지난 1월 7일부터 한달여간 (주)인실리코젠의 생물정보 인재양성 프로그램인
人Co INTERNSHIP 프로그램이 진행되었습니다. 국내 기업과 연구기관에서 요구하는 최신의 생물정보 솔루션과 기초 기술교육 및 사내 현장실습을 통해 바이오 연구개발과 조직 생활의 기초 개념을 이해할 수 있는 좋은 기회를 제공하는데 목적을 둔 본 프로그램에 앞으로도 생물정보인재로 성장하고자 하는 많은 분들의 관심과 참여 바랍니다.
수료하신 네 분 모두 축하드리며, 소감을 한 번 들어볼까요?

강전모

2013 人Co Internship에 참여한 강전모입니다. 전 이번 2013년 새해를 인실리코젠과 함께 시작하였습니다.
지금 영남대학교 생명공학과에 재학 중에 있지만 생명공학 전공임에도 불구하고 전공 관련 기업 등에 대해서는 잘 알고 있지 않았습니다. 그러던 중 동기생인 명희선배의 취업소식을 통해 '인실리코젠' 이라는 회사를 처음 알게 되었고, 이 후, 학교에서 열리는 학회에서 박준형 부장님의 발표도 보고, 강의시간에 정명희 선배의 회사 소개를 들으면서 인실리코젠에 대해서 알게 되었습니다.
이렇게 알게 된 인실리코젠에 대한 첫 이미지는 빼어난 디자인이었습니다. 아직 잘 알지 못했었지만 다른 곳과 다르게 딱딱하지 않은 홈페이지와 블로그는 부담 없이 알아갈 수 있도록 도와주었습니다. 호감을 가지고 둘러보던 중 인실리코젠의 기업가치인 人Co ‘사람(人)을 중심(Core)으로 컴퓨터(Computer)를 통해 배려(Consideration)하고 소통(Communication)한다.’ 를 보고 감동 받았었습니다. 또 제가 관심이 있는 컴퓨터를 이용하고, 사람이 중심이라는 말을 통해 호감은 관심으로 이어졌습니다. 이 관심은 저에게 경험을 위해 한 발짝 내딛을 수 있는 용기를 주었고 이를 계기로 이번 12월 학교 홈페이지를 통해 알게 된 ‘인턴십 지원자 모집’ 과 교수님의 추천으로 이번 인턴십에 지원하여 참여할 수 있게 되었습니다.

1월7일 떨리는 마음으로 인실리코젠에 출근한 첫날, 자리와 노트북을 배정받고 회사 업무에 필요한 skype나 wiki 사용법, 회사 소개 등을 받으며 인턴십을 시작하였습니다. 무엇보다 송하나 선배가 직원 한분 한분을 소개시켜주시는데 반갑게 맞이해주시며 정중하게 명함을 건네주시던 그 모습이 정말 인상 깊었습니다. 첫 주의 수요세미나를 통해 각자 자기소개 발표를 하며 정식으로 직원 분들께 인사를 드렸는데, 발표 전 까지는 괜찮았지만 발표를 시작하는 순간 너무 떨리는 바람에 어떻게 발표했는지 기억도 안날 정도였습니다. 1주차 중반에 접어들면서 CLC Main Workbench에 대해 배우기 시작했습니다. 수요세미나 후 농림수산검역검사본부에 CLC Main workbench 강의지원을 나가서 책자와 볼펜, 설문지도 나눠드리고, 쉬는 시간을 위한 다과도 준비하며 강의 준비를 도와드렸고, 앞으로 익혀나가야 할 CLC Main Workbench에 대한 강의도 들었습니다. 생각 외로 많은 분들이 모이셨고, 단상에 서서 강의하는 김경윤 주임님과 송하나 선배를 보면서 왠지 모를 뿌듯함과 자신감이 생기는 것 같았습니다. 강의를 들으면서 대략적인 CLC Main Workbench 사용법을 배웠고 이를 바탕으로 CLC Main Workbench overview를 발표 자료를 만들면서 tool사용법을 숙지하였습니다. overview발표 후 CLC Main Workbench를 이용해 당뇨병과 인플루엔자에 관한 두 가지 case study를 실습하였습니다.

당뇨병에 관한 주제는 '사람의 당뇨병에 연관된 유전적 변이 확인'으로, 사람과 유사한 점이 많은 돼지의 유전체내 당뇨병 관련 위치에서의 서열 다형성을 CLC Main Workbench를 사용하여 분석하는 것이었습니다. CLC Main Workbench에 있는 NCBI 검색기능으로 당뇨병관련 유전자인 UCP유전자를 찾고, 이 유전자를 BLAST하여 상동성을 가진 돼지 및 다른 개체 5종의 서열을 다운받아 Alignment를 수행한 후 나머지 종들과 비교하면서 돼지와 사람에서 SNP로 의심되는 지역을 annotation 하였습니다. 이 후, NCBI SNP DB에 올라와있는 SNP를 비교해 실제 SNP가 존재하는 지역을 찾고 이를 포함하는 유전자 서열을 클로닝하기 위한 primer도 제작해보고, 임의로 선택한 증폭구간의 서열에서 SNP가 바뀌어서 아미노산 서열이 바뀌는 지를 translation tool을 이용해 비교해보았습니다. 두번째는 인플루엔자에 관해 '높은 발병률의 조류독감 바이러스의 유전적 특성'을 주제로 case study를 진행하였고 당뇨병의 case study와 비슷한 방법으로 수행하였습니다. CLC Main Workbench를 이용한 DB search를 통해 각 type 별 인플루엔자 서열을 받아 Alignment를 수행하고, 이를 통해 type간의 서열차이를 확인하고 BLAST를 이용해 각 type별 인플루엔자의 상동성을 조사하였습니다. 이 과정에서 각 인플루엔자 간에 동일하게 일치하는 지역을 확인하였고, 이는 인플루엔자 연구에서 primer 제작 등에 사용될 수 있을 것이라는 생각도 하게 되었습니다. 마지막으로는 phylogenetic tree 그려 봄으로 인플루엔자 바이러스가 지역별로 분화한다는 특징도 확인하였습니다. 이 두 case study에 대한 발표준비를 하면서 인턴십에 참여하지 않았다면 알 수 없는 CLC Main Wrokbench라는 프로그램을 알게 되었고, CLC Main Workbench가 실험이나 연구에 얼마나 많은 도움을 줄 수 있는지도 몸소 체험하는 계기가 되었습니다.

이후, Genomics Workbenh에 대해 김경윤 주임님의 설명을 듣고 Main Workbench처럼 그룹스터디가 아니라 개별 스터디로 발표 주제를 각각 배정받고 실습했습니다. 학교에서 수업으로만 들었던 NGS 데이터를 이용해 assembly를 실습할 수 있었는데, assembly에 관한 알고리즘이나 각 NGS file format에 맞는 옵션설정과 assembly를 수행하기 위한 parameter설정 등의 절차를 알게 되면서 학교에서는 미처 배우지 못했던 것을 알게 되는 계기가 되었습니다.

