시 많다는 것입니다. 그리하여 우선적으로 HTML, CSS, Django를 빠르게 익혀 실무에서 이용할 수 있도록 하는 것을 목표로 세우고 현재는 HTML에 집중하고 있습니다. 우선적으로 빠른 시간 안으로 HTML, CSS의 개괄적인 마무리를 하고 곧 Django의 정확한 개념 정립과 활용을 할 수 있을 정도의 실력을 갖추는 것을 목표로 세웠습니다. 이와 같은 개인적으로 부족한 부분을 보완하는 규칙적이며 꾸준한 과정과 동시에 회사에서 바로 필요한 것을 바로 얻을 수 있도록 빠르게 파악하며 익히는 단계를 진행시키면서 단시간 안에 열심히 하면서도 잘 하는 모습을 보여드리도록 하겠습니다.

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지난 1월 20일~21일, (주)인실리코젠 Codes팀 모두는 강원도 용평리조트에서 열린 2010 한국유전체학회 제6회 동계심포지움에 다녀왔습니다. 출발전 약간의 에피소드와 한겨울의 뜻하지 않은 짙은 안개로 인해 학회장까지의 이동은 그리 녹녹치는 않았습니다.

시간에 맞춰 도착한 학회장은 궂은 날씨에도 불구하고 작년보다 두 배가 넘는 연구자분들로 학회장 분위기가 뜨거웠고, 유전체학에 대한 열정은 그 어느때보다도 대단했습니다. 이번 동계심포지움은 'Challenges in Translation on Omics Technology'라는 주제로 진행되었고, High-throughput technology 와 Bioinformatics 최신 기술에 대한 소식 및 정보들을 많이 얻을 수 있었던 자리였습니다.

우리 Codes팀은 이번 학회를 통해 최신 생물정보학관련 연구동향 기술 소식지인 "Quipu Issue Paper"를 발간하여 연구자분들께 전달하였습니다. "NGS 시대의 분석전략"이라는 주제의 소식지는 NGS에 대한 최근 이슈를 조사하여 NGS에 대한 이해를 도울 수 있도록 시퀀싱부터 분석법과 생물정보 분석전략 등을 정리한 것입니다.

학회측의 도움으로 300부의 Quipu Issue Paper는 등록 테이블에서 급속도로 줄어들었고, 학회 시간 중에 또는 coffee break 시간에 틈틈히 검토하면서 NGS 자료에 관심을 느끼시는 연구자분들을 보면서 예상했던 것 보다 좋은 반응에 더욱 뿌듯함을 느꼈습니다. 이렇게 배포된 "NGS 분석 전략" 소식지를 통해서 생물학자들이 NGS 시대에 다양한 변화를 빨리 습득하고 연구에 조금이나마 도움이 되기를 바라면서 블로그를 통해서도 곧 연재할 예정입니다.

Codes팀 워크샵을 겸한 이번 학회 첫째날, 우여곡절 끝에 모두 모인 Codes팀은 숙소에서 오랫만에 모여 앉아 이런저런 이야기들로 웃음꽃이 피었고, 아이폰 게임으로 한바탕 놀라기도 하면서 따뜻한 시간을 보냈습니다. 대부분의 구성원이 오랜시간 같이 봐온 사이여서 그런지 추억도 많고, 할 얘기도 많았는데 "열정"이 있는 팀이란걸 다시 한번 느끼게 됐고 "사람이 좋은 회사" 라는 것을 말하지 않아도 느낄수 있는 좋은 시간이였습니다. 그러고 보니 어느새 줄기차게 내리던 비가 함박눈으로 바뀌어 온 세상이 하얗게 변하였습니다. 덕분에 이튿날 학회 일정이 없던 오전 시간을 이용하여 겨울 스포츠의 짜릿한 스릴을 맛 볼 수 있었고, 특히 스노우 보드에 초보인 팀원들은 조관희 차장님의 속성 강습으로 모두 함께 스노우 보드를 즐길 수 있었습니다.

사우나로 노곤한 피로를 풀고 다시 찾은 학회장에서는 특히 주요 NGS 플랫폼(Roche - 454, Illumina - Genome Analyzer, Applied Biosystem - SOLiD)에 대한 발표가 각 섹션별로 포함되어 있었으며, 각 플랫폼별로 새로운 시스템의 런칭 소식을 발표하였습니다.  Genome Analyzer의 경우 GAIIx와 HiSeq 2000을 런칭하여 한 번의 run으로 더욱 많은 양의 데이터를 얻을 수 있게 되었으며, Roche의 경우는 소규모 NGS 연구를 지원하기 위한 GS Junior 시스템을 소개하였습니다.  또한 3rd Next generation sequencer로 Helicos와 Pacific Biosciences가 소개됨으로서 NGS 시장의 빠른 발전과 높은 관심을 실감하였습니다.

비록 이틀 간의 짧은 시간이었지만 팀원 전원이 참석함으로써 현재 NGS 시장의 연구동향을 파악하여 함께 공감하고 공유할 수 있었던 뜻깊은 경험이었고, 이와 더불어 새로 두텁게 다진 팀웍과 생물정보에 대한 열정으로 더욱 노력하여 생명과학 전반에 걸친 생물정보 컨설팅 문화를 선도할 수 있는 (주)인실리코젠의 Codes팀이 되도록 하겠습니다.

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