인턴십 시작할 때 책을 한권씩 나눠 주셨습니다. '사원의 마음가짐'이라는 책이었는데 회사에 실습하면서 책을 읽게 될 줄은 예상 밖이었습니다. 예전엔 서점에서 책도 구매하여 읽고, 좋아하는 작가도 있었으며 책 읽는 것을 좋아했는데 지금은 거의 읽어본 적이 없어서 내심 반성하는 기회도 되었습니다. 이 책을 읽고 난 후, 지금 가장 크게 와 닿았던 문구가 있습니다. '백문이 불여일험' '백번 듣는 것 보다 한번 경험하는 것이 더 좋다.' 라는 뜻입니다. 4주 동안 CLC Main Workbench와 Genomics Workbench를 배우고 실습하면서 사실 종종 의문점도 들었었습니다. 인턴십 과정 이기는 하지만 회사의 업무를 배워 간단한 일이나마 도와드린다는 생각보단 회사에게 일방적으로 배우기만 하는 과정이 더 컸기 때문입니다. 하지만 점점 발표준비를 하고 사장님과 이사님 그리고 부장님, 주임님의 면담과 직원 분들이 일하시는 모습을 보고 그냥 지나가는 인턴십 과정이 아니라는 것을 깨달았습니다. 더 좋은 솔루션을 만들고, 좋은 프로그램을 다른 사람들에게 제공하기 위해서는 자신도 프로그램에 대해서 잘 알고 있어야하며, 사용하면서 생긴 여러 가지 문제점들과 의문점을 해결해 줄 수 있어야 하기 때문입니다. 또한 이러한 과정을 통해 자신 스스로가 성장하고 이 성장이 회사가 성장하는 계기가 되는 것처럼 하루하루가 그냥 지나가는 것이 아니라 경험이고, 이 경험들이 쌓이면 능력이 된다는 것을 최근에서야 깨달았습니다. 이 뜻을 이해했을 때 인턴십 프로그램에 참여하길 정말 잘했다는 생각이 들었습니다.

또 이번 인턴십에 참여하게 되어 저의 시야를 조금 더 넓힐 수 있게 된 것 같습니다. 사실 생물정보학 분야가 이렇게 넓고 다양할 줄은 생각하지 못했었습니다. 생물정보분석과 실험은 별개라고 구분했던 편견이 깨어졌고 물론 많은 고민이 생기긴 했지만, 저에게 부족한 점이 무엇인지, 무엇을 해야 할지 등의 제가 가야할 길의 갈피를 잡아주었습니다. 아직 1년의 시간이 남은 만큼 조금 더 고민하고, 노력한다면 1년 후에는 더욱 성숙해져있는 저를 볼 수 있을 것 같습니다. 4주간의 人Co Internship을 통해 많은 가르침을 주신 사장님 및 직원 분들에게 감사의 인사를 드립니다.

김정민

4주간 인실리코젠과 저와의 인사

지금(2013년 2월 1일)으로부터 약 2달 전 교수님께서 전화가 오셨습니다. “정민아, 이번에 인실리코젠에서 여름때 못갔던 인턴십을 다시 하니까 갈 수 있지?, 가서 많이 배워왔으면 좋겠다.” 라고 하신 것이 이곳 인실리코젠과의 대면을 위한 교수님의 배려이자 저에게는 첫 걸음마였습니다. 그 후 1달 뒤 처음 수원에 올라올 때, 네비게이션의 목적지가 인실리코젠이 있는 벤처밸리여서 일생 처음 수원에 올라와서 첫발을 내딛은 곳도 ‘회사 바로 앞’이었습니다. 그날따라 날이 춥고 먼 길을 오느라 피곤했지만 낯선 이곳이 신기했고 빨리 회사에 들어가서 회사분들을 뵙고 싶다는 생각을 했습니다. 하 지만 어느 곳이나 마찬가지듯이 낯선 곳은 두렵고, 어색하기 마련이고 여기서 처음 또한 그러했지만, 人co core라는 말과 걸맞게 사람을 가장 먼저로 여기고 소중히 생각하는 이곳의 선배님들께서 너무 자상하게 대해주셔서 적응하는데 큰 힘이 들지 않았습니다.

첫 날, 둘째날에 걸쳐 많은 분들께서 명함을 주시며 특히 정은미 이사님께서 “명함을 대할 때 우리는 그 사람을 대하듯이 소중하게 대한다.”라 말씀하시며 그 분들에게 얼굴이 되어주는 인실리코젠 특유의 디자인이 되어있는 명함을 소중히 받는 시간을 가졌습니다. 실제로 모 교수님을 뵐때 명함을 받으시는 모습을 볼 수 있었는데 받으신 이후에 명함을 대하는 모습을 유심히 보았습니다. 그 결과 저는 명함은 그 사람을 대면할 때 절대로 함부로 하지않고 소중히 앞 테이블에 놓아서 이야기를 나누신다고 우리에게 교육하신 그대로 몸소 실천하고 계심을 보고 진심으로 감명을 받았습니다. 다른 곳에서는 명함같이 작은 것 하나까지 소중히 여기시는 분들을 볼 수가 없었는데 그런 모습을 보면서 또 한번 ‘정말 나는 인턴십을 온 것이 아니라 “人Co” 인턴십에 와있는구나.’ 라는 생각을 하게 되었습니다. 임천안 이사님께서 우리에게 보안각서 등을 주시며 그 순간까지도 깨알같은 조언이나 인생에 있어서 필요한 충고를 아끼지 않으셨습니다.

이 곳에서 가장 기억에 남는 것들 중 하나가 발표하는 것들에 대한 역량을 늘리기 위해서 자주 발표를 하는 시간을 가졌는데 그 시작은 인턴쉽 3일차 되는 날에 가졌던 나에 대한 소개 발표였습니다. 그날의 기억이 아직도 생생한데 많이 긴장하고 떨렸지만 발표할 때에 이곳 분들이 편안하게 하라고 편안한 분위기를 자연스럽게 만들어 주신 대한 작은 배려가 저에게는 매우 큰 힘이 되어 무사히 마칠 수 있었습니다.

또한 우리가 3주가량에 걸쳐 배운 CLC main workbench, CLC genomics workbench라는 프로그램을 처음 접할 수 있게 농림수산검역검사본부에서 열린 세미나에 참석했는데 김경윤 주임님, 송하나 선배님께서 발표하시는 모습을 보게 회사에서 하루일정을 배려해 주셨습니다.

첫 주가 이렇게 마무리 되고 두 번째 주는 본격적으로 CLC main workbench를 이용해서 실습하고, 공부하는 시간을 가졌습니다. 처 음에는 매우 낯선 프로그램을 접함으로 인해 오는 스트레스와 압박감이 있었지만 사용을 하면 할수록 너무 편리하고 유익하고 어딜 가든지 회사의 일원은 아니지만 소개해주고 싶다고 생각이 드는 프로그램임을 깨달을 수 있었습니다. CLC main workbench를 이용하는 작업을 하면서 이곳에서는 직접적으로 하지는 않았지만 실험적인 측면이나, 기타 생물학적인 배경지식을 쌓는데 많은 도움이 되어 유익한 시간임을 또 한번 깨닫고 이곳에 와서 이렇게 교육을 받는다는 자체가 ‘알아가는 행복’임을 느꼈습니다. CLC genomics workbench를 할 때에는 조금 더 어려운 NGS를 이용한 mapping분석이며, 변이에 대해 분석-조사 했는데, 항상 경윤 주임님께서 “어려운 부분이 있으면 언제든지 와서 물어보고 또 부담감 가지지말고 공부하고 준비해서 아는 만큼 발표하자”고 우리를 위해 배려차원에서 말씀해주셔서 마음을 편히 가지고 공부할 때도 더 집중할 수 있게 되었고 발표 후 경윤 주임님의 설명을 통해 공부할 수 있는 질보다 더욱 심도있는 내용을 공부 하였습니다. 단언코 만일 저러한 프로그램이 필요한 실험실이나 회사가 있다면 돈을 주고 직원을 보내는 손해를 감수하면서도 여기서 교육을 통해 배울 충분한 가치가 있는 내용의 인턴십 프로그램이었습니다.

또한 사람을 먼저 생각하고 그 사람의 인성이나 하고자하는 성실감을 먼저 보며 그 사람의 부족한 점은 시간을 들여서 키운다는 신념아래 저희에게 나눠주신 지금은 고인이 되신 마쓰시타 고노스케씨의 사원의 마음가짐이라는 책을 읽으면서 회사의 일부분으로써 어떠한 마음가짐을 가져야하고 이곳에서 원하는가를 알 수 있었습니다.

다른곳의 인턴십을 체험해보지 못해서 잘은 모르겠습니다만, 이곳은 학교에 제출하는 우리의 임무임에도 불구하고 하나부터 열까지 꼼꼼하고 세세하게 다 신경써주셨던 이지혜 주임님과 모든 과정을 관료적이지 않고 ‘내가 정말 나에 대해서 알고 싶어하는 회사에 있구나’라는 생각이 들게끔 해주었던 모든 프로그램들은 이곳에 오고싶다고 하는 분들이나 관심을 가지고 있는 분들께는 지금이라도 당장 가보라 말씀드리고 싶습니다.

제가 다른 곳을 선택 할 수도 있었지만 교수님께서 “이곳은 가 보아야하는 곳이다”, 학교 선배이신 명희 선배님께서도 “나는 우리회사가 너무 만족스럽고 거기의 사람들이 너무 좋아서 일할 맛이 난다.”라는 말들을 듣고 택했는데 아주 탁월한 선택이었던 것 같습니다. 또 이곳에서는 멘토, 멘티라는 것이 있어서 지정해놓은 멘토에게 궁금한거나 힘든일이 있으면 자연스럽게 가서 여쭈어보고 맘을 터놓을 수 있게 해놓아서 너무 좋았습니다. 제 멘토는 Descign팀의 조아영 주임님이셨는데 1:1로 대화하기에는 너무 바빠보이셔서 그렇게 잘 하지는 못했지만 처음에 적응을 할 수 있게끔 교육때 편의도 봐주시고, 식사도 같이하면서 다른 분들보다는 조금 더 가까워 질 수 있게 해주셔서 감사했습니다. 보 통 무슨 일정이든 끝이나고 돌아갈 때는 더 잘할거라는 아쉬움과 끝이나서 홀가분한 마음이 들기 마련인데 4주교육을 마치고 돌아가는 순간에도 한주만 더 있어서 더 많은 것을 배우고 싶은 마음이 간절해서 제가 제 자신에게 놀래면서 대구로 돌아갑니다.

영리를 추구하는 회사에서 실적이나, 자신의 업무에 대한 책임은 어느곳에나 있듯이 이곳에서도 있겠지만 이곳은 ‘돌봄’이 있는 회사이고 배려가 있는 회사입니다. 높은 직급을 가지신 분께서 사원분들이나, 저희에게 작은 것 하나도 시키지 아니하시고 도와줄 수 있느냐고 말씀하시는 것이 이상적으로 말하는 소위 ‘수평적 관계’의 회사의 바람직한 모습을 보여주고 있지 않느냐 느껴짐을 얻었습니다. 이곳을 안 것은 앞으로의 Bioinformatics 분야로 가기를 마음먹은 저에게는 놓쳐서는 안될 큰 기회이자 행운이었던 것 같습니다. 끝 으로 우리 곁에서 있는 듯 없는 듯 지켜보아주신 최남우 사장님께서는 모든 직원분들의 으뜸되시는 CEO로서 존경 또한 한 몸에 받고 계신 듯 보여집니다. 많이 겪어 보지는 못했지만 말씀 하나 하나 하실 때 단어선택에도 신경을 쓰셔서 말씀을 하시고 한마디 한마디에 진심을 담아 나아갈 비젼을 저희에게 보이시고 우리의 생각을 물으시고 들어주심에 회사의 직원분들이 왜 이토록 친절하시고 배려가 많으신지 알 수가 있었습니다. 저는 이것을 끝으로 여기지 않습니다. 지금은 다시 학교로 돌아가지만 분명 회사에서 만족할 만한 인재가 되어 다시 이곳을 방문했을 때는 이렇게 아쉬운 마음으로 돌아가지 않을 것입니다. 그때가 너무 기다려지고 기대가 됩니다. 다시 한번 귀한시간 내어 저를 4주가량 맡아서 친절과 배려로 가르쳐주신 인실리코젠의 모든 직원분들에게 감사의 말씀을 짧게나마 드리면서 인실리코젠과 함께한 4주간 “人Co” 인턴십에 대한 후기를 맺겠습니다. 감사합니다!

김진규

[첫 만남 : 2013년 1월 6일 (일)]

人Co Internship의 첫 시작은 1월 7일 월요일이었지만, 내게 있어서 실제 인턴십의 시작은 1월 6일 일요일이었다. 수원 사무실에 8시까지 출근해야 된다는 사실을 알게 되었고, 평소 잠이 많은 나는 고민 끝에 4주 동안 수원 사무실 근처에서 살기로 마음 먹었다. 한 달간 일하게 될 인실리코젠 본사에도 미리 와보고 주변 고시원, 숙소들도 알아보았지만 마땅치 않았다. 게다가 6개월도 아닌 한 달 동안 살 방을 알아보는 것은 더욱이 어려웠고 수원역 주변은 이른 아침마다 출근하기엔 교통편에서 별 이점이 없어 보인다고 생각하여 지나가던 중 찜질방을 보게 되었고, 나는 1월 6일부터 2월 1일 한 달간 찜질방에서 살게 되었다. 사실 처음부터 찜질방 생활이 편했다고 할 순 없지만 약 4주가 된 지금은 정말 편하게 잘 지내고 있다. 다음 날 나는 인실리코젠에 처음으로 출근을 하게 되었다. 지문 등록, 위키 문법과 OJT작성, 사내 예절 교육, Skype 등 모든 것이 처음 접해보는 것이고 낯설었고 어려웠다. 다른 인턴 분들께서 먼저 와 계셨는데 당시는 정말 어색하고 긴장됬지만 한 주 한 주 같이 배우고 일하고 발표하면서 정말 큰 힘이 되었다. 만약에 다른 인턴분들이 없었다면 지난 4주 동안 어떡했을까 하는 생각이 든다.

[1주차]
첫 날 이후 인실리코젠 직원 분들을 익히는 것이 어려웠다. 그 이유는 직책이 너무 다양했기 때문이다! 이전에도 아르바이트 등을 해왔고, 군대에서도 금방 익혔는데… 선임님, 주임님, 책임님, 수석님….너무 헷갈렸던 기억이 난다. 뿐만 아니라 그 동안 가끔씩 한 두 번 만들어봤던 프레젠테이션 작성과 발표를 매주 2번 정도씩 발표 혹은 제출해야 된다는 사실을 알게 되었다. 그야말로 1주차 초반에는 정말 매일 매일 혼란의 연속이었다. 첫 발표는 수요세미나 시간에 했었던 “자기소개” 였다. 첫 발표라 많이 긴장도 많이 됐지만 그것보다도 앞으로의 발표를 위해서 정말 많이 연습하고 준비해야겠다는 생각이 앞섰다. 이후 성격 검사, 사내 예절, 농림수산검역검사본부 세미나 보조 등 그렇게 첫 1주는 정신 없이 지나갔다. 사실상 4주라는 기간 동안 생물정보 분석 프로그램을 완전히 익히는 것은 어렵기 때문에 2주차에는 당뇨에 대한 Case study를 실습해보기로 하였고 3주차에는 인플루엔자 바이러스에 대한 Case study를 실습하기로 하였다. 그리고 마지막 4주차에는 NGS 분석기능이 추가된 CLC Genomics workbench에 대해서 공부를 하기로 하였다.

[2주차]
2주차에는 본격적으로 인실리코젠의 생물정보 분석 메인 툴 중 하나인 CLC Main Workbench에 대해서 공부를 하였다. 처음인지라 CLC Main workbench를 다루는 것 자체가 서툴고 어떠한 기능을 언제 활용 해야 될 지도 감이 안 왔지만, 김경윤 주임님과 송하나 선배님을 비롯, 다른 인턴분들에게 조언을 구하면서 Case study를 실습한 끝에 어느정도 전반적인 내용은 이해할 수 있었다. 처음에는 어려웠지만 Case study를 통해 실습을 해보면서 한 가지 실험을 다루면서, Main workbench에 대한 기능도 통합적으로 공부할 수 있어서 정말 효과적이었다고 생각한다. 학교 전공과목 시간에 이론적으로 배웠던 SNP, BLAST 등의 내용을 실제로 프로그램을 이용하여 실습하고 관련 내용을 찾아서 공부해나가다 보니 정말 내 자신에게 큰 도움이 되었다. 실습도 점점 익숙해 졌을 뿐 아니라 첫 주와는 달리 회사 분위기도 빠르게 적응이 되었다. 한 분 한 분 모두들 정말 친절하시고 열정을 가지고 일하시는 모습이 인상 깊었다. 비록 금요일에 발표는 만족스럽지 못했지만 어느 정도 Main workbench에 대해서도, 인실리코젠에 대해서도 감을 익힐 수 있었던 한 주였다.

[3주차]
어느덧 人Co Internship 프로그램에 참여한 지도 3주차, 벌써 절반이 지났다. 이번 주에 다루게 될 CLC Main Workbench의 2번째 Case study는 인플루엔자 바이러스에 대한 연관성을 분석하는 내용이었다. 몇 해전 전세계적으로 큰 이슈였던 조류 독감, H5N1 인플루엔자 바이러스들의 지역별, 종별 연관성을 비교하는 실습을 하였다. 뿐만 아니라 유사 질병인 뉴캐슬 병과의 차이점도 CLC Main Workbench를 이용하여 손쉽게 비교할 수 있다는 사실에 정말 신기했다. 처음 CLC Main Workbench를 이용할 때는 마냥 어려운 프로그램이라고만 생각했었는데 어느 정도 익숙해지니 정말 생물정보 분석을 하는데 유용한 툴이라는 생각이 들었다. 중간 중간에 틈틈이 최남우 대표이사님, 임천안 이사님, 박준형 부장님과 면담을 가졌는데 내 자신의 현재를 다시 한번 되돌아 보고 반성할 수 있었던 좋은 기회였다. 뿐만 아니라 아직은 불확실한 진로에 대해서도 좀 더 많이 고민하고 방향을 잡아나가야겠다는 생각이 들었다. 금요일 발표와 함께 그렇게 인턴십의 3주차도 지나갔다.

[4주차]
벌써 인턴십의 마지막 주가 되었다. 지난주부터 틈틈이 공부해온 NGS에 대한 배경지식을 CLC Genomics workbench를 이용하여 인턴분들 각각에게 주어진 다른 주제를 다뤄보았다. 나는 Epigenomics와 ChIP-chip/ChIP Seq 두 가지 분석 방식을 알아보고 실제로 예제 데이터를 이용하여 ChIP Seq 분석을 해보았다. 기존의 Main workbench에 NGS 데이터 분석 기능이 추가되었기 때문에 이해하는데도 좀 더 어려웠지만 많은 분들의 도움을 받아 무사히 프로젝트를 수행하고 발표를 마쳤다.

[2013년 2월 1일 (금)]
오늘은 드디어 人Co Internship의 마지막 날이다. 오전에는 그동안 4주간의 인턴십 활동을 집약하여 만든 프레젠테이션을 토대로 최종평가 발표 시간을 가졌다. 최남우 대표이사님과 임천안 이사님, 정은미 이사님, 김경윤 주임님 그리고 이지혜 주임님께서 평가관으로 참석하셨는데 너무 떨리고 긴장됐다. 나머지 세 분의 인턴분들의 발표까지 다 끝난 이후 대표이사님께서 여러 가지 조언과 함께 인실리코젠의 경영 철학인 人Co에 대해서 다시 한번 말씀하셨는데 다시 한번 이번 인턴십 기간 동안 배우 많은 것들의 의미를 되새길 수 있었다. 오후에는 수료식을 가졌는데 4주라는 기간, 총 160시간 동안의 人Co Internship 동안 직접 경험한 모든 순간 순간들이 새록 새록 기억나는 순간이었다. 인턴십 기간 동안 매일 작성해온 OJT 위키 페이지에 랜덤으로 나오는 글귀 중 이런 글귀가 있다.

“엘리자가 말했어요. 세상은 생각대로 되지 않는다고. 하지만 생각대로 되지 않는다는 건 정말 멋지네요. 생각지도 못한 일이 일어나니까요."

그렇다. 항상 무언가를 준비하고 직접 실천하는 데 있어서 나 자신의 생각대로 완벽하게 되는 것은 없다. 하지만 그렇기 때문에 보다 많은 것을 경험하고 배울 수 있으며 다시 한번 자신에 대해서 되돌아 볼 수 있는 여유를 가질 수 있는 것이 아닐까? 나는 이번 人Co Internship을 통해서 다시 한번 내 자신의 부족한 점이 무엇이고 앞으로 보완해 나가야겠다는 생각이 들었는데 이것만으로도 나는 인실리코젠에서 귀중한 경험을 했다고 생각하고 앞으로도 잊지 못할 것이다.

유승일

Insilicogenist로 지낸 1월

(주)인실리코젠에 대한 첫 기억은 2010년 말 송하나 선배님이 취직했다는 소식을 접했을 때 였습니다. 그 이후엔 졸업생 선배들의 입에서 저희 회사에 대한 얘기를 은연 중 들었던 기억도 있습니다. 그렇게 한두 번 회사명을 접하다보니 '회사명 정말 좋다.' 라는 생각을 하게 되었습니다. in silico + gen(e), 누가 들어도 생물정보회사였습니다.
석사 졸업을 앞 둔 시점에서 첫 직장에 대한 고민을 하게 되었습니다. 항상 '첫 직장은 중요하다.'라는 말을 들어왔기 때문인지 그 어느 때보다 신중했던 것 같습니다. 선택을 하게 된 큰 이유는 주변 지인들의 자자한 칭찬이 있었기 때문입니다. 사내 분위기도 좋고, Culture Day를 통해 단합을 다지는, 사람이 중심인 회사라는 칭찬이 그것이었습니다. 하지만 제 선택의 주요인은 회사 홈페이지를 봤을 때 부터 마음이 이미 넘어와 있었습니다. 그리곤 人Co Internship의 문을 두드렸습니다.
7일부터 8일 이틀간은 인코인턴십 프로그램의 소개와 저희 회사에서 개발한 LabKM을 기반으로 한 Wiki의 사용법, 그리고 人Co 브랜드 가치 소개, 사내 생활에서의 예절, 안전보안교육 등 회사생활에 필요한 다양하고도 기초적인 교육을 받은 시간이었습니다. 이 시간 동안 명함을 주고받아 보기도하고 제 성격이 어떠한 유형인지 알아 본 시간이 되었습니다. 많은 교육들 중에 제 머리 속에 딱 박히는 단어가 있었습니다. 바로 정은미 이사님께서 말씀해주신 Plan Do See 의 생활화 입니다. 이사님께서는 회사를 다니시면서 박사학위과정을 밟으셨는데, 그때 일을 말씀해주시면서 Plan Do See 라는 말씀을 해주셨습니다. 이 방법은 제가 그 동안 해왔었던 것들을 다시 한 번 돌아보는 계기가 되었습니다. 또한 이번 1월 한 달 동안 프로그램을 진행하면서 직접적인 큰 도움이 되었습니다.

그 다음 날인 9일에는 가장 떨렸었던 첫 발표인 자기소개가 있었던 날입니다. 수요세미나 때 진행되었기 때문에 스카이프를 통해 모든 직원분들에게 저에 대한 간략한 소개를 하는 시간이었습니다. 석사학위논문에 대해서도 말씀드리기도 했지만, 저의 포부를 보여드리기 위해 ‘하나로 잇는 유승일’, ‘유승일-INSILICOGEN=0'이라는 멘트를 준비했었습니다. 발표 당시에는 당차게 발표했었는데 지금 생각하면 얼마나 손발이 오글거리는지 모릅니다.
본격적인 일정이 시작되었던 10일에서 23일에는 CLC Main Workbench에 대해서 공부했습니다. 당뇨와 조류 인플루엔자, 총 2가지 케이스에 대해 매뉴얼을 참고하며 Main Workbench를 익히는 시간이 되었습니다. 당뇨병 케이스 스터디에서는 SNP가 당뇨병에 어떻게 연관을 보이는지에 대해서 공부했습니다. SNP에 의해 단백질의 구조가 바뀌면 그 기능도 변하기 때문에 Main Workbench를 통해 당뇨병을 유전적인 레벨에서 공부하는 계기가 되었습니다. 두번째 케이스로 조류 인플루엔자에 대해서 공부했었습니다. 조류 인플루엔자는 바이러스가 원인인데 고 병원성 바이러스에 걸리면 엄청난 전염성으로 인해 막대한 경제적 손실을 가져옵니다. 때문에 공부를 하면서 고 병원성과 저 병원성의 염기서열의 차이를 밝히면 재밌겠다는 아이디어가 떠올랐지만, 논문 검색을 해본 결과 아쉽게도 다른 사람이 먼저 연구한 것이 확인되었습니다. 어쩔 수 없이 그 논문의 내용을 가지고 cleavage site에서 고 병원성과 저 병원성의 서열 차이를 Main Workbench를 사용하여 확인했습니다.
24일부터 30일에는 Main Workbench를 마치고 Genomics Workbench를 공부하였습니다. NGS 데이터를 활용한 Genomics Workbench의 다양한 활용 중에 저는 Expression Analysis를 공부했고 분석을위해 RNA-Seq을 Genomics Workbench를 통해 수행했습니다. 분석을 공부하면서 느꼈던 것은 효율적인 시퀀싱 컨설팅 진행을 위해서는 실험 방법이나 과정을 제대로 이해하는 것부터 시작되어야 하고, 유전학적 지식을 바탕으로 대용량 시퀀싱 데이터를 효율적으로 활용할 수 있는 기반이 체계적으로 구축되어야 한다고 생각했습니다. 프로그램의 자동성과 스크립트를 통한 유연성을 골고루 갖추는 것이 좋을 것 같았습니다.
중간 중간 독서경영과 추가적인 업무들을 포함해 Genomics Workbench를 마지막으로 1월 한 달의 모든 과정이 끝났습니다. 그 한 달 동안 저는 39번의 지하철과 78번의 버스, 그리고 78번의 환승, 2666.43km의 이동 그리고 97시간 30분의 출퇴근 이라는 기록 데이터를 만들어냈습니다. 이 기록은 계속 이어질 테지만 단순히 이어지는 것이 아닌 이 기록을 밟고 더 나아가야 할 것은 프로페셔널단계입니다. 프로가 되고 싶다. 이것이 제가 한달 동안 人Co Internship을 하면서 가장 크게 느낀 점입니다.
한 달 동안 진행된 人Co Internship은 제 인생에 특별한 의미가 있는 달이었습니다. 제 인생에 있어서 화이트 칼라(White Collar)로써 처음으로 출근을 경험한 의미 있는 달이고, 진정한 아침형 인간으로 환골탈태한 달이기도 합니다. 그리고 저만의 아날로그 식 메모가 유원기 주임님 덕분에 스마트한 메모로 탈바꿈하기도 했습니다. 그리고 부족한 부분이 무엇이고, 어떻게 채워 나가야하는지 나름의 방향을 잡는 계기가 되었고, 인실리코젠이 컨설팅전문회사로써 어떤 업무를 하는지 100%는 아니지만 어느 정도 알게되었습니다. 1월의 人Co Internship은 끝이 났습니다. 하지만 앞으로 2월의 人Co Internship 그리고 앞으로 차근차근 계획하고 실천하고 평가하면서 제 역량들을 쌓아갈 것입니다. 마지막으로 좋은 기회를 주신 사장님과 직접 실천으로 가르침을 주신 모든 분들께 감사드립니다.

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[모집분야]
1. 생물정보분석분야 경력 0명
2. 개발분야 경력 0명
3. 개발분야 신입 0명
4. 기획/사업관리분야 경력 0명

[분야별 지원요건]
1. 생물정보분석분야
   - 석사졸업이상, 경력3년 이상
   - 생물관련 전공자 중 생물정보 분석경력자
   - NGS 분석 경험우대, Python 경험자
   - 근무지 : 수원
2. 개발분야 (경력)
   - 공공기관 SI 프로젝트 경험 3년 이상(경력확인 가능한 서류 필요)
   - Java, JSP, Oracle, MySQL 사용 가능자
   - 전자정부프레임워크 개발 경험자
   - 시스템 엔지니어 경험자 우대
   - 생물정보 경험 및 관심자 우대
   - 근무지 : 수원 또는 대전지사
3. 개발분야 (신입)
   - Java, JSP 사용 가능자
   - 시스템 엔지니어 경험자 우대
   - 생물정보 경험 및 관심자 우대
   - 근무지 : 수원
4. 기획/사업관리분야
   - 경력3년 이상 또는 석사 졸업 이상
   - 정보통신 전공자 중 생물정보분석 경력자 우대
   - 데이터베이스 설계 경험 우대
   - 영어 독해, 작문 필수
   - 근무지 : 수원

[제출 서류]
입사지원서 : 당사양식 작성 후 제출 (파일명 : 이름_이력서.docx. 경력위주로 작성요망)



[제출 방법]
recruit@insilicogen.com으로 파일첨부하여 제출 (메일제목 : "[모집분야] 홍길동 지원" 제목으로 기재)

[채용 절차]
1. 1차 서류전형 : 2/4(월) ~ 2/28(목)
2. 2차 실무담당자 및 임원 면접(1차 통과자) : 3/8(금)
3. 최종합격자 통보일 : 3/15(금)
   * 상기 일정은 사정에 따라 변경될 수 있습니다.

[채용 형태] 
1. 경력 : 경력검증을 위한 계약직(3개월, 당사내규에 따른 연봉)입사 후 검증 통과자는 연봉협상을 통한 정규직 전환
2. 신입 : 인턴계약 6개월 후 검증 통과자는 정규직 전환(당사내규에 따른 연봉)

[근무환경]
1. 주5일 근무
2. 4대 보험, 단체보험
3. 퇴직연금
4. 성과급
5. 경조사 휴가 및 지원

[공통우대사항]
영어회화가능자, 운전 가능자

[기타]
- 해외 출장 결격사유 없는 자(필수)
- 남자의 경우 병역필 또는 면제자(필수)
- 제출된 서류는 일체 반환하지 않습니다.
- 채용 합격 및 입사 후에라도 입사지원서 및 제출서류 내용이 거짓으로 확인될 경우에는 합격 및 입사를 취소할 수 있습니다.
- 절차별 합격자는 E-mail/휴대전화를 통해 개별 안내해 드립니다.
- 문의사항은 메일로 문의해 주시기 바랍니다.(recruit@insilicogen.com)

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배경

돼지생식기 호흡기 증후군 (Porcine reproductive and respiratory syndrom)은 PRRS 바이러스에 의한 질병으로 자돈이나 육성돈이 이 병에 걸리면 기침, 호흡곤란, 폐렴 등 호흡기 증상을 보이며, 모돈의 경우 임신말기에 유사산 및 조산을 나타내고 허약자돈을 분만하게 되고, 웅돈에서는 정액성상의 이상을 일으키는 등 병명그대로 번식장애와 호흡기 증상으로 인한 성장부진이 특징입니다. 1986년 미국에서 보고되고 1990년 유럽에서 처음 보고된 비교적 새로운 가축질병이며 병원체가 알려지기 전에는 Mystery pig disease라고 불리기도 했습니다.

구제역이나 조류독감처럼 축산산업에는 큰 영향을 주는 질병으로 현재 미국에서는 PADRAP이라는 위해성 평가 프로그램을 구성하여 양돈장이나 종돈장을 체계적으로 관리하기도 합니다.

이번 포스트는 실험에서 얻은 PRRSV 유전자 서열을 기존 서열과 비교해서 PRRSV의 고병원성 여부를 확인하는 Perl 스크립트를 만드는 방법을 살펴보겠습니다. 스크립트를 구현하는 초보자 입장에서 문제를 해결하는 과정을 담아 보려고 했습니다.

고병원성 PRRSV의 특징

Zhou 등에 따르면 고병원성 PRRSV 균주는 Nsp2 유전자 분절의 코딩영역에 고유의 30잔기의 아미노산 결실이 있는 것으로 확인되었습니다. 여기서 Nsp2는 nonstructural protein 2의 약어이며, 중간 부위에 유전자 변이가 매우 많지만, 프로테아제 도메인으로 예상되는 N말단과 트랜스멤브레인으로 예측된 C말단은 보존성이 매우 높은 구조를 가지고 있습니다(Han et al. 2007).


Figure 1. The 30-Amino-Acid Deletion in the Nsp2 of Highly Pathogenic PRRSV. (Zhou et al. 2009)

스크립트 작동조건

실험에서 직접 시퀀싱한 서열을 고병원성인지 확인하는 것이므로 입력 서열은 DNA이며, 이 예제에서의 기준서열은 Figure 1에서 제시된 것처럼 단백질 서열로 가정합니다(VR-2332). 그리고 결실이 있는 위치와 크기의 허용오차를 줄 수 있어야 합니다. 입력인 DNA 서열은 Nsp2의 특정 부위를 증폭한 PCR산물을 직접 시퀀싱한 것입니다.

해결책을 찾아가는...

일단 이 문제는 쌍서열정열(pairwise sequence alignment) 전형적인 예입니다. 서열정열만 하면 거의 해결에 가까이 온 것입니다. 먼저 간단한 퀴즈 하나를 내보겠습니다. 이 문제의 경우 전역정열(global alignment)와 지역정열(local alignment) 알고리즘 중에서 무엇을 선택하는 것이 좋을까요? 이 퀴즈에 답을 하기 위해서는 기준이 되는 단백질 서열의 길이와 입력이 되는 DNA 서열의 길이를 비교해야 합니다. 기준 서열은 PRRSV의 완전유전체 중의 하나이며, 입력 서열은 Nsp2의 PCR 산물이므로 그 길이가 많이 다릅니다. 따라서, 지역정열을 해야 적절한 결과를 얻을 수 있습니다.

많은 지역정열 프로그램이 있지만, 생물정보학의 기본중의 기본이라고 하는 BLAST의 패키지중의 하나인 bl2seq를 이용해서 정열을 구현할 수 있습니다. 여기서 두 번째 퀴즈... 어떤 BLAST 프로그램을 지정해야 할까요? 쿼리가 DNA이고, 서브젝트가 단백질서열이면.... 바로 BLASTX를 이용해야 합니다. 당연히 아시겠지만, bl2seq는 별도의 formatdb없이 바로 두 시퀀스를 지정하면 됩니다.

BLAST를 하고 나면 생물정보 스크립트 단골 메뉴인 파서 구현이 나오겠지만, 여기서는 일단 BioPerl이라는 걸출한 라이브러리를 이용합니다. 이미 잘 짜여 있는데 새로 만들 필요는 없으니까요. 따라서 직접 구현해야하는 스크립트의 핵심 기능은 사용자가 지정하는 오차범위에 일치하는 긴 결실이 있는지를 판단하는 부분입니다.

먼저 bl2seq의 결과 파일을 보면 Figure 2와 같이, 쿼리 요약, HSP (high scoring pair), 파라메터, 통계량 등을 보여줍니다. 

Figure 2. An example BLAST's result of the deletion in Nsp2.

BioPerl의 Bio::SearchIO 모듈을 이용한 BLAST, FASTA, HMMER, Sim4 등의 다양한 정열 프로그램 결과를 읽거나 저장할 수 있습니다. 바로 이 모듈을 이용해서 bl2seq 결과를 파싱(parsing)할 수 있습니다. 구체적인 사용법은 BioPerl 문서의 매뉴얼이나 HOWTO 문서를 읽어보시길 권합니다.

위 의 방법이든 직접 파싱을 하든 일단 HSP에서 긴 결실 부위를 찾는 것이 핵심인데, 연구를 열심히 하는 생물정보 스크립터들이 잘 빠지는 오류중의 하나가 너무 '현학적인'인 방법을 생각하는 것입니다. 이번의 경우에도 입력 서열의 품질이나 정제 상태에 따라서 지역정열의 결과 패턴이 매우 다양하고, 이를 고려하다 보면 각 컬럼별 통계량을 계산하거나, 프레임시프트 여부, 연속 결실을 계산하기 위한 그래프 알고리즘... 이런 상태에 봉착하셨다면 커피한잔이나 산책 후에 "Perl script should be Perlish"를 상기하면 어떨까요?

다음 Perl 코드는 HSP에서 "-"로 연속되는 결실을 포함하고 있는 문자열을 가져오는 것입니다.

my $query_alignment = $hsp->query_string();

이제 Perl의 초강력 정규식을 이용해서 연속하는 결실부위를 찾습니다. 아래 코드는 최소 크기 이상을 가지는 연속되는 결실을 모두 찾는 코드입니다.

my ($ref_start, $ref_end) = $hsp->hit->strand < 0 ?
                                    ( $hsp->hit->end,
                                      $hsp->hit->start ) :
                                    ( $hsp->hit->start,
                                      $hsp->hit->end );

while( $query_alignment =~ /(\-{$threshold_length,})/g ) {
      $indel_start = $-[1] + $ref_start;
      $indel_end = $-[1] + $ref_start + length($1) - 1;
      $indel_length = length($1);
      push  @indels, [$indel_start, $indel_end];
} 

이렇게 @indel 배열에 결실에 대한 정보를 저장하고, threshold % indentification (-p), expected start position of indel (-s), expected end position of indel (-e), tolerant positional error(-d)와 같은 추가적인 필터 조건을 구현하고 실제로 동작시키면 아래와 같습니다.

[bckang@gxs ~]$ ./gvs_find_indel.pl nsp2.blsx -s 921 -e 949 -d 15
#Mutation dectector's parameters: p=30 s=921 e=949 d=15
>AAO13191(NA_prototype)
920     948     29
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)

이 문제를 해결하는 방법은 매우 다양합니다. 위의 방법은 이미 결실 위치와 크기가 알려진 경우에는 간단한 해법이 될 것이라고 생각됩니다. 마지막으로 스크립트를 만드시는 분들께

Perl is supposed to be Perlish and Python looks like Pythonic.

References

1. Zhou, L. et al. (2009) The 30-amino-acid deletion in the Nsp2 of highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus emerging in China is not related to its virulence. J. Virol. 83(10):5156-67.
2. Han, J. et al. (2007) Identification of Nonessential Regions of the Nsp2 Replicase Protein of PRRSV Strain VR-2332 for Replication in Cell Culture. J. Virol. 81(18):9878-90.
3. Wikipedia: PRRSV.
4. Altscul, S.F. et al. (1999) Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.
5. Thompson, J.D. et al. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22(22):4673-4680.

6. Perl, http://www.perl.org

7. BioPerl, http://www.bioperl.org
   

   KM사업부장 강병철
   
   
   

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2012년 새해가 밝았습니다! 라고 이야기를 들었던게 얼마 안 된 일인 것 같은데, 어느새 끝나가는 2012년. 그리고 끝자락 즈음 12월 28일 (주)인실리코젠에서는 전 직원이 모여 한 해를 마무리하는 송년회가 있었습니다. 한 해를 마무리하는 이번 송년회는 가수 박진영씨의 나쁜 JAZZ BAR 콘서트를 관람하게 되었습니다.



오후 세 시. 오전 일과를 정리하고, 사무실 청소를 마친 뒤 서울 올림픽 공원 근처의 한정식 집으로 출발했습니다. 소복하게 쌓여있는 눈이 걱정스럽기도 했지만, 들뜨는 기분을 감출 수는 없었습니다. 한 시간 정도 도로를 달리고 드디어 목적지인 한정식 집에 도착했습니다.
끊임없이 나오는 맛있는 음식들과 함께 담소를 나누며 허기진 배를 달래고 난 뒤, 올 해의 1 부 송년회 행사가 있었습니다. 이날 행사 진행은 지난 창립기념일에 사회를 진행해 주신 인실리코젠의 일일 사회 전문 유원기 주임님께서 맡아주셨습니다.



먼저 송년회를 시작하면서 사장님의 말씀이 있었습니다. 늘 식상하지 않게 애쓰신다는 말씀 처럼, 이번에는 일본의 막부시대를 열었던 사람들의 이야기로 재미있게 풀어주셨습니다. 사장님의 말씀이 끝나고, 직원들이 서로를 위해서 준비한 선물 교환식이 있었습니다. 당첨률 80%를 자랑했던 핸드크림을 비롯해 연말연시에 빠질 수 없는 술, 오징어, 양은냄비 등등 실용적이거나 기발하거나 알차게 준비된 선물들과 함께 보낸 이 시간은, 올 한 해가 나에게 어떤 의미를 가지고 있었나를 잠시나마 생각하게 해 준 시간이었습니다.



1부 행사가 끝나고 남은 저녁 식사를 마치고, 모두 올림픽 경기장에 있는 콘서트 장으로 향했습니다. 8시가 조금 넘은 시각, 드디어 기다리고 기다리던 콘서트가 시작됐습니다. 불륜 삼부작(?) 이라던 발라드로 시작했던 콘서트 장은 어느 샌가 함께 뛰는 열기 가득한 콘서트 장으로 변했습니다. 어느덧 불혹의 나이가 되어서 10년, 20년 후에 머리가 백발이 되어서도 무대에서 뛰고 싶다던, 박진영씨의 열정으로 가득찬 퍼포먼스 들로 더더욱 빛이 났던 무대 였습니다. "나쁜" 이라는 단어에 걸맞지 않게(?) 나쁘지 않았던 오히려 발랄했던 나쁜 JAZZ BAR 에서 보낸 약 두 시간, 동행 했던 지인, 연인, 가족 등과 함께 지난 2012년에 있었던 좋지 않았던 기억들과 좋았던 기억들을 정리하고, 다가오는 2013년을 새롭게 준비할 수 있는 행복한 시간이 되었기를 바래봅니다. 이번 송년회에도 기획부터 진행까지 고생해주신 Descign팀과 아낌없는 지원을 해 주신 사장님께도 감사 드립니다.



그리고 밝아온 2013년 계사년. 2013년 1월 2일 인실리코젠 전 직원들이 다시 한 번 모였습니다. 바로 2013년 시무식을 위한 자리였습니다. 이날 시무식은 수원시 화서동에 새로 개설된 R&D 센터에서 열렸습니다. 이 날 행사는 이규열 팀장님이 사회를 맡아 진행해 주셨습니다. 바쁘신 와중에도 알차게 시무식 진행을 준비해주신 이규열 팀장님 고생하셨습니다!



시무식 때는 올 한 해에 (주)인실리코젠 이라는 기업이 어떤 방향에 중심을 두고, 어떤 목표를 가지고 나아갈 것인지에 대한 사장님의 말씀이 있었습니다. 다시 한 번 人Co라는 브랜드의 의미를 새길 수 있었던 시간이었습니다.



R&D 센터 개소식에서는 강병철 부장님께서, 향후 R&D 센터의 발전 방향에 대한 이야기를 해 주셨습니다. 막 태어난, 하고 싶은 일도 많고 가능성도 많은 R&D 센터의 발전을 기대해 봅니다. 시 무식 마지막에 외쳤던 구호처럼 2013년에는 당당하고, 신나고, 멋지게 일하는 人Co인이 되기를 다짐해봅니다. 2013년은 한 살 한 살 먹어가는 (주)인실리코젠이 2012년 보다 더 높이 올라갈 수 있는 한 해가 되길 바래봅니다. 모두 새해 복 많이 받으세요!

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<출장정보>
 - 기간 : 2012.11.04 ~ 2012.11.10 (7일)
 - 지역 : BIOBASE사 인도지사 (Bangalore in India)



BIOBASE사는 그 동안 우리 회사에서 많은 고객분들에게 consulting과 분석을 진행해왔던 파트너사입니다 (http://www.insilicogen.com/wiki/BIOBASE/Introduction). 이미 잘 알려져 있는 것처럼 BIOBASE사는 TRANSFAC^®, HGMD^®, PROTEOME™ 등의 양적/질적으로 훌륭한 데이터베이스를 전문 curator들이 직접 구축할 뿐만 아니라, 최근에는 Genome Trax™와 ExPlain™과 같은 분석 서비스도 개발되어 생물정보학적 분석서비스를 선도하는 기업입니다.



BIOBASE사 본사는 독일의 Wolfenbuettel에 위치하고 있으며 1997년에 설립되어 지금까지 생명과학, 의약학 및 다양한 응용 분야 등의 사업에서 큰 기여를 해왔습니다. 이후 2006년에 Jesintha (BIOBASE사 인도지사장)와 Kantharuban (재정 및 행정 담당)이 인도 Bangalore에서 BIOBASE사 인도지사를 설립하여 독일 본사와 긴밀한 관계를 유지하면서 독자적인 curation service에 대한 체계를 확장해 나가고 있습니다. 모든 database의 curation이 인도지사에서 이뤄진다는 것을 알고 그런 모습을 직접 현장에서 알아보고자 이번에 박준형 부장님과 제가 그 곳을 다녀왔습니다.



본격 미팅을 하기 전에 우리가 묵는 호텔에 직접 찾아와주신 Jesintha 및 Javid (인사담당자)와 함께 점식 식사를 하면서 가벼운 대화를 했습니다. 작년에 Jesintha가 당사를 방문했을 때 정말 좋았다며 소중한 추억을 나눴고, 이후 시간에는 자세히 다룰 이슈 사항들에 대해서 이야기를 나누었습니다. 인도 전통 음식들은 사실 입에 많이 맞지는 않았지만, 다행히 호텔 레스토랑 위주로 식사를 해서 적정수준에서 인도의 음식문화를 경험할 수 있었습니다.



BIOBASE사 인도지사는 ORACLE이 위치한 동일한 건물을 사용하고 있으며 3층을 사용하고 있습니다.
 

예상했던 것보다 사무실이 상당히 넓었고, 직원들도 많았습니다. 책상이 넓으면서도 그 위에 기타 복잡한 행정서류가 없어서인지 전체적으로 깔끔한 느낌을 받았습니다. 직원들의 65% 정도는 여성일 정도로, 상대적으로 여직원들이 많은 편이었습니다. 사진에는 보이지 않지만, 논문을 보면서 자유롭게 의논하는 모습들이 마치 대학 연구실의 한 장면 같아 보였습니다. 중간에 있는 기둥에는 Growth의 단어 아래에 "The road to success is always under construction. It is necessary to always surpass oneself and this is a lifelong occupation." 문장이 기록되어 있었는데, 이 말이 어쩌면 curator들에게 가장 중요한 것들이란 생각이 들었습니다.
 


한창 curation 작업을 하시던 한 curator 팀원들과 함께 사진을 찍었습니다. 가운데 curator 분의 책상 한 켠에 보시면 논문이 쌓여있는 것이 보입니다. 이 분들은 대부분이 curator로서 업무 유형에 따라 PDF 파일을 화면을 통해 보는 분도 계셨고, 출력물로 curation 정보를 추출하는 분도 있었습니다.
 

먼저 양사간의 업무 특징과 비전에 대한 내용을 소개하는 시간을 가졌는데, 함께 대화를 하면 할수록 서로 간에 긴밀한 상호협력관계가 필요하다는 기대를 하게 되었습니다. 크게는 BIOBASE사의 Product와 Service를 구분하여 논의를 진행하였고, 이후 시간에 실무 담당자들의 발표를 통해서 구체적인 정보를 얻을 수 있었습니다.
 


HGMD^®, Genome Trax™, PROTEOME™, TRANSFAC^® 등의 전반적인 BIOBASE사 제품군에 대한 설명은 Dr. Karthick이 담당을 해줬고 (사진 위), ExPlain™에 대한 전반적인 설명은 Dr. Dinesh가 진행해줬습니다 (사진 아래). 그 동안 HGMD^®와 TRANSFAC^® 정도만 주로 알았던 저에게 Genome Trax™와 ExPlain™ 에 대한 설명을 듣는 시간이 매우 흥미로웠습니다. 모든 세미나는 자유롭게 토론하는 방식으로 진행하다보니 무수한 질문과 응답이 교차하면서 1시 30분 - 2시간 동안 모든 세미나가 진행되었습니다. (아래는 발표를 내용 중에서 주요 내용만 다룬 것으로 자세한 내용은 BIOBASE사 홈페이지를 참조바랍니다.)

• 연구자가 발견한 disease mutation이 진짜인지 아닌지를 구별하고 싶을 때는 방대한 참고문헌 리뷰를 통해 구축된 HGMD^® 데이터베이스를 검색해보면 되며, 더 나아가 고급 검색기능을 통해 dbSNP filtering, 특정 position 또는 구간 내에 존재하는 mutation 검색, 특정 질병 및 미리 지정된 mutation 특성을 기반으로 한 mutation 검색 등이 가능합니다.

• 더 나아가 Genome Trax™는 대단위로 동정된 mutation 중에서 연구자가 원하는 최적의 mutation을 결정하기 위한 약 30여개에 달하는 분석결과 정보를 제공하며, 그 외에도 dbNSFP를 이용하여 human non-synonymous SNP를 손쉽게 탐색이 가능하고, 어떤 결과에도 포함되지 않은 mutation이라면 novel variation이라고 충분히 판단할 수 있도록 돕는 웹기반 분석툴입니다.

• TRANSFAC^®은 gene regulation에 초점을 둔 데이터베이스이고, PROTEOME™은 단백질 발현 및 상호작용 등에 걸친 다양한 부분에 초점을 둔 것입니다.

• ExPlain™은 TRANSFAC^®과 PROTEOME™의 강력한 기능을 적용하여 target gene이 과발현하지 않더라도 promoter 분석과 pathway 분석을 통해 activated pathway와 그에 따른 key node를 분석할 수 있는 독자적인 분석 툴입니다.

• Reference pipeline은 방대한 참고문헌을 통해 정보를 추출하고 수집하는 단계로서, partially automated process를 통해 전체 정보의 30%정도를 일정하게 수집하는 한편, manually searching papers 과정을 통해 나머지 70%의 정보를 축적합니다.
• Sequence pipeline은 Sort, Merge, Nametag process와 같은 세부적인 3단계를 거쳐서 서열 정보를 중심으로 BIOBASE사 내부 데이터베이스와 연결된 다양한 데이터를 grouping하는 중요한 과정을 거치게 됩니다.
• Vocabulary pipeline는 앞선 과정을 통해서 수집된 gene ontology, Mesh term, international vocabulary를 BIOBASE Knowledge Library (BKL)로 연결해 줍니다.
• Curation platform는 ortholog 관계를 근거로 GOGNATE group으로 지정하고 가용한 모든 BIOBASE사 내부 데이터베이스 정보를 연결하게 됩니다.

위 의 단계별 작업을 통해 완성된 curation 데이터베이스는 quality check (QC) 정책을 통해서 3단계를 거쳐서 발생된 error를 수정할 수 있으며, quality assurance (QA) 제도를 통해 curation 작업의 질을 지속적으로 향상시키고 있다고 합니다. 이렇게 축적된 데이터베이스를 고객이 사용할 경우, 어떻게 결과를 보게 되는지 TP53 단백질을 사례로 보여줬습니다. 그 결과를 하나하나 따라가 보니 Introduction, Biomarker associations, Drug interactions, Mutant phenotype, Pathway & Interactions 등을 포함하여 현 시점에 수집할 수 있는 그 단백질과 관련된 모든 정보를 확인할 수 있었습니다. 더구나 참고문헌 정보까지 연결되어 있기 때문에 이 단백질에 대한 논문을 작성한다면 정말 편하게 작성할 수 있을 것 같았습니다.



Non-NGS based analysis에 대한 설명도 충분히 듣고 왔습니다. 다른 분들과 마찬가지로 담당자 Mittun은 고객의 실험 결과와는 별개로 독립적인 데이터베이스를 구축하는 전략과 방법에 대해 구체적으로 발표해 주셨습니다. 이와 관련된 Service 프로젝트로는 앞에서 언급한 것들 뿐만 아니라, compounds, lipids, metabolite 등도 포함되어 있었습니다. 수많은 curation service 중에서 놀라웠던 것은 Reaction kinetics curation이었습니다. Kinetics 정보를 추출하려면 참고문헌의 본문 뿐만 아니라, 그래프와 표에 제시된 데이터 수치를 curator가 직접 추출하는 과정을 거치며, 추출된 데이터를 Cell Illustrator에 적용하여 시뮬레이션도 가능하다고 합니다. 이 외에도 Drug curation, Protein kinase curation, Plant pathway curation, Nutrigenomics curation 등의 curation service를 통해서 이미 방대한 정보를 보유하고 있다고 합니다.



BIOBASE사는 고객에게 데이터를 파일로 직접 전달하기도 하지만, Cell Illustrator, Cell Designer, PIXEL 등의 소프트웨어를 이용하여 고객들이 좀더 효율적으로 simulation을 할 수 있도록 해줍니다. Cell Designer를 잘 이용하면 사용자가 원하는 biological map을 효율적으로 비교 및 분석이 가능하다고 합니다.



BIOBASE사의 product 및 service에 대한 모든 발표를 들은 후에, 본격적으로 Jesintha 및 Jyothi와 함께 마케팅 전략에 대해 깊이있는 의논을 했습니다.



당사에 관심이 많은 인도지사 실무자 팀장인 Dr. Dinesh와 Dr. Karthick은 자투리 시간에도 먼저 찾아와서 말을 걸 정도로 많은 관심을 표현했습니다. 처음에는 한국과 인도 간의 문화 차이에 대해서 가볍게 대화를 시작했지만, 점차 각 국의 연구환경, 각 회사의 비전에 대한 다양한 의견 공유까지 연결되어 1시간여동안 서서 대화를 나누었습니다.



많은 인종과 종교가 공존하는 인도이기에 다양한 축제가 있지만, 국가적인 명절로 손꼽히는 것은 힌두교 축제들입니다. 그 중에 하나인 Diwali를 기념함과 동시에 BIOBASE사에서는 결혼하는 직원들을 위한 이벤트를 마련해줬습니다. 예비부부의 서로 간의 퀴즈 맞추기는 우리나라에서도 몇 번 보았지만, 그림 그리기 게임은 처음 보는 것이어서 인도 사람들의 순수함을 엿볼 수 있어서 좋았습니다. 웃고 즐긴 후에는 결혼을 앞둔 직원들이 원하는 가전제품을 선물로 주는 훈훈한 모습도 보았답니다.



모든 행사의 마지막에 Jesintha 지사장님은 한국에서 온 (주)인실리코젠이 함께 비전에 대해 고민하고, 다양한 아이디어를 제공한 것에 대해 진심으로 고마움을 표시하시면서 방문한 저희들과 회사에 귀한 선물을 주셨습니다. 사실 관광하러 (차 많고 사람 많은) 인도 Bangalore를 또 가라고 한다면 정중히 거절하고 싶지만, BIOBASE사 인도지사에 가라고 한다면 다시 그곳에 가고 싶습니다. 자신들의 pipeline을 자신있게 설명해주는 그들과 그것을 모두 받아들이고 가고 싶다는 열정을 가지고 듣는 우리, 그렇게 함께 보낸 6일 동안의 여정은 모두가 하나가 되는 멋진 순간들의 연속이 아니었나 싶습니다. 그런 순간들이 밑바탕이 되어 생긴 신뢰가 다시 고객들에게 고스란히 돌아가는 날이 하루빨리 오기를 기대해 봅니다.

Posted by 人Co